Installation des fichiers et de la base de données

Installation des fichiers et de la base de données

Idée de création de l’outil d’aide à la réalisation de cas cliniques et à leur mise en ligne

Le travail réalisé par les étudiants est généralement très intéressant : il repose sur des cas riches en examens cliniques et en examens complémentaires. Les recherches bibliographiques, l’aide apportée par les internes et les professeurs permettent d’obtenir des présentations d’un intérêt pédagogique considérable.Chaque étudiant aura présenté un cas pendant sa scolarité. Tous les ans, entre 100 et 150 présentations sont réalisées, soit entre 3000 et 4500 depuis les années 70.Dans ce contexte, on ne peut que regretter l’inexistence d’archivage.De nombreux professeurs ont souhaité trouver un moyen de conserver, classer et rentabiliser tout ce travail.Pour ma part, j’ai souhaité également créer un outil qui permette la conservation des cas, en vue de leur consultation par les étudiants.Depuis quelques années l’informatique a beaucoup progressé, et je me suis intéressé aux possibilités de réalisation dans cette voie.En complément de l’archivage, il m’a également paru intéressant de développer une aide à la création de présentations informatiques comme celles qui peuvent être réalisées avec PowerPoint®. Le but est de faciliter et accélérer le travail de rédaction.Un tel outil devrait permettre :
– de stocker les cas dans une base de données ;
– de créer facilement des présentations claires, prêtes à être projetées lors de l’exposé oral du lundi soir.

