Soutenance mémoire
Les Paramvxovirus émerqents
Emergence Hendra
1994 [7] [8], [9], [ l O], [ l l ] En Septembre 1994, un syndrome respiratoire aigu affecte soudainement les chevaux de course pur sang du centre d’entraînement de Brisbane (banlieue de Hendra, état du Queensland, Australie) paralysant ainsi le secteur des courses équestres. Cet épisode fait suite au retour d’une femelle gestante d’un haras où a été recensée une mort subite. Treize des vingt chevaux atteints succombent. L’étiologie demeure inconnue, cependant les causes toxiques et les maladies exotiques comme la peste équine sont exclues. Des mesures de quarantaine sont immédiatement mises en place, les chevaux infectés guéris sont abattus et l’épidémie est maîtrisée. Quelques jours après la mort des premiers cas, le propriétaire du centre et un palefrenier sont atteints d’un syndrome respiratoire. Le propriétaire décède après trois semaines d’hospitalisation et de soins intensifs. En Octobre 1995, un éleveur de Makay (Queensland) qui avait réalisé les autopsies de deux chevaux morts treize mois auparavant décède. Les deux foyers semblent avoir la même étiologie. Un nouvel agent viral appartenant à la famille des Paramyxovirus est identifié et nommé Equine Morbillivirus avant d’être rebaptisé Hendra Virus. (HeV). En 1999, une jument pur sang meurt en 24H près de Cairns (nord de Queensland). Aucun autre animal n’est impliqué. Des mesures de quarantaine sont prises et le foyer est jugulé. [8, 9]
Etiologie
(27],[28] Ces quatre virus appartiennent à l’ordre des Mononegavirales à la famille des Paramyxoviridae et à la sous-famille des Paramyxovirinae La nucléocapside est formée de simples brins d’ARN viral associés-à des protéines. Le virion est pleïomorphe avec un diamètre variable allant de 38 à 600 nm et une longueur de 1670 nm pour HeV et NiV et une longueur de 500 nm pour TiV et MenV. L’enveloppe, formée directement à partir de la cellule hôte par bourgeonnement, contient trois glycoprotéines transmembranaires. La capside, hélicoïdale, porte des spicules typiques des Paramyxovirus, d’une hauteur approximative de 17 nm et d’un diamètre de 5 nm. Elle apparaît chez HeV comme doublement réfringente car les spicules ont 2 hauteurs différentes ( 15 et 18nm) tandis qu’ils sont tous à la même hauteur (17nm) chez NiV, MenV et TiV ce qui donne l’impression d’une simple enveloppe réfringente. [27] Les virions contiennent une molécule d’ARN de polarité négative, non segment~ d’une longueur d’environ 15kb et dont le poids moléculaire varie de 5 à 7 .l0A6 daltons. Il existe trois groupes de protéines : [29] -les protéines du complexe transcriptase: L, (lipoprotéine) NP, (nucléoprotéine) P, (polymérase) liées à l’ARN et formant la nucléocapside. -les protéines d’enveloppe permettant la fusion et l’attachement à la cellule hôte: F (protéine de fusion) et G (protéine d’attachement) -la protéine de matrice M ayant un rôle structural.
Habitat
Ils se perchent dans de grands arbres (25m de haut en moyenne), souvent près d’une rivière ou de la mangrove. Les Pteropus préfèrent la côte et colonisent rarement les hautes terres centrales. Les perchoirs sont situés dans des zones ayant un certain niveau d’humidité, un climat doux, à l’abri des vents violents et dans des endroits dégagés et en surplomb permettant un décollage rapide. [57] Les perchoirs sont bruyants et comprennent entre 10 et 5000 individus. Une grande variation saisonnière est observée: en saison sèche, les perchoirs comptent beaucoup moins d’individus. Ceci est à mettre en relation avec la raréfaction de la nourriture. [57) Les grandes colonies se font de plus en plus rares. En effet, les Pteropus sont un met apprécié des Malgaches et la viande de chauvesouris est chère. Ceci encourage la chasse. D’autre part, on assiste à la disparition des perchoirs; un cyclone ou la déforestation qui va bon train sur l’île font disparaître peu à peu ces gîtes naturels.[57] Dans certaines régions, croyances et traditions limitent la chasse, comme c’est le cas dans l’Ankarana, dans d’autres régions au contraire les « Fanihy » sont très appréciées et chassées malgré l’interdiction formelle de chasse des espèces endémiques. On estime à 200000 le nombre de Pteropus rufus à Madagascar, cette espèce est donc considérée à bas risque de disparition par l’IUCN mais les dernières observations montrent un déclin inquiétant. Pteropus rufus entre dans la liste des espèces protégées de Madagascar par son rôle important dans l’écosystème en matière de pollinisation.[54).
