Le laboratoire de bactériologie et virologie

Télécharger le fichier pdf d’un mémoire de fin d’études

Caractères antigéniques

Antigènes somatiques (AgO)

Ce sont des antigènes de la paroi bactérienne constituant la partie polysaccharidique des lipopolysaccharides (LPS) qui sont thermostables. Le lipopolysaccharide protège la bactérie du pouvoir bactéricide du sérum [24].

Les antigènes d’enveloppe ou capsulaires (AgK)

Les antigènes K (capsulaires) qui entourent la paroi sont de nature polysaccharidique. Ils masquent l’agglutination par les anticorps anti O. Ils sont détruits par une ébullition de 2 heures.

Facteurs de pathogénicité :

La capsule :

Leur capsule a été le premier facteur de virulence décrit [26, 27]. Elle confère à Klebsiella pneumoniae un fort pouvoir invasif en protégeant les bactéries de la phagocytose. C’est une véritable enveloppe de nature polysaccharidique présentant un antigène k [4].
Parmi les 77 sérotypes capsulaires K1, K2, K21 et K55 sont associés aux souches les plus virulentes.

Facteurs d’adhésion :

Par rapport aux facteurs d’adhésion produits par la bactérie, deux types ont été mis en évidence chez des souches pathogènes pour l’homme : les pili de type 1 et de type 3 qui permettent l’adhérence de la bactérie à la face baso-latérale des cellules trachéales et bronchiques et une adhésine non filamenteuse (adhésine CF 29 K) qui permet l’adhérence de la bactérie aux cellules intestinales et uro-épithéliales [24, 4].
Klebsiella pneumoniae peut produire des fimbriae de type 1 qui semblent être impliquées dans l’attachement aux cellules ciliées de l’appareil respiratoire et aux cellules vésicales [4]. Elle peut également produire des fimbriae de type 3 [28, 29].

Infections urinaires

Les infections du tractus urinaire (ITU) regroupent un ensemble hétérogène d’infections de l’un des constituants de l’arbre urinaire ou de ses annexes.
Leur point commun est la présence de bactéries dans le tractus urinaire. On admet que la bactériurie est positive quand elle est supérieure ou égale à 105colonies formant unité par millilitre (CFU/mL) (5) d’urines mises en culture. L’ITU symptomatique est un syndrome clinique associant de façon variable brûlures urinaires, mictions impérieuses, dysurie, pollakiurie, hématurie macroscopique, pesanteurs lombaire et/ou pelvienne post mictionnelles. Klebsiella pneumoniae est l’une des principales espèces bactériennes impliquées dans les infections urinaires (IU) [10, 28]. Les infections urinaires nosocomiales (IUN) sont dominées par les infections survenant après sondage ou plus rarement après d’autres manœuvres instrumentales.

Les missions du laboratoire

Le laboratoire aide les cliniciens dans l’établissement d’un diagnostic rapide et efficace des maladies infectieuses. Il permet également d’évaluer la sensibilité des bactéries isolées aux différentes molécules d’antibiotiques testées afin de faciliter aux cliniciens le choix des antibiotiquesà utiliser dans le traitement des maladies infectieuses.
Situé dans un centre hospitalier national universitaire, le laboratoire de bactériologie participe à la formation d’étudiants en médecine, en pharmacie et des écoles de formation. Le laboratoire participe aussi à la recherche et à la surveillance épidémiologique au niveau du pays.

Matériel et méthode

Type d’étude

Il s’agissait d’une étude rétrospective descriptive basée sur l’exploitation des registres et des fiches d’antibiogramme (ABG) du laboratoire.

Période d’étude

Elle s’étendait sur une période de 5ans allant de janvier 2013 à décembre 2017.

Matériel

Nous avons sélectionné les fiches d’antibiogramme des souches de Klebsiella pneumoniae correctement identifiées et isolées de produits pathologiques à visée diagnostique reçus au laboratoire.

Méthodes

Recueil de données

Les registres de paillasse et les fiches d’ABG ont été utilisés pour recueillir respectivement les données sociodémographiques (âge, sexe…) des patients et le profil de sensibilité aux antibiotiques des souches.

Saisies et exploitation des données

Les données ont été saisies puis exploitées grâce au logiciel Epi Info dans sa version 3.5.4.
Les tableaux et figures ont été réalisés avec les logiciels Word et Excel.

