Soutenance mémoire
Modalités de transmission de M. bovis
Survie dans les pâtures et les forêts
Il a été prouvé que M. bovis peut survivre dans les pâtures, mais la durée de survie est étroitement liée aux conditions météorologiques (Phillips et al., 2003). L’exposition au soleil joue un rôle important, les mycobactéries sont détruites en moins de 12h en cas d’exposition directe au soleil. Par contre elles peuvent survivre jusqu’à 74 jours à l’abri du soleil, et probablement encore plus longtemps si elles sont contenues dans des fèces. Dans les pâtures les mycobactéries ne sont en général pas exposées directement aux rayons du soleil mais plutôt exposées à la lumière indirecte ou diffuse, ce qui met plus de temps à détruire les mycobactéries, la survie est alors de l’ordre de 7-28 jours (Jackson et al., 1995). Cette valeur diminue si la température augmente. En forêt aucune durée de survie n’est décrite pour M. bovis, cependant on peut supposer que la durée de survie y est plus grande étant donné l’ombre conférée par la végétation. Les tanières et les terriers constituent également un lieu plus à l’abri du soleil que la forêt, la survie des mycobactéries pourrait donc y être d’autant plus grande. Il existe une différence significative de résistance de M. bovis entre ces trois habitats : les pâtures où la résistance est la plus faible, les forêts où elle est intermédiaire et enfin les tanières où elle est élevée (Jackson et al., 1995).
La durée de survie de M. bovis dans différents supports (eau, sol, maïs et foin) entreposés dans une pâture du Michigan a permis d’étudier l’influence du support et de la saison sur la résistance de M. bovis dans le milieu extérieur. L’étude montre que la décroissance de M. bovis dans le milieu extérieur est bi-phasique. Quelles que soient les conditions climatiques, le nombre de bacilles viables décroit rapidement dans les 7 à 14 premiers jours, les quelques bacilles restants sont susceptibles de survivre pendant 4 à 12 semaines. L’étude confirme que la durée de survie de M. Bovis diminue lorsque la température augmente et / ou que l’humidité diminue. La température et l’humidité sont les éléments principaux intervenant dans la survie de M. Bovis, la survie est en effet plus longue lorsque la température est basse et le taux d’humidité important (Fine et al., 2011). Concernant les quatre substrats étudiés, il n’existe pas de différences significatives de survie quelque soit la saison. Toutefois, en été, lorsque la température est la plus élevée et le taux d’humidité le plus faible, la survie est plus longue dans l’eau que dans les trois autres supports. Ainsi, même en présence de conditions climatiques défavorables à la survie de M. bovis, une persistance est possible dans l’eau. En hiver, la survie de M. bovis a pu atteindre 88 jours dans un sol humide et froid suggérant que le sol a un effet protecteur (Fine et al., 2011).
Pathogénie
L’infection par M. bovis peut se faire par voie respiratoire, digestive ou percutanée. La pathogénie de la tuberculose est composée de deux étapes. Durant l’étape primaire, après pénétration dans l’organisme de M. bovis, un afflux de cellules immunitaires a rapidement lieu au niveau du point d’entrée. Les mycobactéries sont rapidement phagocytées par les macrophages des bronchioles terminales, de la lamina propria du tractus gastro-intestinal, ou du derme sous cutané. Une partie des bactéries phagocytées est détruite, cependant une majorité survit. Cette résistance après phagocytose est une caractéristique des mycobactéries tuberculeuses. La composition de leur membrane cellulaire, structure tripartite complexe riches en lipides (30 à 40 % du poids total) dont notamment les acides mycoliques joue un rôle important dans la résistance des mycobactéries au sein des macrophages. Par exemple M. avium, apparaît encapsulée après phagocytose et est capable d’inhiber la fusion phagosomelysosome.
