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Définition et Classification du VIH
Le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) est un virus à ARN caractérisé par la présence de l’enzyme transcriptase inverse (TI) qui transcrit les deux molécules d’ARN viral en ADN. Ce virus cytopathogène provoque une importante destruction des lymphocytes TCD4 (LTCD4) conduisant à une immunodéficience profonde accompagnée de graves infections opportunistes, le SIDA [6–8]. Le VIH appartient à la famille des Retroviridae, à la sous-famille des Orthoretrovirinae et au genre Lentivirus. Il a été classé en VIH-1 et VIH-2 sur la base des différences au niveau des séquences de nucléotides du génome. Le virus de l’immunodéficience simienne (SIV) de primates non humains proche de ces derniers, est regroupé dans le genre Lentivirus [9, 10]. Le VIH-1 est subdivisé en groupes M (Major), N (New), O (Outlier) et P ; le groupe M répandu dans le monde entier, comprend plusieurs sous-types : A, B, C, D, F, G, H, J, K, des CRFs (Circulating Recombinant Forms) et des URFs (unique recombinant forms). Le VIH-2 par contre est constitué de huit groupes A, B, C, D, E, F, G, H ; il est limité essentiellement en Afrique de l’Ouest, à certaines régions de l’Afrique occidentale, centrale et des régions d’Europe [11–14].
Historique de la découverte du VIH
En 1981 aux États-Unis, le Centre de contrôle et de prévention des maladies (CDC) déclare les premiers cas de SIDA chez des jeunes homosexuels présentant des symptômes de pneumonie à Pneumocystis carinii et de sarcome de Kaposi avec une immunité affaiblie, d’où l’appellation de la maladie «déficience immunitaire liée à l’homosexualité masculine» [19]. En 1982, elle fut observée chez des hémophiles et des toxicomanes, par conséquent il s’agit d’une infection par le sang et la maladie fut dénommée «Syndrome d’Immunodéficience Acquise» (SIDA). En 1984 Robert Gallo émet l’hypothèse que le rétrovirus HTLV-3 serait l’agent causal de la maladie [19, 20]. C’est en 1983 que l’Institut Pasteur de Paris réussit à obtenir des isolats nets du virus à partir des ganglions lymphatiques d’un patient atteint de lymphadénopathie [20]. La présence du virus fut confirmé par microscopie électronique par l’équipe de Luc Montagnier, qui annonçait la découverte d’un nouveau rétrovirus dénommé Lymphadenopathy-Associated Virus (LAV) [7, 19]. Les caractéristiques des deux virus HTLV-3 et LAV furent manifestes et identiques, il s’agit au fait d’un même virus qui fut rebaptisé VIH [19]. L’année 1985 était marquée par la découverte du SIV chez les primates non humains et l’isolement du VIH-2 chez des patients en Afrique de l’Ouest [20].
Variabilité génétique et distribution géographique du VIH
La variabilité du VIH est une conséquence de l’action de la transcriptase inverse dépourvue de mécanisme de relecture générant des taux élevés de mutations et de recombinaisons [11]. Le groupe M du VIH-1 composé de sous-types (clades) de A à K et de CRF, est responsable de la pandémie mondiale (Figure 5). Les sous-types A, G, H, J et K sont répandus en Afrique central, en Afrique de l’Ouest, au sud de l’Europe et en Asie. Le sous-type B est prédominant en Europe, Amériques, Australie et certains pays asiatiques. Le sous-type C se trouve principalement en Afrique australe et orientale, en Inde et au Népal. Les sous-types A et C sont plus répandus en Afrique subsaharienne. Le sous-type D circulant avec le sous-type A, est présent en Afrique orientale et centrale. Le sous-type F est trouvé en Afrique centrale, en Amérique du Sud et en Europe de l’Est [13, 36]. En Afrique subsaharienne, l’hétérogénéité du VIH-1 est la plus large de tous les sous-types, de nombreux CRF et URF sont représentés. Les sous-types G et CRF02_AG sont signalés en Afrique de l’Ouest, en Afrique orientale et en Europe