Soutenance mémoire
La culture in vitro
Le Pneumocyste est cultivable in vitrosur lignées cellulaires. Les lignées les plus utilisées dans le passé étaient les cellules pulmonaires d’embryon de poulet, puis des cellules VERO et des cellules rénales de singes.
Aujourd’hui les lignées utilisées sont les cellules A.459 (dérivés de carc inomes pulmonaires humains), VA13, HEL299 (fibroblastes pulmonaires d’embryon humain) et le milieu MEM d’Eagle. Ainsi les formes kystiques vont se situer dans le surnagent des cultures, dans la phase liquide. Les trophozoïtes, plus abondants vont se fixer sur les cellules et cette fixation est nécessaire à la poursuite de l’évolution.
Si certains auteurs ont fait état de culture sur milieux mycologiques, les tentatives se sont révélées infructueuses car la culture continue du parasite n’est pas possible.
La culture in vitro du pneumocyste sur milieu cellulaire a permis des études du métabolisme et d’apprécier sa sensibilité aux thérapeutiques de Pneumocystis jiroveci.
Contamination
Source de contamination
Pneumocystis jiroveci est reconnu comme un champignon répandu dans le règne animal. Aujourd’hui on ignore toujours où et sous quelle forme se trouve le parasite dans la nature. Les sources connues de Pneumocystis jirovecisont les animaux parasités comme le rat, la souris, le cobaye, le singe, la chèvre etc…
Quant au réservoir humain, il est constitué par les malades atteints de l’infection et les porteurs sains. Pneumocystis jiroveci a été retrouvé dans l’air, dans l’eau d’étang, dans l’air hospitalier en présence ou non de patients infectés par le micro-organisme, au niveau nasal ou pharyngé chez des soignants en contact avec des patients développant une pneumocystose.
Mode de contamination
Le mode de contamination de Pneumocystis jiroveci n’est pas encore précis.
Cependant les manifestations cliniques, essentiellement pulmonaire laissent penser que le mode de transmission par inhalation est plus vraisemblable(26).
En effet la possibilité de transmission interhumaine de la pneumocystose en milieu hospitalier a été évoquée et prouvée dans un contexte de cas groupés dans des services de pédiatrie, d’hématologie –oncologie, de réanimation, de transplantation rénale, d’infectiologie permettant d’invoquer la p ossible nosoconialité de l’infection(14,24). De même la cohabitation avec les singes macaques peut entraîner la diffusion de l’infection(49). L’infection transplacentaire et néonata le a été signalée chez l’homme(20).
Répartition géographique
Pneumocystis Jiroveci est un parasite ubiquitaire retrouvé sous toutes les latitudes(26).Cependant il est inégalement réparti. Des études sur des patients originaires de pays développés ont montré que Pneumocystis jiroveciconstitue l’agent pathogène le plus communément retrouvé, avec une prévalence de 65% chez les malades du SIDA (30), 85% chez ceux présentant une infection respiratoire(17). Ce taux de prévalence a énormément diminué avec l’avènement des antirétroviraux. Le taux de prévalence de la pneumocystose est estimé à 20-70% en 2012.
En Afrique, il reste un agent opportuniste moins fréquent. Sa fréquence peut varier d’un pays à un autre. Par exemple une prévalence de 5.4% a été rapportée au Burundi en 1993 (25) et de 8.6% au Sénégal en 1990 (45) et même une absence du parasite a été notée en Zambie (19) et au Kenya(23). Quelques cas ont été rapportés en Afrique du sud (39).
Facteurs favorisants
Pour développer une pneumocystose il faut un affaiblissement des défenses de l’organisme (nourrissons dystrophiques, anciens prématurés, dénutris ou malnutris : kwashiorkor) ou, comme c’est le cas le plus fréquent actuellement il faut un déficit immunitaire sous –jacent, congénital ou acquis (VIH) car chez lesujet immunocompétent le parasite est détruit par les macrophages.
Symptomatologie
Manifestations pulmonaires
Signes cliniques
La forme clinique la plus fréquente de la pneumocystose est la pneumonie. Le début est insidieux avec des symptômes initiaux discrets. La symptomatologie est caractérisée par une tachypnée, dyspnée avec une respiration courte, superficielle et une toux sèche non productive. Une fièvre est habituellement observée. Peu à peu ces symptômes s’aggravent et s’installe une véritable détresse respiratoire et une cyanose. Des râles crépitants ou bronchiques sont parfois observés. D’autres symptômes sont rapportés chez les sujets atteints du SIDA : amaigrissement, douleurs thoraciques, asthénie, sueurs nocturnes. La pneumocystose peut être révélatrice de l’immunodépression chez un sujet sain.
