Soutenance mémoire
LES INFLUENZAVIRUS DE TYPE A
Facteurs ayant favorisé l’émergence et la propagation de l’épizootie sud asiatique
Insuffisance du niveau du biosécurité
L’Asie est connue pour être un épicentre de la grippe car dans cette région du monde les oiseaux et les hommes vivent en contact étroit dans des conditions où les virus peuvent très facilement passer d’une espèce à l’autre. En effet, la grande majorité des élevages de volailles sont des élevages d’arrière-cour où le risque de contamination à partir des oiseaux sauvages est élevé. Par ailleurs, la commercialisation des volailles dans les marchés d’animaux vivants où se côtoient très étroitement différentes espèces aviaires est une pratique courante en Asie (FAO emergency prevention system, 2004).
Augmentation de la densité de volailles
La densité de la population de volailles est très élevée en Asie et depuis 1997, d’après les estimations de la FAO, sa croissance est extrêmement importante (FAO AIDE news, 2005c). L’exemple du Vietnam (cf.Tableau 13), où la population de poulets et la population de canards ont augmenté d’environ 55% entre 1997 et 2004, illustre parfaitement cette tendance régionale à la croissance (FAO AIDE news, 2005c).Les zones d’élevage très denses sont connues pour être particulièrement vulnérables à l’introduction et à la propagation de maladies infectieuses. En effet, lorsqu’un influenzavirus est introduit dans une zone à forte densité de volailles, il est aisément transmis d’oiseau à oiseau et d’élevage à élevage, le virus est donc fortement amplifié et se propage dans l’environnement (FAO AIDE news, 2004f). Une étude menée par la FAO en Chine a permis de démontrer que le statut d’infection semblait lié à la densité de volailles. Cette étude a permis d’établir que la densité moyenne des volailles dans les zones atteintes était 2414 volailles par km2. Ce résultat, obtenu au site de localisation des foyers, a été comparé à la densité moyenne des volailles dans un échantillon de lieux tirés au sort au sein des zones indemnes (250 lieux). La densité moyenne de volailles en zone indemne, calculée par cette méthode, était 1384 volailles par km2. La différence entre ces résultats est significative sur le plan statistique (FAO AIDE news, 2004g). Le nombre de volailles élevées dans les pays atteints approche les six milliards et selon les estimations de la FAO, il y aurait plus de 200 millions d’éleveurs traditionnels (FAO AIDE news, 2004f). Ces dernières années, dans la plupart des pays sud-asiatiques, les éleveurs traditionnels et les petits éleveurs commerciaux ont fortement augmenté le nombre d’oiseaux qu’ils détenaient, en réponse à l’importante croissance de la demande sur le marché de la viande de volaille. Bien souvent, ils n’ont pas augmenté, de façon concomitante, le niveau de biosécurité de leur élevage, ce qui leur aurait permis de sécuriser leur investissement (FAO AIDE news, 2005c). Par ailleurs, dans ces pays, il n’y a pas, ou peu, eu d’intervention gouvernementale pour garantir que l’agrandissement des élevages allait de paire avec une amélioration du niveau de biosécurité (FAO AIDE news, 2005c). Ceci a certainement favorisé l’émergence et la propagation de l’épizootie d’HPAI.
Nouvelles propriétés virales
Un changement majeur dans l’épidémiologie de l’influenza aviaire intervenu au cours de l’épizootie sud asiatique est la capacité de l’influenzavirus H5N1 hautement pathogène à être disséminé, au moins sur de courtes périodes, par les oiseaux aquatiques sauvages et domestiques (FAO AIDE news, 2005c). Avant 1999, les influenzavirus hautement pathogènes étaient rarement isolés chez les canards domestiques. Après 1999 des mutations leur ont permis d’être mieux adaptés à cette espèce et, en 2004, le niveau et la durée d’excrétion virale des canards domestiques ont significativement augmentés (FAO AIDE news, 2005c). Les canards jusqu’alors considérés comme une simple espèce sensible sont désormais considérés comme une espèce réservoir. Ceci a pu accroître la probabilité de contamination des volailles domestiques qui, dans les systèmes d’élevage traditionnels et les marchés de volailles vivantes, sont en contact étroit avec les canards (FAO AIDE news, 2005b). )4 Oiseaux migrateurs Le rôle qu’ont pu jouer les oiseaux migrateurs dans la genèse de l’épizootie sud-asiatique d’HPAI donne lieu à de nombreuses spéculations. Ils auraient disséminé l’influenzavirus H5N1 de la Chine aux autres pays au cours de leur migration hivernale vers le sud.
