Recherche de biomarqueurs protéiques dans le but de réaliser une classification moléculaire des gliomes

Les gliomes

Epidémiologie des gliomes

Il existe plus de 100 types distincts de tumeurs cérébrales primitives du système nerveux central (Ostrom et al., 2015). Dans le cadre de la base de données du CBTRUS, la classification des tumeurs est la classification OMS 2007 bien que certains sous-types tumoraux soient toujours décrits selon la classification OMS 2000. Lors de la dernière mise à jour du rapport CBTRUS publié en 2015 sur les données 2008-2012 (Ostrom et al., 2015), les tumeurs cérébrales primitives, bénignes et malignes confondues, avaient une incidence de 28.6 par 100 000 habitants par an. Les gliomes ou tumeurs gliales, issues du tissu de soutien ou glie, représentent les tumeurs cérébrales primitives les plus fréquentes. On dénombre 2500 à 3000 nouveaux cas recensés par an en France (Viegas et al., 2011 ; Bauchet al., 2007). L’incidence annuelle est estimée à 6.6 pour 100 000 aux Etats Unis (Ostrom et al., 2015).

Les gliomes incluent les astrocytomes, les glioblastomes, les oligodendrogliomes, les épendymomes, les gliomes mixtes, les gliomes malins, les gliomes non spécifiques et quelques rares autres histologies dans la base de données du CBTRUS (Ostrom et al., 2015). Les gliomes représentaient 27% de toutes les tumeurs confondues et 80% des tumeurs malignes. Les glioblastomes représentaient 55% des gliomes, et sont ainsi la tumeur cérébrale maligne primitive la plus fréquente .

Les facteurs étiologiques sont encore mal connus. Le principal facteur de risque de tumeurs cérébrales primitives est représenté par les radiations ionisantes à haute énergie (rayons X à fortes doses). Quelques facteurs génétiques ont été identifiés, notamment des syndromes génétiques tels que neurofibromatoses de type I (maladie de Recklinghausen) et de type II ou le syndrome de Li-Fraumeni ou le syndrome de Turcot. Cinq pour-cent des gliomes ont également une histoire familiale en dehors de tout syndrome identifié (Hemminki et al., 2009).

Diagnostic des gliomes

Les gliomes peuvent parfois évoluer rapidement en quelques semaines ou mois rendant ainsi leur dépistage difficile dans la population à grande échelle. Le dépistage systématique est donc limité à quelques populations particulières très à risque, telles que patients avec neurofibromatose de type I, syndrome de Turcot ou syndrome de Li Fraumeni. Il n’existe pas actuellement de recommandation spécifique pour la prise en charge des cas familiaux de gliomes. Les gliomes sont généralement révélés par un symptôme clinique. La rapidité d’évolution des symptômes reflète la vitesse de croissance tumorale. Les symptômes et signes cliniques apparaissent généralement en quelques semaines à mois pour les tumeurs d’évolution rapide, alors qu’ils sont d’évolution lente et diagnostiqués seulement plusieurs années après l’apparition de la tumeur cérébrale en cas d’évolution lente de la tumeur. Les signes cliniques incluent des crises d’épilepsie, des déficits focaux dont des troubles cognitifs. L’imagerie par résonance magnétique (IRM) cérébrale, avec des séquences T1 avant et après injection et des séquences fluid-attenuated inversion recovery (FLAIR), est très sensible pour le diagnostic de gliome (Ellingson et al., 2015). Elle permet de détecter même de petites tumeurs. L’IRM représente l’examen de référence pour le diagnostic des gliomes. Le suivi des gliomes et l’effet des traitements sur la tumeur doit être, en l’absence de contre-indication, réalisé par IRM, de préférence sur le même appareil ou sur un appareil de même champ magnétique. Le scanner cérébral est rarement réalisé à la recherche de calcifications et l’angiographie uniquement à la demande du chirurgien en vue de préparer le geste opératoire. De même, la tomographie par émission de positons (TEP) peut être réalisée avant la chirurgie afin de définir les zones à biopsier de préférence par exemple (Albert et al., 2016). Aucun marqueur sanguin n’a été identifié jusqu’à présent pour permettre une détection précoce de la maladie. Les analyses du liquide céphalo-rachidien (LCR) n’ont pas de rôle dans le diagnostic de gliomes et peuvent au contraire être contreindiquées chez ces patients si un effet de masse est présent. Enfin, les électroencéphalogrammes n’ont pas de rôle diagnostic mais peuvent aider au diagnostic d’épilepsie, qui peut être un symptôme de la tumeur cérébrale .

