Les bactéries responsables des maladies de la riziculture

BIOLOGIE ET ECOLOGIE

Biologie:
La phase végétative de la plante peut durer en moyenne 4 mois selon les variétés [VALLOIS, 1996]. Elle est composée de 4 phases.

– Phase de germination:

C’est la germination immédiate des grains en dormance [www.afd.be/~plant ch/riz/conaiss/gerrizhtm.htm]. L’embryon, à l’état de vie latente pendant toute la durée du stockage du grain, germe dès qu’il rencontre une humidité suffisante. Pour que les graines germent, il faut une température optimum de 30 à 35°C et qu’ils renferment au moins 50% de leur poids en eau [www.maep.gov.mg/filtecrizamel.htm]. Les grains de riz peuvent germer sous l’eau. On estime également qu’il n’y a pas de possibilité de germination à des températures moyennes inférieures à 13°C. La rapidité de développement de la tigelle dépend essentiellement de la température. La qualité de germination d’une bonne semence est caractérisée par sa faculté et son énergie germinative [ANGLADETTE, 1996 ; VERGARA et ARRAUDEAU, 1992]. Le développement d’un plant de riz, entre le début de la germination et la phase de tallage, suit, pour des mêmes conditions de milieu, une croissance très régulière en poids et en taille. Quand les conditions sont satisfaites, la radicule apparaît en 24 h puis, lors du 2ème jour, la tigelle commence à poindre [BART et al, 2003]. Vers le 5ème jour, la première feuille apparaît. Vers le 10ème jour le collet émet de nouvelles racines. Puis la tige et les racines croissent en longueur. C’est la taille et le diamètre au collet qui déterminent, au stade pépinière, le moment de la date de transplantation [LACHARME, 2001 ; ANGLADETTE, 1996].

– Phase de croissance:

C’est la période où le riz a la possibilité d’émettre des tiges secondaires et tertiaires donnant naissance à autant de panicules [LACHARME, 2001]. Le tallage commence une quinzaine de jours après le semis et se poursuit jusqu’à la floraison. C’est pendant cette phase que le riz est le plus sensible aux soins culturaux, notamment aux sarclages et aux apports d’engrais azotés en couverture [VERGARA et ARRAUDEAU, 1992].
Au moment du repiquage, la tige primaire, issue de l’embryon, disparaît presque totalement. Seuls survivent les noeuds de la base d’où partiront de nouveaux talles. L’émission de ces talles est lente au début et devient de plus en plus rapide [BART et al, 2003]. Chaque nouvelle tige produit de nouveaux talles. L’importance du tallage est fonction de la variété, de la richesse du sol, de la température, de l’éclairement et du nombre de brins par touffe [LACHARME, 2001]. Environ 50 à 60 jours après le repiquage, les touffes couvrent totalement les espaces entre les plants si les écartements sont normaux [ANGLADETTE, 1996].

– Phase d’épiaison-floraison:

La phase d’épiaison – floraison est une des plus critiques dans la vie de la plante. De mauvaises conditions de culture ou de milieu peuvent provoquer un avortement partiel ou total de la panicule. Elle débute 2 à 5 semaines après le tallage [www.maep.gov.mg/filtecrizamel.htm]. La phase est composée de différents signes, entre autres :

– le renflement de la partie supérieure de la tige qui forme un ventre,
– l’émergence de la panicule de la feuille paniculaire après quelques jours,
– l’inflorescence sur les tiges les plus vieilles qui est la montaison,
– l’ouverture des glumelles (fleurs) durant deux heures au maximum et apparition des étamines à l’extérieur (la floraison),
– la pollinisation ou la fécondation qui ne se fait que par beau temps sans vent.
Dix jours après la fécondation, les grains sont formés [ANGLADETTE, 1996 ; www.maep.gov.mg/filtecrizamel.htm].