Contamination des oiseaux sauvages par des influenza virus hautement pathogènes Jusqu’en 2002, il était rare que des influenzavirus hautement pathogènes soient isolés chez des oiseaux sauvages. L’influenzavirus hautement pathogène de sous-type H5N3 avait pu être isolé chez de nombreuses sternes en 1961, en Afrique du Sud au cours d’une épizootie d’HPAI ayant provoqué la mort de 1300 sternes sauvages. Par ailleurs, des influenzavirus avaient été isolés très ponctuellement chez des oiseaux sauvages : le sous-type H7N1 chez un pinson en Allemagne, le sous-type H7N7 chez un goéland en Allemagne, les sous-type H7N3 chez un faucon pèlerin aux Etats Unis et le sous-type H7N7 chez un sansonnet en Australie (FAO AIDE news, 2005c). Depuis 2002 et le premier isolement de l’influenzavirus H5N1 chez des oiseaux sauvages de Hong Kong, l’influenzavirus H5N1 a été régulièrement isolé chez des oiseaux sauvages asiatiques (chez des aigles, des hérons, des cigognes, un faucon, une aigrette, un goéland, un moineau et un pigeon) (FAO AIDE news, 2005c). Notons que depuis 2002, des systèmes de surveillance active des oiseaux sauvages ont été crées dans plusieurs pays sud asiatiques, notamment en 2004, à Taiwan, à Hong Kong, en République de Corée, au Japon et en Thaïlande (Gruhier, 2004). Ceci a certainement contribué à l’augmentation du nombre d’isolements viraux réalisés. L’infection des oiseaux sauvages par certaines souches d’influenzavirus H5N1 hautement pathogènes s’exprime cliniquement. Ceci pourrait augmenter la probabilité de transmission virale des oiseaux sauvages aux oiseaux domestiques. En effet, les oiseaux sauvages exprimant l’infection ont tendance à venir s’abriter dans les fermes, au contact d’oiseaux domestiques, ce que d’ordinaire les oiseaux sauvages ne font pas (FAO AIDE news, 2005c).
Rôle de la contamination des oiseaux sauvages par des influenzavirus hautement pathogènes Il existe des débats d’experts au sujet de l’importance du rôle qu’a pu jouer l’infection d’oiseaux sauvages, et plus particulièrement l’infection d’oiseaux migrateurs, dans la dissémination de l’influenzavirus H5N1 en Asie.
