Soutenance mémoire
LES MALADIES DE BOIS DE LA VIGNE
Facteurs influençant l’expression des symptômes
La difficulté de reproduction du quatrième postulat de Koch suggère l’intervention de facteurs abiotiques dans la phase d’expression des symptômes. Certains facteurs sont déjà connus pour expliquer la variabilité des symptômes observés entre différentes parcelles, tels que la sensibilité des cépages aux maladies du bois. Par exemple en Gironde, il est possible d’observer 5% de ceps improductifs sur une parcelle de cépage résistant (Merlot) contre 41% sur une parcelle de cépage sensible (Cabernet sauvignon) (Lecomte et al., 2011).Il existe également un effet sol, c’est-à-dire que les parcelles humides à fortes réserves utiles et riches en azote sont plus favorables à l’expression de la maladie que les sols pauvres à faible teneur en eau. L’âge des parcelles et la sensibilité variétale sont également des facteurs bien connus, mais il est possible de rencontrer des parcelles de même âge et de même variété avec une expression symptomatique très différente. Néanmoins, le sol, l’âge et le cépage ne permettent pas d’expliquer à eux seuls la variabilité de situations. Cela suggère l’influence d’autres facteurs comme : (i) le climat, (ii) les pratiques culturales, (iii) la nutrition azotée… Ainsi, de nombreuses hypothèses peuvent être émises au sujet de changements survenant au niveau des facteurs abiotiques. (i) Le réchauffement climatique et en particulier l’augmentation de la température pourrait induire une augmentation de l’activité de certains parasites (Lecomte et al., 2012). De plus, les périodes de sécheresse et de canicule plus fréquentes lors de cette dernière décennie pourraient favoriser le développement des parasites latents dans le bois des plantes pérennes.En ce qui concerne (ii) les pratiques culturales, avant la plantation, de nombreuses études ont souligné que l’itinéraire technique en pépinière influait sur la qualité de robustesse d’un plant lors de son implantation au vignoble. Lors de la plantation, une absence de rotation, une mauvaise préparation du sol, des plants mal entreposés ou mal préparés, une date de plantation tardive, un arrosage insuffisant contribuent au développement des champignons. Après la plantation, la surproduction, la qualité de la taille, la mécanisation et les systèmes de conduite simplifiés peuvent être impliqués dans l’expression des maladies. La nutrition azotée semble également jouer un rôle non négligeable sur l’expression des symptômes (Goutouly, 2010). Une nutrition azotée importante favorise le métabolisme de croissance alors qu’une faible nutrition azotée active le métabolisme secondaire avec la production de composés phénoliques. Selon cet auteur, il existe une baisse des capacités de résistance de la vigne face aux maladies de dépérissement lorsque les conditions climatiques et de nutrition azotée sont favorables à la croissance. Les symptômes foliaires augmentent alors et le complexe de pathogènes progresse plus rapidement. A l’inverse, lorsque la croissance est réduite, il se produit une diminution de l’expression des symptômes foliaires. Cela pourrait expliquer en partie, les fluctuations interannuelles dans l’expression des symptômes (Goutouly, 2010).En conclusion, différentes hypothèses peuvent expliquer la progression des maladies du bois dans le monde. Il semble évident que le climat joue un rôle considérable sur l’expression des symptômes, cependant les mécanismes d’action ne sont pas encore bien élucidés. De plus, la prise en compte des pratiques culturales associées au respect de la physiologie de la plante constituerait probablement une méthode de lutte tout à fait possible.
PROBLEMATIQUE ET OBJECTIFS
Les maladies de dépérissement du bois de la vigne nommées esca-BDA, constituent actuellement un « verrou technologique » pour les viticulteurs car ils ne disposent d’aucun moyen de lutte efficace contre ces pathologies. Elles sont aussi un « verrou scientifique » pour les chercheurs car de nombreuses interrogations subsistent sur les micro-organismes impliqués dans ces phénomènes de dépérissement.Afin de lever, au moins en partie, cette indétermination, six parcelles d’étude ont été choisies selon certains critères tels que : la présence de symptômes d’esca, la sensibilité des cépages (Sauvignon Blanc, Cabernet Sauvignon / Cabernet Franc comparés à des tolérants tels que Merlot Noir et Malbec), l’âge des plants (entre 21 et 24 ans) permettant d’observer plus facilement la maladie. Le premier objectif de ces expérimentations a été de caractériser et comparer par deux approches complémentaires, la microflore colonisant les tissus ligneux de ceps présentant des symptômes d’esca. (i) Une approche pasteurienne (technique de microbiologie « classique ») par recherche de champignons après dépôt de fragments de bois sur milieu nutritif a tout d’abord été utilisée puis (ii) une technique d’empreinte moléculaire par Single-Strand Conformation Polymorphism (SSCP). Le second objectif de cette étude a été de (iii) modéliser la cinétique d’évolution de l’expression des symptômes foliaires d’esca.Le but de cette approche était de caractériser et de comparer la microflore fongique colonisant la bande brune et le bois sain de ceps présentant des symptômes d’esca. Deux cépages sensibles ont été étudiés : Cabernet franc et Sauvignon blanc.L’approche par empreinte moléculaire a permis d’étudier la structure génétique des communautés fongiques et bactériennes présentes dans la bande brune et le bois sain selon les cépages.Enfin, les études menées en 2012 (Diarra) et 2013 (Meziani) présentaient des profils d’expression des symptômes foliaires d’esca similaires à ceux obtenue en 2012 par Lecomte et al. Le suivi de l’évolution des symptômes de six parcelles différentes a permis d’étudier les relations entre la dynamique d’apparition des symptômes d’esca et son environnement.
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Guide du mémoire de fin d’études avec la catégorie Biologie et Technologie du Végétal |
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Table des matières
I – PRESENTATION DE LA STRUCTURE DE STAGE
II – INTRODUCTION
III – CONNAISSANCES ACTUELLES CONCERNANT LES MALADIES DE BOIS DE LA VIGNE
3.1 – L’esca
3.1.1 – Les symptômes foliaires associés à l’esca
3.1.2 – Les agents pathogènes associés à l’esca
3.2 – Le Black Dead Arm (BDA)
3.2.1 – Les symptômes foliaires associés au BDA
3.2.2 – Les agents pathogènes associés au BDA
3.3 – Présentation de la problématique Esca / BDA
IV – LES METHODES DE LUTTE
V – FACTEURS INFLUENCANT L’EXPRESSION DES SYMPTOMES
VI – PROBLEMATIQUE ET OBJECTIFS
VII – MATERIELS ET METHODES
7.1 – Dispositif expérimental et suivis réalisés
7.2 – Caractérisation de la microflore fongique par méthode cultivable
7.3– Caractérisation des communautés fongiques et bactériennes par empreinte moléculaire
VIII – RESULTATA
8.1 – Etude de l’évolution et caractérisation des symptômes d’esca
8.2 – Caractérisation de la microflore fongique par méthode cultivable
8.3 – Caractérisation de la microflore fongique et bactérienne par empreinte moléculaire
IX – DISCUSSION ET CONCLUSION
X – REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
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