Signes biologiques associés à la survenue d’un SDRA et/ou à la mortalité

Les coronavirus sont une vaste famille de virus pouvant provoquer chez l’homme, des maladies allant de cas asymptomatiques ou encore du simple rhume au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Un nouveau coronavirus a été identifié pour la première fois en 2019 à Wuhan, en Chine, nommé « COVID-19 » par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS). Il n’avait encore jamais été identifié chez l’homme (1), ce virus s’est très vite propagé entre les hommes et est à l’origine d’une épidémie. Le Sénégal à l’instar des autres pays est touché par cette crise sanitaire avec de nombreuses répercussions économiques et sociales. Du premier cas importé, détecté à la date du 02 mars 2020, le pays est passé à près de 18609 cas testés positifs au COVID 19 le 27 décembre 2020, et se positionne parmi actuellement les pays les plus affectés par cette pandémie en Afrique (2). Les autorités sanitaires arrivent temps bien que mal à mettre en place des stratégies de lutte efficace pour la résilience de la pandémie avec l’installation des centres de traitement épidémiologiques. La rapidité et l’étendue de la propagation virale à travers le monde a conduit à de nombreuses publications concernant les données cliniques, biologiques et radiologiques pour une meilleure prise en charge des malades.

GENERALITES SUR LE SARS-COV-2 

Définition 

La famille des coronavirus est responsable d’infections respiratoires chez les mammifères et les oiseaux. Il s’agit de virus à ARN, regroupés en quatre sous familles : Alpha coronavirus, Beta coronavirus, Gamma coronavirus et Delta coronavirus. Le SARS-COV-2 appartient à la sous famille des Beta coronavirus et il est responsable d’une maladie respiratoire parfois sévère. Après l’Asie, l’Europe, les États-Unis et l’Iran sont les régions du monde les plus touchées(3).

Historique

➤ La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) était causée par un nouveau coronavirus identifié pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Le premier cas rapporté était un patient de 55 ans tombé malade le 17 novembre 2019 en Chine.
➤ Un mois plus tard, le 15 décembre, le nombre de cas s’élevait à 27.
➤ Le 20 décembre, il était à 60, incluant plusieurs personnes travaillant au marché de Huanan qui ont été hospitalisées à l’hôpital de la région du Hubei, pour pneumopathie (4).
➤ Le 6 janvier, les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies des États-Unis (US CDC) communiquaient sur les risques d’une épidémie.
➤ Le 9 janvier 2020, l’OMS lançait une alerte internationale.
➤ Le 21 janvier, l’OMS émettait son premier rapport journalier sur l’épidémie.
➤ Le 23 janvier, l’OMS annonce que la maladie était transmissible entre humains(5).
➤ Le 30 janvier, l’OMS déclarait que l’épidémie constituait une urgence de santé publique de portée internationale (6).
➤ Le 11 février, l’OMS nommait officiellement la maladie : « maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) ». Le virus est lui nommé : « coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) »(7).

Bien que la plupart des personnes atteintes de la COVID-19 présentent des symptômes bénins, la COVID-19 peut également provoquer une maladie grave souvent mortelle. Certains groupes, y compris les personnes âgées et les personnes atteintes de certaines conditions médicales, courent un risque accru de maladie grave (8) .

Classification 

Le nom « coronavirus », du latin signifiant « virus à couronne », est dû à l’apparence des virions sous un microscope électronique, avec une frange de grandes projections bulbeuses qui évoquent une couronne solaire. Le SARS-CoV2 appartient:
● Au règne des Orthornavirae
● À l’embranchement des Pisuviricota
● À la classe des Pisoniviricetes
● À l’ordre des Nidovirales
● Sous ordre des Cornidovirinae
● À la famille des Coronaviridae
● Sous famille des Orthocoronavirinae
● Au genre des Beta coronavirus .

Structure 

Les coronavirus sont des virus à enveloppe sphérique contenant un seul brin d’ARN de sens positif (similaire à l’ARNm de l’hôte) d’environ 26 à 32 kb. Leurs caractéristiques morphologiques déterminantes sont des projections en forme de club de l’enveloppe virale ressemblant à une couronne, constituées d’une protéine hautement glycosylée, appelée protéine de pointe. Les protéines structurelles principales sont :
● Des glycoprotéines de pointe (S)
● Des glycoprotéines membranaires (M)
● Des protéines d’enveloppe (E)
● La nucléocapside (N).