Les arguments avancés pour suggérer que les oiseaux migrateurs n’ont pas participé à la dissémination virale en Asie sont les suivants (FAO AIDE news, 2005c ; FAO AIDE news, 2005b ; Capua et Marangon, 2003) : – les oiseaux sauvages chez lesquels l’influenzavirus H5N1 a pu être isolé étaient souvent malades ou morts ce qui suggère que leur potentiel de dissémination n’a pu être que limité,
– la distribution spatio-temporelle des foyers d’influenza aviaire au sein de la population de volailles domestiques en 2004 ne correspond au trajet et à la période de migration d’aucune espèce aviaire, – dans les zones contaminées la densité aviaire est très élevée et, de fait, la possibilité de chevauchement écologique des oiseaux domestiques et des oiseaux migrateurs est limitée, – certaines régions traversées par les oiseaux migrateurs n’ont pas été contaminées par l’influenzavirus H5N1, c’est le cas de Taiwan et des Philippines, – il existe d’autres modes de dissémination de l’HPAI (comme les mouvements d’oiseaux domestiques, de produits dérivés de la volaille ou de matériel contaminé), – un nombre très limité d’infection d’oiseaux migrateurs a pu être mis en évidence, ce, malgré le grand nombre d’analyses réalisées : sur un total de 24 500 oiseaux sauvages soumis à un test de dépistage de l’influenza aviaire, en 2004, en Asie du sud est, le virus H5N1 a été isolé chez 40 individus de 14 espèces différentes. Sur les 14 espèces aviaires sauvages infectées par le virus H5N1 seules trois étaient des espèces migratrices et il semble nécessaire de souligner qu’un oiseau sauvage infecté représente bien sûr une source de contamination potentielle pour les oiseaux domestiques mais qu’il a pu lui-même être contaminé par un oiseau domestique. Malgré un large dépistage au sein de la réserve naturelle hong kongaise de Mai Po, l’une des principales zone de nidation hivernale des oiseaux migrateurs asiatiques, l’influenzavirus H5N1 n’a été isolé chez aucun oiseau.
Les arguments avancés pour suggérer que les oiseaux migrateurs ont participé à la dissémination virale en Asie sont les suivants (FAO AIDE news, 2005c) : – il est possible que l’influenzavirus soit amplifié par les oiseaux aquatiques locaux ou les canards domestiques après avoir été introduit par des oiseaux migrateurs, – l’influenzavirus H5N1 a été isolé chez des oiseaux migrateurs dans des régions où aucun foyer n’était encore apparu chez la volaille, – le nombre limité de souches virales H5N1 détectées dans les pays sud-asiatiques suggère une origine commune des virus.
Les données épidémiologiques disponibles au printemps 2005 ne fournissent pas suffisamment de preuves pour conclure de façon définitive quant à l’importance du rôle joué par les oiseaux migrateurs dans la dissémination virale, cependant elles semblent indiquer que la dissémination de l’influenzavirus H5N1 par les oiseaux migrateurs a été limitée et n’a certainement pas été le seul mode de propagation de l’épizootie (FAO AIDE news, 2005c).
Commerce d’oiseaux
Si on connaît mal l’importance du rôle joué, à l’état naturel, par les oiseaux sauvages dans la dissémination virale, il semble en revanche certain que les mouvements commerciaux d’oiseaux vivants, y compris d’oiseaux sauvages, ont largement contribué à la dissémination de l’infection.
Commerce d’oiseaux sauvages Le commerce d’oiseaux sauvages est développé en Asie. Ces oiseaux sont souvent transportés en cage, sur de longues distances, dans de mauvaises conditions. Ils sont enfermés, très à l’étroit, avec des oiseaux d’espèces différentes, y compris d’espèces domestiques et d’autres espèces sauvages. Au cours de l’année 2004, des palombes sauvages transportées de la Thaïlande vers la Malaisie se sont révélées être contaminées par l’influenzavirus H5N1 et deux aigles frauduleusement introduits en Belgique en provenance de Thaïlande se sont révélés être également contaminés par l’influenzavirus H5N1 (FAO AIDE news 22, 2005b). Les cas où les oiseaux sauvages sont soumis à des contrôles sont relativement rares, notamment lorsque le commerce se fait au niveau local, et, pour quelques sauvages infectés identifiés, on peut raisonnablement supposer que de nombreux oiseaux sont transportés librement. D’autre part, l’incident survenu en Belgique illustre le fait que si le commerce d’oiseaux est un moyen de dissémination de l’infection au niveau régional, il est également un moyen de dissémination potentiellement international. C’est, par ailleurs, un moyen de dissémination bien décrit. Ainsi, des perroquets introduits en contrebande ont été à l’origine de l’épizootie de la maladie de Newcastle de 1971 en Californie (Das, 2004).
