Generalite sur les etiologies virales et bacteriennes des IRAS

Les IRAS représentent un groupe hétérogène d’infections dues à un grand nombre d’agents étiologiques complexes et divers et affectant toutes les parties du système respiratoire (Feikin et al., 2012: Liu et al., 2014). Le mode de transmission primaire des IRAS se fait principalement à travers l’émission des gouttelettes (aérosols), soit directement lors de la toux, l’éternuement, la parole, par le biais de la salive, des postillons, des écoulements du nez, ou soit indirectement par les mains, et parfois les objets souillés (Pica et Bouvier, 2012). En fonction du niveau de l’atteinte de l’arbre respiratoire, les IRAS se répartissent principalement en infections respiratoires aiguës hautes (angines, sinusites, otites, laryngites, etc.) et infections respiratoires aiguës basses (bronchites, bronchiolites et pneumonies),(Aubry, 2014). Les épidémies de Syndrome Respiratoire Aiguë Sévère (dont l’agent étiologique est un coronavirus, le virus SRAS-CoV) en février 2003, de grippe aviaire A(H5N 1) en janvier 2004, de grippe A (HINI) pandémique en avril 2009, nous rappellent la fréquence et la gravité des infections respiratoires aiguës dans le monde (Niang et al., 2010). Récemment encore l’émergence des nouveaux virus respiratoires à savoir le Middle East Respiratory Syndrome-Coronavirus (MERS-CoV) en 2012 et du virus influenza A(H7N9) en 2013 démontre une fois de plus les défis auxquels la communauté scientifique est confrontée (Owusu et al., 2014) .

Les étiologies des IRAS ont été assez bien caractérisées dans certaines parties du monde, particulièrement dans les régions tempérées de l’hémisphère nord (Lina et al., 1996; Ucakar et al., 2013; Cai et al., 2014). Elles sont très variées et sont principalement virales mais aussi bactériennes ou mixtes (WHO, 2014). Cependant les étiologies des IRAS ne peuvent être déterminées que dans 30 à 50% des cas en utilisant seulement les méthodes conventionnelles de diagnostic.

En général la prise en charge des IRAS est initiée sans que les agents étiologiques ne soient biologiquement identifiés (Shafik et al., 2012). Une étiologie d’IRAS indéterminée aboutit souvent à un usage abusif des antibiotiques, dont une des conséquences est le développement de résistances et surtout des coûts supplémentaires de la prise en charge (Caglayan et al., 2014). Parmi les infections virales, celles dues aux virus influenza, le virus respiratoire syncitial (VRS), les para influenza virus (PlV) de types 1 à 4, le métapneumovirus (NIPV), le rhinovirus (RV), les adénovirus (AV) et les coronavirus (CV) représentent une prop0l1ion significative des IRAS (Zuccotti et al., 2011; Sentilhes et al., 2013; Lekana-Douki el al., 2014). Les infections bactériennes sont majoritairement dues à SrreptocoCC/ls pnelllJ10niae et à Haemophilus influenzae (Caglayan et a/., 2014).Chez le nourrisson, les infections dominantes sont celies dues au VRS et au rhinovirus (Ucakar et al., 2013; Esposito et al., 2014) et chez les enfants entre 2 et 5 ans, la répm1ition des IRAS est plus homogène entre les infections à virus influenza, virus respiratoire syncitial, adénovirus métapneumovirus et rhinovirus, A partir de 5 ans, la grippe devient l’infection majoritaire (Lina et al., 1996),

Peu d’attention était portée aux IRAS dans les pays en développement jusqu’à un passé récent, mais de nos jours. beaucoup de ces pays s’intéressent de plus en plus au problème et font preuve d’une forte implication pour lutter contre ces infections. Les données sur les étiologies des IRAS chez les enfants en Afrique ont connu des changements considérables depuis l’expansion et l’utilisation abusive des antibiotiques (WHO, 1988; Adegbola et al., 1994), mais aussi avant l’avènement des nouvelles techniques de détection telles que les techniques moléculaires qui ont révolutionner la capacité de détection des différents pathogènes notamment viraux (Elisabeth G. et al., 2012; feikin R. el CI/.. 20] 3).

Aussi l’introduction récente des vaccins conjugués pour les deux majeures causes bactériennes à savoir Haemophillls injlltenzae de type b et Streptococcus pneumoniae dans le programme élargi de vaccination (PEY) dans les pays africains, pourrait aussi conduire à un bouleversement dans la distribution de ces étiologies. En Afrique, plus particulièrement celle au Sud du Sahara, peu d’études ont décrit les étiologies des IRAS dues aux virus autres que l’influenza (Niang et al., 2010; Hoffmann et al., 2012).

Au Niger, les données concernant les agents étiologiques responsables des infections des voies respiratoires sont anciennes, ce qui rend leur prise en charge très présomptive et inappropriée. Seul un Réseau de Sites Sentinelles pour la surveillance de la grippe est animé par le Centre de Recherche Médicale et Sanitaire (CERNIES) depuis avril 2009 et fournit des données sur les virus influenza et leurs sous-types circulant dans le pays (Heraud et al., 2012; Jusot et al., 2012).

Etiologies bactériennes des IRAS

Le rôle des bactéries dans la transmission des IRAS a été largement élucidé depuis plusieurs dizaines d’années. Ceci a permis de développer des traitements antimicrobiens efficaces et disponibles. Les antimicrobiens sont fréquemment prescrits à tort dans le traitement des IRAS bien que la plupal1 d’entre elles sont d’origine virale. L’insuffisance ou le manque de diagnostic adéquat, pour les cas de co-infections bactériennes et virales rendent la prise en charge difficile (Caglayan et al., 2014). Malheureusement dans les pays en développement, l’usage abusif de ces antibiotiques entraîne parfois des cas de résistance. Selon une étude Britannique, les agents antimicrobiens sont prescrits dans les services d’urgences médicales dans 56,9% des cas de prise en charge des infections respiratoires, représentant ainsi une estimation potentielle de 11,4 millions de prescriptions annuelles (Kronman et al., 2014).

