Modèle prédictif de l’origine bactérienne des mammites cliniques

Modèle prédictif de l’origine bactérienne des mammites cliniques

Les prélèvements

Les troupeaux
Les troupeaux sélectionnés sont des troupeaux suivis par le Groupement de Défense Sanitaire des Côtes d’Armor (GDS 22) dans le cadre du programme « qualité sanitaire du lait ». Ce programme intègre les élevages rencontrant ou ayant rencontrés des problèmes de mammites cliniques ou sub-cliniques. On a donc réalisé cette enquête dans des troupeaux dits « à problèmes ».
En Bretagne, un élevage laitier moyen possède les caractéristiques suivantes (source Agreste1 Bretagne – RICA2 2005)
– 272 520 L de quotas laitiers (supérieur à la moyenne française : 246 250 L) ;
– 51 hectares de Surface Fourragère Principale (SFP) dont 35% de maïs, ce qui confère une part importante de l’ensilage de maïs dans l’alimentation ;
– 44 vaches laitières, soit un taux de chargement moyen de 0,9 vaches par hectare de SFP, ce qui rend les exploitations bretonnes un peu plus intensives que la moyenne française (0,8 vaches par hectare de SFP) ;
– 6 570 L de lait par vache en moyenne (supérieure à la moyenne française 5 930 L).
Pour ce qui est du logement des vaches laitières en Bretagne, les stabulations libres sur aire paillée ou avec logettes paillées sont très répandues.
La race la plus représentée est la Prim’Holstein.

Les animaux
Les prélèvements ont été réalisés sur des animaux présentant des mammites cliniques avec ou sans répercussion sur l’état général. L’identification de ces mammites cliniques se fait par l’éleveur. Il identifie les cas avec sa méthode habituelle : palpation de la mamelle, observation des premiers jets sur fond noir ou non, … Aucune méthode de détection ne lui est imposée.

Les prélèvements

Les prélèvements ont été réalisés par un technicien du GDS ou par l’éleveur (après avoir été formé par un technicien) de façon à ce qu’il soit fait de manière aseptique [Ferney et al., 1966 – FIL-IDF, 1981 – NMC, 1990]. Ils ont ensuite, dans de nombreux cas, été congelés avant d’être acheminés au laboratoire.Chaque prélèvement était (normalement) accompagné d’un questionnaire rempli par l’éleveur et standardisé par le GDS. Il n’était pas obligatoire de compléter le questionnaire pour que l’échantillon soit analysé, ce qui a entrainé une grande perte d’information (cf infra)…
Le nombre de prélèvements analysés a été de 2363 échantillons correspondants à des cas de mammites cliniques observées entre le 1er octobre 1994 et le 30 mars 2007.

Les analyses bactériologiques
Les analyses bactériologiques ont été réalisées au Laboratoire de Développement et d’Analyses des Côtes d’Armor (L.D.A. 22) selon les méthodes recommandées par la FIL [FIL, 1981] ; l’identification des germes isolés a été réalisée à l’aide de galeries standardisées (API, BioMérieux, France).

Les questionnaires épidémio-cliniques
Pour chaque lait prélevé et envoyé au laboratoire, l’éleveur devait noter les circonstances du prélèvement et les observations cliniques observées. Afin de standardiser les renseignements fournis, un questionnaire avec des tableaux à choix multiples était transmis directement aux éleveurs (Annexe). Il comportait des données épidémiologiques (stade de lactation, statut leucocytaire de la vache et du troupeau, …) et des données cliniques (température rectale, sévérité de la mammite, …). Vu la difficulté pour collecter toutes les données et le manque de retour concernant certains critères lors des premières analyses (critères peu explicites, critères difficilement récoltables ou tout simplement non remplis sans raison), une priorité a été donnée à certains critères qui semblaient principaux.

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Table des matières

SOMMAIRE
TABLE DES ILLUSTRATIONS
1. Tableaux
2. Figures
INTRODUCTION
MATERIEL ET METHODES
1. Les prélèvements
1.1. Les troupeaux
1.2. Les animaux
1.3. Les prélèvements
1.4. Les analyses bactériologiques
2. Les questionnaires épidémio-cliniques
3. Analyse des résultats
RESULTATS
1. Descriptions des résultats bactériologiques
2. Description des résultats épidémio-cliniques
3. Relation entre les bactéries responsables de mammites et les signes cliniques associés
3.1. Fréquence des bactéries en fonction de l’épidémiologie
3.1.1. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon la numération cellulaire du lait de mélange
3.1.2. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon le classement leucocytaire de la
vache au dernier contrôle laitier
3.1.3. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon les antécédents sur le quartier atteint
3.1.4. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon le stade de lactation
3.1.5. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon la saison
3.2. Fréquence des bactéries en fonction des signes cliniques
3.2.1. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon la température rectale de la vache
3.2.2. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon l’état général de la vache
3.2.3. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon la production du quartier atteint
3.2.4. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon l’aspect du lait
3.2.5. Fréquence des bactéries à l’origine des mammites selon l’aspect du quartier
3.3. Bilan des relations entre bactéries et signes épidémio-cliniques
3.4. Description de la fréquence des différentes bactéries en fonction du tableau clinique
4. Elaboration d’un modèle prédictif de l’origine bactérienne des mammites cliniques à partir des éléments d’épidémiologie et des signes cliniques
4.1. Tri des données
4.2. Elaboration du modèle
4.2.1. Choix des facteurs utilisables
4.2.2. Ecriture des modèles
4.2.2.1. Ecriture du modèle prédisant le statut Gram
4.2.2.2. Ecriture du modèle prédisant l’origine environnementale ou non
4.2.2.3. Ecriture du modèle prédisant le pouvoir pathogène de la bactérie
4.3. Vérification du modèle
DISCUSSION
1. Discussion sur les matériels et méthodes
2. Résultats épidémiologique et cliniques
3. Relations entre éléments épidémiologiques, signes cliniques et bactéries isolées
4. Modélisation prédictive
5. Perspectives
CONCLUSION
ANNEXE
BIBLIOGRAPHIE