)b Commerce d’oiseaux domestiques Le commerce d’oiseaux domestiques est, tout autant que le commerce d’oiseaux sauvages, un mode possible de dissémination des influenzavirus, notamment en raison de l’existence et de l’importance des marchés de volailles vivantes. )6 Influence de la saison Les déclarations d’infection des pays atteints sont regroupées au début de l’année 2004. Or, à cette période de l’année, les mouvements commerciaux de volailles vivantes sont très intenses, notamment en raison de l’augmentation de la demande à l’approche du nouvel an lunaire. Par ailleurs, la chute saisonnière des températures accroît la résistance de l’influenzavirus dans le milieu extérieur. L’augmentation du niveau de contamination de l’environnement provoquée par la combinaison de ces deux facteurs peut avoir contribué au regroupement temporel des déclarations d’infection (FAO AIDE news, 2005b).
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE : LES INFLUENZAVIRUS DE TYPE A, ÉLÉMENTS DE VIROLOGIE ET D’ÉPIDÉMIOLOGIE
-I LES INFLUENZAVIRUS DE TYPE A : ÉLÉMENTS DE VIROLOGIE
-A Les influenzavirus de type A
1 Les différents types d’influenzavirus
2 Propriétés des influenzavirus de type A
3 Nomenclature des influenzavirus de type A
4 Virulence des influenzavirus de type A
-B L’influenza aviaire
1 Définition de l’influenza aviaire
2 Statut indemne vis à vis de l’influenza aviaire
3 Historique des épizooties d’HPAI
-C Variabilité génétique des influenzavirus
1 Mutations ponctuelles
2 Réassortiments génétiques
-II LES INFLUENZAVIRUS DE TYPE A : ÉLÉMENTS D’ÉPIDÉMIOLOGIE
-A Hôtes principaux et spécificité d’hôte
1 Hôtes principaux
2 Spécificité d’hôte
-B Infection des oiseaux
1 Infection des oiseaux sauvages aquatiques
2 Infection des oiseaux domestiques
-C Infection des mammifères
1 La grippe humaine
2 La grippe porcine
3 La grippe des équidés
4 La grippe des mammifères marins
5 La grippe des mustélidés
DEUXIÈME PARTIE : ÉPIZOOTIE D’INFLUENZA AVIAIRE SUD-ASIATIQUE, BILAN PAR PAYS AU 31 MARS 2005
-I PARTICULARITÉS DE L’ÉPIZOOTIE SUD-ASIATIQUE
-A Des caractéristiques épidémiologiques inédites
1 Infection des félidés
2 Infection asymptomatique des canards domestiques
3 Pathogénicité pour les oiseaux sauvages
-B Des observations préoccupantes
1 Une virulence accrue chez l’homme
2 Des porcs contaminés
-C Une extension exceptionnelle
1 Extension géographique
2 Caractéristiques du secteur de l’élevage dans la zone atteinte
-II ORIGINE DE LA SOUCHE VIRALE H5N1 EN CAUSE
-A L’influenza aviaire à Hong Kong
1 Epizootie de 1997
2 Episode de 2001
3 Episode de 2002
4 Infections humaines de 2003
5 Synthèse des épisodes d’influenza aviaire à Hong Kong entre 1997 et 2003
-B Evolution génétique de la « souche de Hong Kong »
I EVOLUTION SPATIO-TEMPORELLE DE L’INFECTION ÉPIDÉMIOLOGIQUE AU NIVEAU RÉGIONAL AU 31 MARS 2005
-A Evolution temporelle au niveau régional
1 Choix d’un indicateur
2 Evolution du nombre mensuel de provinces ayant déclaré des foyers
-B Comparaison des historiques nationaux
1 Evolution temporelle
2 Extension géographique intranationale
3 Approche de la sévérité de l’épizootie
4 Evolution spatio-temporelle
-II ORIGINE DE L’INFECTION ET MODE DE PROPAGATION
-A Augmentation apparente du nombre d’épizooties
1 Augmentation du nombre d’épizooties d’HPAI notifiées
