Soutenance mémoire
L’infection du tractus urinaire est un tenne général qui correspond à la fois à la colonisation microbienne asymptomatique de l’urine et l’infection symptomatique avec l’invasion microbienne et l’inflammation des structures de l’arbre urinaire [16].Elle est confinnée par l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) qui représente donc la clé du diagnostic et pennet la mise en évidence d’une leucocyturie (supérieure 10.000/m!), d’une bactériurie significative (100.000 UFC) et d’une bactérie isolée à la culture [6].
Types d’infections du tractus urinaire
On distingue deux types d’infections urinaires, selon la localisation de l’infection.
Infection urinaire basse ou cystite
C’est l’infection de la partie basse de l’appareil urinaire à savoir la vessie et l’urètre [12]. On parle de:
♦ cystite: qui touche presque uniquement les femmes. Il s’agit de l’inflammation de la vessie. La plupart du temps, l’inflammation est provoquée par la prolifération de bactéries intestinales. Tout ce qui gêne la vidange de la vessie augmente le risque de cystite. La cystite s’accompagne normalement d’une urétrite, de l’inflammation de l’urètre.
♦ urétrite: si l’infection touche uniquement l’urètre (le conduit qui relie la vessie au méat urinaire). Il s’agit d’une infection transmissible sexuellement, courante chez les hommes, mais les femmes peuvent aussi en souffrir. Différents agents infectieux peuvent causer l’urétrite.
Les pyélonéphrites
Ce sont des infections bactériennes du bassinet et du parenchyme rénal [13]. Les pyélonéphrites sont un état grave. Il peut s’agir d’une complication d’une cystite non traitée ou mal traitée.
Les Facteurs de risque des infections du tractus urinaire
Le sexe
L’infection urinaire est plus fréquente chez la femme que chez l’homme probablement pour des raisons anatomiques : brièveté de l’urètre féminin, proximité du méat urétral du vagin et de l’anus avec un risque de colonisation de l’urètre par la flore vaginale et anale [36].
L’âge
Les patients de plus de 65 ans sont plus exposés au risque des infections du tractus urinaire. La vieillesse est ainsi un des facteurs favorisant l’apparition d’une bactériurie, chez 20% des vieillards institutionnalisés non sondés et chez 30% vivant en milieu hospitalier ou en soins continus [22].
Maladies sous-jacentes et état immunitaire
Le risque est majoré lorsque l’infection du tractus urinaire survient chez:
• les patients neutropéniques, immunodéprimés (greffe d’organe, corticothérapie au long cours supérieure à10 mg/j) ;
• les diabétiques, cela à cause de la glycosurie qui altère l’activité des polynucléaires, la phagocytose, et la vidange vésicale, ce qui entraine un déséquilibre favorisant l’infection;
• la femme enceinte;
• les porteurs de valvulopathies avec le risque de greffe oslérienne ;
• les patients ayant une cardiopathie, une insuffisance rénale ou une hypertension artérielle [3 ; 22].
Rappel sur les bactéries
Une bactérie est un micro-organisme unicellulaire, ubiquiste, procaryote (absence de membrane nucléaire) de taille variable (entre 0,1 et 10 /lm) dont le génome est constitué d’ADN contenu dans un seul chromosome. La bactérie est pourvue de plasmides mais dépourvue de certains organites intracellulaires tels que l’appareil mitotique, les mitochondries, le réticulum endoplasmique et l’appareil de Golgi [Il]. La grande majorité des bactéries est dotée d’une paroi rigide faite de peptidoglycanes qui confère à celles-ci leur forme.
Examen cytobactériologique des urines (ECBU)
C’est l’examen biologique permettant le diagnostic des infections urinaires. Ilse déroule en plusieurs étapes et est réalisé en 3jours.
Le prélèvement
Conditions de prélèvement
Le prélèvement est une étape essentielle de l’examen. Il devra se faire en dehors de tout traitement anti-infectieux. Le but est de recueillir des urines ayant stagné au moins 4 heures dans la vessie (en pratique les premières urines du matin) non contaminées par la flore commensale et acheminées dans des conditions assurant la conservation des éléments figurés, la viabilité des bactéries infectantes et l’absence de croissance des bactéries contaminantes. Les urines doivent être prélevées de la manière la plus aseptique possible pour éviter sa contamination. En effet, la qualité de l’examen dépend plus de la technique de prélèvement que de celle du laboratoire.
Transport et conservation
Quand le prélèvement ne peut être fait au laboratoire et immédiatement ensemencé, des précautions particulières doivent être prises pour son acheminement. Les urines recueillies dans un flacon stérile doivent être acheminées rapidement au laboratoire. Elles ne doivent jamais être conservées plus de 2h à température ambiante avant la mise en culture afin d’éviter la pullulation microbienne. L’utilisation de milieux de conservation (acide borique par exemple) qui bloque la multiplication bactérienne, réduit la cytolyse; permet la conservation des urines à température ambiante pendant 48h. A défaut, les urines peuvent être conservées à +4°C pour une durée maximale de 24h. Le prélèvement doit être bien étiqueté et accompagné d’un bulletin dûment remplis [27].
