Soutenance mémoire
La résistance aux antibiotiques est un phénomène mondial qui ne connaît ni frontières géographiques et ni barrières d’espèce. Elle touche aussi bien les pays à faible revenu et à revenu intermédiaire que les pays plus développés. Il s’agit d’un problème particulièrement complexe qui s’accroît mondialement, menace notre capacité à traiter des infections bactériennes et compromet de nombreuses avancées médicales et en santé publique. La résistance aux anti-infectieux pourrait être responsable de plus de 10 millions de décès par an et en devenir ainsi la première cause à l’horizon 2050, entraînant un coût économique de 100 milliards de dollars américains de perte [35]. L’impact important de l’antibiorésistance en matière de morbi-mortalité au niveau européen a été confirmé en 2018 par une modélisation mathématique publiée par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et l’Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE) [15]. La résistance aux antimicrobiens (et en particulier aux antibiotiques) progresse et il n’y a guère de perspectives de mise au point de nouvelles classes d’antibiotiques à court terme. Ainsi que pour une bonne élaboration et un choix d’une antibiothérapie efficace, il faut connaitre le profil de sensibilité des germes responsables d’infection. C’est tout l’intérêt porté à la RAM, s’y ajoutant une fréquence croissante des infections nosocomiales ces dernières années, dont la prévalence atteint les 17% selon des auteurs [10]. L’antibiorésistance menace le cœur même de la médecine moderne et la viabilité à long terme d’une riposte efficace de la santé publique mondiale. Face à la menace constante des maladies infectieuses, des médicaments antimicrobiens efficaces, sont indispensables pour les mesures curatives comme pour les mesures préventives [64]. Cette menace est préoccupante en Afrique, une étude multicentrique regroupant 11 pays dont le Sénégal a révélé 56% de Salmonella typhi multirésistants [67]. Au Sénégal, des souches de Klebsiella pneumoniae isolées chez les patients hospitalisés dans les unités de soins intensifs ont été productrices de bêta-lactamase à 31,7% [12]. L’examen d’hémoculture est fortement indiqué dans les infections généralisées, les infections des organes profonds, en général dans les pathologies infectieuses et la recherche de porte d’entrée. L’hémoculture est une technique de laboratoire dont le but est de mettre en évidence la présence ou l’absence de microorganismes (bactéries et levures) pathogènes dans le sang et d’étudier leur sensibilité aux différents antibiotiques. L’hémoculture n’est pas systématiquement effectuée dans nos pays à ressources limitées en cas d’indication, où les prescripteurs ont souvent recours aux traitements probabilistes. La connaissance des principales espèces bactériennes responsables de bactériémies et le profil de sensibilité aux antibiotiques permettent une antibiothérapie probabiliste des infections [86]. C’est dans ce contexte, que nous avons mené cette étude dont l’objectif général est de déterminer le profil de résistance phénotypique aux antibiotiques des souches isolées dans les hémocultures. Spécifiquement, il s’agira de déterminer :
– La fréquence des hémocultures positives
– Les germes isolés dans les prélèvements d’hémoculture
– Le profil de résistance de ces germes isolés
– Contribuer à la documentation de la résistance aux antibiotiques dans la région de Thiès .
L’hémoculture
Définition
L’hémoculture est une technique de laboratoire dont le but est de mettre en évidence la présence ou l’absence de microorganismes (bactéries et levures) dans le sang et d’étudier leur sensibilité aux différents antibiotiques [32]. Dans certains cas, elle peut permettre de contrôler l’efficacité du traitement en cours [39].
Intérêt
La technique d’hémoculture est décrite pour la première fois par Jacques Doleris. Rosembach, en 1884, est l’un des premiers à avoir obtenu une hémoculture positive au cours de l’évolution de la maladie. L’hémoculture a un double intérêt diagnostique et thérapeutique [49]. La diversité des états infectieux, explique sa prescription presque systématique en milieu hospitalier [80]. L’hémoculture représente le moyen le plus sûr d’identifier le germe responsable d’une septicémie, mais elle exige un délai souvent incompatible avec l’urgence de la situation. Les bactéries responsables de septicémie ou de bactériémie sont très variées. L’hémoculture, qui est un examen capital en pathologie infectieuse, n’est pas toujours pratiquée dans les normes recommandées, particulièrement dans certains hôpitaux en Afrique subsaharienne. Devant cette situation, le clinicien est souvent contraint d’effectuer un traitement probabiliste, en fonction de l’examen clinique du patient, et de l’épidémiologie locale des pathologies infectieuses [53, 69].