Les infections respiratoires bactériennes peuvent être favorisées par un état fébrile lié à des facteurs tels que la malnutrition, mauvaise condition environnementale et le manque d’un système de santé approprié. Elles sont généralement les causes des infections respiratoires aiguës des voies basses comme les pneumonies et les bronchites. Comparées aux virus, Il existe très peu de bactéries qui sont responsables des complications des infections respiratoires. L’indication de la prévalence des agents bactériens en cause dans les infections respiratoires aiguës montre que Streptococcus pneumoniae (S. pnelll11oniae) est le pathogène le plus souvent à l’origine des infections respiratoires bactériennes (Michelow et al., 2004), suivi par Haemophilus influenzae type b (Hib) et Staphylococcus aureus ( S. aureus) (Aydemir et al., 2014).

Selon une étude sur l’incidence de la mortalité due aux bactéries dans les infections respiratoires, on constate une baisse significative dans plusieurs parties du monde qui se justifie essentiellement par l’introduction des vaccins à Streptococcus pneumoniae et Haemophilus in.f1uenzoe type b (Hib) avec un impact respectif de 40% et 60% (lzadnegahdar et 01., 2013).

D’autres bactéries dite atypiques, Mycoplasma pneumoniae UI1. pneumoniae), Chlamydia pneumoniae (C pneumoniae) et Legione/la pneumonzae (L. pneumoniae) sont malheureusement impliquées ces dernières annees avec une fréquence croissante, mieux dans certaines études elles représentent la proportion majoritaire des bactéries isolées (Maysaa et Goda, 2009). La culture a été pendant longtemps la méthode de référence pour le diagnostic bactérien dans les IRAS, mais des études ont démontré que les techniques moléculaires (PCR, RT-PCR) ont permis d’optimiser le taux de détection de bactéries au double (64%) comparé à la culture (32%) (Aydemir et al., 2014).

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Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE: GÉNÉRALITÉS
1. GENERALITE SUR LES ETIOLOGIES VIRALES ET BACTERIENNES DES IRAS
1.1. ETIOLOGIES BACTÉRIENNES DES IRAS
1.2. ETIOLOGIES VIRALES DES IRAS
II. ASPECTS MORPHOLOGIQUES ET EPIDEMIOlOGIQUES DES PATHOGENES VIRAUX IMPLIQUES DANS lES IRAS
ILl. INFLUENZA A ET B (INF A ET B)
11.2. PARA INFLUENZA VIRUS (PlV)
11.3. RHINOVIRUS (RV)
11.4. CORONAVIRUS (CoV)
11.5. VIRUS RESPIRATOIRE SYNCITIAL (VRS)
11.6. MÉTAPNEUMOVIRUS (MPV)
11.7. ADÉNOVIRUS (AV)
11.8. BOCAVIRUS (BV)
11.9. ENTÉROVIRUS (EV)
11.10. PARÉCHOVIRUS (PV)
III. ASPECTS MORPHOLOGIQUES ET EPIDEMIOLOGIQUES DES PATHOGENES BACTERIENS IMPLIQUES DANS LES IRAS
IILl. MYCOPLASMA PNEUMONJAE (M. PNEUMONIAE)
111.2. CHLAMYDIA PNEUMONIAE (e. PNEUMONIAE)
111.3. HAEMOPHILUSINFLUENZAE DE TYPE B (HIB)
111.4. 5TAPHYLOCOCCUS AUREUS (5. AUREUS)
11/.5. 5TREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (5. PNEUMONIAE)
IV. SURVEILLANCE SENTINEllE DE LA GRIPPE HUMAINE AU NIGER
DEUXIEME PARTIE: TRAVAUX DE TERRAIN ET DE LABORATOIRE
J. BUT, HYPOTHESES DE RECHERCHE ET OBJECTIFS DE L’ETUDE
1.1. BUT DE L’ÉTUDE
1.2. HYPOTHÈSES DE RECHERCHE
1.3. OBJECTIFS DE L’ÉTUDE
1.3.1. Objectif général
1.3.2. Objectifs spécifiques
Il. MATÉRIEL ET MÉTHODES
11.1. TYPE D’ÉTUDE
11.2. CADRE DE L’ÉTUDE
11.3. TECHNIQUE DE COLLECTE DES DONNÉES
liA. CRITÈRES D’INCLUSION DES CAS D’IRAS
11.5. CRITÈRES DE NON INCLUSION
11.6. DÉFINITION DES CAS D’IRAS CHEZ LES ENFANTS <SANS
11.7. CALCUL DE LA TAILLE DE L’ÉCHANTILLON
11.8. CONSIDÉRATIONS ÉTHIQUES
11.9. PRÉLÈVEMENTS
11.10. EXTRACTION DES ACIDES NUCLÉIQUES (ARN ET ADN)
11.11. ANALYSE MOLÉCULAIRE
1/.11.1. Composition du kit
1/.11.2. Principe de la méthode
1/.11.3. Préparation du master mix
1/.11.4. Préparation du mélange réactionnel
1/.11.5. Etapes de réalisation
/1.11.6. Plan de schéma de plaque
1/.11.7. Programme d’amplification pour la rRT-PCR
1/.11.8. Validation et interprétation des résultats
Il.11.9 Analyse des données
TROISIEME PARTIE: RESULTATS ET DISCUSSIONS
1. RESULTATS
Il. DISCUSSION
CONCLUSION

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