Soutenance mémoire
Historique
En 1981, une maladie inconnue se propage à Los Angeles aux États-Unis. Une épidémie inhabituelle de pneumonies observée chez des jeunes homosexuels, qui présentaient un effondrement de taux des LT CD4 (LT auxiliaires). Le «Center’s for Diseases Control» (CDC) confirme cette émergence; en plus de pneumonies, les sujets présentaient d’autres signes liés à l’immunodépression, tels que des toxoplasmoses cérébrales, encéphalites à cytomégalovirus (CMV), pneumonies à CMV, et survenue de ces manifestations dites opportunistes et/ou des cancers apparaissant à la suite d’une immunodépression va conduire l’année suivante en 1982 à utiliser le terme «Acquired Immune Deficiency Syndrome» (AIDS) pour désigner ce syndrome [18]. En 1983, l’agent causal a été identifié par l’équipe Montagnier à l’Institut Pasteur de Paris, qui a isolé pour la première fois à partir de cellules d’un ganglion le virus responsable du SIDA [9]. Le virus originellement appelé «Lymphadenopathy Associated Virus» (LAV) en relation avec la présence de polyadénopathies persistantes, puis «Human T Leukemia Virus-III» (HTLV- III). Actuellement, il est dénommé le virus de l’immunodéficience humaine (VIH-1). Dès 1984, les premiers cas du SIDA en Afrique subsaharienne chez des hommes et des femmes hétérosexuels furent rapportés [17]. Le virus d’immunodéficience humaine de type 2, le VIH-2, a pour origine l’Afrique de l’Ouest mais l’histoire de son émergence est imparfaitement décrite. Le VIH-2 a été isolé en 1985 dans le sérum de prostituées sénégalaises dans le laboratoire de l’hôpital Le Dantec de Dakar, dirigé par le médecin militaire sénégalais Souleymane MBOUP et en collaboration avec des équipes Américaines et Françaises [24].
Structure du VIH-1
Le VIH est une particule virale, de forme sphérique, enveloppée, mesure 80 à 120nm de diamètre. Elle est entourée d’une membrane cellulaire où sont encrées des molécules de glycoprotéines d’enveloppe gp 120 et les molécules de glycoprotéines transmembranaires gp 41. Elle est constituée d’une matrice tapissée de molécules correspondant aux protéines de la matrice p17 et contenant également la protéase virale. La capside virale de forme trapézoïdale, est située au centre de la particule virale. Elle est constituée de protéines p24 (figure 1). A l’intérieur de cette capside virale figurent les protéines de nucléocapsides p16, la transcriptase inverse, l’intégrase et deux copies d’ARN viral monocaténaire [21]
Infection à VIH au Sénégal
Au Sénégal, la lutte contre le sida est inscrite au rang des priorités dans le domaine de la santé. La prévalence dans la population générale est basse (0,5%) avec des disparités selon la région géographique. En effet, les régions du Sud, de l’Est, du Nord et certaines du Centre présentent des prévalences supérieures à la moyenne nationale. Il s’agit respectivement des régions de Kolda (2,4 %) suivi de Kédougou (1,7 %), de Tambacounda (1,4 %), de Sédhiou (1,1 %), de Kaolack (1,1 %), de Ziguinchor (1,0 %), de Fatick (1,0 %) et Saint Louis avec 0,9 % [13]. Depuis le début de l’épidémie, des progrès remarquables ont été accomplis. Des résultats encourageants ont été enregistrés notamment, une baisse régulière des nouvelles infections, et une augmentation significative des personnes mises sous traitement ARV (TARV), qui représentent 51,6 % de l’ensemble des personnes vivant avec le VIH (PVVIH) en 2016, soit une augmentation de 4,4 % en 4 ans [13].
Contexte d’introduction des POC dans la prise en charge des PVVIH
L’augmentation du volume des tests de charge virale est devenue une nécessité pour atteindre les objectifs du Tatarsen (Test,Treat and Retain). L’éloignement des sites de laboratoires d’analyses, les problèmes de transport pour les PVVIH qui habitent dans des zones éloignées des centres de santé constituent, entre autres, des ralentisseurs dans le déroulement du Tatarsen. Le Projet Point of care ou dépistage au point de prestation de service vise à corriger cette situation. Il s’agit d’une technique alternative qui doit permettre à terme de couvrir plus de sites de prise en charge [25].
Transport et conservation des échantillons
Le sang total est centrifugé dans les six heures qui suivent le prélèvement à 2500 tours pendant 15 minutes, le plasma est ensuite transféré dans un cryotube et le volume de plasma requis est de 02 ml au minimum. Les échantillons de plasma doivent être transportés dans une glacière entre 2-8°C. Leur conservation se fait soit à température ambiante (25-30°C) jusqu’à 24 heures, soit entre 2°C et 8°C jusqu’à six jours. Ils restent stables pendant six semaines en étant congelés entre -20°C et -80°C. Ils peuvent être congelés et décongelés jusqu’à cinq fois sans perte significative de l’ARN du VIH-1 [31].
CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES
La prise en charge virologique des PVVIH a connu des progrès considérables au Sénégal en particulier dans les régions avec l’arrivée des POC. Ce projet a permis l’optimisation du Genxpert pour la mesure de la charge virale plasmatique qui était presque inexistante dans certains sites de prise en charge. L’EPSH Touba Ndamatou a été choisie parmi les sites pilote du projet d’où l’objet de cette étude. L’objectif était surtout d’évaluer le suivi virologique des patients reçus à l’hôpital Ndamatou durant six mois. Nous avons inclus 307 patients et la plupart provenaient de la cohorte de Ndamatou (54,4 %). L’âge médian de nos patients était de 40 ans avec des extrêmes allant de 1 à 95 ans avec une prédominance féminine. La majeure partie des patients (62,5%) avaient une charge virale plasmatique indétectable (inférieur à 40 copies/ml) et 9,8% avaient une charge virale faible (entre 40 et 1000 copies/ml). Le taux d’échec virologique était de 27,6 % (supérieur à 1000 copies/ml) et concerné plus les patients de moins de 25 ans. L’échec virologique était surtout observé chez les hommes (17,8%). En effet il y a une corrélation entre l’échec virologique, l’âge et le sexe. Les associations AZT+3TC+EFV et TDF+3TC+NVP sont les plus utilisés en première ligne (n= 292). Compte tenu des résultats de cette étude et dans la perspective d’une surveillance virologique et thérapeutique optimale de l’infection à VIH au Sénégal en général et dans les régions en particulier, il serait idéal de décentraliser la mesure de la CV du VIH-1 vers les laboratoires des District sanitaire en renforçant les capacités de ces laboratoires en équipement tels que les Genexpert et en ressources humaines. La mise à la disposition de ces laboratoires, d’appareils de mesure de la CV agrées, avec l’organisation de formations spécifiques en biologie moléculaire pour les personnes ressources, contribueraient à généraliser la mesure de la CV à tout le territoire national. Cela permettrait à tous les PVIH, l’accès à la CV, par conséquent, l’identification des sujets en échec virologique, ainsi que, la prévention de l’émergence de la résistance du VIH aux ARV parmi ces populations. La CV est un indicateur irremplaçable de l’efficacité des traitements et du développement de résistance du VIH aux ARV. Une seconde étude pour compléter la nôtre est nécessaire. Elle devra être multicentrique et se faire sur une population d’étude plus importante afin de définir le taux exact d’échec virologique, de déterminer les facteurs associés à l’échec virologique et les types de résistances aux ARV par génotypage. Ainsi avec l’appui du CNLS, de la DLSI et du laboratoire de référence VIH, adopter une stratégie efficace pour surveiller ces échecs de traitement aux ARV.
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE DU VIH-1
1- Historique
2- Propriétés du virus de l’immunodéficience humaine
2.1-Taxonomie
2.2- Structure, diversité et organisation génomique du VIH-1
2.2.1- Structure du VIH-1
2.2.2. Diversité et organisation génétique
2.3- Propriétés physico-chimiques
3- Cycle de multiplication
3.1- Cellules cibles
3.2- Différentes étapes du cycle de multiplication
4- Physiopathologie de l’infection par le VIH-1
5- Modes de transmission
6- Epidémiologie
6.1- Infection à VIH dans le monde
6.2- Infection à VIH au Sénégal
7- Diagnostic de l’infection
7.1- Indications du diagnostic
7.2- Etapes pré-analytiques
7.3- Techniques de diagnostic
7.3.1- Diagnostic indirect
7.3.2- Diagnostic direct
8- Traitement de l’infection VIH
8.1- Classification des antirétroviraux suivant leur domaine d’action
8.2- Traitement antirétroviral selon le protocole de prise en charge du Sénégal
8.3- Indications thérapeutiques
9- Prévention
10. Technologies point of care
10.1- Contexte d’introduction des POC dans la prise en charge des PVVIH
10.2- Place des POC dans le suivi virologique de routine du VIH au Sénégal
DEUXIEME PARTIE : NOTRE TRAVAIL
CHAPITRE II: MATERIELS ET METHODES
II.1- Matériel
II.1.1- Type d’étude et cadre d’étude
II.1.2- Echantillons biologiques
II.1.3- Prélèvement des échantillons
II.1.4- Transport et conservation des échantillons
II.1.5- Population d’étude
II.2- Méthodes
II.2.1- Appareils et systèmes automatiques utilisés
II.2.2- Etapes de la reverse transcriptase de la réaction de polymérisation en chaine quantitative en temps réel
II.2.2.1- Préparation des échantillons
II.2.2.2- Transport et conservation des prélèvements
II.2.2.3- Retro-transcription, Amplification et la Détection
II.2.2.4- Interprétation des résultats
II.2.2.5- Saisie et analyse des données
CHAPITRE III: RESULTATS ET DISCUSSIONS
III.1- Résultats
III.1.1- Résultat global de la charge virale selon les caractéristiques
III.1.1.1- Répartition de la charge virale selon l’origine
III.1.1.2- Répartition de la charge virale selon le sexe
III.1.1.3- Répartition de la charge virale selon l’âge
III.1.1.4- Répartition de la charge virale selon la ligne de traitement
III.1.1.5. Evolution de la charge virale suivant les mois de traitement
III.1.2. Evaluation du lien entre les caractéristiques des patients et l’échec virologique
III.2- Discussion
CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
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