Protocole de traitement des produits pathologiques

Méthode de l’antibiogramme

– Densitomètre
– Milieu de Mueller Hinton
– Disques d’antibiotiques,
– Eau physiologique stérile
– Distributeurs de disques d’antibiotiques,
– Boites de Pétrie de 120 mm de diamètre,
– Ecouvillons stériles,
– Tubes à essai stériles,
– Pipettes Pasteur stériles,
– Pipettes graduées de 10 ml stériles,
– Pied à coulisse ou règle graduée,
– Anses de platine.
– Bec Bunsen
– Etuve

Définition

L’antibiogramme permet de déterminer la sensibilité des bactéries aux antibiotiques en étudiant la croissance bactérienne en présence d’un gradient de concentrations réalisées dans un milieu de culture.

But de l’antibiogramme

Le but essentiel de l’antibiogramme est l’aide à la décision thérapeutique. Il permet également :
– la surveillance épidémiologique de la résistance bactérienne qui orientera ultérieurement l’antibiothérapie probabiliste
– la comparaison des phénotypes de résistance des souches présumées responsables d’infection nosocomiale

Principe de l’antibiogramme

La technique consiste à déposer à la surface de la gélose préalablement ensemencée avec une suspension bactérienne, des disques de papiers buvard imprégnés des différents antibiotiques à des concentrations définies. Chaque antibiotique diffuse au sein de la gélose à partir du disque. Après 18 à 24 heures d’incubation à +37 °C, chaque disque est entouré d’une zone d’inhibition de la croissance bactérienne. La multiplication des bactéries s’arrête là où existe dans la gélose, une concentration d’antibiotique égale à la CMI.
A partir de la mesure du diamètre d’inhibition, on peut en déduire la valeur approximative de la CMI.
Des catégories sensibles, intermédiaires et résistantes (comme illustrées dans le tableau IV) sont déterminées par rapport à des valeurs critiques soit :
– des diamètres d’inhibition ou diamètre critiques D et d
– des concentrations d’antibiotiques ou concentrations critiques C et c

Réalisation de l’inoculum bactérien

A partir d’une culture visible du prélèvement, réaliser une suspension bactérienne en solution salée pour atteindre une turbidité équivalente à celle de l’étalon 0,5 de la gamme de McFarland. Pour ce faire, prélever plusieurs colonies de même morphologie (si possible) afin d’éviter de sélectionner un variant atypique. Mettre ces colonies en suspension en milieu salé avec une anse stérile ou un écouvillon en coton. La suspension bactérienne est standardisée à l’aide du témoin 0,5 McFarland. Un inoculum lourd engendre des diamètres plus petits et inversement.
Il est recommandé d’employer un densitomètre pour ajuster l’inoculum. Cet appareil doit être calibré contre un étalon de la gamme de McFarland selon les recommandations du fabricant.
On peut également comparer à l’œil nu la turbidité de la suspension bactérienne à celle de l’étalon 0,5 de la gamme de McFarland.
Dans ce cas agiter vigoureusement l’étalon de turbidité sur un vortex avant usage (certains étalons commerciaux sont gélifiés et ne doivent pas être agités; suivre les recommandations du fabricant). Pour faciliter la comparaison des deux échantillons, se placer face à un fond blanc avec des lignes noires.
Pour ajuster la densité bactérienne au tube 0,5 McFarland, ajouter soit la solution salée soit les bactéries.

Inoculation des géloses

L’inoculum bactérien doit idéalement être employé dans les 15 minutes qui suivent sa préparation.
Son emploi doit être fait au plus tard dans les 60 minutes qui suivent sa préparation.
Plonger un écouvillon en coton stérile dans la suspension bactérienne et éliminer l’excès de liquide en tournant l’écouvillon sur les parois du tube. Il est important de rejeter l’excès de liquide pour éviter une sur-inoculation des boîtes, en particulier pour les bactéries à Gram négatif.
Ecouvillonner sur la totalité de la surface de la gélose dans trois directions ou en utilisant un ensemenceur rotatif : déposer les disques.
Si les boîtes sont abandonnées à la température du laboratoire trop longtemps avant le dépôt des disques, les bactéries peuvent commencer à croître conduisant à une fausse diminution de la taille des zones d’inhibition.

Choix des disques d’antibiotiques

Le choix des disques d’antibiotiques à tester se fait en fonction de la bactérie isolée, tout repose d’abord sur l’identification du germe incriminé dans l’infection car en effet la sensibilité aux différentes molécules d’antibiotiques diffère d’une bactérie à l’autre, ceci en raison du phénotype de résistance qui peut être propre à chaque famille, genre ou même espèce de bactérie.

