Soutenance mémoire
L’élevage bovin, un élément majeur de l’agriculture calédonienne actuelle
Leptospirose (bactéries spirochètes du genre Leptospira)
Avant 1984, le Pacifique Sud est déjà connu pour être très atteint par la leptospirose (Australie et Nouvelle-Zélande). L’enquête IEMVT (DOMENECH 1984) conclut en 1984 que la leptospirose est bien présente sur le territoire, que plusieurs foyers d’avortements à L. Pomona ont été mis en évidence, que l’impact économique est important (plusieurs dizaines de foyers par an), que l’impact sur la santé publique (cas humains mortels) est notable et que son diagnostic biologique est difficile (culture laborieuse, sérodiagnostic spécifique au sérotype).Une enquête sérologique (test de micro-agglutination) menée par le CIRAD dans les années 1990 (THEVENON et al. 1990) sur un échantillon représentatif de 350 animaux répartis dans 114 élevages concluait à une séroprévalence troupeau de 74,6% et une séroprévalence cheptel de 58,3%. L’enquête a également permis de montrer que les animaux les plus concernés sont les femelles, les animaux âgés et les animaux de très grands troupeaux (>400 têtes). Les sérogroupes Sejroe, Tarassovi et Pomona sont principalement impliqués.L’ANSES avait publié une étude en 2011 (GOARANT et al. 2011) présentant entre autre les leptospiroses animales en Nouvelle-Calédonie. Chez les bovins, de 2006 à 2009, les sérogroupes Pomona, Sejroe et Tarassovi étaient les plus impliqués Les analyses réalisées ces dernières années par le LNC sur des cas de leptospiroses bovines à la demande des vétérinaires, mettent en évidence l’implication de la souche Pomona en moyenne dans 50 à 60% des cas, alors que la souche Hardjobovis n’est impliquée que dans 20-25% des cas (données internes LNC regroupées par Thomas Hue), puis d’autres souches sont rencontrées de manière plus ponctuelle (L. Tarassovi).
Botulisme (Clostridium botulinum)
L’absence de botulisme sur les grands animaux en Nouvelle-Calédonie était justifiée lors de l’enquête IEMVT (Domenech 1984) par l’absence de symptomatologie qui est normalement caractéristique.Le botulisme a été mis en évidence sur des bovins pour la première fois en NouvelleCalédonie en 2009, suite à une vague de mortalité subite dans un troupeau. La mise en évidence de la bactérie toxinogène a été réalisée sur un animal euthanasié et prélevé très précocement. 2 cas ont été de même confirmés en 2010, 4 cas en 2012 et 2 cas en 2013 (botulisme de type C ou D). Etant donné la difficulté technique de confirmer la présence de Clostridium botulinum toxinogène sur un animal malade, une bonne partie des 38 élevages ayant réalisé une demande mais non confirmés sont potentiellement atteints de botulisme.
Résultats de reproduction du cheptel bovin calédonien
Le taux de vêlage est de l’ordre de 60% sur le territoire. Cela veut dire que plus d’une vache sur trois ne fait pas de veau dans l’année! Nous allons revenir sur ce chiffre clef, aujourd’hui connu de l’ensemble des acteurs de la filière bovine calédonienne, pour en évaluer la pertinence, et nous présenterons brièvement l’ensemble des données actuellement disponibles sur le territoire à ce sujet.Les données permettant d’évaluer l’efficacité reproductive du cheptel bovin calédonien sont peu nombreuses, et surtout, sont très hétérogènes (échantillons variés, pas de suivi à l’échelle du territoire, indicateurs utilisés calculés différemment), tel que déjà soulevé (BOUCHET 1997). Il n’existe aucun organisme de collecte ayant constitué des bases de données à l’échelle du Territoire. La Charte bovine met actuellement en en place un observatoire de la filière (cf. annexe 4). Cependant, tous les bovins ne sont pas encore identifiés individuellement, les naissances ne sont pas suivies régulièrement, les avortements rarement constatés, la filiation maternelle est peu pratiquée, les diagnostics de gestation sont rares… Ceci limite l’efficacité d’une telle approche.