Réalisation du projet

Etude des cas et création d’un modèle polyvalent de cas cliniques

L’outil final devra être polyvalent, et accepter tous les cas. J’ai donc commencé par analyser les présentations actuelles de cas cliniques, pour créer un modèle de cas.
1. Base de travail
Pour réaliser un modèle polyvalent de cas clinique, il m’a fallu :
– étudier les présentations réalisées par les étudiants lors des exposés oraux du lundi soir ;
– étudier les nouvelles feuilles de cas cliniques que remplissent les étudiants lors des consultations
– travailler à partir d’un Cd-rom regroupant l’ensemble des cas de l’année 2002, réalisé par les étudiants de T1-pro canine ;
– travailler avec les professeurs responsables pour connaître leurs volontés concernant la logique des exposés. Il s’agit là d’un travail essentiellement oral.
2.Présentation du modèle de cas cliniques
La présentation actuelle est réalisée de façon linéaire, sous forme de diapositives. Elle satisfait pleinement les différents intervenants. Le modèle que je vous présente ici constitue la trame qui peut être reprise pour toute présentation.
• Diapositive 1 : présentation du cas
Nom, prénom de l’étudiant qui présente (et qui s’est occupé de l’animal pendant la semaine) Numéro de son groupe de clinique
Date du début de sa semaine de permanence au chenil
Nom du professeur responsable lors de cette semaine
Nom de l’animal
Numéro de dossier
Espèce, race
Sexe, stérilisé ou non
• Diapositive 2 : introduction
Commémoratifs (historique des maladies de l’animal)
Etat vaccinal, dernières vermifugations
Anamnèse (historique de la maladie en cours)
Traitements en cours, posologie et efficacité
• Diapositive 3 : examen clinique initial à l’école Poids lors de la consultation, évolution depuis 3 mois
Paramètres vitaux : température, couleur des muqueuses, temps de recoloration capillaire, taux de déshydratation, fréquence cardiaque
Examen clinique :
– du système réticulo-hématopoiétique ;
– de l’appareil digestif ;
– de l’appareil respiratoire ;
– de l’appareil cardio-vasculaire ;
– de l’appareil locomoteur ;
– du système nerveux ;
– de l’appareil urinaire ;
– de l’appareil génital ;
– ophtalmologique ;
– O.R.L. ;
– dermatologique ;
– autre.
• Diapositive 4 : conclusion de l’examen clinique initial et hypothèses diagnostiques Tableau des points importants de l’examen clinique et des hypothèses diagnostiques associées.
• Diapositive 5 : imagerie réalisée lors de la consultation initiale
Tableau avec l’image, le type d’examen (radiographie, échographie, scanner, IRM), la zone étudiée, et la description.
Conclusion.
• Diapositive 6 : examens biochimiques sanguins réalisés lors de la consultation initiale
Conclusion.
• Diapositive 7 : numération-formule sanguine réalisée lors de la consultation initiale Tableau avec le nom du paramètre, sa valeur et la norme.
Conclusion.
• Diapositive 8 : analyse urinaire réalisée lors de la consultation initiale
Tableau avec le nom du paramètre, sa valeur et la norme.
Conclusion.
• Diapositive 9 : exploration hormonale réalisée lors de la consultation initiale Tableau avec le nom du paramètre, le cas échéant le nom et la posologie de la molécule utilisée lors du test, sa valeur et la norme.
Conclusion.
• Diapositive 10 : examens cardiologiques réalisés lors de la consultation initiale Tableau avec le type d’examen, l’image et le résultat.
Conclusion.
• Diapositive 11 : examens anatomo-pathologiques réalisés lors de la consultation initiale
Tableau avec le type d’examen, le type de prélèvement, l’image et le résultat.
Conclusion.
• Diapositive 12 : examens dermatologiques réalisés lors de la consultation initiale Tableau avec le type d’examen, le type de prélèvement, l’image et le résultat. Conclusion.
• Diapositive 13 : autres examens réalisés lors de la consultation initiale
Tableau avec le type d’examen, l’image et le résultat.
Conclusion.
• Diapositive 14 : conclusions et traitement lors de la consultation initiale Conclusions et traitements mis en places lors de la consultation initiale.
• Diapositive 15 : suivi clinique
Tableau avec les dates d’hospitalisation et un résumé des points importants des examens cliniques réalisés.
• Diapositive 16 : imagerie réalisée lors du suivi clinique
Tableau avec la date, l’image, le type d’examen (radiographie, échographie, scanner, IRM), la zone étudiée, et la description.
Conclusion.
• Diapositive 17 : examens biochimiques sanguins réalisés lors du suivi clinique Tableau avec la date, le nom du paramètre, sa valeur et la norme.
Conclusion.
• Diapositive 18 : numération-formule sanguine réalisée lors du suivi clinique Tableau avec la date, le nom du paramètre, sa valeur et la norme.
Conclusion.
• Diapositive 19 : analyse urinaire réalisée lors du suivi clinique Tableau avec la date, le nom du paramètre, sa valeur et la norme. Conclusion.
• Diapositive 20 : exploration hormonale réalisée lors du suivi clinique Tableau avec la date, le nom du paramètre, le cas échéant le nom et la posologie de la molécule utilisée lors du test, sa valeur et la norme.
Conclusion.
• Diapositive 21 : examens cardiologiques réalisés lors du suivi clinique Tableau avec la date, le type d’examen, l’image et le résultat.
Conclusion.
• Diapositive 22 : examens anatomo-pathologiques réalisés lors du suivi clinique Tableau avec la date, le type d’examen, le type de prélèvement, l’image et le résultat. Conclusion.
• Diapositive 23 : examens dermatologiques réalisés lors du suivi clinique Tableau avec la date, le type d’examen, le type de prélèvement, l’image et le résultat. Conclusion.
• Diapositive 24 : autres examens réalisés lors du suivi clinique
Tableau avec la date, le type d’examen, l’image et le résultat.
Conclusion.
• Diapositive 25 : conclusion finale et traitement
Nom de la maladie ou hypothèses les plus probables, et traitement établi.
Pronostic de l’évolution de la maladie.
• Diapositive 26 : discussion
Discussion sur la maladie et la façon dont a été géré le cas.
• Diapositive 27 : aspect financier
Aspect financier du cas lors de sa gestion sur l’école, et budget prévisionnel des traitements envisagés ou mis en place.
• Diapositive 28 : bibliographie Bibliographie.

