Soutenance mémoire
Depuis le début de l’année 2020, le monde est confronté à une crise sanitaire sans précèdent à cause de la pandémie du covid-19 qui ne cesse de se propager de manière fulgurante, touchant presque tous les pays (1;2). Les méthodes basées sur la technique moléculaire de polymérisation en chaine restent la référence pour le diagnostic du Syndrome Respiratoire Aigu Sévère dû au Coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) (3). Cependant, vu les contraintes liées à la réalisation des tests moléculaires, surtout dans les pays à ressource limitées, les chiffres officiels pourraient ne pas refléter l’étendu réelle de l’épidémie. A cet effet, les tests sérologiques sont plus appropriés pour l’estimation de l’exposition réelle de la population afin de contribuer à l’élaboration de politique publique de lutte contre la pandémie (4). En effet, les anticorps anti-SRAS-Cov-2 peuvent être détectés chez les patients environ une semaine après l’infection (5). La détection sérologique des anticorps anti-SRAS-Cov 2 fournit des preuves d’une population précédemment infectée et permet aussi une cartographie de l’étendue réelle de l’épidémie (6;7).
Le Sénégal a enregistré son premier cas le 02 mars 2020. Au début l’incident était faible ; mais une deuxième vague a été enregistrée avec une augmentation plus accrue des cas. Depuis quelques jours, une troisième se profile avec une augmentation progressive du nombre de cas enregistré au niveau nationale. C’est dans ce cadre que nous étions proposés d’évaluer la séroprévalence du SRAS-Cov 2 de la population générale du Sénégal. A cet effet, des échantillons sanguins provenant de 9 plus grandes régions du Sénégal ont été collectés entre les mois de juillet et de septembre 2020 pour une évaluation de profil sérologique.
Généralités sur le sars-cov-2
Historique
Les coronavirus ont une longue histoire et ont été associés à des épidémies dans le passé. Elles forment une vaste famille de virus, qui peuvent infecter aussi bien l’homme que l’animal (8). La nouvelle maladie à coronavirus humain (COVID-19) est la cinquième pandémie documentée depuis la pandémie de la grippe de 1918 (9). L’Organisation mondiale de la santé (OMS) nomma ce nouveau coronavirus (2019 nCoV) le 12 janvier 2020, puis la maladie (COVID-19) le 12 février 2020 (10). Plus tard, le Comité International sur la Taxonomie des Virus (ICTV) a officiellement désigné le virus comme étant le SRAS-CoV-2 basé sur la phylogénie, la taxonomie et la pratique établie.
Les coronavirus animaux
Les coronavirus (CoV) sont connus en médecine vétérinaire depuis de nombreuses décennies (11). En 1930, le premier coronavirus a été découvert ; l’infection se manifestait par une bronchite infectieuse (VIB, maintenant appelée avarian coronavirus) et causait un syndrome respiratoire aiguë chez les poulets en 1937 (12)(13). Au cours des années suivantes, en 1940, deux autres coronavirus animaux ont été isolés et caractérisés comme étant le virus de la gastro-entérite transmissible (TGEV, maintenant appelé alphacoronavirus 1) chez le porc. En 1946, le virus de l’hépatite de la souris (MHV, maintenant appelé murine coronavirus) a été découvert chez la souris. Les chauves-souris constituent le groupe de mammifères qui héberge le plus grand nombre de coronavirus. En plus, de nombreux autres coronavirus animaux reconnaissent leurs ancêtres dans ceux des chauve-souris (11).
Les coronavirus humains
Les animaux sont le réservoir naturel des coronavirus ; cependant, plusieurs espèces du virus ont été identifiées chez l’homme à partir des années 1960. Parmi les premiers isolats de coronavirus infectant l’homme, les espèces nommées 229E (par Hamre et Procknow) et OC43 (par Mc Intosh) ont été isolés par culture cellulaire à partir de sécrétion respiratoire d’individus présentant une infection respiratoire aiguë ; c’est en 1965 que ces agents ont été nommés coronavirus « classiques » (14). Les coronavirus humains les plus récents ont provoqué des épidémies. En mars 2003, la première pandémie due aux coronavirus du XXIe siècle a été déclarée, ce qui donna un regain d’intérêt pour cette famille de virus. En cette même année, étaient apparus le SRAS-CoV ; puis en 2004 le HCoV NL63 et en 2005 le HKU1 (15). Quelques années plus tard, on assista à l’émergence de nouvelles souches telles que le MERS-CoV en 2012 et le SARSCoV-2 en 2019 (16).
● Le SRAS-CoV-2 : ce fut une épidémie très contagieuse, qui provoquait une pneumonie atypique ; il a été signalé pour la première fois dans la province du Guangdong, en Chine, en novembre 2002.
● Le MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrom) : il est apparu en 2012 en Arabie Saoudite mais a été par la suite retrouvé dans 26 pays, avec un taux de mortalité qui était de 35%. La plupart de ces cas étaient liés à l’épidémie du Moyen-Orient (17).
● Le SRAS-CoV-2 : il correspond au nouveau coronavirus émergeant qui a été identifié dans la ville de Wuhan, province de Hubei en Chine chez des patients qui présentaient des pneumopathies sévères inexpliquées. Il devint ainsi le septième coronavirus connu pour infecter les humains et la troisième menace sanitaire mondiale liée à un coronavirus en moins de vingt ans (18;19).
