Soutenance mémoire
Multirésistance bactérienne aux antibiotiques
Définition
Une BMR est définie après effort conjoint de l’ European Society of Clinical Microbiology Infectious Disease (ESCMID) et du centers for diseases control (CDC) comme une bactérie ayant acquis une résistance à au moins trois molécules de trois familles ou groupes d’antibiotiques différents auxquels elle est normalement sensible ; une exception c’est le cas de la seule résistance à la méticilline chez les S. aureus , qui définit les SARM, ou de la résistance à la vancomycine chez les entérocoques, qui définit les entérocoques résistant aux glycopeptides (ERG) [6,7].
Types de résistance
La résistance aux antibiotiques est un phénomène aussi ancien que l’apparition des antibiotiques. Aujourd’hui, souvent d’origine synthétique et produits par l’homme, les antibiotiques sont au départ des substances naturelles générées par des champignons mais également par certaines bactéries pour se « défendre » contre les autres bactéries.
On distingue deux types de résistance bactérienne [8].
La résistance naturelle
Est un caractère d’espèce qui touche toutes les bactéries de l’espèce considérée. Elle est stable, transmise à la descendance (elle a pour support génétique le chromosome bactérien) mais elle n’est pas ou peu transmissible sur un mode horizontal (d’une bactérie à l’autre au sein d’une même espèce ou entre espèces différentes). Exemple de résistances naturelles :
1/ Klebsiella spp, produit de façon naturelle des bêta-lactamases résistant naturellement aux pénicillines.
2/ les bactéries anaérobies sont naturellement résistantes aux aminosides [8.9].
La résistance acquise
Il s’agit d’un caractère qui ne concerne alors que quelques (ou parfois de nombreuses) souches d’une espèce donnée. La résistance acquise est moins stable, mais elle se propage souvent de façon importante dans le monde bactérien.
La résistance acquise résulte d’une modification du capital génétique de la bactérie, lui permettant de tolérer une concentration d’antibiotique plus élevée que celle qui inhibe les souches sensibles de la même espèce. La résistance acquise a été observée dès le début de l’antibiothérapie mais sa fréquence était initialement faible. La généralisation de l’utilisation des antibiotiques a conduit à une sélection des souches résistantes [8.9].
Mécanismes
Mécanismes biochimiques de la résistance
L’imperméabilité : empêchant la pénétration de l’antibiotique dans l’espace péri-plasmique par modification de la structure des porines ou par diminution de la synthèse des porines par lesquelles l’antibiotique peut pénétrer dans la bactérie.
L’Inactivation ou la détoxification enzymatique : c’est un mode de résistance acquis qui consiste à détruire les molécules d’antibiotiques soit à l’extérieur ou à l’intérieur de la bactérie par la production d’enzymes.
La modification de cible : c’est une modification de l’affinité d’une ou plusieurs cibles touche plus les bactéries gram positif.
L’efflux : se traduit par un rejet d’antibiotiques hors de la cellule bactérienne. Il est effectué par des transporteurs membranaires appelés pompes à efflux.
b) Mécanismes génétiques
Les bactéries peuvent développer de la résistance à un antibiotique préalablement sensible, ce qui implique des changements génétiques. Cette résistance est souvent instable.
Ces changements peuvent être de deux types :
La résistance chromosomique
La résistance médiée par le chromosome bactérien constitue un mécanisme de résistance aux antibiotiques chez environ 10 à 20 % des bactéries. Elle n’affecte qu’un caractère, et la résistance ne concerne généralement qu’un antibiotique ou qu’une famille d’antibiotiques ayant le même mécanisme d’action, peut être due à une mutation ou à une recombinaison [9]
• La mutation est un phénomène rare, spontané, dû au hasard , désigne un changement dans la séquence des acides nucléiques de la bactérie.
• La recombinaison; est un transfert de fragments d’un endroit du chromosome bactérien à un autre.
La résistance Extra-chromosomique
La résistance bactérienne par acquisition d’information génétique exogène représente la majorité des cas isolés en clinique (80% des résistances acquises) et s’observe aussi bien chez les bactéries à gram positif que gram négatif. L’acquisition d’un nouveau matériel génétique peut se faire soit par échange direct de matériel chromosomique, soit par échange d’éléments mobiles notamment ; plasmides, transposons, intégrons.