centrale. Les CRF01_AE et CRF02_AG formés au tout début de l’épidémie en Afrique centrale se sont répandus, chacun donnant lieu à des épidémies de tailles de répartition géographique différentes [14, 37]. Les CRF sont répartis de manière différenciée en Afrique de l’Ouest (principalement CRF06_cpx, CRF02_AG et CRF09_cpx), en Afrique centrale (nombreux sous-types et CRF notamment CRF11_cpx), en Amérique latine (CRF12_BF, CRF28_BF, CRF31_BC, CRF18_cpx, CRF19_cpx et autres), en Afrique du Nord (principalement CRF06_cpx) et en Asie du Sud et du Sud-Est (principalement CRF35_AD, CRF07_BC, CRF08_BC, CRF01_AE). Les formes uniques de recombinaison (URF) sont détectées dans des régions où plusieurs sous-types et des CRF co-circulent. Une grande variété d’URF est distribuée en Afrique subsaharienne, en Amérique latine, en Afrique du Sud et du Sud-Est [11, 23, 37]. Les groupes N et O sont principalement confinés en Afrique de l’Ouest et Centrale. Le groupe N a été trouvé chez quelques personnes au Cameroun. Le groupe O classé en cinq clades de I à V s’est étendu au-delà de son origine. Le groupe P a été identifié chez deux individus au Cameroun [38, 39]. Le VIH-2 présentant des sous-types de A à H [11, 18], est endémique en Afrique de l’Ouest, mais il s’est étendu en Europe, en Amérique du Sud et en Asie. Cependant, aucune recombinaison entre VIH-1 et VIH-2 n’a encore été trouvée [31].
Le Western Blot (WB)
C’est une méthode de référence utilisée pour la confirmation sérologique du VIH. Les protéines dénaturées et purifiées d’un lysat viral VIH-1 et VIH-2 sont séparées en fonction de leur poids moléculaire par électrophorèse sur gel de polyacrylamide, puis elles sont transférées sur une membrane de nitrocellulose. Sur la bandelette de WB, les différentes protéines spécifiques du VIH-1 et VIH-2 seront reconnues par des anticorps contenus dans le sérum du patient. La réaction antigène-anticorps est révélée à l’aide d’un anticorps secondaire marqué par une enzyme et d’un substrat colorimétrique [46]. L’interprétation de WB peut être délicate ; elle se base sur les critères de positivité établis selon les institutions (OMS, CDC, FDA) pour une réactivité au niveau de 2 bandes ou 3 bandes [31]. Des réactivités non spécifiques et d’interprétation difficile sont fréquentes en cas de « non infection » [57].
Méthode d’étude
Pour cette étude, les deux algorithmes utilisent trois tests consécutifs :
Alere Determine HIV-1/2 Abbott – SD BIOLINE HIV-1/2 – MULTISURE®HIV Rapid Test
Architect HIV Ag/Ab Combo Abbott – SD BIOLINE HIV-1/2 – MULTISURE®HIV Rapid Test Suivant la stratégie de l’algorithme à 3 tests de diagnostic recommandée par l’OMS pour les pays à faible prévalence (<5%), les échantillons de statut connu sont analysés par les tests de première intention plus sensibles que les deux autres tests de la série ; il s’agit de Determine et ARCHITECT.
Tous les échantillons réactifs étaient testés successivement pour une confirmation par les deux autres tests discriminants et plus spécifiques. Pour chaque algorithme, le test de deuxième intention était le test SD BIOLINE utilisé lorsque le premier test est réactif. Puis le troisième test MULTISURE était appliqué aux positifs du second test. L’analyse des échantillons ainsi que l’interprétation des résultats a été effectué et interprété selon les procédures techniques et les recommandations des fabricants des kits. Nous avons utilisé parallèlement l’algorithme conventionnel de référence national composé d’Architect et de HIV BLOT pour la comparaison des résultats des deux algorithmes à valider. La validité de chaque algorithme était mesurée par le calcul des paramètres de performances suivants :
La sensibilité = VP / VP + FN où VP = vrais positifs et FN = faux négatifs.
La spécificité = VN / VN + FP où VN = vrais négatifs et FP = faux positifs.