Indications
Cet examen est indiqué devant tout syndrome infectieux associé à un contexte évocateur (infection récente ou en cours, chirurgie récente, présence d’une valve cardiaque prothétique, prothèse orthopédique, personne immunodéprimée), faisant suspecter un sepsis :
– Fièvre > ou = 38,5 °C ;
– Hypothermie < 36,5 °C ;
– Accélération du rythme cardiaque, augmentation du temps de recoloration cutané, détresse respiratoire, baisse du débit urinaire, défaillance d’organes.
– Fièvre prolongée ou inexpliquée ;
– Suspicion d’endocardite infectieuse ;
– Personne porteuse d’un cathéter périphérique ou central, chambre implantable, sonde ou prothèse orthopédique, qui présente une fièvre supérieure à 38,5 °C ou inférieure à 36,5 °C ; complication d’un foyer suppuré tel qu’une infection dentaire, un furoncle ou un abcès.
Le terme septicémie est de plus en plus abandonné au profit de sepsis et de syndrome de réponse inflammatoire systémique. Le syndrome de réponse inflammatoire systémique (SIRS) est caractérisé par la présence d’au moins deux des symptômes cités ci-dessus. On parle alors de sepsis si ces symptômes sont associés en même temps d’un foyer infectieux [47,74].
Technique
Paramètres
Afin de diminuer le risque de faux positifs et d’identifier avec certitude la où les bactérie(s) incriminée(s), certains paramètres techniques sont à prendre en compte [2].
Paramètres pré-analytiques
Ils sont essentiels pour obtenir des résultats de qualité [39].
Moment du prélèvement
Le moment du prélèvement est capital. Pour une bactériémie discontinue, la recommandation internationale est en faveur du moment des frissons ou d’un clocher thermique pouvant correspondre à une décharge bactérienne. Au cours des états fébriles prolongés et inexpliqués, le moment du prélèvement importe peu. Le prélèvement doit être effectué avant toute antibiothérapie dans la mesure du possible. Dans le cas contraire, une fenêtre thérapeutique de cinq jours est opérée pour effectuer les prélèvements. Ces prélèvements sont effectués de préférence à un intervalle d’environ une heure pour 2 à 3 hémocultures [44].
Volume sanguin
Le nombre de bactéries par ml de sang étant en général faible, il importe de prélever une quantité suffisante de sang. Pour l’adulte, 10 ml par ponction veineuse périphérique. La veine du pli du coude est la plus indiquée. Chez l’enfant ou le nouveau-né, le volume de sang à prélever doit être déterminé par le médecin traitant. Pour le nouveau-né, il est souvent difficile d’obtenir plus d’1 à 2 ml de sang. Chez l’enfant 2 à 5 ml de sang peuvent suffire [44, 92].
Technique de prélèvement
Désinfection cutanée
Le prélèvement doit être effectué dans des conditions d’asepsie rigoureuse. Si les recommandations de l’O.M. S sont précises en matière de ponction veineuse, un accent particulier est mis sur l’antisepsie pour l’hémoculture. L’antiseptique de choix est la teinture d’iode qui est bactéricide. Pour des sujets présentant une allergie connue à l’iode, l’utilisation du Chlorhexidine alcoolique est recommandée. Le choix peut être aussi porté sur la Bétadine dermique® ou à défaut de l’alcool iodé. La désinfection cutanée constitue une étape primordiale pour diminuer les contaminations. En effet, certains auteurs décrivent que plus de 15% des hémocultures positives sont contaminées lors du prélèvement par la flore cutanée et environnementale [24, 44].
Mode de prélèvement
Les modes de prélèvement sont variables. Le système est constitué d’une tubulure munie à chaque extrémité d’une aiguille permettant l’une à la ponction veineuse et l’autre à l’inoculation des flacons. D’autres utilisateurs emploient simplement une seringue stérile montée avec laquelle ils ensemencent les flacons au lit du malade [44].
Paramètres analytiques
Différents facteurs influent sur la positivité d’une hémoculture [44].