Les bases informatiques : fonctionnement de l’Internet

1. Historique de l’Internet
L’U.S. Air Force, en 1962, en pleine guerre froide, demande à un groupe de chercheurs de réaliser un réseau de communication capable de résister à une attaque nucléaire. Le concept de ce réseau reposait sur la décentralisation. Paul Baran imagina cette première “toile”, réseau hybride d’architecture étoilée et maillée dans lequel les informations se déplacent de façon dynamique, en cherchant le chemin le moins encombré. L’Aparnet voit ainsi le jour en 1975. Il est associé au CSNET en 1980 pour former les bases d’Internet.
Le World Wide Web est développé en Suisse en 1991. Le premier logiciel de navigation apparaît cette année-là. L’arrivée du navigateur Netscape en 1994, doté d’une interface graphique spectaculaire (présence de documents multimédias en particulier) entraîne l’explosion de l’Internet [15].
En 1995, il y a environ 20 000 sites à travers le monde, puis 1 million en 1997 et plus de 40 millions en juillet 2003. Il y a eu plus de 600 millions d’internautes en 2003, et on en prévoie 100 millions de plus en 2004 [7].
2. Les pages web statiques
Lorsqu’on “surfe” sur Internet, on indique à un navigateur (programme informatique, par exemple Internet Explorer ou Netscape) une adresse URL (Uniform Ressource Locator). C’est l’adresse d’un fichier stocké sur un ordinateur relié au réseau. Dans le cas des pages web statiques, l’adresse se termine par “.html” (extension du fichier).
Le serveur est un logiciel permettant d’interpréter des requêtes HTML, et d’y répondre. Parmi eux on trouve Apache (le plus répandu), Microsoft IIS, et Microsoft PWS.
Le navigateur envoie une requête HTML au serveur, qui va vérifier l’existence du fichier dans son arborescence, et renvoie au navigateur la page HTML. Ce dernier interprète les différents langages se trouvant dans le fichier (HTML, javascript, CSS) et affiche la page [11, 15].
Figure 1 : principes d’une page web statique [15]
Les pages web statiques sont très pratiques pour créer des sites composés d’une dizaine de pages, mais possèdent des limites :
– maintenance difficile : obligation de modifier chaque page ;
– impossibilité de personnaliser la page en fonction du visiteur ;
– impossibilité de relier la page à une base de données.

Les pages web dynamiques

Compte tenu des limites des pages statiques, il a été mis au point des solutions permettant de générer des pages du côté du serveur. Ce sont les langages de scripts (lignes de commandes effectuées par le serveur) :
– le CGI (Common Gateway Interface) est historiquement le premier : il consistait à interpréter des programmes (écrits en Perl ou en C), puis de leur faire renvoyer un contenu compatible avec le protocole HTTP ;
– le langage ASP (Active Server Pages) développé par Microsoft a permis de simplifier l’écriture des scripts en manipulant des objets en VBScript ;
– le PHP (Hypertext Protocol) emploi son propre langage, dérivé du Perl et du C++, est l’équivalent du précédent ;
– le JSP (Java Server Pages) est le plus récent ; il permet d’utiliser la puissance de Java.
Comme précédemment, on indique une adresse URL au navigateur. Le serveur recherche dans son arborescence l’existence du fichier, et vérifie si celui-ci possède une extension connue (par exemple .php, .php3, .php4, .asp, etc.). Un logiciel analyse le code qui lui est destiné (le script contenu entre les balises, par exemple les balises <?php et ?>) et dans le cas ou il y ait des requêtes vers une base de données, il les effectue. La base de données renvoie les informations et le script peut les exploiter. Le serveur renvoie ensuite un fichier dépourvu de script au navigateur, une page ne contenant que du HTML. Toute la partie exécutée côté serveur n’apparaît pas : le navigateur ne reçoit que le résultat [11, 15].
Exemple ici avec serveur, PHP et MySQL [15].

Les bases de données et les SGBD

Une base de données est une entité dans laquelle il est possible de stocker des données de façon structurée, et avec le moins de redondance possible. Ces données doivent pouvoir être utilisées par des programmes, des utilisateurs différents.
Une base de données permet de mettre des données à disposition d’utilisateurs pour une consultation, une saisie ou une mise à jour, tout en s’assurant des droits accordés à ces derniers [16, 17, 19].
Afin de pouvoir contrôler les données ainsi que les utilisateurs, il a fallu développer un outil : le Système de Gestion de Bases de Données (SGBD). C’est un ensemble d’applications logicielles permettant de gérer les BDD, c’est-à-dire :
– permettre l’accès aux données de façon simple ;
– autoriser un accès aux informations à de multiples utilisateurs ;
– manipuler les données présentes (insertion, suppression, modification).
Le SGBD peut se décomposer en trois sous-systèmes :
– le système de gestion des fichiers, qui permet le stockage des informations sur le support physique ;
– le SGBD interne, qui gère l’ordonnancement des informations ;
– le SGBD externe, qui représente l’interface utilisateur.
Les principaux SGBD sont les suivants : Borland Paradox, Filemaker, Microsoft SQL Server, Microsoft Access, Oracle, Sybase, MySQL [15].
La communication entre le serveur et le SGBD se fait par l’intermédiaire d’un langage particulier. Le plus fréquent est le SQL (Structured Query Language) [12]. Il permet :
– de créer, modifier ou supprimer des tables (définition de données) ;
– de sélectionner, insérer, modifier, ou supprimer des données dans les tables (manipulation de données) ;
– de définir des permissions au niveau des utilisateurs (contrôle des données).
Les requêtes sont écrites à l’intérieur d’un autre langage (par exemple langage C, PHP…).