)2 Amélioration de la surveillance et de la détection
-B Emergence de l’épizootie sud-asiatique
1 Regroupement des déclarations d’infection
2 Déclarations tardives
3 Circulation virale ancienne
-C Facteurs ayant favorisé l’émergence et la propagation de l’épizootie sud asiatique
1 Insuffisance du niveau du biosécurité
2 Augmentation de la densité de volailles
3 Nouvelles propriétés virales
4 Oiseaux migrateurs
5 Commerce d’oiseaux
6 Influence de la saison
7 Synthèse
QUATRIÈME PARTIE : STRATÉGIES DE CONTRÔLE DE L’HPAI
-I MODALITÉS D’ENTRETIEN D’UNE ÉPIZOOTIE D’INFLUENZA AVIAIRE
-A Sources d’influenzavirus hautement pathogènes
-B Modes de contamination des élevages
1 Introduction
2 Contamination de voisinage
3 Résurgence
-II LUTTE CONTRE L’INFLUENZA AVIAIRE : OUTILS DISPONIBLES
-A Mesures sanitaires
1 Mesures sanitaires offensives
2 Mesures sanitaires défensives
3 Synthèse des inconvénients des mesures sanitaires
-B Mesures médicales
1 Chimioprévention et traitement curatif
2 Vaccination
-C Mesures médico-sanitaires
1 Principe
2 Avantages de la réponse médico-sanitaire
3 Inconvénients de la réponse médico-sanitaire
-III ELÉMENTS DE CHOIX DE LA STRATÉGIE DE RÉPONSE À APPORTER À UNE ÉPIZOOTIE D’HPAI
-A Synthèse des caractéristiques des différentes stratégies de lutte
-B Stratégies utilisées pour lutter contre les épizooties d’HPAI récentes et analyse de l’efficacité comparée de ces stratégies
1 Gestion des épizooties d’HPAI récentes
2 Synthèse des enseignements que l’on peut retirer de la gestion des épizooties d’HPAI récentes –IV ANALYSE DES MÉTHODES DE LUTTE MISES EN ŒUVRE DANS LES PAYS D’ASIE DU SUD-EST CONTRE L’ÉPIZOOTIE À H5N1
-A Comparaison des méthodes de contrôle mises en œuvre dans les différents pays sudasiatiques atteints par l’épizootie d’HPAI à H5N1
1 Mesures annoncées et décrites par les gouvernements des pays atteints
2 Mesures effectivement mises en œuvre sur le terrain dans les différents pays atteints
-B Facteurs ayant pu influer sur l’efficacité des mesures de contrôle mises en oeuvre dans les pays sud-asiatiques atteints par l’épizootie d’HPAI à H5N1
1 Facteurs liés aux qualités des services de santé animale et de la mise en œuvre des mesures de lutte
2 Facteurs liés aux caractéristiques du secteur de l’élevage des volailles
-C Facteurs ayant effectivement influé sur l’efficacité des mesures de contrôle mises en œuvre dans les différents pays sud-asiatiques atteints par l’épizootie d’HPAI à H5N1
1 Efficacité des mesures de contrôle dans les différents pays
2 Facteurs ayant influencé l’efficacité des mesures de lutte
-D Orientations pouvant être proposées pour renforcer l’efficacité de la lutte contre l’épizootie sud-asiatique d’HPAI
1 Orientations nationales
2 Orientations régionales et internationales
3 Epizootie sud-asiatique d’HPAI : prévention de l’infection dans les pays indemnes
4 Préparation d’un plan d’action d’urgence
CINQUIÈME PARTIE : CONSÉQUENCES DE L’ÉPIZOOTIE SUD-ASIATIQUE AU NIVEAU RÉGIONAL AU 31 MARS 2005
-I CONSÉQUENCES ÉCONOMIQUES
-A Nature des conséquences économiques
1 Pertes humaines et répercussions économiques
2 Conséquences économiques affectant les éleveurs
3 Conséquences économiques de l’impossibilité d’exporter
4 Conséquences économiques de l’impossibilité d’importer