Signes paracliniques
Signes radiologiques
Au début la radiologie révèle des images de pneumopathie interstitielle : aspect en verre dépoli, opacité nodulaire, bilatérale, prédominant au niveau du hile, parfois asymétrique sans adénopathie médiastinale, ni épanchement pleural. A un stade plus tardif, elle met en évidence des opacités nuageuses, bilatérales avec un bronchogramme aérien réalisant au maximum l’aspect de «poumon blanc ». La pneumocystose peut être retrouvée malgré une radiologie normale. Brechot et al ont retrouvé sur 34 cas de pneumocystose, 4 patients ayant uneradiologie normale soit 11.11%.
Pneumocystose chez le nourrisson
Infections chez le nourrisson prématuré ou malnutri
Elles survenaient chez des nourrissons âgés, de 2-3 mois après une incubation longue et un début très insidieux. Apparaissent progressivement une tachypnée et une cyanose péri orale aboutissant à une détresse respiratoire généralement sans toux ni fièvre. Le taux de mortalité était de 25% en l’absence de traitement.
Infections chez le nourrisson immunodéprimé non infecté par le VIH/SIDA
Elles surviennent chez des porteurs de déficits immunitaires congénitaux (immunodéficience combinées sévères hypogammaglobulinémies) ou de leucémies aigues lymphoblastiques avec apparition de la pneumocystose au cours de la première année de vie pour les premiers et entre1 et 4 ans pour les seconds. Le début est brutal avec dyspnée, toux sèche et fièvre et avec une mortalité de 100% en l’absence de traitement.
Infection chez le nourrisson et l’enfant immunodéprimés infectés par le VIH (5)
L’incidence de la pneumocystose était d’environ 40% avant l’ère des antirétroviraux dans les pays développés. Les cas sont aujourd’hui exceptionnels sauf dans les pays en voie de développement. Le début clinique est progressif avec tachypnée, fièvre, toux. La mortalité est de 100% en l’absence de traitement.
Pneumocystose au cours du SIDA (5,33)
L’infection à Pneumocystis jiroveci représente l’étiologie essentielle des affections pulmonaires au cours du SIDA en Europe. La pneumocystose s’installe sur un mode insidieux. Plusieurs semaines précèdent le début des symptômes et le diagnostic. Au début les signes fonctionnels sont discrets (toux sèche, dyspnée d’effort modérée) et n’incitent pas le malade à consulter(5). Les signes radiologiques sont souvent tardifs. Il en est de même des modifications des gaz du sang. D’autres agents infectieux sont souvent associés au Pneumocystis jiroveci . Lorsqu’ il s’agit de Cryptococcus neoformans ou de Mycobactérium tubreculosis le problème de pathogénicité ne se pose pas. Ce n’est pas le cas du Cytomégalovirus(CMV) ou des mycobactéries atypiques (Mycobacterium avium) ou des levures comme Candida albicans(33).
Pronostic
La pneumocystose est une maladie spontanément fatale. Son taux de mortalité sous traitement est de 4-5%. L’évolution dépend du terrain sur lequel elle survient. Le pronostic est défavorable lorsque l’atteinte de l’état général est sévère (amaigrissement, hypoalbuminémie) et lorsque l’immunodépression est profonde. La plupart des auteurs estiment que le pronostic vital est proportionnel :
Au retard diagnostique
Pour certains, le délai d’apparition des premiers signes cliniques et le début du traitement apparaît comme un facteur de gravité dans l’analyse de la mortalité des pneumocystoses de la maladie VIH. Une amélioration du pronostic a été constatée. Cela est probablement dû à une reconnaissance et à un traitement précoce de la Pneumocystose survenant chez des patients mieux surveillés qu’auparavant. Le raccourcissement de ce délai doit faire partie des objectifs à atteindre par les médecins ayant en charge des patients séropositifs grâce à une connaissance des signes précoces de la Pneumocystose.
Le taux de lactico –déshydrogénase (LDH)
La mesure initiale du taux de lactico- déshydrogénase paraît avoir un intérêt diagnostique. La non décroissance ou l’augmentation d’un taux initialement élevé serait un facteur de mauvais pronostic.
Les récidives
Elles sont classiquement associées à une forte mortalité même si une augmentation de la mortalité n’est peut être pas liée à la récidive de la Pneumocystose proprement dite mais à l’altération de l’état général en rapport avec l’évolution de la maladie VIH ou à la fréquence accrue d’infections associées.