Les deux premiers tiers du génome se composent de deux grands cadres de lecture ouverts qui se chevauchent, qui codent pour 16 protéines non structurales, dont l’ARN polymérase ARN-dépendante, l’ARN hélicase, la primase et d’autres, qui forment le complexe de réplicase virale, une plateforme pour propager les ARNm viraux. Ces protéines non structurales sont toutes des cibles potentielles pour des thérapies, qui fonctionneraient en théorie contre tous les coronavirus .

Caractères antigéniques 

La protéine de pointe ou protéine spike (protéine S) est le médiateur de la liaison au récepteur et de la fusion membranaire. La protéine spike contient deux sousunités, S1 et S2. La sous-unité S1 contient un domaine de liaison au récepteur (RBD), qui est responsable de la reconnaissance et de la liaison avec le récepteur de surface cellulaire. La sous-unité S2 est la “tige” de la structure, qui contient d’autres éléments de base nécessaires à la fusion membranaire. La protéine de pointe est la cible commune des anticorps neutralisants et des vaccins. Le CoV-2 du SRAS (2019 nCoV) peut infecter les cellules épithéliales respiratoires humaines par interaction avec le récepteur ACE2 humain. En effet, la protéine recombinante Spike peut se lier à la protéine recombinante ACE2.La protéine de la nucléocapside (protéine N) est la protéine la plus abondante dans les coronavirus. C’est une phosphoprotéine hautement immunogène, et elle est normalement très conservée. La protéine N du coronavirus est souvent utilisée comme marqueur dans les tests de diagnostic .

Caractères physico-chimiques

Le coronavirus SARS-CoV-2 est un virus à enveloppe très facilement détruit ou inactivé par un grand nombre de substances antiseptiques, de détergents ou autres produits :

Hypochlorite de sodium

L’hypochlorite de sodium a démontré son efficacité sur le Sars-Cov (la première version du virus, très proche). Les études portent sur un taux de concentration de 0,1% à 0,5%, Il est conseiller 0,2% pour les surfaces et 0,5% pour les toilettes. L’hypochlorite de sodium laisse une odeur, peut oxyder les métaux et peut s’avérer irritante pour les muqueuses (12).

L’eau oxygénée (peroxyde d’hydrogène)

Le peroxyde d’hydrogène est naturellement produit par notre organisme. En version « alimentaire », c’est à dire sans stabilisant, il se décompose en oxygène et en eau sans laisser de résidus toxiques. C’est le produit de désinfection parfait, efficace contre le Sars-Cov sur un grand nombre de surfaces y compris les surfaces alimentaires. C’est un produit instable qui tend à se décomposer naturellement avec le temps, amenant ainsi à une efficacité diminuée si le produit est dégradé, il doit être stocké dans un endroit frais et à l’abri de la lumière. Il est utilisé en pharmacie et dans des produits de désinfection dans des versions stabilisées (12).

L’alcool éthylique (éthanol) 

L’alcool éthylique est un excellent désinfectant. Les études montrent qu’il est efficace contre les virus de type SARS à partir de 60° à 70°. Inutile de choisir des concentrations plus élevées, en effet, pour être pleinement efficace le mélange doit contenir de l’eau, élément indispensable pour améliorer la dénaturation des protéines du virus. L’alcool éthylique peut être mélangé avec du propanolol. On peut l’acheter sous forme d’alcool ménager. Il est inflammable et doit être utilisé avec précaution en intérieur (12).

La température 

Plusieurs études montrent que le Sars-Cov, Sars-cov-2 et plusieurs autres coronavirus sont sensibles à l’augmentation de la température, sans doute en raison de l’action de cette dernière sur les protéines du virus. Il est très stable à 4°C et sa résistance sur des supports secs comme dans les sérums destinés à les conserver diminue progressivement avec la chaleur. Il est inactivé à 60° en 30 minutes (13).

L’humidité 

Plusieurs études laissent penser que le virus aurait une persistance plus faible dans les milieux humides (13).

Le pH 

Le coronavirus SAS-Cov-2 semble cependant très résistant aux milieux acides et basiques. Il résiste bien à des pH entre 2,2 et 12. Il incomplètement inactivé par un pH 13 (13).

Persistance sur les surfaces

Les études montrent une plus faible résistance de Sars-Cov-2 et/ou Sars-Cov sur deux types de supports : sur le cuivre qui a des propriétés chimiques naturellement biocides, sur les supports poreux : papier, carton, textile. Il résiste plus longtemps (jusqu’à 3 jours) sur des supports tels que le plastique, le métal, etc… (13).

Caractères culturaux

Des cellules Vero CCL-81 sont utilisées pour l’isolement et le passage initial. Sont utilisées des cellules Vero E6, Vero CCL-81, HUH 7.0, 293T, A549 et EFKB3 dans un milieu essentiel minimal Dulbecco (DMEM) complété avec du sérum bovin fœtal inactivé par la chaleur (5% ou 10%) et des antibiotiques / antimycotiques (13).