Choix informatiques pour le projet

1.Choix des langages
Comme nous l’avons vu, le langage HTML est incontournable. Toute l’architecture de la page est basée sur lui. Il faut non seulement écrire une partie des pages web en HTML, mais en plus le comprendre car les requêtes exécutées sur le serveur vont permettre de générer une page HTML.
Pour la partie dynamique, la communication avec la base de données est réalisée par des scripts écrits dans les différents langages vus ci-dessus : PHP, ASP et JSP essentiellement [10].
Le PHP allie de nombreux atouts : simplicité, gratuité et très forte utilisation. On trouve facilement sur Internet de nombreuses aides, ressources, scripts préconstruits, gratuits, écrits dans ce langage. En plus, en commençant le projet, j’avais une expérience du langage PHP, et il est toujours plus simple de s’améliorer dans un langage que d’en apprendre un autre.
Les pages du site seront donc écrites en PHP et HTML.
2. Choix du serveur et du SGBD
Comme nous l’avons vu, les fichiers écrits en PHP, et portant l’extension .php, .php3, ou .php4, sont reconnus par un serveur et exécutés. Les scripts qui communiquent avec la base de données emploient eux aussi un langage, en fonction du SGBD.
De nombreux outils ont été créés autour du PHP, et les hébergeurs ont choisi différentes solutions. La gratuité de certains produits a permis leur large distribution : c’est ainsi que l’association PHP – serveur Apache – SGBD MySQL s’est largement imposée. Parallèlement, des sites de documentation sont apparus, et de nombreux ouvrages ont été publiés. Ceci facilite le travail de  création.
3.Choix des programmes
a) Programme d’écriture du code et des pages
Pour écrire du code PHP ou HTML, un simple éditeur de texte suffit (par exemple Wordpad®, fourni avec le système d’exploitation Windows®).
Pour le langage HTML, de nombreux logiciels d’aide ont été développé : il s’agit de logiciels WYSIWYG (What You See Is What You Get) où apparaît à l’écran non pas le code, mais l’équivalent de ce qu’affiche finalement le navigateur Internet. Le code est généré par le logiciel. Parmi ces programmes, on peut citer : Word®, FrontPage®, Dreamweaver®, Adobe Golive®, Namo WebEditor®.
Ces logiciels permettent également d’écrire directement du code : ils fonctionnent soit en mode WYSIWYG, soit en mode éditeur de code.
Comme précédemment avec les langages, la connaissance et la maîtrise d’un programme conditionnent son utilisation : c’est pour cette raison que j’ai utilisé Dreamweaver Mx® [1].
b) Programme de test
Lorsqu’on crée un site web, il faut pouvoir tester les pages au fur et à mesure. Dans le cas de pages dynamiques, il faut non seulement vérifier l’affichage des pages, mais aussi les connexions avec la base de données.
Deux solutions sont alors possibles :
– mettre le site (pages, base de données) en ligne, chez un hébergeur qui peut gérer PHP et MySQL ; ceci est possible mais généralement payant, impose une perte de temps considérable (mise en ligne avant de pouvoir effectuer les tests) et une connexion permanente au web ;
– tout réaliser “en local”, c’est-à-dire installer sur son ordinateur l’équivalent de ce que fournit un hébergeur, à savoir Apache, PHP et MySQL ; c’est la solution la plus simple, d’autant que de nombreux logiciels gratuits ont été développé (Easyphp, Phptriad, …). Pour cette option, le logiciel le plus utilisé, et qui apporte le plus de satisfaction aux utilisateurs est Easyphp ; c’est également mon choix. J’ai utilisé la version 1.6.0.0 du programme [4].
L’installation est classique : choix du répertoire de destination, choix du nom dans le menu “Démarrer”. Il suffit ensuite de déposer les fichiers du site dans le dossier “www” du répertoire d’installation d’Easyphp (par exemple sur mon ordinateur : C:\Program Files\EasyPHP\www\).
Une fois lancé, le programme place une icône dans la barre des taches :
A partir de cette icône, l’utilisateur peut, après avoir démarré EasyPHP :
– consulter son site en Web local : le site s’ouvre dans le navigateur par défaut de l’ordinateur (cliquer sur “Web local”) ;
– accéder à sa base de données pour l’administrer, à partir d’une interface phpMyAdmin (cliquer sur “Administration”).

