Soutenance mémoire
Les toxi-infections alimentaires
Les Coliformes Fécaux
Le groupe des coliformes fécaux est utilisé depuis la fin du 19ème siècle comme indicateur de pollution fécale (Archibald, 2000). La plupart des espèces de ce groupe se retrouvent naturellement dans le sol ou la végétation (Edberg et al, 2000). Ces coliformes fécaux ou coliformes thermo tolérants, sont un sous-groupe des coliformes totaux capables de fermenter le lactose à une température de 44 °C (Edberg et al, 2000). E. coli fait partie de la famille des Enterobacteriaceae et est utilisé à titre indicateur de la contamination fécale dans la plupart des aliments. La plupart des souches d’Escherichia coli sont des bactéries de la microflore commensale du tube digestif de l’homme et de nombreux mammifères.
Cependant, certaines d’entres elles, comme le stéréotype O 157 : H, peuvent être à l’ origine d’accidents alimentaires sévères : ce sont les Escherichia coli entérohemorragiques. Ces souches produisent des toxines appelés toxines « Shigalike » (SLT ou STX) du fait de leur similarité avec les toxines produites par Shigella dysenteriae type 1. En effet, ces bactéries sont responsables des diarrhées hémorragiques pouvant se compliquer en syndrome hémolytique et urémique graves, parfois mortels chez les jeunes enfants (Tarr, 1995). Bien que plus de 50 sérotypes différents étaient associés à de tels troubles, le sérotype O157 :H7 est le plus souvent incriminé à travers le monde.
Clostridium botulinum Cette bactérie nécessite un milieu strictement anaérobie, un pH>4,5 ; et des températures de 46°C. Le développement des Clostridium botulinum s’accompagne de fermentations diverses avec des odeurs nauséabondes qui peuvent alerter le consommateur. Les conditions non propices au développement des bactéries botuliques sont : une forte teneur en sel (>10 %), l’addition suffisante de nitrates, un pH <4,5 ; aliments secs. 00000
Clostridium perfringens Bacille Gram positif, immobile, sporulé, anaérobie stricte mais aérotolérant. C. perfringens secrète de nombreuses toxines et enzymes hydrolytiques dont l’enterotoxine, synthétisée au cours de la sporulation, responsable de d’intoxination alimentaire. Selon les principales toxines produites, les souches de C. perfringens sont classiquement classées en cinq toxinotypes (Type A à E). L’entérotoxine peut être produite par des souches de type A, mais aussi pas des souches d’autre type. Contrairement aux spores, l’enterotoxine est thermolabile ; elle est détruite en solution saline par un chauffage de 5 minutes à 60°C (Poumeyrol et Popoff, 2006). C. perfringens est une bactérie très ubiquitaire largement répandue dans tout l’environnement. Par ailleurs, l’Homme et les animaux sains peuvent être porteurs de C. perfringens dans le tube digestif. 00000000000000
Salmonella spp
En 1880, Eberth a découvert l’agent responsable de la fièvre typhoïde et la culture de la bactérie a été possible en 1884 par Gaffky. Le genre Salmonella a été utilisé après que le bactériologiste américain Daniel Salmon eut isolé en 1886 (Encyclopédie ENCARTA 2004), avec quelques collègues, une bactérie provenant du porc (maintenant connu comme Salmonella Choleræsuis) qui était considérée comme étant la cause de la fièvre porcine (choléra du porc). En 1896 Widal a mis en évidence la diversité antigénique des souches de salmonelles. A ce jour on a isolé plus de 2500 sérotypes de salmonelles. Depuis les premières observations rapportées par Eberth jusqu’à nos jours, le genre Salmonella n’a pas cessé de présenter une importance considérable dans les domaines vétérinaires et sur le plan médical, tant par les pertes économiques dues à la maladie animale, que par la forte incidence chez l’homme ; des fièvres typhoïdes et des toxi-infections alimentaires à salmonelles (Bornert, 2000).