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Table des matières
Introduction
1ère partie: Généralités
Chapitre 1: Infections du tractus urinaire
1. Définition
II. Types d’infections du tractus urinaire
II. 1. Infection urinaire basse ou cystite
II. 2. Les pyélonéphrites
III. Les Facteurs de risque des infections du tractus urinaire
III. 1. Le sexe
HI. 2. L’âge
III. 3. Maladies sous-jacentes et état immunitaire
IV. Rappel sur les bactéries
Chapitre II : Examen cytobactériologique des urines (ECBU)
1. Le pré1èvement
1. 1. Conditions de prélèvement
1. 2. Transport et conservation
II. Examen cytobactériologique des urines
II. 1. Examen macroscopique
II. 2. Examen microscopique
II. 2. 1. Examen cytologique
II. 2. 2. Examen à l’état frais
II. 2. 2. 1. Les cristaux
II. 2. 2. 2. Les cylindres
II. 3. Examen après coloration de Gram
II. 4. Interprétation de la cytologie
III. Uroculture
III. 1. La gélose Eosin Methylen Blue (EMB)
III. 2. Le milieu CLED
III. 3. Le milieu Sabouraud
III. 4. Le Milieu Chapman mannité
III. 5. La Gélose au sang
IV. Lecture des cultures
IV. 1. Numération des colonies
IV. 2. Identification des coIonies
IV. 2. 1. Identification des cocci
IV. 2. 2. Identification des entérobactéries
Chapitre III : Les antibiotiques
1. Définition
II. Résistance aux antibiotiques
II. 1. Résistance naturelle ou intrinsèque
II. 2. Résistance acquise ou extrinsèque
III. Etude de la sensibilité aux antibiotiques: l’antibiogramme
III.1. Critère d’ évaluation de 1a sensibilité
III. 2. Méthode d’ étude
III. 2. 1. Méthode de dilution en milieu solide
III. 2. 2. Méthodes de diffusion: antibiogramme standard
III. 3. Interprétation des résultats: catégorisation des souches en Sensibles, Intermédiaires,
Résistantes
2ème Partie: Etude expérimentale
Chapitre 1: Matériel et méthodes
1. Cadre de l’étude: la clinique Frany
II. Matériel
II. 1. Petit matériel
II. 2. Gros matériel
II. 3. Consommables et réactifs de laboratoire
II. 4. Milieux de culture et d’ isolement
III. Méthodes
III. 1. Population et période d’ étude
III. 2. Collecte des données
III. 3. Prélèvement, conservation et transport des urines
III. 4. Etude cytobactériologique
III. 4. 1. Examen macroscopique
III. 4. 2. Examen microscopique
III. 4. 3. Culture
II1. 4. 4. L’identification
III. 5. L’antibiogramme
Chapitre II : Résultats et discussion
1. Résultats
1. 1. Répartition des patients selon l’âge et le sexe
1. 2. Répartition des patients en fonction de la culture microbienne
1. 3. Répartition des germes identifiés en type respiratoire, en famille, et en genre
1. 4. Répartition des germes identifiés en espèces
1. 5. Associations bactériennes en culture polymicrobienne
1. 6. Etude de la sensibilité aux antibiotiques
1. 7. Résultat de la sensibilité des antibiotiques testés sur les souches isolées
1. 7. 1. Sensibilité des 13 souches d’E. coli aux antibiotiques majoritairement utilisés
1. 7. 2. Sensibilité des six souches de S. aureus aux antibiotiques majoritairement utilisés
1. 7. 3. Sensibilité des six souches de Klebsiella aux antibiotiques majoritairement utilisés
1. 7. 4. Sensibilité des souches de Streptocoque et d’Enterobacter aux antibiotiques
majoritairement utilisés
I. 7. 5. Sensibilité des deux souches de C. albicans aux antifongiques majoritairement utilisés
II. Discussion
II.l. Limites et contraintes de l’étude
II.2. Répartition des patients selon l’âge et le sexe
II.3. La culture
II. 4. Sensibilité globale aux antibiotiques
II. 4. 1. Sensibilité des 13 souches d’E. coli aux antibiotiques
II. 4. 2. Sensibilité des souches de staphylocoque aux antibiotiques
II. 4.3. Sensibilité des souches de Klebsiella aux antibiotiques
II. 4. 4. Sensibilité aux souches de Streptocoque et d’Enterobacter aux antibiotiques
majoritairement uti1isés
II. 4. 5. Sensibilité des deux souches de C. albicans aux antifongiques utilisés
Conclusion
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