Par contre M. aurum, souche non pathogène, n’apparaît pas encapsulée après phagocytose, n’a pas la capacité d’inhiber la fusion phagosome-lysosome et est rapidement détruite (Rastogi et al., 2001). Les mycobactéries ayant survécu à la phagocytose se multiplient alors à l’intérieur des macrophages. En l’espace de 8-15 jours la multiplication locale induit une réaction inflammatoire créant une lésion locale appelée chancre d’inoculation. Via les macrophages, les mycobactéries se propagent alors par voie lymphatique au noeud lymphatique locorégional créant ainsi une deuxième lésion tuberculeuse appelée : adénopathie satellite ou bien la propagation lieu par voie générale permettant la colonisation d’autres organes par les mycobactéries (de Lisle et al., 1999). L’association de ces deux lésions : chancre d’inoculation et adénopathie satellite caractérise l’étape primaire de la tuberculose et témoigne de la voie d’entrée des mycobactéries. Suite à cette étape primaire, 3 issues différentes sont possibles : la guérison avec une cicatrisation des lésions, une stabilisation avec un potentiel « réveil » après un délai plus ou moins long dont les causes sont diverses, ou la généralisation précoce avec une propagation de proche en proche ou par embolisation des mycobactéries. La multiplication massive des bactéries permet une diffusion au sein de l’organisme de proche en proche mais aussi par voie lymphatique et sanguine à l’origine de cas de tuberculose généralisée. La propagation des mycobactéries peut aboutir à des lésions ouvertes sur des voies de drainage naturelles comme les bronches ou le tube digestif.
Diagnostic clinique et nécropsique
La tuberculose bovine est une maladie chronique évoluant pendant des mois voire des années à bas bruit. Le développement de la maladie est le plus souvent asymptomatique. Seule une faible proportion d’animaux développe des symptômes qui peuvent être très diversifiés étant donné la capacité de M. bovis à coloniser une multitude d’organes différents. Ces symptômes sont le plus souvent frustres et peu caractéristiques de la tuberculose, ne reflétant la plupart du temps qu’un mauvais état général marqué par un amaigrissement des animaux atteints (Machackova, 2003). L’examen clinique à lui seul ne permet pas de diagnostiquer un cas de tuberculose chez un animal. Chez les animaux sauvages, il est d’autant plus difficile, voire même impossible de réaliser un examen clinique. Les cervidés sont des animaux très sensibles et réceptifs à M. Bovis, les sangliers sont également très réceptifs et plus ou moins sensibles selon les régions (Duvauchelle, 2007; Hars et al., 2013). Chez les sangliers et cervidés, quelques indices observables à distance peuvent laisser penser à une infection par M. bovis. Les animaux sont chétifs et des troubles respiratoires tels que de la toux ou des râles respiratoires chez les cervidés sont parfois visibles, mais ces observations restent très rares.
Des animaux morts ont été retrouvés dans des régions où l’infection par M. bovis est présente et plusieurs études confirme que des cas de tuberculose peuvent être mortels, en particulier chez les jeunes animaux atteints de tuberculose généralisée (Segalés et al., 2005 ; Martín-Hernando et al., 2007). En raison des difficultés de réalisation d’un examen clinique sur les animaux de la faune sauvage ainsi que de la faible expression de la maladie, la symptomatologie et la découverte d’animaux morts ne permettent pas de diagnostiquer avec certitude la tuberculose. Des examens supplémentaires réalisés sur le terrain ou en laboratoire sont nécessaires afin de pouvoir confirmer ou infirmer la présence de M. Bovis chez un individu.
