Modélisation ontologique des recommandations de pratique clinique

Les maladies cardiovasculaires désignent les pathologies qui touchent le cœur ou les vaisseaux sanguins. Les causes de ces évènements sont multiples mais connues: nous parlons de facteurs de risque cardiovasculaire. Parmi ces facteurs de risque, nous identifions deux catégories principales : (i) les facteurs irréversibles (âge, sexe, hérédité) et (ii) les facteurs modifiables (tabagisme, surpoids, hypertension artérielle, diabète ou dyslipidémie). Selon un rapport de l’OMS paru en janvier 2015 [WHO, 2015a], les maladies cardiovasculaires représentent 31% des décès et sont la première cause de mortalité mondiale. Si en France la situation est en voie d’amélioration, les efforts à fournir pour parvenir à une diminution significative du nombre de décès sont encore importants. Car ces pathologies nécessitent une détection précoce et une prise en charge adaptée.

Dans le but d’offrir une meilleure prise en charge et de réduire les erreurs médicales, la recherche progresse et met en avant de nouveaux traitements et de nouvelles procédures de soin, appuyés par des essais cliniques et autres preuves scientifiques. Partant du principe que la seule expertise du médecin est insuffisante, un mouvement appelé EBM (Evidence-Based Medicine) apparaît en 1975 et propose d’intégrer ces preuves scientifiques dans les pratiques médicales. Cette nouvelle manière de soigner, appelée médecine scientifique [Guyatt G et al., 1992] ou médecine factuelle devait conduire à une amélioration des pratiques et des conditions de vie des patients. Cependant, malgré les efforts des autorités de santé pour synthétiser cette nouvelle connaissance sous la forme de guides de bonne pratique clinique (GBPC), les comportements des soignants n’évoluent guère et la variabilité des pratiques médicales demeure importante. Or il a été montré que l’application de GBPC avait un impact sur la qualité des soins [Grimshaw and Russell, 1993]. De nombreux outils d’aide à la décision tels que des check-lists ou encore des systèmes d’aide à la décision médicale (SADM) sont ainsi développés pour promouvoir la mise en œuvre recommandations par les médecins.

Dans un article intitulé « Pourquoi les médecins généralistes n’observent-ils pas les recommandations de bonnes pratiques cliniques? » [Bachimont et al., 2006], Janine Bachimont livre les raisons du rejet des recommandations par les médecins : « ils disent avoir des difficultés à les appliquer scrupuleusement car elles répondent mal à leurs besoins en pratique quotidienne ». Outre l’absence de prise en compte de la relation médecin-malade, les GBPC y sont critiqués pour la caractérisation imprécise des profils patients considérés. Cet écart de précision entre la caractérisation du patient et celle des cas patients détaillés dans les GBPC se traduit bien souvent par une absence de recommandation appropriée. Les SADM développés aujourd’hui qui intègrent les GBPC souffrent généralement de ces mêmes silences lorsqu’un patient s’éloigne des scénarios connus. Mais devant la nature figée des GBPC, il conviendra de penser à un SADM flexible qui saura s’adapter aux données dont dispose le médecin ainsi qu’à ses attentes pour proposer des recommandations centrées-patient pertinentes.

Avec le vieillissement de la population, la population des personnes qui consultent en médecine de ville évolue. Les patients souffrent bien souvent de polypathologies chroniques telles que l’hypertension artérielle, le diabète ou l’insuffisance rénale . Selon Guthrie [Guthrie et al., 2012], « Most people with a chronic condition have multimorbidity, but clinical guidelines almost entirely focus on single conditions ». Cette nature monopathologique des GBPC oblige le praticien à combiner plusieurs guides pour avoir le détail de la prise en charge de son patient. Lors de cette activité difficile qu’est la conciliation de GBPC, des erreurs, des oublis ou des contradictions peuvent survenir. Un SADM efficace doit être capable de conseiller le médecin lors de la prise en charge de cas complexes tels que les polypathologies chroniques.

