Portage d’escherichia coli par les carcasses bovines preparees aux abattoirs

La viande joue un rôle essentiel dans l’alimentation de l’homme ; source de protéines incontournable, sa production et sa consommation ne cessent de s’accroître dans de nombreux pays. Cette viande qui joue un rôle primordial dans la sécurité alimentaire des ménages et l’économie nationale, peut présenter des risques pour le consommateur lorsqu’elle contient des microorganismes potentiellement pathogènes pour l’homme. Parmi les microorganismes fréquemment isolés des viandes surtout celles bovines, E. coli occupe une bonne place.

En effet, E. coli est l’un des hôtes communs de la microflore intestinale de l’homme et des animaux à sang chaud. Si la majorité des souches d’E. coli sont commensales, certaines ont toutefois été associées à des pathologies chez l’homme. C’est le cas des Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) qui ont souvent été incriminées lors d’épidémies de diarrhée, de colites hémorragiques et de Syndromes Hémolytiques et Urémiques (SHU) (CAPRIOLI et al., 2005 ; UNC et al., 2003). Les bovins représentent les principaux réservoirs de ces souches. De plus, certaines souches d’E. coli isolées du réservoir animal ou des aliments d’origine animale, présentent une résistance aux antimicrobiens.

Conscient, de ce problème de santé publique que constitue l’hygiène des viandes et produits carnés, ainsi que de la prépondérance du rôle des abattoirs dans la maîtrise de la sécurité sanitaire des viandes, nous avons choisi de consacrer ce travail à l’une des bactéries les plus incriminées lors des épidémies d’origine alimentaire et dont il n’existe pas suffisamment de données sur le continent et au Sénégal en particulier. Cette étude qui porte sur le « Portage d’Escherichia coli par les carcasses bovines préparées aux abattoirs de Dakar et l’évaluation du profil de l’antibiorésistance associée », rentre dans la logique du nouveau champ de recherche Une Seule Santé ou « One Heath ».

Effectifs et les systèmes d’élevage au Sénégal

Au Sénégal, plusieurs animaux de production, d’espèces bovine, porcine, ovine, caprine, chevaline ainsi que la volaille, les lagomorphes sans oublier le gibier sauvage et d’élevage produisent de la viande destinée à l’alimentation humaine.

Effectifs du cheptel national 

Effectifs de ruminants domestiques 

Selon le dernier rapport de la DSV, les effectifs des ruminants domestiques ont été évalués à 3 627 858 têtes pour les bovins, 7 132 356 pour les ovins et 6 055 851 pour les caprins (SENEGAL/MEPA/DSV, 2020). Avec ces effectifs, les ruminants constituent la base de l’élevage sénégalais. Leur exploitation reste néanmoins fortement dominée par un mode extensif avec un niveau de productivité ; poids à l’abattage et rendement en viande relativement faibles avec parfois même des défauts d’hygiène au cours de l’abattage-distribution de la viande.

Porcins

Selon les statistiques du ministère de l’élevage et productions animales, en 2019 ; les effectifs de porcs tournaient autour de 451 383 têtes réparties essentiellement entre les régions de Ziguinchor, Fatick, Kaolack et Thiès (SENEGAL/MEPA/DSV, 2020). Dans ces régions ; l’espèce porcine fait l’objet d’une exploitation traditionnelle familiale selon un mode extensif basé sur la divagation et la valorisation des déchets ménagers .

Volailles

L’aviculture traditionnelle représente environ 64% des effectifs de volailles du pays, avec plus de 28 373 784 têtes (SENEGAL/MEPA/DSV, 2020). Elle se caractérise par un mode d’exploitation basé sur la divagation, sans amélioration notable des conditions d’hygiène, d’alimentation et d’habitat. Il en résulte, une forte sensibilité à la maladie de Newcastle qui occasionne chaque année des taux de mortalité pouvant atteindre 80% des effectifs.

L’aviculture industrielle avec 53 042 766 têtes (SENEGAL/MEPA/DSV, 2020) a connu un développement spectaculaire depuis l’application des mesures de restriction par l’arrêté n°007717 du 24 novembre 2005 portant interdiction d’importer des produits de l’aviculture et des matériels avicoles usagés.

Equidés

Avec des effectifs respectifs de 534 124 et 467 912 têtes (SENEGAL/MEPA/DSV, 2020). Les chevaux et les ânes participent également mais dans une moindre mesure à la production de la viande. En effet, les équidés sont plutôt présents dans plusieurs secteurs d’activités, en particulier la traction hippomobile aussi bien en milieu rural qu’en milieu urbain. Leur rôle dans l’amélioration des productions agricoles et l’approvisionnement en eau des populations rurales est particulièrement important. Ces effectifs sont concentrés essentiellement au nord et au centre-ouest du pays, en raison de la sensibilité de ces animaux à la trypanosomose (maladie du sommeil). Si toutes ces espèces productrices de viande destinée à la consommation humaine, au Sénégal, la viande bovine reste la plus accessible et la plus consommée aussi bien en zones rurales que dans les grandes agglomérations. La production nationale de viande rouge est principalement assurée par les bovins (49 % en moyenne) et les petits ruminants (27 % en moyenne). Ces bovins, ovins et caprins sont élevés dans divers systèmes de production.