Culture bactérienne C’est la méthode de référence permettant de confirmer la présence de M. bovis chez un individu. L’isolement de M. bovis à lui seul permet d’établir le diagnostic de tuberculose. Ces analyses sont réalisées dans les laboratoires départementaux agrées pour ce type d’analyses. La mise en culture est réalisée à partir de différents prélèvements (noeuds lymphatiques, organes divers, lésions suspectes) qui sont broyés avant d’être ensemencés sur différents milieux. La culture de M. bovis étant particulièrement longue et difficile, l’utilisation de milieux sélectifs est la règle, tels que le milieu de Loewenstein-Jensen (LJ) ou de Coletsos qui est un dérivé du milieu de LJ. Au LAVD76, laboratoire où sont réalisées les analyses des prélèvements effectués en forêt de Brotonne, les prélèvements sont mis en culture sur ces deux milieux. Dans le cas où le prélèvement est contaminé par d’autres bactéries, une étape de décontamination est nécessaire avant la mise en culture. Le principe de la décontamination consiste à utiliser des agents chimiques auxquels les mycobactéries sont relativement résistantes mais pas la flore bactérienne banale. Depuis le début du 20ème siècle, de multiples traitements ont été essayés avec plus ou moins de succès, témoignant de la difficulté de parvenir à trouver un traitement permettant à la fois d’épargner les bacilles alcoolo-résistants et d’éliminer le reste de la flore bactérienne.
Actuellement, il existe différentes méthodes de décontamination utilisées selon la nature du prélèvement. Après décontamination, les prélèvements sont alors mis en culture selon le même procédé que pour les prélèvements non contaminés, à savoir sur un milieu de LJ le plus souvent. Une partie des cultures est maintenue dans une étuve à 37°C, l’autre à 30°C. Les cultures sont régulièrement contrôlées, une première fois au bout de deux semaines puis toutes les semaines. L’incubation peut durer jusqu’à 3 mois. Au bout de 3 mois les cultures sont examinées pour vérifier si les souches ayant poussé sont des mycobactéries ou non. Cette vérification est réalisée à l’aide d’un frottis et d’une coloration de Ziehl-Neelsen permettant de différencier les mycobactéries d’autres bactéries (Thorel, 2003). En cas de confirmation de la présence de mycobactéries par la coloration de ZN, les cultures sont envoyées à l’Anses de Maisons-Alfort, laboratoire français de référence pour la tuberculose où les mycobactéries sont typées selon différentes techniques moléculaires. Cette méthode diagnostique requiert toutefois que les mycobactéries soient vivantes au moment de la mise en culture, sinon la culture se révèlera négative. Malgré cet inconvénient ainsi qu’une sensibilité moyenne, cette technique, peu couteuse et très spécifique reste très largement utilisée.
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Table des matières
TABLE DES MATIERES
Introduction
I. Les mycobactéries
1. Classification
2. Le complexe M. tuberculosis
3. Pathogénie
4. Diagnostic clinique et nécropsique
5. Diagnostic de laboratoire
II. Les lésions
1. Description des lésions
2. Localisation des lésions
3. Variations en fonction des espèces
III. Modalités de transmission de M. bovis
1. Hôtes et réservoirs dans la faune sauvage
2. Les voies d’excrétion et matières virulentes
3. Les voies de contamination et doses infectantes respectives
4. Les facteurs favorisants
IV. Risques pour la France
1. Les différents rôles épidémiologiques des espèces
2. Le sanglier (Sus scrofa)
3. Le cerf
4. Le blaireau (Meles meles)
5. Le chevreuil (Capreolus capreolus)
6. La situation en France
I. Rappel de la situation épidémiologique en forêt de Brotonne (saisons de chasse 2001–‐2002 à 2011–‐2012)
1. Localisation de la forêt de Brotonne – Mauny
2. Evolution de la situation épidémiologique, des mesures de surveillance et de lutte entre 2001 et 2006
3. Evolution de la situation épidémiologique après 2006
II. Objectifs et partenaires
1. Objectif des programmes 2012–‐2013 et 2013–‐2014
2. Partenaires
III. Protocole
1. Territoire d’étude
2. Période d’étude
3. Espèces étudiées, échantillonnage, protocole de prélèvement
4. Déroulement des inspections / prélèvements sur le terrain
5. Matériel
6. Protocole de laboratoire
IV. Résultats
1. Bilan général des inspections réalisées
2. Chez le cerf
3. Chez le sanglier
4. Chez le chevreuil
5. Chez le renard
6. Chez le blaireau
7. Bilan des résultats depuis 2001
V. Discussion
1. Les prélèvements réalisés
2. Les méthodes d’examen
3. Les résultats
4. Perspectives
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
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