Salmonella typhique et paratyphique Ces Salmonella sont responsables des fièvres typhoïdes ayant l’homme pour seul réservoir. Dans ce cas, la contamination se fait par ingestion d’eau ou d’aliments ayant subi une contamination fécale d’origine humaine. Comme toutes les maladies à transmission oro-fécale, ces fièvres surviennent le plus souvent dans des zones où l’hygiène est précaire, et frappent principalement les pays en développement en Asie, en Afrique ou en Amérique Latine. Les fièvres typhoïdes et paratyphoïdes sont causées par des Salmonella strictement adaptées à l’homme, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi A et certaines souches de Salmonella paratyphi B. Après une période d’incubation d’une à deux semaines, survient une fièvre continue accompagnée de maux de tête, d’anorexie, d’abattement (« tuphos » torpeur en grec), de douleurs abdominales avec diarrhée ou constipation.
Dans les formes bénignes, l’état reste stationnaire pendant une quinzaine de jours puis la convalescence dure plusieurs semaines. Dans les formes plus graves où des complications peuvent survenir au niveau de l’intestin, du coeur ou de la vésicule, la fièvre typhoïde peut être fatale en l’absence de traitement. Le taux de mortalité est de 10% comparé à moins de 1% pour les autres formes de salmonellose. Une antibiothérapie appropriée abaisse le risque de mortalité à moins de 1%, mais on isole de plus en plus de souches résistantes aux antibiotiques : au Vietnam, 75% des souches isolées sont résistantes aux antibiotiques classiquement utilisés, contre moins de 1% en France. Il existe de plus un portage chronique de Salmonella typhi : après guérison d’une fièvre typhoïde, 2 à 5% des individus continuent à excréter ces bactéries. Les symptômes des fièvres paratyphoïdes sont similaires, mais le plus souvent moins sévères, le taux de mortalité de cette salmonellose étant par ailleurs bien plus bas que celui de la fièvre typhoïde.
Salmonella non typhique
La salmonellose est une maladie grave qui peut même parfois être mortelle. La salmonellose est la zoonose la plus fréquente dans les pays européens. L’infection survient habituellement après l’ingestion de produits d’origine animale. Les salmonelles peuvent être présentes dans toute une série de denrées alimentaires telles que les oeufs crus, la volaille, le porc, le boeuf, d’autres produits à base de viande et les produits laitiers. Les gastro-entérites sont provoquées par des Salmonella ubiquistes présentes chez l’homme et les animaux. La durée d’incubation est généralement de 1 à 2 jours et dépend de la dose ingérée, de la santé de l’hôte et des caractéristiques de la souche de Salmonella. Les salmonelloses provoquent une forte fièvre accompagnée de diarrhées, vomissements et douleurs abdominales. Chez des adultes de condition physique normale, une gastro-entérite disparaît sans traitement après 3 à 5 jours en moyenne.
En revanche, une antibiothérapie doit être prescrite chez les personnes âgées, les nourrissons, ou les personnes immunodéprimées chez lesquelles l’infection peut être plus sévère, voire mortelle. Les principaux symptômes de la salmonellose (infections non typhoïdiques) sont la diarrhée non sanglante, les douleurs abdominales, la fièvre, les nausées et des vomissements qui surviennent généralement 12-36 heures après l’ingestion. Toutefois, les symptômes peuvent varier considérablement depuis une maladie grave rappelant la typhoïde jusqu’à l’infection asymptomatique. La maladie peut également entraîner des complications plus sérieuses. Chez les sujets en bonne santé, la dose infective varie selon les sérovars, les aliments incriminés et la sensibilité des individus. Alors que certains (Varnam and Evans, 1991) ont pu montrer que 20 cellules pouvaient suffire à constituer une dose infective minimale, d’autres études ont régulièrement fait état d’un ordre de grandeur supérieur à 106 cellules (Korsak et al, 2004).
Epidémiologie Vue le large spectre d’animaux pouvant être porteurs de salmonella, une grande variété de produits alimentaires peut être à l’origine d’une contamination humaine : viande et particulièrement volaille, produits carnés, oeufs et produits laitiers. Les salmonelloses peuvent donner lieu à des foyers très importants qui peuvent atteindre une échelle nationale si un aliment commercialisé à large diffusion se trouve contaminé. En 1994 aux états unis par exemple une épidémie provoquée par une crème glacée a touché 224 000 personnes. En France, une des plus importantes épidémies dont la source n’a pu être identifiée, est celle survenu en 1985 et qui aurait touché 25000 d’après l’estimation la plus faible. En France toujours, en 2001, 64 % des toxi infections alimentaires déclarées avec agent pathogène identifié, ont été provoquées par des Salmonella et ont touchés plus de 1700 personnes (Haeghebaert at al, 2001).