Dépôt des disques imprégnés d’antibiotique

Déposer les disques fermement à la surface de la gélose inoculée et séchée. Le contact avec la surface doit être étroit. Les disques une fois déposés ne peuvent être déplacés car la diffusion des antibiotiques est très rapide.
Le nombre de disques déposés par boîte est limité du fait du chevauchement des zones d’inhibition et pour limiter les interférences entre les antibiotiques. Il est important que les diamètres des zones d’inhibition soient mesurables. Le nombre maximum de disques est fonction de la bactérie et des antibiotiques car certains entraînent pour des souches sensibles, des zones très larges. Un maximum de six disques convient pour les boîtes de 90 mm de diamètre, douze (ou seize) pour celles de 150 mm de diamètre et seize pour les boîtes carrées de 120 mm de côté. La décharge des disques conduit à des zones d’inhibition réduites et constitue une source d’erreur habituelle. D’où la nécessité de :
– Conserver les disques, y compris ceux en cartouches dans des conteneurs fermés avec un dessiccateur et à l’abri de la lumière (certains agents comme le métronidazole, le chloramphénicol et les fluoroquinolones sont inactivés en cas d’exposition prolongée à la lumière)
– Conserver les disques selon les recommandations du fabricant.
– Placer le matériel pour les tests à une température inférieure à 8 °C. Pour éviter la condensation, laisser les disques revenir à la température ambiante avant d’ouvrir les cartouches. Ne pas utiliser de disques périmés.

Recherche des β-lactamases à spectre élargi

Dans la réalisation d’un antibiogramme standard, après ensemencement, au moment de l’application des disques sur gélose, on place un disque contenant une pénicilline et un inhibiteur des β-lactamases (exemple : amoxicilline + acide clavulanique) en regard de deux à trois céphalosporines de 3eme génération (ceftriaxone, ceftazidime, céfotaxime…) ou de 4eme génération (céfépime, cefpirome) ou de l’aztréonam.
Ainsi après 18 à 24 heures d’incubation à 37 °C, l’apparition d’une synergie entre l’acide clavulanique et l’un des antibiotiques cités ci-dessus, se matérialisant par l’image d’une expansion des zones d’inhibition entre ces disques, communément appeler bouchon de champagne comme nous le montre la figure 2 [36], permet de conclure que la souche est productrice d’une β-lactamase à spectre élargi.

CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS

La résistance bactérienne aux antibiotiques est en perpétuelle évolution. Depuis plus de 20 ans, la résistance des entérobactéries aux céphalosporines de 3e génération (C3G) ne cesse de se renforcer notamment par la production de bêta-lactamases à spectre élargi (BLSE) mais aussi de carbapénèmases. De nombreuses études relatent la progression continue à l’échelle mondiale de ce type de résistance et incriminent actuellement plus particulièrement, les BLSE de type CTX-M. Alors que ce problème était essentiellement d’ordre hospitalier, la diffusion aujourd’hui à grande échelle dans le domaine communautaire de ce type de résistance laisse augurer un problème majeur de santé publique [12].
C’est dans cette optique que nous nous sommes fixé pour objectif de déterminer les aspects épidémiologiques et bactériologiques des infections à Klebsiella pneumoniae au CHNU de Fann. Nous avons sélectionné les fiches d’antibiogramme (ABG) des souches de Klebsiella pneumoniae correctement identifiées et isolées de produits pathologiques à visée diagnostique reçus au laboratoire.
Les fiches d’ABG et les registres de paillasses ont été utilisés pour recueillir les données sociodémographiques (âge, sexe…). Ces dernières ont été saisies et exploitées grâce au logiciel Epi Info dans sa version 3.5.4.
Les tableaux et figures ont été réalisés avec les logiciels Word et Excel.
– Au total, 1061 souches de Klebsiella pneumoniae ont été isolées entre 2013 et 2017.
– L’âge moyen des patients infectés était de 45 ans.
– La prévalence des souches deK.pneumoniae isolées était de 15,2 % chez les patients de moins de 20 ans ; 30,1 % chez les patients âgés de 21 à 40 ans ; 28,4 % chez les patients de 41 à 60 ans et 26,3 % chez les patients de plus de 60 ans.
– La prévalence des souches de K. pneumoniae était plus élevée chez les hommes que chez les femmes avec un sexe ratio de 1,23.
– La majorité des souches de K. pneumoniae était isolée chez les patients hospitalisés avec une prévalence de l’ordre de 58,9 %.
– Les souches provenaient majoritairement des urines (45,5 %), suivi des prélèvements de pus (26,1 %), des prélèvements génitaux (6,6 %), des prélèvements d’hémocultures (6 ,4 %) et des liquides d’aspiration (6,3%).
– La prévalence des souches de K. pneumoniae était plus élevée en neurochirurgie (15,6%), suivie des maladies infectieuses (15%), de la pneumologie (13,4%), de la neurologie (12%), du service d’ORL (8,4%), du service de Chirurgie Thoracique et CardioVasculaire(4,7%), de la pédiatrie (Albert Royer) 3,2% et du service d’accueil des urgences(1,9%).
– Ces 1061 souches de Klebsiella pneumoniae ont été testées vis-à-vis de différentes molécules d’antibiotique appartenant à plusieurs familles ce qui a permis de retrouver une prévalence globale des souches de Klebsiella pneumoniae sécrétrices de bêta-lactamases a spectre élargie (BLSE) de 56,6%.
– Les carbapénèmes (imipenème) étaient actives sur 96,10 % des souches.
– L’amikacine avait montré une bonne activité (96,2%) sur les souches de K. pneumoniae isolées.
– La gentamicine avait montré une mauvaise activité sur les souches de K. pneumoniae isolées avec 51,7 %.