Elle se caractérise contrairement à la résistance chromosomique par son caractère fréquemment multiple et par son aspect souvent épidémique [8.9].
Mécanisme de résistance des différentes bactéries mutirésistantes
Le staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM)
La cible des β-lactamines est un ensemble d’enzymes de la membrane cytoplasmique nécessaires à la formation du peptidoglycane de la paroi. Les β-lactamines se fixent d’une manière irréversible à l’une ou à l’autre de ces protéines appelées, pour cette raison, « protéine liant la pénicilline » (PLP).
Le mécanisme impliqué dans la résistance acquise de S. aureus aux β-lactamines repose sur la production d’une PLP de faible affinité, «PLP2a» qui est codée par le gène mecA. [10]
Les Entérobactéries productrices de BLSE
Les entérobactéries (Enterobacteriaceae) sont des bacilles gram négatifs constituant l’une des plus importantes familles de bactéries. Cette famille réunit des bactéries commensales qui résident principalement au niveau du tube digestif. E. coli représente à lui seul la plus grande partie de la flore bactérienne aérobie de l’intestin.
Les entérobactéries sont de plus en plus résistantes aux antibiotiques. La résistance aux antibiotiques de la famille des β-lactames est principalement due à des β-lactamases à spectre étendu (BLSE), enzymes qui hydrolysent l’ensemble des pénicillines ou céphalosporines à l’exception des céphamycines et des carbapénèmes.
Les carbapénèmases sont des β-lactamases puissants, conduisent à une inefficacité partielle ou totale des antibiotiques de la classe des carbapénèmes (imipénème, méropénème, ertapénème et doripénème) considérés comme des traitements de dernier recours. [11]
L’Acinectobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa multirésistants
Ils sont naturellement résistants à de nombreux antibiotiques, leurs mécanismes de résistance sont variés : production de bêtalactamases, faible perméabilité membranaire et présence de nombreux systèmes d’efflux actifs.
Ces bactéries peuvent développer une résistance vis à vis de la céftazidime, du céfépime et de l’aztréonam par hyperproduction d’AmpC-bêtalactamase qui confère à la bactérie un caractère multirésistant. Elles peuvent également produire une BLSE ou une carbapénèmase [12, 13].
L’apparition d’une résistance peut-être plus ou moins stable selon son mécanisme d’acquisition. Par exemple, l’hyperproduction de céphalosporinases chez P.aeroguinosa est un phénomène réversible car la mutation entraine parfois un désavantage compétitif par rapport aux souches non mutées [14]. Par contre l’intégration de matériel génétique, mécanisme impliqué dans l’acquisition d’une enzyme de type CTX-M ou d’une carbapénèmase, confère une résistance stable qui peut se transmettre à d’autres espèces d’entérobactéries [15].
Réservoirs des germes multirésistants
En réanimation, les patients sont exposés à de nombreux réservoirs potentiels à l’origine des bactéries responsables d’infections associées aux soins.
Le réservoir le plus important reste celui des patients eux-mêmes (c’est-à-dire flore digestive, cutanée, oropharyngée, etc.). Cependant, d’autres réservoirs exogènes peuvent jouer un rôle important dans l’acquisition de micro-organismes, tels que la flore des professionnels de santé, celle des patients voisins ou de l’environnement hospitalier (surfaces, eau, air, matériels).
Pour les bactéries d’origine endogène, de nombreux travaux ont mis en évidence l’importance de la colonisation au niveau de sites anatomiques habituellement indemnes de portage dans la survenue de l’infection. [16] (Tableau XV).
Le manuportage est le principal mode de transmission des SARM, des ERV et des EBBLSE. La contamination des mains ou des gants s’effectue au contact du patient colonisé ou infecté et des supports inertes contaminés (stéthoscopes,…), le risque de transmission est proportionnel à la fréquence et à la durée de ces contacts.
La transmission des BMR est favorisée également par une charge excessive en soins chez le malade [17].