5 Autre catastrophe ayant affecté la région en 2004 : le raz de marée sud-asiatique
6 Conséquences pour le tourisme
-B Sévérité des conséquences économiques
1 Comparaison des conséquences économiques directes
2 Estimation des pertes économiques indirectes
3 Alléger les conséquences économiques nationales
4 Conséquences économiques internationales
-II CONSÉQUENCES POUR LA SANTÉ HUMAINE
-A Bilan des cas d’infection humaine au niveau régional
1 Estimation du nombre de cas d’infection humaine par l’influenzavirus H5N1 en Asie du sudest
2 Répartition chronologique et géographique des cas d’infection humaine par l’influenzavirus H5N1 en Asie du sud-est et interprétation
3 Caractéristiques cliniques des cas d’infections humaines par l’influenzavirus H5N1 en Asie du sud-est
4 Epidémiologie de l’infection humaine par l’influenzavirus H5N1 en Asie du sud-est
5 Crainte l’imminence d’une pandémie grippale initiée par la souche H5N1 asiatique
6 Principes de prévention de la genèse d’une pandémie grippale initiée par la souche H5N1 sudasiatique
SIXIÈME PARTIE : PRÉPARATION MONDIALE À L’ÉMERGENCE POTENTIELLE D’UNE PANDÉMIE GRIPPALE
-III MODE DE SURVEILLANCE DE L’APPARITION D’UNE SOUCHE AU POTENTIEL PANDÉMIQUE PAR L’OMS
-A Réseau de surveillance pour la grippe
-B Lacunes du système de détection précoce
1 Insuffisance de coopération des Pays Membres
2 Objet de la surveillance
-IV PRÉPARATION MONDIALE À L’ÉMERGENCE POTENTIELLE D’UNE PANDÉMIE GRIPPALE
-A Eléments à prendre en compte pour développer des stratégies de réponse à l’émergence d’une pandémie grippale
1 Outils médicaux
2 Etapes d’émergence d’une pandémie grippale
-B Stratégies de réponse à une alerte pandémique de niveau 0 (épizootie d’HPAI sans infection humaine) proposée par l’OMS
1 Avant le passage en phase 0 : pas de suspicion d’épizootie d’HPAI
2 Phase 0 niveau 0 : épizootie d’HPAI sans infection humaine
-C Stratégies de réponse à une alerte pandémique de niveau 1 ou 2 (détection d’un nouvel influenzavirus sur un ou plusieurs cas humains mais sans transmission interhumaine) proposées par l’OMS
1 Mesures de prise en charge du/des cas
2 Mesures de renforcement de la protection de la santé humaine
3 Mesures destinées à prévenir l’introduction de l’infection dans les pays indemnes proposées par le Ministère de la Santé français suivant les recommandations de l’OMS
-D Stratégies de réponse à une alerte pandémique de niveau 3 (transmission interhumaine confirmée mais qui reste limitée) proposées par l’OMS
1 Emergence graduelle d’une souche pandémique
2 Objectifs de la réponse
3 Principe de la réponse
4 Conditions d’efficacité de la réponse
5 Mesures destinées à prévenir l’introduction de l’infection dans les pays indemnes proposées par le Ministère de la Santé français
-E Stratégies de réponse à la phase 1 de l’alerte pandémique (phase pandémique) proposées par le Ministère de la Santé français
1 Emergence d’une souche pandémique
2 Principe de la réponse
3 Mise en œuvre de la réponse
-F Synthèse des utilisations possibles des différents outils aux différentes phases d’alerte pandémique
-G Un monde mieux préparé à réagir en cas de pandémie grippale
CONCLUSION
INDEX DES FIGURES
INDEX DES TABLEAUX
BIBLIOGRAPHIE
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