La fréquence respiratoire
C’est un paramètre simple directement lié au degré d’insuffisance respiratoire aigüe. L’existence d’une fréquence supérieure à 30 battements par minute augmente significativement la mortalité.
La fréquence artérielle en oxygène (PaO2)
La mesure la plus utilisée comme critère pronostique est celle de la PaO2 à l’air ambiant. Cependant la valeur de la somme (PaO2 +PaCO2) est un meilleur témoin de la sévérité d’une Pneumocystose que l’hypoxie.
Les altérations radiologiques thoraciques
L’intensité et la diffusion des opacités interstitielles et alvéolaires sont grossièrement corrélées à la mortalité des patients atteints de Pneumocystose.
Néanmoins une radiologie thoracique normale est un élément de bon pronostic, généralement associée à une mortalité nulle pour certains ou faible pour d’autres.
Les infections associées
La présence concomittante d’une infection est un élément défavorable de la Pneumocystose. La mortalité est essentiellement le fait de la co-infection par les Mycobactéries atypiques et le Cytomégalovirus. Dans cette situation la mortalité de la PPJ associée au CMV peut atteindre jusqu’à 92%.
L’altération de l’état général
Elle est caractérisée par un amaigrissement massif ou une hypo-albuminémie (inférieure à 30g/l) qui sont des éléments défavorables au pronostic de la pneumocystose.
L’analyse du liquide de LBA
L’excès de polynucléaires neutrophiles dans le liquide de LBA avait été évoqué comme un facteur défavorable de la pneumocystose. Au contraire un faible taux de polynucléaires neutrophiles (inférieur à 5 %) dans ce liquide apparaît comme un excellent élément de guérison. En résumé les plus importantsfacteurs de mauvais pronostic sont :
-une polypnée supérieure à 30 mouvements par minutes
-une hypoxémie inférieure à 50 mm de Hg à l’air ambiant ou mieux une somme (PaO2+PaCO2) inférieure à 80 mm de Hg
-un taux de LDH deux fois supérieur à la normale
-une polynucléose du liquide de LBA supérieure à 10%
-des infections associées notamment au CMV.
Le diagnostic biologique
Vu que les symptômes et les signes cliniques observés au cours de la pneumocystose ne sont pas spécifiques de la maladie, des examens complémentaires sont indispensables pour poser le diagnostic de la pneumocystose. Cependant le diagnostic de certitude passe par la mise en évidence de l’agent pathogène dans le prélèvement. Parmi les examens complémentaires on a :
– la radiologie pulmonaire: elle doit être prescrite au moindre doute et peut donner des images radiologiques typiques d’une pneumopathie interstitielle diffuse mais aussi atypique ou normale ,
– les explorations fonctionnelles respiratoires : elles ne sont demandées qu’en cas de diagnostic difficile. Au début, on noteun trouble de la diffusion des gaz, des anomalies de la ventilation, et de perfusion des poumons. Une fibrose et une diminution du volume capillaire peuvent apparaitre tardivement(26).
L’analyse des gaz sanguins est une technique intéressante pour la détermination de la sévérité de l’atteinte pulmonaire.
La majorité des patients présente une hypoxémie concomitante à une hypocapnie(17).
-La scintigraphie au gallium : c’est un test non invasif que certains pratiquent si les conclusions des clichés thoraciques et des gaz du sang sont équivoques. Elle est de haute sensibilité 90% à 100% mais son inconvénient est d’être non spécifique, longue et coûteuse.
-Le dosage des lymphocytes TCD4 et des LDH dans le sang: Ces deux éléments sont intéressants comme éléments indirects d’orientation.
Diagnostic mycologique
Ce diagnostic permet la mise en évidence du champignon dans le produit pathologique mais les chances que ce diagnostic soit fructueux dépendent d’une part du prélèvement et d’autre part de l’utilisation des techniques de coloration adaptées(15).
Techniques de Prélèvement
Le prélèvement joue un rôle important dans la mise en évidence du parasite. Les modalités de prélèvement sont nombreuses mais leur rendement est variable.
Le liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) (13,36)
C’est une technique de prélèvement bien codifiée, de réalisation peu agressive, contrairement à la biopsie pulmonaire qui représentait il y a encore 10 ans la technique de référence et qui a été progressivement remplacée par le LBA. Le
LBA permet de recueillir les sécrétions et les cellules qui bordent les bronchioles et les alvéoles dans le territoire pulmonaire cliniquement et radiologiquement suspect. En plus de son excellente sensibilité proche de 100% et de sa bonne tolérance, son avantage est de permettre l’étude des cellules et la mise en évidence d’autres germes opportunistes associés ou non.
