Soutenance mémoire
Les infections causées par les entérobactéries
Support Moléculaire de la résistance des entérobactéries productrices de Bêta-Lactamases à spectre élargi
La résistance des entérobactéries aux antibiotiques présente une menaceextrêmement préoccupante à la santé mondiale, ce qui exige une réponse des cliniciens et des professionnels de la santé publique. Depuis leur découverte, les antibiotiques ont été notre principal moyen de défense. Avec une aggravation du phénomène de résistance, ils risquent de devenir inefficaces et la société pourrait retrouver les conditions qui prévalaient avant, comme quand une infection pulmonaire simple pouvait tuer un enfant, ou quand les médecins étaient impuissants devant les cas de méningite. (1) Les β-Lactamines sont parmi les antibiotiques les plus prescrits en médecine humaine. Toutefois, en raison de leur utilisation massive et souvent inappropriée, la résistance des entérobactériesà ces médicaments a nettement augmenté, notamment car elles ont acquis, par échange de matériel génétique, des β-lactamases à spectre étendu (BLSE).
Les gènes de type TEM, CTX-M et SHV représentent les 3 familles majeures des BLSE.Ces gènes permettent aux entérobactéries de développer une résistance en inactivant la plupart des β-lactamines à l’exception des Céphamycines et des Carbapénèmes. (2) Les BLSE de type TEM et de type SHV sont surveillées en continu depuis plusieurs annéessur différents CHU du monde entier. Cependant, leur nombre décroit depuis de nombreuses années et sont de plus en plus remplacées par les BLSE de type CTX-M. Les entérobactéries productrices de BLSE peuvent causer aussi bien des infections nosocomiales que des infections communautaires. Elles constituent un grave problème sur les lieux des soins médicaux et elles occupent une place importante en pathologie infectieuse humaine.Les entérobactéries productrices de BLSE (E-BLSE) sont désormais responsablesde conséquences mortelles, présentent un risque accru d’échec thérapeutique et sont associées à des hospitalisations prolongées ainsi que des surcoûts liés aux soins. Des études menées ont confirmé que les bactériémies à E-BLSE étaient associées à une grande mortalité. (3) L´objectif de cette étude est de définir le profil de résistance BLSE des entérobactéries, ainsi que de déterminer le support moléculaire codant pour cette résistance à plusieurs antibiotiques.
Les infections causées par les entérobactéries
En pathologie humaine, les entérobactéries pathogènes appartiennent à des groupes : D’une part les bactéries pathogènes opportunistes (BPO) qui font partie des flores fécalescommensales habituelles du tube digestif des mammifères, y compris l’homme. Elles n’entrainent pas de pathologies mais peuvent causer des infections extra-intestinales où les infections urinaires sont les plus répandues. D’autre part les bactéries pathogènes strictes (BPS) qui attaquent l’intestin et dont l’ingestionprovoque une infection intestinale. Le pouvoir pathogène des entérobactéries chez l’homme est considérable. Les infections peuvent être communautaires ou nosocomiales. Elles sont soit bien définies et peuvent concerner tous les sujets soit non spécifiques touchant les sujets immunodéprimés, en particulier ceux qui sont hospitalisés. Parmi ces bactéries, celles qui représentent des infections très périlleuses et très risquées. On en cite :
• Salmonella typhi : qui entraîne des intoxications alimentaires et développe de la diarrhée, c de la fièvre Typhoïde et des crampes abdominales dans les 12 à 48 heures suivant l’infection La maladie dure habituellement de 4 à 7 jours.
• Escherichia coli : qui provoque des infections gastriques, des infections urinaires et des méningites et qui se révèle par des diarrhées aqueuses, des vomissements et des maux de têtes.
• Klebsiella pneumoniae : qui peut engendrer des infections pulmonaires et respiratoires (comme la pneumonie), des septicémies et des angines. • Serratia marcescens : qui peut donner des infections urinaires, des infections de blessures, des pneumonies et des septicémies. • Shigella dysenteriae : qui est l’agent de la dysenterie bacillaire. • Yersinia pestis : qui est responsable de la peste.
Discussion
objectif de cette étude était de définir le profil de résistance BLSE d’une entérobactérie, ainsi que de déterminer le support moléculaire codant à cette résistance par PCR. Dans le cadre de cette recherche, la résistance à quelques antibiotiques a été évaluée chez une souche identifiée Klebsiella pneumoniae qui est une des bactéries les plus souvent isolées en milieu hospitalier, elle est impliquée dans des infections nosocomiales sévères. L’antibiogramme réalisé a montré la production des enzymes BLSE qui se traduit parl’apparition d’une image de synergie entre les disques d’AMC et les C3G (CTX et CAZ). Cette résistance aux antibiotiques est commune chez cette espèce, conduisant à des choix thérapeutiques restreints et à une durée d’hospitalisation prolongée pour les patients infectés. Le support génétique de cette résistance est principalement plasmidique.