Classifications OMS 2007 et OMS 2016 des gliomes

Ce projet de thèse a débuté sur la base de la classification des gliomes OMS 2007 alors utilisée. Cette classification était basée sur les aspects histologiques des gliomes, le type de gliome étant défini par le phénotype cellulaire le plus représenté (astrocytome, oligodendrogliome, oligo-astroctyome, glioblastome), et le grade d’anaplasie étant défini par les aspects de différenciation cellulaire, de densité cellulaire, de nécrose, de prolifération vasculaire, d’atypies nucléaires, d’activité mitotique et d’images apoptotiques. On distinguait alors notamment en autre groupe au sein du groupe des gliomes, les astrocytomes pilocytiques (grade I), les astrocytomes diffus (grade II), les astrocytomes anaplasiques (grade III), les oligodendrogliomes (grade II), les oligodendrogliomes anaplasiques (grade III), les oligo-astrocytomes (grade II), les oligo-astrocytomes anaplasiques (grade III) et les glioblastomes (grade IV). Des discordances majeures intra et interobservateurs sur la reproductibilité d’un diagnostic pour un même sous-type tumoral ont cependant été mises en évidence, notamment pour les gliomes diffus infiltrants (van den Bent, 2010). Par ailleurs, pour un même type et un même grade tumoral, des variations étaient également observées en termes de pronostic (van den Bent, 2010). De nouvelles approches étaient donc nécessaires afin de réduire ce manque de reproductibilité et d’améliorer l’identification de facteurs pronostiques et de facteurs prédictifs de réponse aux traitements. Des changements majeurs ont été proposés afin d’améliorer la classification des tumeurs en sous types distincts de gliomes. Une nouvelle classification intégrant des marqueurs moléculaires aux données histologiques a finalement été établie en 2016 (Louis et al., 2016). Les biomarqueurs requis par la classification OMS 2016 sont les suivants : mutations IDH1/2, codélétion 1p/19q, les mutations des histones H3F3A ou HIST1H3B/CK27M (H3 K27M) et les fusions RELA C11 ou f95. D’autres biomarqueurs peuvent également avoir un intérêt, notamment la perte d’expression de l’alphathalassemia/mental retardation X-linked (ATRX), les mutations du promoteur de TERT, les fusions KIAA1549-BRAF, les mutations BRAF-V600E, les mutations H3FA3-G34 et d’autres altérations associées aux gliomes (Reifenberg et al., 2016). Dans cette classification, les gliomes correspondent aux tumeurs astrocytaires et oligodendrogliales diffuses, ainsi qu’aux autres tumeurs astrocytaires (astrocytome pilocytique, astrocytome subépendymal à cellules géantes, xanthoastrocytome pléomorphe, épendymome, épendymome RELA fusion positive, épendymome anaplasique) et autres gliomes (gliome angiocentrique, gliome chordoïde du 3è ventricule). Les tumeurs diffuses astrocytaires et oligodendrogliales sont maintenant classées en : astrocytome diffus IDH-mutant, IDH-wildtype, not otherwise specifified (NOS) ; astrocytome anaplasique IDH-mutant, IDH-wildtype, NOS ; glioblastome IDHmutant, IDH-wildtype, NOS ; gliome diffus de la ligne médiane ; oligodendrogliome IDH-mutant et codélétés 1p/19q, oligodendrogliome NOS ; oligodendrogliome anaplasique IDH-mutant et codélétés 1p/19q et oligodendrogliome anaplasique NOS ; oligoastrocytome NOS et oligoastrocytome anaplasique NOS. Les anomalies génétiques, épigénétiques et chromosomiques les plus fréquentes dans les astrocytomes et les oligodendrogliomes diffus de l’adulte sont présentées dans le tableau ci-dessous (Tableau 3). Dans la nouvelle classification OMS 2016, les gliomes oligo astrocytaires n’ont pas de profil distinct et ce diagnostic doit être limité aux rares cas pour lesquels le profil moléculaire ne permet pas de conclure ou n’a pas pu être effectué correctement. De même, les gliomatoses cérébrales n’ont pas de profil génétique ou épigénétique précis et ne sont plus considérées comme des entités de gliomes spécifiques (Sahm et al., 2014 ; Herllinger et al., 2014 ; Louis et al., 2016) .