Systèmes d’élevage bovin au Sénégal 

Selon la situation agro-écologique du pays, on peut distinguer trois systèmes : un système pastoral, un système agropastoral et un système périurbain autour des grandes villes comme Dakar, Thiès et Saint-Louis principalement .

Système pastoral

L’élevage pastoral ou système extensif est localisé au nord où l’activité agricole est peu développée, voire inexistante du fait de la faible pluviométrie (<400 mm). Ce système se caractérise par la grande mobilité des éleveurs et de leurs troupeaux. Cet élevage concerne 32% des bovins et 35% des petits ruminants (ovins et caprins) (SENEGAL/MEPA/DSV, 2020). Il s’agit d’un élevage extensif qui utilise des parcours très vastes et dans lequel plus de 50 % du revenu brut provient de l’élevage. L’alimentation du cheptel est fournie pour l’essentiel par le pâturage naturel. Ce dernier dépend des précipitations tant sur le plan qualitatif que quantitatif. Aussi, la baisse des précipitations influe négativement sur la valeur nutritive des espèces herbacées. La strate ligneuse contribue également à l’alimentation des animaux en période de soudure en saison sèche (SENEGAL/CSE, 2007). Présent dans deux zones au Nord et au Centre-Nord du pays. Ces régions sont communément appelées « le Ferlo et la Vallée du Fleuve ». La zone écologique du Ferlo, ou zone sylvo-pastorale, est une vaste aire de plateaux située dans la moitié nord du pays qui occupe près du tiers du territoire national.) Elle correspond aux régions administratives de Saint-Louis, Matam et Louga. Le système pastoral participerait à hauteur de 38% à la production nationale de lait (BA DIAO, 2003) mais a surtout une vocation de production carnée.

Dans ce système, on trouve des troupeaux de zébus (Gobra), souvent associés à des ovins et des caprins, entretenus par des éleveurs peuhls. Ces derniers vivent en campements dispersés et pratiquent la transhumance une partie de l’année. Toutefois, ces dernières décennies, l’équipement du Ferlo en forages profonds, la progression des cultivateurs à la recherche de nouvelles terres, les périodes de sécheresse et la politique de l’État à travers notamment les activités de la SODESP (Société de développement de l’élevage dans la zone sylvopastorale) ont induit des transformations importantes des systèmes avec une tendance à la sédentarisation autour des forages, à la diversification des activités des éleveurs (agriculture) et le développement des cultures par les wolof qui amènent à qualifier le système actuel d’agrosylvo-pastoralisme (BROUTIN et al., 2000).  Les principales contraintes à l’élevage pastoral sont représentées par :
– l’alimentation du cheptel est basée sur les pâturages naturels soumis aux aléas climatiques, aux feux de brousses et à la pression des cultures ;
– la faiblesse de l’investissement public et privé dans le secteur qui se traduit par l’insuffisance des infrastructures de base (pistes de production dans la zone sylvo-pastorale, ouvrages hydrauliques, etc.) ;
– la faiblesse des mécanismes de gestion durable des ressources ;
– une persistance de certaines épizooties telles que la peste des petits ruminants ;
– l’absence d’une sécurisation foncière pour les activités pastorales ;
– la faiblesse du potentiel « boucher » des races locales dont le rendement carcasse ne dépasse pas 50%.

Elevage semi-intensif ou agropastoral

Le système agropastoral s’est développé dans les zones où la pluviométrie et les conditions ont permis une activité agricole soutenue. Il concerne environ 67% des effectifs de bovins et 62% des petits ruminants (SENEGAL/MEPA/DSV, 2020). Dans ce système, l’amplitude des déplacements des troupeaux autochtones est relativement faible ; cependant, ces zones accueillent régulièrement les troupeaux transhumants, en provenance du nord, pendant la période de soudure. Ce système utilise les sous-produits agricoles (fanes et tourteaux d’arachide) et se retrouve principalement dans la zone du Bassin Arachidier, mais également dans le sud du pays. Le principal atout pour l’élevage est l’abondance des résidus agricoles. En effet, dans le bassin arachidier, on note une forte diversité de spéculations dont les résidus présentent une grande valeur nutritive pour le bétail.

La pression foncière induit un phénomène d’intensification mais la baisse des ressources naturelles nécessite le recours à des compléments qui explique les coûts de production plus élevés que dans la zone du Ferlo (BROUTIN et al., 2000). L’insémination artificielle, qui a fait son apparition dans le Bassin arachidier en 1994 avec le projet PAPEL (Projet d’appui à l’élevage), ont permis de renforcer ce système autour des villes du Centre du pays (Kaolack et Fatick).