Le rapport de stage ou le pfe est un document d’analyse, de synthèse et d’évaluation de votre apprentissage, c’est pour cela rapport-gratuit.com propose le téléchargement des modèles complet de projet de fin d’étude, rapport de stage, mémoire, pfe, thèse, pour connaître la méthodologie à avoir et savoir comment construire les parties d’un projet de fin d’étude.

Table des matières

Introduction
Première partie : Rappels
Chapitre 1: Généralités sur Klebsiella pneumoniae
I.1. Classification
I.2. Caractères bactériologiques
I.2.1. Caractères morphologiques
1.2.2. Caractères culturaux
1.2.3. Caractères biochimiques
I.2.4. Caractères antigéniques
I.2.4.1. Antigènes somatiques (AgO)
I.2.4.2. Les antigènes d’enveloppe ou capsulaires (AgK)
I.3Facteurs de pathogénicité
I.3.1 La capsule
I.3.2. Facteurs d’adhésion
I.3.3. Le fer
Chapitre 2: Epidémiologie
2.1. Habitat
2.2. Mode de contamination
2.2.1. Contamination directe
2.2.2. Contamination indirecte
2.3. Répartition géographique
2.4. Facteurs favorisants
Chapitre 3:Clinique
3.1. Formes cliniques
3.1.1. Septicémie
3.1.2. Infections urinaires
3.1.3. Autres infections
Chapitre 4 : Diagnostic au laboratoire
4.1. Diagnostic direct
4.1.1. Produits pathologiques
4.1.2. Examen direct
4.1.3. Culture
4.1.4. Identification
4.2. Antibiogramme
4.3. Diagnostic indirect
Chapitre 5 : Eléments de thérapeutique
5.1. Traitement curatif
5.2. Traitement préventif
Deuxième partie : Travail personnel
Chapitre 1: Cadre de l’étude
1.1.Le CHNU FANN
1.2.Le laboratoire de bactériologie et virologie
1.2.1. Les locaux
1.2.2 Le personnel
1.2.3.Lesmissions du laboratoire
Chapitre 2 : Matériel et méthode
2.1. Type d’étude
2.2. Période d’étude
2.3. Matériel
2.4. Méthodes
2.4.1. Recueil de données
2.4.2. Saisies et exploitation des données
2.4.3. Protocole de traitement des produits pathologiques
2.4.4. Méthode de l’antibiogramme
Chapitre 3 : Résultats
3.1. Résultats épidémio-cliniques
3.1.1. Répartition en fonction des années
3.1.2. Répartition selon les services de provenance
3.1.3. Répartition par tranche d’âge
3.1.4. Répartition selon le sexe
3.1.5. Répartition selon le statut
3.2. Résultats bactériologiques
3.2.1. Répartition par produit pathologique
3.2.2. Répartition selon les phénotypes de résistance
3.2.2.1 Résistance à l’imipenème
3.2.2.2 Profil de sensibilité de Klebsiella pneumoniae aux autres familles d’antibiotiques
3.2.2.2.1Aminosides
3.2.2.2.2 Quinolones
3.2.2.2.3. Autres antibiotiques
Chapitre 4 : Discussion
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES

Télécharger le rapport complet

Télécharger aussi :

Laisser un commentaire

Votre adresse e-mail ne sera pas publiée. Les champs obligatoires sont indiqués avec *