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Table des matières

GLOSSAIRE
INTRODUCTON
PREMIERE PARTIE : ETUDES BIBLIOGRAPHIQUES
I- SYSTEMATIQUE
II- DESCRIPTION BOTANIQUE
II.1- Variétés
II.2- Appareil végétatif 
II.2.1- Racines
II.2.2- Tiges
II.2.3- Talles
II.2.4- Feuilles
II.3- Appareil reproducteur 
II.3.1- Inflorescence
II.3.2- Epillets
II.3.3- Fleurs
II.3.4- Fruits
II.3.4.1- Le tégument 
II.3.4.2- L’albumen 
II.3.4.3- L’embryon
III- BIOLOGIE ET ECOLOGIE
III.1- Biologie
III.1.1- Phase de germination
III.1.2- Phase de croissance
III.1.3- Phase d’épiaison-floraison
III.1.4- Phase de maturation
III.2- Ecologie
III.2.1- Les conditions climatiques
III.2.1.1- La température 
III.2.1.2- Besoin en eau
III.2.1.3- Humidité relative 
III.2.1.4- Vent
III.2.1.5- Besoin en lumière
III.2.1.6- Besoin en altitude
III.2.2- Conditions édaphiques
III.2.3- Les écosystèmes
III.2.3.1- Les écosystèmes aquatiques 
III.2.3.1.1- La riziculture irriguée
III.2.3.1.2- La riziculture inondée
III.2.3.2- L’écosystème terrestre 
IV- LES BACTERIES RESPONSABLES DES MALADIES DE LA RIZICULTURE 
DEUXIEME PARTIE : MATIERIELS ET METHODES
I- MATERIELS
I.1- Matériels utilisés 
I.1.1- Echantillons de semences
I.1.2- Milieu de culture
I.1.3- Substrat
II- METHODES 
II.1- ISOLEMENT DES BACTERIES DES SEMENCES 
II.1.1- Principe
II.1.2- Mode opératoire
II.1.2.1- Collecte des matériels végétaux 
II.1.2.2- Isolement et purification des bactéries
II.1.2.3- Identification des souches bactériennes purifiées
II.1.2.4- Conservation
II.2- RECHERCHE DES BACTERIES DES PLANTULES MALADES DU RIZ 
II.2.1- Principe
II.2.2- Mode opératoire
II.2.2.1- Germination 
II.2.2.1.1- Prégermination des graines
II.2.2.1.2- Calcul du taux de germination
II.2.2.1.3- Mesure de la croissance des plantules
II.2.2.1.4- Analyses des données statistiques
II.2.2.1.5- Préparation du sol pour la culture
II.2.2.1.6- Mise en culture des plantules
II.2.2.2- Recherche des bactéries sur les plantules présentant des symptômes des maladies 
II.2.2.2.1- Collecte et description des explants malades
II.2.2.2.2- Isolement et purification des bactéries émergeantes des fragments présentant des symptômes
II.3- COMPARAISON DES SOUCHES BACTERIENNES DES SEMENCES ET CELLES DES PLANTULES
II.3.1- Principe
II.3.2- Mode opératoire
II.3.2.1- Ré-isolement des bactéries 
II.3.2.2- Identification
TROISIEME PARTIE : RESULTAS ET INTERPRETATIONS
I- BACTERIES ISOLEES DES SEMENCES
I.1- Expression des résultats
I.2- Nombre de souches bactériennes purifiées
I.3- Caractères morphologiques des colonies bactériennes pures
I.4- Résultats de la réaction de Gram avec une solution de KOH 3% et du test à l’état frais
II- ETUDES DES BACTERIES PRESENTES CHEZ LES PLANTULES MALADES
II.1- Etude de la croissance des plantules
II.1.1- Taux de germination des graines
II.1.2- Longueur de la racine séminale et de la feuille secondaire des plantules après 7 jours de germination
II.1.2.1- Longueur de la racine séminale
II.1.2.2- Longueur de la feuille secondaire
II.2- Etude des bactéries présentes chez les plantules après l’apparition des symptômes
II.2.1- Description des symptômes
II.2.2- Taux d’apparition des symptômes des maladies
II.2.3- Bactéries isolées des explants malades
II.2.3.1- Expression des résultats
II.2.3.2- Nombre de colonies bactériennes purifiées
II.2.3.3- Caractères morphologiques des colonies bactériennes pures
II.2.3.4- Résultats de la réaction de Gram avec une solution de KOH 3% et du test à l’état frais
III- COMPARAISON DES BACTERIES ISOLEES DES GRAINES ET CELLES ISOLEES DES PLANTULES
III.1- Liste des bactéries à étudier et à comparer
III.2- Caractères morphologiques des colonies bactériennes pures à comparer
III.3- Caractères microscopiques des bactéries étudiées
QUATRIEME PARTIE : DISCUSSIONS
CINQUIEME PARTIE : CONCLUSION ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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