Pression de sélection- colonisation
La pression de sélection
Le concept de « pression de sélection » est un phénomène ancien résulte de l’interaction entre les micro-organismes présents dans les écosystèmes et les antibiotiques auxquels ils sont exposés. [18,19]
Un être humain adulte est composé de 1013 cellules environ, les bactéries de son tube digestif sont dix fois plus nombreuses 1014 alors que les bactéries présentes sur la peau 1012
L’impact de l’antibiothérapie sur l’écosystème intestinal est universel quelle que soit l’indication de la prescription et quelle que soit la voie d’administration [19, 20]. ne représentent malgré leur nombre que 1 % par rapport aux bactéries de tube digestif. L’écosystème intestinal est bien au premier rang de la résistance aux antibiotiques par sa densité en bactéries. [19]
Les doses d’antibiotiques utilisées et les concentrations réalisées au niveau du tube digestif peuvent selon leur importance, exercer un impact intestinal plus au moins intense dont les effets sont de plusieurs ordres :
a. Les modifications de l’équilibre des flores normales, avec disparition d’espèces importantes telles que les anaérobies, désorganisation de leurs fonctions physiologiques, métaboliques et survenue de diarrhées.
b. La sélection locale des bactéries les plus résistantes avec tous les risques connus de transfert (translocation) de ces bactéries à travers la paroi intestinale pour aller coloniser à distance divers organes et déterminer des infections graves chez des patients atteints de cancer, chez les immunodéprimés, et les hospitalisés dans les services de réanimation [21, 22].
c. L’acquisition, à l’occasion de la rupture de l’équilibre de la flore normale, de bactéries de l’environnement, multirésistantes dont l’implantation intestinale est favorisée par la perte de la résistance à la colonisation, avec tous les risques que comporte ce portage pour le patient hospitalisé et pour l’environnement. De plus, le portage intestinal de bactéries résistantes au-delà de l’hospitalisation, au cours du temps est un phénomène nouveau et inquiétant qui semble augmenter dans la communauté ce qui, constitue aussi un risque important pour la collectivité [23].
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Table des matières
INTRODUCTION
MATÉRIELS ET MÉTHODES
I. Présentation de l’étude
II. Critères d’inclusions et d’exclusions
III. Recueil de données
IV. Méthodologie de travail
V. Analyse des données
VI. Considérations éthiques
RÉSULTATS
I. Epidémiologie générale
1. Population étudiée
2. Age
3. Sexe
4. Origine
5. Antécédents
6. Motifs d’admission
7. Service d’origine
8. Durée d’hospitalisation avant admission
9. Scores de gravité
9.1. Score de Glasgow
9.2. Score APACHE II
9.3. Score SOFA
10. Procédures invasives
10.1. Incidence
10.2. Durée moyenne
11. Antibiothérapie à l’admission
12. Utilisation de catécholamine
13. Séjour en réanimation
14. Mortalité
II. Facteurs de risque
1. Etude univariée
1.2. Age
1.3. Sexe
1.4. Antécédents
1.5. Provenance
1.6. Antibiothérapie
1.7. Procédures invasives
1.8. Pression de colonisation
1.9. Durée d’hospitalisation avant admission
1.10. Durée d’hospitalisation en réanimation
2. Etude multivariée
II. Facteurs pronostiques
1. Etude univariée
2. Etude multivariée
III. Epidémiologie de la colonisation
1. Prévalence de colonisation et isolats à l’admission
2. Taux d’incidence de colonisation et isolats durant l’hospitalisation
IV. Epidémiologie de l’infection nosocomiale
1. Taux de l’infection nosocomial
2. Colonisation- infection nosocomiale
3. Sites de l’infection nosocomiale
DISCUSSION
I. Multi résistance bactérienne
1. Définition
2. Types de resistance
3. Mécanismes
a. Mécanisme biochimique
b. Mécanisme génétique
c. Mécanisme de résistance des BMR
4. Réservoirs des germes multi résistants
II. Pression de sélection-colonisation
III. Prévalence-incidence de colonisation
IV. Facteurs de risque
1. SARM
2. EBBLSE
3. ABMR
4. EPC
5. PAMR
V. Infections nosocomiales
VI.Index de colonisation
VII. Facteus pronostiques
VIII. Prévention
IX. Contraintes au cours de la realisation de ce travail
CONCLUSION
ANNEXE
RESUMÉS
BIBLIOGRAPHIE
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