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Table des matières
Remerciements
Introduction
Première partie : Présentation du lieu de stage
1 . Généralités sur Madaqascar
1.1 Situation Géographique
1.2 Climat
1.3 Population
1 .4 Aspect culturel
1.5 Situation politico-économique
1.6 Situation sanitaire
1.6.1 Maladies endémiques
1.6.2 Epidémies
1.6.3 Structures sanitaires
2. L’institut Pasteur de Madaqascar
2.1 Activités de recherche et de santé publique
2.2 Activités de service
2.3 Activités de formation
2.4 Présentation de l’unité de viroloaie
Deuxième Partie : Les Paramvxovirus émerqents
1. Historique
l . l Emerqence Hendra
1.2 Emerçience Ménanqle
1.3 Emeraence Nipah
1.4 Emerçience Tioman
2. Clinique
2.1 Symptômes
2.1 . l Hendra i
2.1. l .1 Chez l’homme
2.1.1.2 Chez l’animal
2.1.2 Nipah
2.1 .2.1 Chez l’homme
2.1.2.2 Chez l’animal
2.1.3 Ménançile
2. l.3.1 Chez l’homme
2.1.3.2 Chez l’animal
3. Lésions
4. Etioloqie
4.1 Morpholoçiie Composition
4.2 Propriétés physico-chimiques
4.3 Propriétés antiqéniques
4.4 Propriétés enzvmatiques: activité neuraminidasique
4.5 Effet cytopathique
5. Taxonomie
6. Pathoçiénie
7. Diaqnostic
7.1 Clinique et lésionnel
7.2 Epidémioloqique
7.3 De laboratoire
7.3.1 Diagnostic virologique
7.3.1.1 Précautions
7 .3.1.2 Isolement viral
7.3.1.3 lmmuno-histochimie
7 .3.1.4 Microscopie électronique
7 .3.1.5 Biologie moléculaire : PCR et séquençage
7 .3.2 SéroloQie
7.3.2.1 Elisa
7 .3.2.2 Séroneutralisation
7.4 Différentiel
8. Traitement
9. Pronostic, séquelles, complications
1 O. Epidémiologie
1 O. 1 Espèces concernées
10.2 Réservoir
10.2.1 Hendra
10.2.2 Nipah
10.2.3 Menangle
10.2.4 Tioman
10.3 Mode de transmission
10.3.1 Matières virulentes
10.3.2 Transmission
10.3.2.1 Circulation du virus au sein du réservoir
10.3.2.2 Transmission du réservoir aux hôtes sensibles
10.3.2.3 Transmission intraspécifique chez les hôtes sensibles
10.3.2.3.1 Hendra
10.3.2.3.2 Nipah
10.3.2.3.3Menanqle
10.3.2.4 Mère/fœtus
11. Prophylaxie
11.1 Médicale
11.2 Sanitaire
11.2.1 Offensive
11.2.2 Défensive
11.2.2.1 Protection des personnes à risque
11.2.2.2 Prévention de l’infection
11.2.2.3 Détection précoce
112.2-A· Contrôle de la circulation virale –
12. Répartition
Troisième Partie : Etude des virus transmis par les Mégachiroptères à
MadaQascar
1. Problématique à l’échelle internationale
2. Objectifs
2.1 Principal
2.2 Secondaires
3. Cas particulier de Madaqascar
3.1 Généralités sur les MéQachiroptères de Madagascar
3,] .1 Classification
3.1.2 Généralités sur les chauves- souris à Madaqascar
3.1.2.1 Habitat
3.1.2.2 Rôle des chiroptères fruQivores dans l’écosystème
3.1.3 Description des différentes espèces de Meqachiroptères
3.1.3. 1 Pteropus rufus
3.1.3.1.1 Morphologie
3.1.3.1.2 Reproduction
3.1.3.1.3 Habitat
3.1.3.2 Eidolon dupreanum
3.1 .3.2. 1 Morpholoqie
3.1.3.2.2 Habitat
3.1.3.2.3 Reproduction
3.1 .3.3 Roussettus madaQascariensis
3.1.3.3.1 Morpholoqie
3.1.3.3.2 Habitat
3.1.3.3.3 Reproduction
3.2 Matériel et méthodes
3.2.1 Capture des chauves -souris
3.2. 1 . l Objectifs de la mission
3.2.1. l .1 Etude morphométrique
3.2.1. l .2 Etude d’impact environnemental
3.2.1.1.3 Etude virologique
3.2.1 .2 Préparation de la mission
3.2.1.2.1 Loqistique
3.2.1.2.2 Capture d’entraînement dans le parc de l’IPM 33
3.2.1.2.3 Autorisation de capture et formalités
3.2.1 .3 Lieu de capture
3.2.1.4 Méthodes de capture
3.2.2 Prélèvements
3.2.2. l Prélèvements des animaux qui seront relachés
3.2.2.2 Dissection et réalisation des prélèvements pour animaux sacrifiés
3.2.2.3 Traitement des prélèvements
3.2.2.4 Devenir des prélèvements
3.2.3 Analyses des prélèvements
3.2.3. l Méthode : protocole Elisa
3.2.3.1.1 Principe aénéral
3.2.3.1.2 Les différentes étapes de la réaction
3.2.3.1.2.1 Sensibilisation des plaques par I’ AG à J l
3.2.3.1.2.2 Fixation de l’anticorps
3.2.3,h2.3 Dépôt-du-eonjugué – .
3.2.3.1.2.4 Révélation de la réaction
3.2.3.1.2.5 Lecture et interprétation des DO
3.3 Résultats
3.3.1 Réalisation d’une collection de sérums
3.3.2 Mise au point du test
3.4 Discussion
3.4.1 Difficultés techniques et loçiistiques
3.4. 1 . 1 Pour la préooration de la mission
3.4.1.2 Pendant la mission
3.4.2 Difficultés d’obtention de prélèvements
3.4.2.1 Pendant la mission en particulier
3.4.2.2 A Madagascar en général
3.4.3 Etat d’avancement du proiet du RIIPIA et réponses aux objectifs
Conclusion
Annexes
Biblioqraphie
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