Faible densité bactérienne
Les bactéries sont le plus souvent en simple transit passif dans le sang. Le nombre de bactéries mis en culture, est alors faible et souvent de l’ordre de 1 bactérie/ml. Il est donc nécessaire d’ensemencer plusieurs ml de sang dans divers flacons et à plusieurs reprises pour majorer les chances de positivité d’une hémoculture. Les répétitions des cultures permettent de :
– diminuer les chances de manquer une bactériémie transitoire.
– Confirmer le rôle pathogène d’isolements « saprophytes » tel que Staphylococcus epidermidis, si l’on les retrouve dans plusieurs prélèvements veineux.
Une augmentation de volume entraîne une augmentation de la sensibilité [90].
Vitalité bactérienne
L’activation des différents mécanismes de défense de l’organisme, suite à une bactériémie, affecte la vitalité des corps bactériens captés lors du prélèvement. Plusieurs éventualités se présentent :
– les corps bactériens sont intacts : ils sont soit libres dans le plasma en phase de multiplication ou bien ils correspondent à des bactéries au repos,
– les corps bactériens lésés ou masqués du fait du système immunitaire ou l’effet des antibiotiques,
– les corps bactériens sous forme « L » : correspondent à des bactéries déficientes nutritionnelles.
La faible densité bactérienne, l’état lésé des corps bactériens et la phagocytose, expliquent le retard dans la mise en évidence de la positivité d’une hémoculture par rapport à la rapidité d’obtention des cultures de repiquage au laboratoire [90].
Milieux de culture
De très nombreux milieux présentés en flacon sous pression réduite, permettant l’ensemencement direct à travers un opercule de caoutchouc, sont proposés par les fabricants. Pour favoriser la multiplication des corps bactériens en faible densité, captés lors du prélèvement, il est nécessaire de procéder à une primoculture [90].
Choix du bouillon
Le bouillon pour hémoculture doit favoriser la croissance des bactéries cliniquement importantes. Plusieurs bouillons sont utilisés :
– bouillon cœur- cervelle ;
– bouillon trypticase –soja ;
– milieu au thioglycolate pour les anaérobies.
Un accent est mis sur la quantité de bouillon à ensemencer. Dans l’idéal, l’OMS recommande de mélanger le sang avec dix fois son volume de bouillon soit pour 5 ml de sang un équivalent de 50 ml de bouillon [44, 90].
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE
I. L’hémoculture
I.1. Définition
I.2. Intérêt
I.3. Indications
I.4. Technique
I.4.1. Paramètres
I.4.1.1. Paramètres pré-analytiques
I.4.1.2. Paramètres analytiques
I.4.2. Etude bactériologique
I.5. Principaux germes isolés dans les hémocultures
I.5.1. Cocci à Gram+
I.5.1.1. Les streptocoques
I.5.1.2. Les entérocoques
I.5.1.3. Genre Staphylococcus
I.5.2. Cocci à Gram-
I.5.2.1. Neisseria meningitidis
I.5.3. Bacilles à Gram Négatif
I.5.3.1. Enterobacteriaceae
I.5.3.2. Autres Bacilles à Gram-
I.5.4. Généralité sur les Bacilles à Gram positif
II. La résistance antimicrobienne/ La résistance antibacterienne
II.1. Définition
II.2. Intérêt
II.3. Epidémiologie / ampleur du problème
II.4. Techniques d’antibiogramme
II.4.1. Technique de diffusion
II.4.2. Autres techniques
II.5. Notion de résistance antimicrobienne
II.5.1. Définition
II.5.2. Types de résistances
II.5.2.1. Résistances naturelles : transmission verticale
II.5.2.2. Résistances acquises : transmission horizontale
II.5.3. Mécanismes de résistance
II.5.3.1. Modification de la cible
II.5.3.2. Défaut de perméabilité
II.5.3.3. Action d’enzymes
DEUXIEME PARTIE
I. Matériel et méthode
I.1. Type d’étude, Cadre et période d’étude
I.2. Echantillonnage
I.3. Collecte de données
I.4. Variables collectées
I.5. Outils d’exploitation
I.6. Equipement du laboratoire pour l’hémoculture
I.7. Techniques
II. Résultats
II.1. Caractères socio-épidémiologiques des hémocultures positives
II.2. Germes isolés
II.3. Résistance et sensibilité aux antibiotiques
III. Discussion
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
