Modélisation des mécanismes d’émergence

VOIES D’ÉMERGENCE & PATHOGENES ÉMERGENTS

Délimitation du sujet

Afin de restreindre le champ d’investigation aux données les plus significatives, cette étude sera limitée aux bactéries et aux virus. Les aliments sont un vecteur pour de nombreux agents pathogènes : bactéries, virus, parasites, moisissures et leurs mycotoxines, et découverts plus récemment, des “agents transmissibles non conventionnels” (ATNC) également appelés “prions”, agents responsables des “encéphalopathies spongiformes subaiguës transmissibles” (ESST). Cependant, si les bactéries et les virus, en termes de fréquence, représentent à peine plus de la moitié des agents pathogènes responsables des maladies infectieuses d’origine alimentaire rapportées en France (voir Tableau 1, selon InVS – 2003), leur importance demeure malgré tout capitale dès que l’on raisonne en termes de risque. En effet, la gravité des infections d’origine alimentaire causées par les bactéries et les virus n’est pas comparable à celle des autres agents : bactéries et virus sont responsables d’environ 95% des hospitalisations et des décès consécutifs à une maladie d’originaire alimentaire. De ce fait, ils constituent le risque alimentaire prépondérant. Enfin, précisons que seuls seront considérées les maladies infectieuses d’origine alimentaire portant atteinte à la santé du consommateur humain. Les agents pathogènes propres aux animaux et n’affectant pas l’Homme sont exclus et ne seront pas étudiés.

Définitions de “maladie émergente” dans la bibliographie Dans la bibliographie, les termes “émergence”, “réémergence”, “maladie émergente” sont largement répandus. Cependant, la signification de ces termes est imprécise, et la plupart des auteurs n’en précise pas le sens. Bien qu’une minorité d’auteurs définisse ce concept, les définitions font preuve d’une grande hétérogénéité. Ainsi, pour Chomel (1998), « le terme maladies infectieuses émergentes désigne les maladies d’origine infectieuse dont l’incidence humaine a augmenté durant les deux dernières décennies ou menace d’augmenter dans un futur proche ». Doyle et Erickson (2006), quant à eux, considèrent l’émergence comme « un terme relatif qui dépend des perspectives temporelles fixées par l’auteur » et se base sur la dernière décennie. Pour Koopmans (2003/2004), Kruse et Kirkemo (2003/2004), qui citent un travail collaboratif de la FAO/WHO/OIE, les zoonoses émergentes regroupent plusieurs cas de figure : « celles qui ont été récemment découvertes, qui ont récemment évolué, ou qui étaient précédemment connues mais ont fait preuve d’une augmentation d’incidence, d’une expansion géographique, ou d’un élargissement de leur spectre d’hôtes ou de vecteurs ».

Sur ce même modèle, Murray et Peeler (2005) proposent la définition suivante : « une “maladie émergente” est définie comme une nouvelle maladie, une nouvelle forme d’une maladie connue (pathogénicité accrue, atteinte de nouvelles espèces) ou une maladie connue apparaissant dans une nouvelle zone géographique ». Jones et al. (2008) proposent également une définition : « les maladies infectieuses émergentes sont causées par des pathogènes ayant évolué récemment, des pathogènes récemment introduits pour la première fois au sein d’une population humaine, ou des pathogènes ayant vraisemblablement été présents chez l’Homme de manière historique, mais dont l’incidence a récemment augmenté ». Si toutes ces définitions diffèrent les unes des autres, il se dégage tout de même deux tendances. La première d’entre elles consiste à définir l’émergence en regroupant un certain nombre de cas de figures, comme le font Koopmans, Kruse, Murray, Jones, et leurs collaborateurs.

Les cas de figure les plus cités sont l’apparition d’une nouvelle maladie (évolution d’un pathogène ou introduction dans une population précédemment exempte), la découverte d’une maladie préexistante, et l’amplification d’une maladie connue. Il s’agit donc d’une définition “pratique” de la maladie émergente. La seconde tendance, plus “théorique” quant à elle, semble davantage rapporter l’émergence à une augmentation de l’incidence de la maladie considérée. La caractérisation des maladies émergentes par une analyse de leurs incidences semble à la fois plus simple, plus claire et plus complète : « nous désignerons comme maladies infectieuses émergentes celles dont l’incidence a augmenté les 20 dernières années » (Vabret, 2004). En effet, de manière sous-jacente, on retrouve cette idée d’incidence croissante derrière les situations pratiques utilisées pour définir l’émergence dans les définitions de la première tendance. Dans tous les cas, la notion d’émergence, malgré son usage courrant, ne semble pas unanimement perçue, ce qui peut être source de confusion.

Nouvelle maladie 

maladie émergente ? Toma et Thiry (2003) reviennent sur la confusion latente qui existe entre maladie nouvelle et maladie émergente. Afin d’écarter cette incertitude, trois cas de figure de maladie dite “nouvelle” sont recensés. Le premier cas est celui de la maladie dont l’agent pathogène est effectivement nouveau. Même en cas de réussite émergentielle, si l’évolution épidémiologique de cette maladie est de type sporadique, elle ne mérite pas, selon eux, l’appellation de maladie émergente, qui implique l’idée d’incidence croissante, comme cela a été vu précédemment. La seconde situation est celle de la maladie dont « la cause n’est pas nouvelle, mais simplement nouvellement reconnue ». Dans ce cas également, si l’incidence est stable, le titre de maladie “émergente” n’est pas justifié. Le dernier cas englobe les maladies dont la cause est réellement nouvelle ou nouvellement reconnue, et dont l’incidence augmente. Seul ce dernier cas correspond à l’exigence d’augmentation de l’incidence fixée précédemment. En définitive, l’utilisation de l’augmentation de l’incidence comme critère de définition semble judicieuse, puisqu’il permet d’opérer une distinction nette entre les « maladies nouvelles », qui ne sont pas systématiquement émergentes, et les « maladies émergentes », qui réciproquement ne sont pas systématiquement nouvelles.