Multiplication virale

L’étape d’entrée débute par l’attachement de la particule virale à la surface de la cellule hôte. Celle-ci repose sur l’interaction entre les spicules à la surface de la particule virale (protéine S du SARS-CoV-2) et la glycoprotéine angiotensineconverting enzyme 2 (ACE2) qui agit en tant que récepteur d’entrée. Après fixation à ACE2, la spicule virale (S) est scindée en deux parties par une protéase cellulaire de l’hôte. Cet évènement moléculaire est nécessaire pour exposer une partie de la séquence polypeptidique de S appelée « peptide de fusion» qui s’insère dans la membrane cellulaire. S’ensuit une fusion entre l’enveloppe du virus et la membrane cellulaire grâce à la molécule TMPRSS2 qui est présente à la surface de la cellule permet la fusion du virus avec la membrane plasmique de la cellule hôte (2). Le virus peut également entrer par « endocytose » : la fixation de Spike à ACE2 va induire une invagination de la membrane plasmique, englobant le virus qui rentre dans un « endosome » où une protéase, activée par l’acidité de ce compartiment, permettra de déclencher la fusion entre la membrane endosomale et la membrane virale. La fusion entre les membranes cellulaires et virales libère l’ARN viral dans le cytoplasme cellulaire où se met en place la réplication du virus (14). Le SARS-CoV-2 peut donc infecter les cellules humaines exprimant ACE2 : cellules du poumon, des artères, du cœur, des reins et de l’intestin. Une fois à l’intérieur de la cellule hôte, le virus va détourner les processus cellulaires de production de protéines (traduction) au profit de la synthèse de ses propres composants. L’ARN viral est traduit par les ribosomes.

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Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
I. GENERALITES SUR LE SARS-COV-2
I.1. Définition
I.2. Historique
I.3. Classification
I.4. Structure
I.5. Caractères antigéniques
I.6. Caractères physico-chimiques
I.7. Caractères culturaux
I.8. Multiplication virale
I.9. Physiopathologie
I.9.1. Une réponse anti-virale immédiate
I.9.1.1. Mécanismes de la réponse anti-virale immédiate
I.9.2. Évasion virale et échappement au système immunitaire
I.9.3. Une réponse immunitaire amplifiée
I.9.1.2. Une réponse immunitaire amplifiée à la seconde phase de l’infection
I.9.1.3. Hypersécrétion cytokinique
I.9.1.4. Signature interféron
I.9.1.5. Lymphopénie et exhaustion lymphocytaire
I.9.1.6. Réponse humorale
I.10. Epidémiologie
I.11. Diagnostic
I.11.1. Diagnostic biologique
1.11.1.1. Echantillons
1.11.1.2. Diagnostic direct
1.11.1.3. Diagnostic indirect
I.11.2. Diagnostic paraclinique
II. CARACTERISTIQUES CLINIQUES ET BIOLOGIQUES DE LA COVID-19
II.1. Présentation clinique
II.2. Formes symptomatiques
II.3. Signes cliniques associés au SDRA
II.4. Signes biologiques
II.4.1. Formes symptomatiques
II.4.2. Signes biologiques associés à la survenue d’un SDRA et/ou à la mortalité
II.5. Diverses complications
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL EXPERIMENTAL
I. MATERIELS ET METHODES
I.1. Type et cadre d’étude
I.2. Population d’étude
I.3. Echantillonage
I.4. Paramètres étudiés
I.5. Méthodes
I.5.1. La Procalcitonine
I.5.2. CRP
I.5.3. D-Dimères
I.5.4. Activité des transaminases
I.5.5. Urée sanguine
I.5.6. La créatininémie
I.5.7. La Numération formule sanguine
I.6. Statistique
II. RESULTATS
II.1. Caractéristiques générales de la population
II.2. Répartition de la population selon le sexe
II.3. Evaluation des paramètres biologiques dans notre population d’étude
II.4. Evaluation des paramètres biologiques selon le stade clinique
II.5. Caractéristiques biologiques des malades infectés par le Sars-Cov-2 présentant une forme clinique modérée
II.5.1. Profil biochimique des malades présentant une forme modérée
II.5.2. Profil hématologique des malades présentant une forme modérée
II.6. Caractéristiques biologiques des malades infectés par le Sars-Cov-2 présentant une forme sévère
II.6.1. Profil biochimique des malades présentant une forme sévère
II.6.2. Profil hématologique des malades présentant une forme sévère
III. DISCUSSION
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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