En janvier 2020, la première séquence du génome du virus a été publiée par le professeur Yong-Zhen Zhang (numéro d’accès GenBank MN908947). Sur la base de la similitude de sa séquence génomique avec les coronavirus du SRAS, il a été identifié comme un nouveau coronavirus et a été nommé SARS-CoV-2 (20).
Caractéristiques du virus
Origine du SRAS-COV-2
L’étude de Wu et al. a montré une similitude génomique et phylogénétique avec le SARSCoV-1, en particulier dans le gène de la glycoprotéine S. La séquence génomique publiée dans GenBank le 11 janvier 2020 montre 79% d’homologie avec le SARS-CoV-1, 52% d’homologie avec le MERS-CoV et 90% avec un bétacoronavirus identifié chez le pangolin (21;22). L’analyse phylogénétique a indiqué que ces virus sont évolutifs proches des SL-CoV de chauve-souris (23). En plus, tous ces nouveaux coronavirus contiennent des régions du gène ORF3 et ORF8 intactes qui sont des caractéristiques des coronavirus d’origine chauvesouris (24;25).
Classification et taxonomie
Les Coronavirus appartiennent à l’ordre des Nidovirales, au sous-ordre des Cornidavirineae et à la famille des Coronaviridae (26). Le SARS-CoV-2 appartient au β-coronavirus qui est un virus à ARN de polarité positive, enveloppé et appartenant au sous-genre sarbecovirus (sous-famille : Orthocoronavirinae). Les coronavirus sont classés en quatre genres : α-CoV, β-CoV, γ-CoV et δ-CoV. Le α-CoV et le β CoV. Ils sont capables d’infecter les mammifères tandis que le γ-CoV et le δ-CoV ont tendance à infecter les oiseaux (26).
Organisation génomique et diversité génétique du SRAS- COV-2
Le génome du SRAS-CoV-2 comporte un nombre variable de cadre de lecture ouvert (ORF). Deux tiers de l’ARN viral sont situés principalement dans le premier ORF (ORF1a/b) qui traduit deux polyprotéines PP1a et PP1b et code pour 16 protéines non structurales (NSP). Les ORF restants codent pour des protéines de structure et des protéines accessoires. Le reste du génome du virus code pour quatre protéines essentielles de structure dont la glycoprotéine (S), la protéine de l’enveloppe (E), la protéine matricielle (M), la protéine nucléocapside (N), ainsi que plusieurs protéines accessoires qui interfèrent avec la réponse immunitaire de l’hôte (26).
La variabilité génétique des virus due à des mutations est d’une importance médicale et biologique considérable car elle a un impact important non seulement sur la prévention et le diagnostic des maladies infectieuses, mais également sur les perspectives thérapeutiques (28). Différents variants du SRAS-CoV-2 ont été notés au cours de l’évolution de la pandémie :
● Variant COV 202012/01, lignée B.1.1.7 aussi appelé le variant britannique : Il a été détecté dans plus de 70 pays au total, soit des cas importés ou communautaire de cette variante. La présence de ce variant a aussi été signalée au Sénégal par l’institut de recherche IRESSEF (29;30).
● Variant 501Y.V2, lignée B.1.351 : Il a été détecté dans 31 pays. En Afrique du Sud, où cette variante a été initialement identifiée, les nouveaux cas hebdomadaires ont augmenté à partir de début novembre 2020 pour atteindre un pic début janvier 2021 (31).
● Variant P.1, lignée B.1.1.28 : À ce jour, ce variant est noté dans huit pays. Au Brésil où la variante a été initialement identifiée. Ces nouvelles variantes entraînent des changements dans la transmissibilité, la gravité ou l’activité de neutralisation des anticorps (32).
● Le variant B.1.617.2 aussi connu sous le nom de Delta ou indien : il constitue l’une des trois sous-lignées connues de B.1.617. L’une des caractéristiques du variant Delta est sa transmissibilité accrue, avec des augmentations estimées de 40 à 60 % par rapport au variant Alpha (33).
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
I. Généralités sur le sars-cov-2
I.1. Historique
I.1.1. Les coronavirus animaux
I.1.2. Les coronavirus humains
I.2. Caractéristiques du virus
I.2.1. Origine du SRAS-COV-2
I.2.2. Classification et taxonomie
I.3. Epidémiologie
I.3.1. Voies de transmission
I.3.2. Répartition géographique du SRAS-CoV-2 dans le monde
I.3.3. Situation de l’épidémiologie du covid-19 au Sénégal
I.3.3.1. La prévalence du SRAS-CoV-2
I.4. Pathogenèse du SRAS-COV-2
I.4.1. Aspects cliniques
I.4.2. Physiopathologie
I.5. Immunologie
I.5.1. Immunité innée
I.5.2. Immunité adaptative
I.5.3. Immunopathologie
I.6. Diagnostic
I.6.1. Diagnostic direct
I.7. Prévention
I.7.1. Mesures barrières
I.7.2. La vaccination
DEUXIEME PARTIE :TRAVAIL PERSONNEL
OBJECTIFS
II. METHODOLOGIE
II.1. Cadre d’étude et population d’étude
II.2. Détection d’anticorps SARS-CoV-2
II.3. Analyses statistiques
III. RESULATS
III.1. Caractéristique de la population d’étude
III.2. Performance du test sérologique utilisé
III.3. Séroprévalence globale et par région
III.4. Prévalence par département à Dakar
III.5. Prévalence selon l’âge
IV. DISCUSSION
CONCLUSION
REFERENCES