Maladie potentiellement émergente

Selon Chomel (1998), « le terme maladies infectieuses émergentes désigne les maladies d’origine infectieuse dont l’incidence humaine a augmenté durant les deux dernières décennies ou menace d’augmenter dans un futur proche ». Cependant, si la caractérisation des maladies émergentes s’effectue sur la base de l’incidence, comme il a été convenu précédemment, leur analyse ne peut s’envisager ipso facto que de manière rétrospective, à partir des données des années précédentes. À l’inverse, l’analyse des maladies dont l’incidence est susceptible d’augmenter dans le futur est réalisée de manière prospective. Aussi, l’extension de la définition des maladies émergentes aux maladies dont l’incidence « menace d’augmenter dans un futur proche » ne semble pas judicieuse, puisque leurs cadres d’étude, rétrospectifs ou prospectifs, ne s’accordent pas. C’est pourquoi Toma et Thiry proposent d’opérer une distinction et qualifient ces secondes pathologies de « maladies potentiellement émergentes ».

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Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : ÉTUDE BIBLIOGRAPHIQUE
1.Délimitation et définitions des termes du sujet
1.1. Délimitation du sujet
1.2. Définitions des termes du sujet
1.2.1. Émergence, facteurs d’émergence
1.2.2. Prévalence, Incidence, taux d’incidence
1.2.3. Danger, probabilité, gravité, risque
1.2.4. Infection, intoxination, toxi-infection
1.3. Caractéristiques comparées des bactéries et des virus
2.Notion d’émergence
2.1. “Émergence” : définitions usuelles
2.2. Définitions de “maladie émergente” dans la bibliographie
2.3. Construction d’une définition
2.3.1. Nouvelle maladie : maladie émergente
2.3.2. Maladie potentiellement émergente
2.3.3. Augmentation de la zone géographique : maladie émergente
2.3.4. Définition théorique
2.3.5. Incidences réelle et apparente ; émergences vraie et fausse
2.3.6. Définition pratique
3.Facteurs d’émergence
3.1. Précisions préliminaires
3.2. Facteurs environnementaux
3.2.1. Modifications climatiques
3.2.2. Pratiques agricoles
3.3. Facteurs technologiques
3.3.1. Techniques de détection
3.3.2. Pratiques de production
3.3.3. Capacités d’échange et de transport
3.3.4. Procédé de fabrication
3.4. Facteurs économiques et commerciaux
3.4.1. Échanges internationaux
3.4.2. Crises économiques
3.5. Facteurs sociologiques
3.5.1. Habitudes alimentaires
3.5.2. Attentes des consommateurs
3.6. Facteurs démographiques
3.6.1. Croissance démographique
3.6.2. Urbanisation
3.6.3. Migration de population
3.6.4. Vieillissement de la population
3.6.5. Individus immunodéprimés
3.7. Adaptation et évolution
3.7.1. Dérive génétique
3.7.2. Recombinaison génétique
3.7.3. Implication des mécanismes évolutifs dans les émergences
SECONDE PARTIE : VOIES D’ÉMERGENCE & PATHOGENES ÉMERGENTS
4.Modélisation des mécanismes d’émergence
4.1. Matériel et méthode
4.1.1. Choix de la représentation visuelle
4.1.2. Données et méthodologie
4.2. Réflexion préliminaire théorique
4.2.1. Augmentation artificielle de l’incidence
4.2.2. Augmentation réelle de l’incidence
4.3. Résultats
4.3.1. Diffusion d’un pathogène
4.3.2. Nouveau vecteur
4.3.3. Mesures de protection de la Santé Publique
4.3.4. Sensibilité de la population
4.4. Étude de cas
4.4.1. Analyse rétrospective – Cas de l’ESB
4.4.2. Analyse prospective – Cas de l’Influenza Aviaire
4.5. Discussion
4.6. Enseignements
4.6.1. Émergence par introduction
4.6.2. Émergence liée à l’évolution des comportements alimentaires
4.6.3. Émergence liée aux dépassements des mesures de protection
5.Identification des pathogènes émergents
5.1. Matériel et méthode
5.1.1. Principe
5.1.2. Pathogènes sélectionnés
5.1.3. Sources des données épidémiologiques (incidence) utilisées
5.1.4. Choix de l’étendue de la période étudiée
5.2. Résultats
5.2.1. Bactéries
5.2.2. Virus
5.2.3. Bilan
5.2.4. Discussion
6.Risques potentiellement émergents
6.1. Pathogènes potentiellement émergents
6.1.1. Méthode
6.1.2. Résultats : pathogènes identifiés
6.2. Vers des risques systémiques
6.2.1. Risques alimentaires biologiques
6.2.2. Autres risques alimentaires
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE

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