En 2005 ; 39,9% des 311 foyers français de cas groupés signalés au Centre National de Référence étaient causés par salmonella sérotype Typhimurium suivi par le sérotype Enteritidis (33% des foyers). Toujours en 2005, 146 nourrissons ont été touchés et du lait infantile était à l’origine de l’épidémie (Brouard et al, 2006). Il est difficile d’avoir une idée du nombre réel de cas annuels de salmonelloses mais on estime que les cas déclarés peuvent être multipliées par 20 à 200. Les toxi infections alimentaires collectives doivent obligatoirement être déclarées DDASS (direction départementale des affaires sanitaires et sociales ou aux DSV (direction des services vétérinaires) par les médecins, les biologistes, les responsables d’établissements ou les particuliers.
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Table des matières
Introduction générale
Partie I : Revue Bibliographique
I- Les denrées alimentaires
II- La microbiologie des aliments
1- Les microorganismes utiles
2- Les microorganismes d’altération
2-1 Les levures et les moisissures
3- Les microorganismes témoins de contamination fécale
3-1 les coliformes totaux
3-2 les coliformes fécaux
4- Les microorganismes pathogènes et toxinogènes
4-1 Staphylococus aureus
4-2 Anaérobies sulfito-réducteurs
4-2-1 Clostridium perfringens
4-2-2 Clostridium botulinum
5- Salmonella spp
6- Listeria monocytogenes
III- Les toxi-infections alimentaires
1.Situation épidémiologique dans le monde
2- ituation épidémiologique au Maroc
IV- Les antibiotiques
1- Définition
2- Mode d’action des antibiotiques
3- Les classes des antibiotiques
3-1 les β lactamines
3-2 les aminosides ou aminoglycosides
3-3 les phenicoles
3-4 les tetracyclines
3-5 les polymyxines
3-6 les macrolides
3-7 les lincosanides
3-8 les synergistines
3-9 les quinolones
3-10 les nitrofuranes
3-11 les cinq nitroimidazoles
3-12 les acides sulfuriques
3-13 les novobiocines
3-14 les rifamycines
4-La résistance bactérienne aux antibiotiques
4-1 la résistance naturelle
4-2 la résistance acquise
4-2-1 La Résistance par mutation chromosomique
4-2-2 Les résistances extra-chromosomiques
Partie II : matériel et méthodes
I- Analyse microbiologique des denrées alimentaires
1- Lieu et période d’étude
2- Echantillonnage
3- Préparation de l’échantillon à analyser et des dilutions
4- Dénombrement de la flore mésophile aérobie totale
5- Dénombrement des coliformes totaux et des coliformes fécaux
6 -Dénombrement des Staphylococcus aureus
7 Dénombrement des anaérobies sulfuto reducteurs
8 Dénombrement des levures et moisissures
9 Recherche de Salmonelle
9-1 Pré-enrichissement
9-2 Enrichissement
9-3 Isolement
9-4 Identification biochimique
a-Galerie classique
b- Galerie api
9-5 Identifications sérologiques : sérotypage des Salmonelles
10- Recherche de Listeria monocytogenes
II- Etude de la sensibilité de Salmonella spp et de Listeria monocytogenes aux antibiotiques
Partie III: Résultats et discussions
I- Analyse microbiologique des denrées alimentaires
1- Les classes d’aliments analysées au LRDEHM
1-1 Analyses microbiologiques des plats cuisinés
1-2 Analyse microbiologique des laits et dérivés
1-3 Analyse microbiologique des pâtisseries et crèmes pâtissières
1-4 nalyse microbiologique des Viandes et produits carnés
1-5 Analyse microbiologique des végétaux et crudités
1-6 Analyse microbiologique des boissons et limonades
II- Sérotypage des Salmonelles
III- Etude de la sensibilité des germes pathogènes aux antibiotiques
1-Etude de la sensibilité des souches de Salmonella spp aux antibiotiques
2-Etude de la sensibilité des souches de Listeria monocytogenes aux antibiotiques
Conclusion
Recommandations et perspectives
Références bibliographiques
Annexes
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