La Valeur prédictive positive = VP / VP + FP
La valeur prédictive négative = VN / VN + FN
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPEL BIBLIOGRAPHIQUE
1. GENERALITES SUR LE VIH
1.1. Définition et Classification du VIH
1.2. Origine du VIH
1.3. Historique de la découverte du VIH
1.4. Structure et Organisation génomique du VIH
1.4.1. Structure du VIH
1.4.1.1. L’Enveloppe
1.4.1.2. La Matrice
1.4.1.3. La capside et son contenu enzymatique
1.4.2. Organisation génomique du VIH
1.4.2.1. Les gènes de structure
1.4.2.2. Les gènes régulateurs
1.4.2.3. Les LTR
1.5. Cycle de réplication du VIH
2. EPIDEMIOLOGIE DE L’INFECTION A VIH
2.1. Variabilité génétique et Distribution géographique du VIH
2.2. Situation épidémiologique du VIH dans le monde
2.3. Modes de transmission du VIH
2.3.1. Transmission par voie sanguine
2.3.2. Transmission par voie sexuelle
2.3.3. Transmission périnatale
2.4. Histoire naturelle de l’infection à VIH et cinétique des marqueurs du VIH
3. DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DE L’INFECTION A VIH
3.1. Diagnostic indirect du VIH
3.1.1. Les tests ELISA
3.1.1.1. Les différents groupes de tests ELISA
3.1.1.2. Evolution des générations des tests ELISA
3.1.2. Les tests de diagnostic Rapide (TDR)
3.1.3. Les Autotests de dépistage du VIH
3.1.4. Le Western Blot
3.2. Diagnostic direct du VIH
3.2.1. Détection des Acides Nucléiques
3.2.2. Détection des antigènes
3.2.3. Isolement du virus en culture
3.3. Critères de performances des tests
3.3.1. Sensibilité et Spécificité
3.3.2. Valeurs prédictives positive et négative
3.4. stratégies de diagnostic sérologique du VIH
3.4.1. Tests de dépistage
3.4.2. Tests de confirmation
3.5. Les recommandations des nouveaux algorithmes de diagnostic du VIH
DEUXIEME PARTIE : METHODOLOGIE DE L’ETUDE
I. CONTEXTE DE L’ETUDE
II.OBJECTIFS DE L’ETUDE
II.1. Objectif général
II.2. Objectifs spécifiques
III.ETUDE EXPERIMENTALE
III.1. Cadre d’étude
III.2. Type et période d’étude
III.3. Matériel et méthode
III.3.1. Matériel
III.3.1.1. Matériel biologique
III.3.1.2. Kits de Réactifs
III.3.1.3. Autres Matériels du laboratoire requis (cf. Annexes)
III.3.2. Méthode d’étude
III.3.2.1. Analyse des plasmas par les tests inclus dans les trois algorithmes
III.3.2.1.1. Architect HIV Ag/Ab Combo Abbott
III.3.2.1.2. Alere Determine HIV-1/2
III.3.2.1.3. SD BIOLINE HIV-1/2
III.3.2.1.4. MULTISURE®HIV Rapid Test
III.3.2.1.5. HIV BLOT 2.2 MP Diagnostics
III.3.2.2. Analyses statistiques des données
IV. RESULTATS
IV.1. Présentation global des résultats des tests inclus dans les trois algorithmes
IV.2. Présentation des résultats discordants entre les tests de deuxième et troisième intention par rapport au test de référence
IV.3. Présentation des résultats de deux algorithmes à trois tests
IV.3.1. Présentation des résultats de deux algorithmes à trois tests pour le statut Sérologique
IV.3.2. Présentation des résultats de deux algorithmes pour les profils VIH
IV.4. Comparaison des résultats de deux algorithmes à trois tests à ceux de l’algorithme de référence
IV.5. Performances de deux algorithmes à trois tests
IV.5.1. Performances de deux algorithmes à trois tests pour le statut VIH
IV.5.2. Performances de deux algorithmes à trois tests pour le profil VIH-1
IV.5.3. Performances de deux algorithmes à trois tests pour le profil VIH-2
IV.5.4. Performances de deux algorithmes à trois tests pour le profil VIH-1/2
IV.5.5. Performances de deux algorithmes à trois tests pour le profil VIH-1 dans le groupe VIH-1 et VIH-1/2 réunis
IV.5.6. Performances de deux algorithmes à trois tests pour le profil VIH-2 dans le groupe VIH-2 et VIH-1/2 réunis
V. DISCUSSION
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
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