Comment évaluer la fertilité du cheptel bovin calédonien?
L’objet de cette partie est de décrire les modalités d’évaluation de la fertilité femelle.
Paramètres collectifs (troupeau)
La fertilité est le nombre de femelles mettant bas sur le nombre de femelles mises à la reproduction, et la fécondité est le nombre de produits par femelle sur le nombre de femelles mettant bas (BIANCHI 1990). Ces deux notions sont peu différentes du fait de la faible proportion de naissances gémellaires en élevage bovin. Les notions de « taux de vêlage » ou de « taux de mise bas » rejoignent la notion de fertilité. Il est intéressant de distinguer la fertilité des multipares de celle des primipares. En effet la fertilité des génisses est un indicateur intéressant lorsque l’on s’intéresse aux maladies ayant un impact sur la reproduction. Dans un élevage avec une maladie endémique depuis plus d’une année, la fertilité des génisses chute car elles ne sont pas encore immunisées (campylobactériose, BVD…).La « productivité numérique » correspond au nombre de veaux sevrés (ou vendus avant sevrage) sur le nombre de femelles mises à la reproduction. Généralement ce taux est plus facile à obtenir. Il est également appelé taux de sevrage et c’est parfois le seul paramètre étudié pour certaines études sur les performances de reproduction en élevage bovin extensif.Le « taux de vêlage moyen cheptel » correspond au nombre total de veaux ramené au nombre total de femelles mises à la reproduction sur une période donnée, et le « taux de vêlage moyen troupeau » correspond à la moyenne des taux de vêlage de tous les troupeaux considérés.Avec la prime vache allaitante, la majorité des éleveurs constatent quasiment tous les naissances dans le mois ou les deux mois.En pratique certains éleveurs ne comptent réellement les veaux qu’au camion pour les envoyer à l’OCEF (ils ont déjà plus de 6 mois) ; en rapportant ce nombre au nombre de femelles mises à la reproduction (en réalité souvent au nombre de femelles présentes à ce moment) on approche plutôt la notion productivité numérique qui devrait être plus basse que le taux de vêlage, puisqu’elle comprend la mortalité sur les veaux. En faisant de la sorte, le calcul peut être faussé par les réformes en cours d’année, les entrées de femelles…Si on réforme une vache en cours d’année et qu’on ne la compte pas dans les vaches mères mises à la reproduction, le taux de vêlage va être faussement surestimé si la vache était vide, alors qu’il va être faussement sous-estimé si la vache était pleine.Lorsque l’on calcule ces indicateurs, le dénominateur « femelles mises à la reproduction » est important à préciser. Pour les éleveurs conduisant leur lot de génisses de renouvellement de manière séparée, la définition des femelles reproductrices est assez aisée, il s’agit des femelles mises au taureau. Mais dans la majorité des élevages calédoniens, les génisses ne sont pas séparées du reste du troupeau, le troupeau est conduit en un seul lot, il faut alors déterminer un âge frontière à partir duquel on considère que la femelle est susceptible de vêler. Par exemple l’UPRA considérait comme femelle reproductrice toute femelle de plus de 30 mois étant donnée qu’ils estimaient qu’une génisse ne devait pas être mise à la reproduction avant 21 mois (BOUCHET 1997). Depuis cela a changé puisque l’on considère que le vêlage à deux ans est possible, et ce même avec des races avec du sang zébu en milieu tropical, donc on pourrait par exemple définir une femelle reproductrice comme une vache de plus de 15 mois dans ce type de troupeau conduit en lot unique.
Lorsque des enquêtes parlent de taux de vêlage, il faut également essayer de savoir si ce taux est calculé à partir de chiffres objectifs, ou s’il est estimé par l’éleveur (taux déclaratifs souvent estimés de manière optimiste).