Dans les années 1980–1990, les principaux gènes de résistance codant pour des enzymes de typeß-lactamases à spectre étendu associés à K. pneumoniae dérivaient des ß-lactamases TEM et SHV. Une modification de cette distribution mondiale est observée. Des BLSE de type CTX-M est constatée et depuis leur découverte, le nombre d’isolats cliniques produisant les CTX-Mà (BLSE) n’a cessé d’augmenter. Ces gènes deviennent de plus en plus répandus dans le monde entier, aussi bien dans le milieu communautaire que le milieu hospitalier. La large diffusion des E-BLSE dans le milieu communautaire peut être expliquée par la diffusion en communauté de germes porteurs des gènes de résistance codant pour les BLSE, notamment des BLSE de type CTX-M. Afin de rechercher les gènes CTX-M1, nous avons adapté une technique d’amplification PCR rapide en temps réel, utilisant des amorces dégénérées spécifiques de tous les allèlesblaCTXM1. L’amplification, suivie d’une électrophorèse sur gel d’agarose a montré une bande de 863pb correspondant au produit d’amplification du gène blaCTXM1.
conclusion a diffusion des entérobactéries productrices de (BLSE) dans nos hôpitaux constitueune préoccupation majeure en milieu hospitalier. En raison de leur diffusion épidémique et de leur multirésistance aux antibiotiques, elles réduisent de manière importante les alternativesthérapeutiques pour le traitement des infections sévères. Ces bactéries multirésistantes ont étérapportées dans plusieurs pays, notamment au Maroc. En effet, les BLSE sont retrouvées chez une vaste proportion de bacilles à gram négatif,mais les entérobactéries représentent les germes les plus incriminés. Les infections à entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre élargi constituent un risque infectieux croissant. Les principaux facteurs de risque associés seraient les infections urinaires répétées, âge, transferts d’autres établissements, hospitalisationsrécentes, dispositifs invasifs, la prise d’antibiotiques, en particulierde céphalosporines, aminosides et de Fluoroquinolones ainsi qu’un antécédentd’hospitalisation.
Pour cela, l’émergence des EBLSE permet de rappeler qu’il est évidemment nécessaire d’être plus attentif aux divers types de souches qui circulent dans nos hôpitaux. La gestion du risque infectieux que représente la diffusion de ces souches multirésistantes exige une collaboration étroite entre les différents acteurs de santé concernés (Médecins cliniciens,Infectiologues, Bactériologistes, Hygiénistes, Personnels soignants…). Des mesures d’hygiène strictes restent indispensables au sein des services pour limiter la diffusion de ces souches multirésistantes, on note : L’hygiène des mains, tenue de protection, port de gants, gestion du matériel et des surfaces souillées, circuit du linge, des déchets et des prélèvementsbiologiques, la détection précoce des porteurs lors de leur admission à l’hôpital et le renforcement des mesures d’hygiène autour des patients. Ce stage, avait pour objectif de détecter le support moléculaire de la résistance des EBLSE tout en appliquant les différentes techniques du laboratoire.
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Table des matières
Liste des abréviations
Liste des tableaux
Liste des figures
Cadre de stage
1. Présentation du lieu de stage
2. Techniques maîtrisées durant ce stage
Applications pratiques : Support Moléculaire de la résistance des entérobactéries productrices de BLSE.
Introduction
Chapitre I : Revue bibliographique
Partie 1 : Les entérobactéries
1. Définition
2. Classification
3. Réservoir
4.Les infections causées par les entérobactéries
Partie 2 : La résistance bactérienne aux antibiotiques
1. Définition des antibiotiques
2. Les grandes familles d’antibiotiques
3. La résistance des bactéries aux antibiotiques
4. Les mécanismes de résistance aux Bêta-lactamines
4.1- Diminution de la perméabilité
4.2- Production de Bêta-lactamases
4.3- Hyperproduction du système d’efflux
4.4- Modifications de protéines de liaison des pénicillines (PLP)
Partie 3 : Bêta-Lactamases à spectre étendu
I – Généralités sur les BLSE.
I.1- Définition des BLSE
I.2- Classification
II-Les types de gènes de résistance chez les entérobactéries
productrices de BLSE
III-Epidémiologie des entérobactéries productrices de BLSE
III.1- Dissémination des entérobactéries productrices de BLSE
III.2- Infections et facteurs de risque liés aux BLSE
Chapitre II : Matériel et Méthodes
1. Etude de la sensibilité des entérobactéries aux antibiotiques :
L’antibiogramme
a- Préparation de la culture fraîche
b- Réalisation de l’inoculum
c- Ensemencement par écouvillonnage
d- Antibiotiques utilisés
e- Applications des disques d’antibiotiques
f- Lecture
2. Recherche du gène de résistance blaCTXM1 par la méthode PCR
2.1- Définition de la PCR
2.2- Procédure pour réaliser l’extraction d’ADN et la PCR pour le
c gène CTX-M 1
2.3- Electrophorèse sur gel d’agarose
Chapitre III : Résultats et discussion
Résultat
Discussion
Conclusion
Références bibliographiques
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