Cependant il est important de savoir que sa rentabilité dépend à la fois de la qualité de sa réalisation par la fibroscopie, de celle des différentes techniques de laboratoire qui seront effectuées et de la qualité de la collaboration entre les différents partenaires impliqués .Les incidents le plus souvent rapportés sont mineurs :
– présence d’un infiltrat alvéolaire radiologique,
– fièvre,
– bronchospasme qu’on peut prévenir en administrant avant l’examen un bêta 2 mimétique,
– trouble du rythme et hémoptysies minimes.
Il existe en pratique de routine aucune contre-indication absolue si ce n’est que l’hypoxé mie sévère et les troubles graves de la coagulation. Dans ces situations les risques sont liés à l’expérience et à la rapidité de l’endoscopie. Le LBA peut être réalisé en salle d’endoscopie ou au lit du malade éventuellement sous oxygénothérapie délivrée avec ou sans pression positive contrôlé selon la sévérité des cas. Une prémédication du malade et une anesthésie sont nécessaires. La topographie des lésions oriente le prélèvement. En cas d’atteinte diffuse on explore classiquement le lobe moyen ou la lingula du fait du meilleur rendement. En cas d’atteinte localisée il faut laver le territoire pathologique.
Ainsi au cours de la fibroscopie, l’extrémité distale du fibroscope est bloquée dans une bronche segmentaire ou sous segmentaire du site à explorer. Ensuite 4-6 aliquots de 50 Ml de sérum salé isotonique à 0.9% sont instillés successivement directement par le chenal, interne du fibroscope etimmédiatement réaspiré l’un après l’autre dans des flacons siliconés stériles qui sont rapidement acheminés aux laboratoires concernés. Si le prélèvement ne peut être traité immédiatement il doit être centrifugé et le culot est conservé au réfrigérateur à 4° ; Une fois le lavage terminé, le patient reste sous surveillance pendant au minimum une heure.
Colorations révélant le contenu des kystes et les formes à paroi mince
La coloration au Giemsa
Les noyaux des grandes formes à paroi mince sont colorés en rouge avec le cytoplasme bleuté. Au niveau des kystes, cette coloration met en évidence les 8 corps intra kystiques de morphologie très différente selon les stades de maturation. La paroi des kystes non colorée est représentée par un halo clair. Il n’existe pas de différence d’aspect du parasite dans le LBA et dans les expectorations induites. Cependant le nombre d’amas est toujours beaucoupmoins abondant dans les expectorations induites que dans le LBA.
La coloration de Wright
Elle montre les corps intra kystiques colorés en bleu clair ou violet. Des difficultés de diagnostic différentiel avec des plaquettes sanguines sont signalées.
Colorations révélant uniquement le contenu des kystes
La coloration de Papanicolaou
Elle est utilisée pour les études cytologiques. Elle colore les corps intra kystiques en pourpre.
La coloration à l’ hématoxicilline érythrosine
Elle ne met en évidence que les lésions histologiques de la pneumopathie à Pneumocystis jiroveci et elle colore faiblement les corps intra kystiques. La paroi est représentée par un halo clair non coloré.
Colorations révélant à la fois la paroi et le contenu des kystes
La coloration de Gram Weigert
D’ après Hugues, les kystes se détachent sur fond cellulaire rouge. Certains auteurs considèrent qu’elle n’est pas supérieure à la coloration de Giemsa pour observer le matériel intra kystique.
La coloration de Löffler ou coloration au bleu de toluidine
Cette technique met en évidence :
-les corps intra kystiques colorés en bleu
-le noyau est coloré en bleu plus foncé ce qui permet de mieux le visualiser
-la paroi du kyste est colorée en rose pâle
Des formes en cupules correspondant à des kystes vides sont également visualisées.
L’immunofluorescenceindirecte
Elle a été la principale méthode utilisée pour la détection des kystes de Pjiroveci . Elle utilise des anticorps monoclonaux ( Monofluokit Pneumocystis jiroveci). L’immunofluorescence a permis d’améliorer très significativement la sensibilité de la recherche dans les expectorations induites. Cependant son apport est limité pour la recherche dePneumocystis jirovecidans le LBA chez les sujets VIH positifs. Néanmoins elle peut être utile en cas de négativité des colorations standards surtout en cas de faible parasitémie comme chez les sujets VIH négatifs généralement moins parasités. Les kystes se présentent sous formes arrondies, vert-fluorescents.
La PCR
Cette technique est réservée aux laboratoires spécialisés, et est pratiquée essentiellement sur les expectorations et autres prélèvements moins invasifs.
La PCR a permis d’améliorer la sensibilité des expectorations induites.. La détection sanguine par la PCR pourrait être utile en cas de suspicion de formes extra pulmonaires.
