Méthodes de caractérisation phénotypiques et génotypiques des souches bactériennes

Mémoire de fin d’études master sciences et techniques « biotechnologie microbienne »

Introduction générale
1ére partie : Revue bibliographique  
Chapitre 1 : Revue bibliographiques sur Salmonella et les salmonelloses
I. LES SALMONELLES
1. Taxonomie et nomenclature
2. Bactériologie de salmonelles
3. Propriétés antigéniques
4. Epidémiologie des salmonelles
5. Méthodes de caractérisation phénotypiques et génotypiques des souches bactériennes
II. Salmonelloses
1. Généralités
2. Sérotypes en cause
3. Déterminants génétiques de la virulence
III. Toxi-Infection Alimentaire Collectives à Salmonelles
1. Impact et importance des infections provoquées par Salmonella
Chapitre 2 : RESISTANCE BACTERIENNE AUX ANTIBIOTIQUES
I. Antibiotiques
II.1. Types de résistance bactérienne
II.2. Supports génétiques de la résistance
II.3. Modes de transfert de la résistance bactérienne aux antibiotiques
II.4. Différents mécanismes de la résistance bactérienne
II.5. L’émergence et la diffusion des résistances bactériennes
I. Mesure de l’antibiorésistance et antibiogrammes
1. Les méthodes d’Antibiogramme
2. Cause de réalisation de l’antibiogramme
2ème PARTIE : Matériel et Méthodes  
A. Matériel biologique
B. Méthodes utilisées
1. Revivification des souches de salmonelles
2. Etude de la sensibilité aux antibiotiques
3. Tests de détection des souches BLSE (β-lactamases à spectre étendue)
4. Les antibiotiques utilisés
5. Contrôle qualité interne de l’antibiogramme
3 ème PARTIE : Résultats et Discussion
Résultats
1. Résultats de l’antibiorésistance des souches de salmonelles d’origine alimentaire isolées entre l’année 2006-2014
2. Les résultats d’étude de la sensibilité des souches de salmonelles isolées à partir des produits alimentaires incriminés dans les TIAC entre l’année 2006 et 2014
3. Résultat de l’antibiogramme des souches de salmonelles isolées à partir des eaux reçues au MHA entre l’année 2006-2014
4. Résultat de l’antibioresistance des souches de salmonelles isolées au cours des études réalisés
au sein du laboratoire (MHA) entre l’année 2006-2014
4.1. L’étude de la sensibilité des souches de salmonelles isolées à partir des produits de mers
4.2. L’étude de la sensibilité des souches de salmonelles isolées à partir des viandes rouges et charcuteries
4.3. L’étude de la sensibilité des souches de salmonelles isolées à partir des volailles
I. Discussion
Conclusion générale

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Méthodes de caractérisation phénotypiques et génotypiques des souches bactériennes

Les bactéries pathogènes d’origine alimentaire sont une des causes majeures de morbidité et de mortalité dans le monde (Bouzidi, 2013). Leur impact significatif tant sur la santé humaine, que sur l’aspect économique, a nécessité la mise en place et le développement des outils pour leur typage. Ceci s’est défini par l’apparition de marqueurs épidémiologiques permettant ainsi le repérage et le suivi des souches bactériennes au cours du temps, mais aussi de relier les foyers d’infections après consommation d’aliments contaminés avec les sources de contamination (Bouzidi, 2013).

Marqueurs phénotypiques

Les méthodes phénotypiques étudient les propriétés exprimées par les bactéries (Weill, 2008 ; Foley et al, 2009).

Sérotypes en cause

Il existe deux catégories de salmonelles pathogènes pour l’Homme : les typhiques et les non typhiques. Elles appartiennent toutes les deux à l’espèce Salmonella enterica et à la sous espèce enterica. Ce qui les différencient est le sérotype et la maladie associée.
Les salmonelles typhiques sont les sérotypes Typhi et Paratyphi A, B et C. Elles sont responsables des fièvres typhoïde et paratyphoïde dont les symptômes principaux sont la fièvre, la torpeur, une leucopénie, une bradycardie, une splénomégalie, une roséole abdominale et à partir de la troisième semaine une diarrhée éventuellement hémorragique. Le traitement antibiotique est obligatoire (Kayser et al, 2008). Le sérotype Typhi est spécifique de l’Homme tandis que les sérotypes Paratyphi peuvent être retrouvés dans d’autres espèces : par exemple Paratyphi B est fréquent chez les bovins.
Les salmonelles non-typhiques ou entériques sont responsables des toxi-infections alimentaires. De nombreux sérotypes sont en cause, les plus courants chez l’Homme sont Enteritidis et Typhimurium.

Résultats

Le traitement des résultats de la sensibilité aux antibiotiques a porté sur toute la collection de 299 souches de Salmonelles qui ont été stockées à l’Institut National d’Hygiène, au Département de Microbiologie et Hygiène Alimentaire (MHA) entre l’année 2006 et 2014.
1. Résultats de l’antibiorésistance des souches de salmonelles d’origine alimentaire isolées entre l’année 2006-2014.
Un total de 124 souches de Salmonellea entrica a été isolé à partir de différents produits alimentaires reçus au laboratoire (MHA) entre l’année 2006- 2014.
L’étude de la sensibilité des souches de salmonelles isolées à partir des aliments est réalisée par la méthode de diffusion en milieu gélosé en testant 16 antibiotiques mais l’interprétation des résultats est focalisée principalement sur les résultats des antibiotiques qui ont un intérêt thérapeutique, l’antibiothérapie humaine et vétérinaire contre les salmonelloses.
Ces antibiotiques sont les suivants : Ampicilline (10), Amoxicilline + acide clavulanique (20/10), ceftazidime (30), Cefotaxime (30), Céftriaxone (30), Chloramphenicole (30), Trimethoprim/ Sulphametoxazole (1,25/23,75), Streptomycine (10), (300), Tetracycline (30), Ciprofloxacine (5) et Acide nalidixique (30).
Les résultats de pourcentage de la résistance des souches de salmonelles aux antibiotiques testés, isolées à partir des produits alimentaires est présenté dans la figure 3.

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