Création d’une base de données

1. Principes de création d’une base de données : la méthode MERISE
La création d’une base de données est complexe, car il faut avoir une vision de l’ensemble des données et de leurs interactions. On a donc créé des méthodes de modélisation des données. La plus utilisée en France est la méthode MERISE, conçue en 1978 suite à une demande du ministère de l’industrie [15, 16, 19].
L’analyse des données est le point de départ de la création d’une application mettant en œuvre un SGBD relationnel. La méthode MERISE, basée sur le modèle entité-relation, est un outil simple et efficace pour effectuer cette démarche. Elle utilise la séparation des données et des traitements à effectuer en plusieurs modèles conceptuels et physiques. Ceci assure une longévité du modèle, car l’agencement des données n’a pas à être constamment remanié [8, 18].

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Table des matières

Introduction
I. Présentation des cas cliniques à l’Ecole Vétérinaire d’Alfort
A. Historique
B. Insertion au sein de l’enseignement
1. Consultations de médecine et hospitalisation des animaux
2. Gestion des animaux hospitalisés
3. Gestion des dossiers des animaux
4. Préparation des cas cliniques
C. Etude du déroulement de la présentation des cas cliniques
1. Diversité des outils de présentation
2. Critique des présentations
3. Variations autour d’un plan classique
D. Devenir des cas
E. Idée de création de l’outil d’aide à la réalisation de cas cliniques et à leur mise en ligne …9
II. Réalisation du projet
A. Etude des cas et création d’un modèle polyvalent de cas cliniques
1. Base de travail
2. Présentation du modèle de cas cliniques
B. Les bases informatiques : fonctionnement de l’Internet
1. Historique de l’Internet
2. Les pages web statiques
3. Les pages web dynamiques
4. Les bases de données et les SGBD
C. Choix informatiques pour le projet
1. Choix des langages
2. Choix du serveur et du SGBD
3. Choix des programmes
a) Programme d’écriture du code et des pages
b) Programme de test
D. Création d’une base de données
1. Principes de création d’une base de données : la méthode MERISE
2. Analyse des besoins et inventaire des informations
3. Bilan des flux par rapport à la base de données
4. Création du Modèle Conceptuel de Données (MCD)
a) Le modèle entité-relation
b) Ecriture du Modèle Conceptuel de Données (MCD)
c) Écriture du Modèle Logique de Données (MLD)
5. Création des tables
E. Création du site Web
3. Etude de choix techniques
a) Valeurs des listes dans les formulaires
b) Les pages comportant des formulaires simples
c) Les pages comportant des examens avec entrées multiples
d) Formatage des données avant affichage
e) Les pages de l’exposé final
f) Utilisation des feuilles de style
4. Création d’une aide à l’attention des étudiants
F. Résultats
1. Script de création de la base de données
2. Fichiers du site
III. Discussion
A. Finalisation du site
1. Installation des fichiers et de la base de données
2. Finalisation de la base de données
3. Tests et déboguages
a) Tests en local de l’affichage
b) Tests en local de la fonctionnalité
c) Test en ligne
B. Réflexion, critiques
1. Choix du sujet
2. Réalisation du site, écriture des pages
3. Bilan du site
C. Evolution, développement
1. Réalisation d’un site complet autour des cas cliniques
2. Evolution et développement de la base de données
3. Evolution et développement du site lui-même
Index des figures
Index des fichiers php détaillés et des fonctions
Bibliographie
ANNEXES

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