Le rapport de stage ou le pfe est un document d’analyse, de synthèse et d’évaluation de votre apprentissage, c’est pour cela rapport-gratuit.com propose le téléchargement des modèles complet de projet de fin d’étude, rapport de stage, mémoire, pfe, thèse, pour connaître la méthodologie à avoir et savoir comment construire les parties d’un projet de fin d’étude.

Table des matières

INTRODUCTION
Généralités
I. Les gliomes
1. Epidémiologie des gliomes
2. Diagnostic des gliomes
3. Pronostic des gliomes
4. Classifications OMS 2007 et OMS 2016 des gliomes
5. Principaux types de gliomes de la classification OMS 2016 étudiés au laboratoire
5.1 Gliomes astrocytaires avec mutation IDH
5.2 Gliomes oligodendriaux avec mutation IDH et co-délétion 1p/19q
5.3 Glioblastomes IDH non mutés
5.4 Glioblastomes IDH mutés
6. Classifications des glioblastomes
7. Prise en charge des gliomes
7.1 Chirurgie
7.2 Radiothérapie
7.3 Pharmacothérapie
7.4 Traitements symptomatiques
8. Suivi des gliomes
9. Recommandations spécifiques pour les principales entités tumorales étudiées au sein du laboratoire
9.1 Astrocytome diffus, OMS grade II
9.2 Astrocytome anaplasique, OMS grade III
9.3 Oligodendrogliomes, IDH-mutés avec codélétion 1p/19q, OMS grade II
9.4 Oligodendrogliomes anaplasiques, IDH-mutés avec codélétion 1p/19q, OMS grade III
9.5 Glioblastomes, OMS grade IV
II. Intérêt de la spectrométrie de masse dans l’analyse des tumeurs
1. Généralités
2. Courte description des principales approches de séparation des protéines
2.1 Techniques de gels 2D (2D-PAGE)
2.2 Analyse shotgun ou analyse LC-MS/MS (Liquid Chromatography-Mass Spectrometry/Mass Spectrometry)
2.3 Imagerie par spectrométrie de masse MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation) MSI (Mass Spectrometry Imaging) et microprotéomique
3. Protéomique des gliomes
3.1 Lignées cellulaires et modèles animaux
3.2 Fluides
3.3 Echantillons tumoraux
Classification protéomique des gliomes par analyse en spectrométrie de masse MALDI couplée à la microprotéomique : Etude GLIOMIC – Recherche de Biomarqueurs Protéiques dans le But de Réaliser une Classification Moléculaire des Gliomes
I. Présentation de l’étude GLIOMIC
1. Logistique de l’étude
2. Objectifs de l’étude
3. Critères d’évaluation de l’étude
4. Critères d’inclusion
5. Nombre de participants et analyse statistique
6. Description du déroulement général de l’étude
7. Données recueillies dans le cadre du protocole GLIOMIC
8. Lettre d’information et consentements pour les patients
II. Résultats de l’analyse préliminaire sur les gliomes anaplasiques
1. Description des résultats
2. Article « Evaluation of non-supervised MALDI mass spectrometry imaging combined with microproteomics for glioma grade III classification »
3. Conclusion
III.Résultats de l’analyse des glioblastomes
1. Données cliniques, histologiques et de biologie moléculaire
1.1 Flow chart
1.2 Analyses histologiques morphologiques et immunohistochimiques, et de biologie moléculaire
1.3 Résultats
2. Données de l’analyse en spectrométrie de masse
2.1 Analyse des lipides
2.2 Analyse des protéines
3. Conclusion
Discussion et perspectives
CONCLUSION
Références

Rapport PFE, mémoire et thèse PDFTélécharger le rapport complet

Télécharger aussi :

Laisser un commentaire

Votre adresse e-mail ne sera pas publiée.