Diagnostic indirect
Arguments biologiques de présomption
Les gaz du sang peuvent montrer une hypoxémie sévère (PaO 2 <60mmHg) de mauvais pronostic.
Un taux élevé de lacticodésydrogénase a une bonne valeur prédictive de pneumocystose.
La recherche des anticorps sériques spécifiques
L’immunofluorescence indirecte et la réaction d’ELISA permettent la détection d’anticorps spécifiques à P jiroveci ; Cependant cette recherche n’a d’intérêt que si on veut établir le degré d’infection d’une région donnée ou connaitre les porteurs sains susceptibles de devenir malades en cas d’immunodépression.
Traitement
Traitement de référence
Le traitement de première intention repose sur 2 molécules :
le cotrimoxazole
Le cotrimoxazole est l’association synergique de triméthoprime, (TMP) et de sulfamétoxazole(SMZ). L’activité antipneumocystique est due à son rôle inhibiteur de la synthèse de l’ acide tétrahydrofolique, le TMP inhibe la dihydrofolate réductase ; le SMZ se substitue à l’ acide para aminobenzoïque nécessaire à la production de dihydrofolate.
Le cotrimoxazole (Bactrim®, Eusaprim®) est donné à la posologie de 20 mg / kg / j de TMPet de 100 mg / kg / j de SMZ en 3 à 4 prises égale espacées de 6 heures, par voie orale ou intraveineuse pendant 3semaines dans les pneumocystose du SIDA et de 14 jours sur les autres terrains.
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : GENERALITES SUR LA PNEUMOCYSTOSE
1-Définition
2-Historique
3-Epidémiologique
3-1-Agent pathogène
3-1-1- Taxonomie
3-1-2- Morphologie
3-1-3- Biologie
3-2 –Contamination
3-2-1-Sources de contamination
3-2-2-Mode de contamination
3-3-Répartition géographique
3-4 -Facteurs favorisants
4 – Symptomatologie
4-1-Manifestations pulmonaires
4-1-1- Signes cliniques
4-1-2-Signes paracliniques
4-2- Manifestations extra pulmonaires
4-3-Pneumocystose chez le sujet immunodéprimé VIH
4-4- Pneumocystose au cours du SIDA
4-5-Pronostic
5- Diagnostic biologique
5-1- Diagnostic mycologique
5-1-1- Techniques de prélèvement
5-1-2- Traitement des prélèvements
5-1-3- Mise en évidence De P.jiroveci
5-2-Diagnostic indirect
5-2-1-Arguments biologiques de présomption
5-2-2- Recherche d’Anticorps sériques spécifiques
6- Traitement
6-1- Traitement de référence
6-1-1-Le cotrimoxazole
6-1-2- La pentamidine
6-2 – Nouvelles approches thérapeutiques
6-2-1- La dapsone .
6-2-2- Le trimétroxate
6-2-3-Le difluorométhylornithine
6-2-4-Les amino-8- quinoléines
6-2-5- La corticothérapie
6-3- La stratégie thérapeutique
7- Prophylaxie
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL
1-Cadre d’étude
2-Patients
3-Methodes
3-1-Le liquide de lavage broncho-alvéolaire
3-2-traitement du prélèvement
3-3-Techniques de diagnostic
3-3-1-Coloration par le Bleu de toluidine O
3-3-2-Coloration par le Giemsa
3-3-3- L’Immunofluorescence indirecte
3-4- Test statistique
4-Résultats
4-1-Caractéristiques de l’échantillon étudié
4-1-1-Répartition selon l’âge des patients
4-1-2-Répartition selon le sexe des patients
4-1-3-Répartition selon le statut des patients
4-1-4-Répartition selon le diagnostic évoqué
4-1-5-Répartition selon le terrain
4-1-6-Répartition des patients selon la saison
4-2 –Taux de prévalence deP. jiroveci
4-2-1-Taux de prévalence deP. jiroveci selon l’âge des patients
4-2-2-Taux de prévalence selon le sexe des patients
4-2-3-Taux de prévalence selon le statut des patients
4-2-4-Taux de prévalence selon le diagnostic évoqué
4-2-5-Taux de prévalence selon le terrain
4-2-6-Taux de prévalence selon la saison
4-3-Etude analytique des cas de pneumocystose mis en évidence
4-3-1-Aspects épidémiologiques
4-3-2-Aspects mycologiques
4-4-Autres parasites opportunistes retrouvés dans le liquide de lavage broncho-alvéolaire
5- DISCUSSION
CONCLUSION GENERALE
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
