Soutenance mémoire
ETUDE DES POPULATIONS LOCALES
Une variété locale est une variété locale d’espèces végétales ou animales domestique qui s’est développé en grande partie par des processus naturels, Par l’adaptation à l’environnement naturel et culturel dans lequel elle vit. Il diffère d’une race officielle qui a été élevé sélectivement délibérément de se conformer à une norme particulière formelle : pure breed (Harlan, 1975).
Les variétés locales sont généralement plus génétiquement et physiquement diversifiées que les races officielles (Harlan, J. R., 1975).
Le terme variété locale est utilisé aussi en botanique (et par extension dans l’agriculture, l’horticulture, l’anthropologie, etc) a été fournie en 1975 par Harlan : « Les populations locales sont souvent très variables en apparence, mais elles sont chacune identifiable morphologiquement et avoir une certaine intégrité génétique. Les agriculteurs leur donnent généralement des noms locaux. Une forme locale possède des propriétés ou des caractéristiques particulières. Certains sont considérés comme précoces et d’autres plus tard. Chacune de ces variétés locales a une valeur d’adaptation à certains types de sol et en fonction de la classification des sols paysannes traditionnelles, par exemple, lourd ou léger, chaud ou froid, sec ou humide, fort ou faible et aussi classées en fonction de l’utilisation. Tous les composants de la population locale sont adaptés aux conditions climatiques locales, les pratiques culturelles et les maladies et les ravageurs. » (Harlan, 1975). Le terme a été plus récemment et brièvement caractérisé par Zeven en 1998.
«Une race locale autochtone est une variété avec une grande capacité à tolérer le stress biotique et abiotique, résultant en une stabilité à haut rendement et un niveau de rendement intermédiaire dans un système agricole à faible entrée » (Zeven, 1998).
La grande stabilité de rendement et le niveau de rendement modéré sont les principales caractéristiques d’une race locale comme déjà mentionné par Mansholt (1909) et Schindler (1918). Ce dernier a ajouté qu’une variété locale ne devrait pas être comparée à un cultivar, parce que les deux sont des entités différentes.
TECHNIQUES D’ANALYSES MOLÉCULAIRES
En biologie végétale, le terme marqueur s’applique à plusieurs concepts, parfois très différents. Un marqueur morphologique par exemple est un caractère physique (couleur, forme, longueur…), généralement dominant, souvent influencé par le milieu, et pouvant interférer avec d’autres caractères (Plomion, 2003). Par contre, un marqueur génétique, moléculaire ou biochimique est toujours synonyme de locus marqueur; le locus marqueur est un locus (séquence d’acide nucléique, ou expression de cette séquence) polymorphe qui renseigne sur le génotype de l’individu qui le porte et/ou sur les génotypes voisins (De Vienne et al., 1998; Santoni et al. 2000).
– DEFINITION D’UN MARQUEUR MOLECULAIRE
Par définition, un marqueur génétique est un caractère mesurable à hérédité mendélienne (Swynghedauw 2000). On distingue les marqueurs biochimiques, issus de l’expression des gènes (y compris les produits de métabolisme secondaire : isozymes, protéines, terpènes…), et les marqueurs moléculaires, qui désignent directement des séquences d’acide nucléique. Les marqueurs moléculaires représentent la dernière génération de marqueurs utilisés dans les études de diversité génétique. Ils reposent sur la mise en évidence du polymorphisme de la taille de fragments d’ADN. Les qualités attendues pour un marqueur moléculaire sont principalement un niveau de polymorphisme adéquat et une abondance élevée (Hartl 1988, Vekemans et Jacquemart 1997).
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Table des matières
INTRODUCTION GENERALE
REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
I. LES LEGUMINEUSES
1. PRESENTATION GENERALE DES LEGUMINEUSES
2. CLASSIFICATION
3. IMPORTANCE DES LEGUMINEUSES
4. PRINCIPALES CARACTÉRISTIQUES DES LÉGUMINEUSES
II. LA FÉVE : Vicia faba L
1. POSITION SYSTEMATIQUE
2. ORIGINE GEOGRAPHIQUE
3. DESCRIPTION DE LA PLANTE
4. INTÉRÊTS DE LA FÉVE (Vicia faba L)
4.1 Intérêt alimentaire
4.2 Intérêt agronomique
4.3 Intérêt éco-toxicologique
5. IMPORTANCE DE LA FÈVE
6. CONTRAINTES DE LA CULTURE DE FEVE
6.1 Contraintes abiotiques
6.2 Les contraintes biotiques
III. ETUDE DES POPULATIONS LOCALES
VI.TECHNIQUES D’ANALYSE MOLÉCULAIR
1. DEFINITION D’UN MARQUEUR MOLECULAIRE
2. PRINCIPAUX TYPES DE MARQUEURS MOLÉCULAIRES
2.1. RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism
2.2 Les microsatellites: (Simple Sequence Repeat, SSR)
2.3 RAPD: Random-Amplified Polymorphic DNA
2.4 AFLP: Amplification Fragment Length Polymorphism
2.5 Techniques de la réaction de polymérisation en chaine (PCR)
MATERIEL ET METHODES
I. MATÉRIEL VÉGÉTAL
1. ECHANTILLONNAGE
2. MISE EN PLACE DU SEMIS
II. ANALYSE MOLECULAIRE
1. EXTRACTION DE L’ADN À PARTIR DES FEUILLES
2. TEST DE QUALITE DE L’ADN
2.1 Test de qualité de l’ADN & électrophorèse sur gel d’agarose
AMPLIFICATION DE L’ADN EXTRAIT PAR PCR
1. ELECTROPHORESE SUR GEL D’ACRYLAMIDE NATIF A 8%
1.1 Utilisation
1.2 Composition
1.3 Préparation
1.4 Traitement des plaques et écoulement du gel
1.5 Montage de la cuve
1.6 Migration
1.7 Révélation
2. REVELATION DES PROFILS ELECTROPHORETIQUES
3. ANALYSE STATISTIQUE DES DONNEES
3.1. Calcul des fréquences allèliques
3.2. Calcul du Polymorphic information content (PIC)
3.3. Calcul de l’indice de la diversité génétique (H)
3.4. Calcul des distances génétiques
3.5 Dendrogramme phylogénétique
RESULTATS ET DISCUSSION
I. TEST DE QUALITE DE L’ADN EXTRAIT
II. AMPLIFICATION DE L’ADN PAR SSR
1. AMPLIFICATION PAR L’AMORCE VFG 01
2. AMPLIFICATION PAR L’AMORCE VFG 19
3. AMPLIFICATION PAR L’AMORCE VFG 28
4. AMPLIFICATION PAR L’AMORCE VFG 55
5. AMPLIFICATION PAR L’AMORCE VFG 89
6. AMPLIFICATION PAR L’AMORCE GB-SSR VF 52
7. AMPLIFICATION PAR L’AMORCE GB-SSR VF 115
III. ANALYSE DES DONNEES
1. FRÉQUENCES ALLÈLIQUES
2. POLYMORPHIC INFORMATION CONTENT (PIC)
3. DIVERSITE GENETIQUE (H)
4. DISTANCES GENETIQUES ET ARBRE PHYLOGENETIQUE
5. DENDROGRAMME PHYLOGENIQUE UPGMA
CONCLUSION GENERALE
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