Le dispositif CIFRE (Convention Industrielle de Formation par la REcherche), mis en place en 1981 par l’État Français et géré par l’ANRT (Association Nationale de la Recherche et de la Technologie) permet d’associer un industriel à un laboratoire public à l’occasion d’une thèse de doctorat. Cela permet à l’entreprise de bénéficier de l’expertise scientifique d’un laboratoire pour la réalisation d’un projet de recherche à la fois ambitieux et appliqué. Le laboratoire bénéficie à son tour de la performance et du réalisme de l’entreprise pour permettre une application des méthodes théoriques qui y sont développées. Dans le domaine scientifique les partenariats public-privé demeurent au cœur de la plupart des projets de recherche scientifique et représentent un véritable moteur de l’économie et de l’innovation française.

Au cours de cette thèse et plus précisément en 2014, VIDAL a fêté ses 100 ans d’existence. En 1914, Louis VIDAL référençait l’ensemble des spécialités pharmaceutiques de l’époque sous la forme d’un carnet. La première version du VIDAL comporte alors près de 300 monographies. Depuis, l’entreprise a continué ce travail et en compte aujourd’hui plus de 5000.

Acteur majeur de l’informatique médicale française et européenne, VIDAL a toujours cherché des services innovants à proposer pour permettre une amélioration de la qualité des soins. Dans cette optique, en 2005, VIDAL lance la première version des VIDAL Recos sous le nom « Recommandations et Pratique, outil d’aide à la décision thérapeutique ». Cet ouvrage, aussi disponible en ligne , comporte les recommandations de pratique clinique pour les pathologies les plus courantes en médecine de ville. La réalisation des VIDAL Recos est un travail original qui demande à la fois une expertise scientifique et éditoriale. Scientifique car les VIDAL Recos sont réalisées par des experts médicaux qui procèdent selon les principes de l’Evidence-Based Medicine à une synthèse des guides de bonne pratique français et internationaux. Editoriale car les VIDAL Recos ont la particularité d’être rédigées dans un style synthétique avec un niveau de formalisation avancé; pour chaque pathologie, un ou plusieurs arbres décisionnels accompagnent le texte des recommandations permettant un accès facilité aux informations pertinentes. La version 2014 des VIDAL Recos compte 175 stratégies thérapeutiques. Les VIDAL Recos héritent des principes qui font la force de l’EBM mais aussi de ses limites et en particulier de la difficulté de diffusion de recommandations textuelles. Cette thèse s’inscrit dans l’effort de VIDAL d’entreprendre une formalisation et un enrichissement du contenu des Recos pour permettre une aide au codage et à la décision.

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Table des matières

I Introduction
1 Introduction générale
1.1 Contexte
1.2 Problématique
1.3 Méthodologie
2 Contexte de la thèse
2.1 CIFRE : un partenariat public-privé
2.2 La société VIDAL
2.3 Le LIMICS
3 Plan du mémoire de thèse
II État de l’art
1 Les guides de bonne pratique clinique
1.1 Introduction à l’Evidence-based Medicine
1.2 Les GBPC
1.2.1 Présentation générale
1.2.2 Élaboration des GBPC
1.3 Barrières à l’utilisation des GBPC
1.3.1 Rejet des GBPC
1.3.2 Facteurs déterminant l’application des recommandations
1.4 Gestion des patients polypathologiques
1.5 Inconvénients des GBPC textuels
1.6 Formalisation des GBPC
1.6.1 Différents niveaux de formalisation
1.6.2 Langages de représentation des GBPC
2 Le Web sémantique
2.1 Brève histoire du web
2.2 Techniques du web sémantique
2.2.1 Les URIs
2.2.2 RDF – Resource Description Framework
2.2.3 Les Ontologies
2.2.4 SWRL
2.2.5 Les raisonneurs
III Conclusion