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Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
CHAPITRE 1 : GENERALITES SUR LA FILIERE VIANDE AU SENEGAL
1. Effectifs et les systèmes d’élevage au Sénégal
1.1. Effectifs du cheptel national
1.1.1. Effectifs de ruminants domestiques
1.1.2. Porcins
1.1.3. Volailles
1.1.4. Equidés
1.2. Systèmes d’élevage bovin au Sénégal
1.2.1. Système pastoral
1.2.2. Elevage semi-intensif ou agropastoral
1.2.3. Système intensif ou semi-intensif péri-urbain
2. Situation zoosanitaire de l’élevage au Sénégal
2.1. Dominantes pathologiques chez l’espèce bovine au Sénégal
2.2. Utilisation courante des antibiotiques chez les animaux de production
3. Hygiène de la préparation, de la conservation et de la distribution des viandes
3.1. Aménagement et fonctionnement hygiéniques des infrastructures d’abattage
3.2. Maîtrise des opérations d’abattage-habillage
3.2.1. Réception, stabulation et amenée des animaux
3.2.2. Saignée
3.2.3. Habillage, éviscération, fente
3.2.4. Ressuage et stockage réfrigérés
3.3. Maîtrise de l’hygiène lors de la distribution et transport de viande
CHAPITRE 2 : GENERALITES SUR ESCHERICHIA COLI
1. Données taxonomiques sur E.coli
2. Caractères antigéniques et sérotypage
2.1. Antigènes somatiques O
2.2. Antigènes flagellaires H
2.3. Antigènes de surface K
3. Pouvoir pathogène de E .coli
3.1. Infections à E. coli chez l’animal
3.2. Infections à E. coli chez l’homme
4. Sources et mode de transmission des EHEC
5. Maîtrise d’E. coli dans la filière viande
5.1. Réduire la contamination par E.coli lors de la préparation des viandes
5.2. Contrôle microbiologique des carcasses
5.2.1. Sites d’échantillonnage
5.2.2. Méthodes de prélèvement
5.2.3. Interprétation des résultats des analyses
CHAPITRE 3 : RESISTANCE BACTERIENNE AUX ANTIBIOTIQUES
1. Mécanisme d’antibiorésistance bactérienne
1.1. Résistance naturelle
1.2. Résistance acquise
1.3. Mécanismes de résistance acquise
1.3.1. Inactivation enzymatique
1.3.2. Diminution de la concentration de l’antibiotique dans la bactérie
1.3.3. Modification de la cible de l’antibiotique
1.3.4. Substitution de cible
2. Support génétique de l’antibiorésistance bactérienne
2.1. Résistance chromosomique
2.2. Résistance plasmidique
2.3. Transposons et intégrons
3. Prévalence de la résistance des E. coli aux antibiotiques
3.1. Cas des multirésistances
DEUXIEME PARTIE : ETUDE EXPERIMENTALE
CHAPITRE 1 : MATERIEL ET METHODES
1. Cadre et nature de l’étude
2. Enquêtes de terrain
2.1. Matériel
2.2. Méthodes
3. Analyses bactériologiques
3.1. Matériel
3.1.1. Matériel biologique
3.1.2. Matériel d’analyse
3.2. Méthodes
4. Caractérisation phénotypique de l’antibiorésistance des souches isolées
4.1. Matériel
4.1.1. Matériel biologique
4.1.2. Matériel technique
4.2. Méthode
4.2.1. Préparation du Milieu Muller Hinton (MH)
4.2.2. Préparation de la solution physiologique
4.2.3. Revivification des colonies et Test de sensibilité aux antibiotiques
5. Traitement des données
CHAPITRE 2 : RESULTATS
1. Résultats des enquêtes de terrain
1.1. Conditions de préparation des carcasses bovines aux abattoirs de Dakar
1.2. Profil des enquêtés
1.3. Connaissances, pratiques et attitudes vis-à-vis de l’hygiène et d’E. coli
1.3.1. Personnel opérant directement sur la chaine d’abattage
1.3.2. Personnel de soutien
1.3.3. Personnel du parc de stabulation
1.3.4. Personnel d’encadrement
2. Résultats des analyses microbiologiques
2.1. Evaluation de la contamination globale des carcasses
2.2. Evaluation de la charge moyenne bactérienne isolée par jour
3. Résultat de l’antibiogramme
CHAPITRE 3 : DISCUSSION ET RECOMMANDATIONS
1. DISCUSSION
1.1. Enquêtes de terrain
1.2. Analyses microbiologiques
1.3. Antibiogramme
2. RECOMMANDATIONS
CONCLUSION GENERALE
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES

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