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Guide du mémoire de fin d’études avec la catégorie Gestion des maladies non encadrées par le GDS-A en 2013 |
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Table des matières
PARTIE 1 : LA NOUVELLE-CALEDONIE, SON AGRICULTURE ET SA FILIERE BOVINE
1 Cadre général
1.1 Un territoire insulaire cosmopolite isolé au milieu du Pacifique : une quarantaine animale idéale
1.2 Le climat très capricieux, véritable défi pour les éleveurs bovins extensifs
1.3 Un cadre naturel peu propice à l’agriculture
1.4 Une organisation politique particulière
2 L’élevage bovin, un élément majeur de l’agriculture calédonienne actuelle
2.1 Implantation historique de l’agriculture et de l’élevage bovin en NouvelleCalédonie
2.2 L’agriculture nouvelle-calédonienne actuelle
2.2.1 L’agriculture calédonienne en pleine mutation
2.2.2 Inquiétude pour l’avenir de l’élevage bovin en Nouvelle-Calédonie
3 Les nombreux acteurs de la filière bovine en Nouvelle Calédonie
PARTIE 2 : RÉSULTATS DE REPRODUCTION DU CHEPTEL CALEDONIEN ET SON STATUT SANITAIRE ASSOCIÉ
1 Le statut sanitaire du cheptel bovin calédonien
1.1 Enquêtes sur le statut sanitaire du cheptel bovin en Nouvelle-Calédonie
1.1.1 IEMVT 1980-1984 : enquête majeure et fondatrice du statut sanitaire du cheptel calédonien (DOMENECH 1984)
1.1.2 Etude infertilité bovine 2008-2010 (données internes LNC)
1.2 Résultats détaillés
1.2.1 BVD-MD (virus du BVD)
1.2.2 Néosporose (protozoaire Neospora caninum)
1.2.3 Campylobactériose (Campylobacter fœtus veneralis)
1.2.4 Trichomonose (Trichomonas fœtus)
1.2.5 Paratuberculose (Mycobacterium avium paratuberculosis)
1.2.6 IBR/IPV (virus BHV1)
1.2.7 Leptospirose (bactéries spirochètes du genre Leptospira)
1.2.8 Botulisme (Clostridium botulinum)
1.3 Conclusions sur le statut sanitaire du cheptel bovin calédonien
2 Statut sanitaire et résultats de reproduction du cheptel bovin calédonien
2.1 Résultats de reproduction du cheptel bovin calédonien
2.1.1 Comment évaluer la fertilité du cheptel bovin calédonien?
2.1.2 Résultats récents de reproduction du troupeau calédonien
2.1.3 Bilan
2.2 Imputabilité du risque sanitaire dans les résultats de reproduction du cheptel calédonien
2.2.1 Présentation des principaux facteurs avec un impact sur la reproduction en milieu tropical
2.2.2 Importance de leur impact relatif
PARTIE 3 : LA MAÎTRISE SANITAIRE DES MALADIES DES BOVINS EN NOUVELLE-CALEDONIE : ROLE DU GDS-A
1 Historique de la maîtrise sanitaire des maladies bovines à l’échelle du territoire66 1.1 Jean Verges et la création du Service vétérinaire local en 1927
1.2 Les vétérinaires et le LNC : acteurs de la maîtrise sanitaire du cheptel bovin depuis les années 1980-1990
1.3 Le GDS-A, une jeune structure sur le territoire
1.4 Contexte de la mise en place des plans de maîtrise sanitaire au sein du GDS-A
2 Gestion des maladies non encadrées par le GDS-A en 2013
2.1 Les parasitoses digestives
2.2 L’IBR
2.3 Le botulisme
2.4 La leptospirose
2.5 La babésiose
3 Etat des lieux sur le dispositif de maîtrise sanitaire et les protocoles proposés par le GDS-A avant 2014
3.1 Les maladies concernées par le dispositif
3.2 Les protocoles de dépistages
3.3 Coûts prévisionnels du dispositif et justification de ces dépenses
3.4 Capacité de traitement du LNC
4 Révision des protocoles par motif de demande et par maladie en 2014
4.1 Des protocoles adaptés aux enjeux sanitaires du territoire
4.2 Des protocoles adaptés à chaque demande : arbre décisionnel et visite sanitaire initiale
4.3 Présentation des protocole par motif de demande et par maladie
4.3.1 Evènement ponctuel
4.3.2 Dépistage troupeau
4.4 La communication et l’interprétation des résultats
CONCLUSIONS
BIBLIOGRAPHIE
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