Examen microscopique de l’urine par le praticien

La colonisation iatrogène

La majorité des porteurs de sonde à demeure ont une bactériurie. La présence d’un cathéter urinaire transurétral supprime les mécanismes naturels de défense contre la colonisation microbienne rétrograde de la vessie. Il existe alors un risque de dissémination bactérienne ascendante au parenchyme rénal ou de diffusion à la prostate. Des lésions de cystite chronique s’installent progressivement avec parfois apparition d’un calcul intra vésical.
Il est difficile de stériliser ces réservoirs de germes et le recours à des antibiotiques de plus en plus actifs sélectionne des germes résistants. En milieu hospitalier, l’infection urinaire est par fréquence la première cause d’infection nosocomiale. Dans ce contexte, les germes les plus courants sont les Proteus, les Providencia et Pseudomonas aeruginosa.

La pathologie de contiguïté

Tout alitement est susceptible de favoriser la contamination des urines par atteinte du plancher pelvien. Il faut insister sur le risque particulier représenté par les fractures du col du fémur et les traumatismes du bassin. Chez le vieillard, il existe des infections urinaires lors des incontinences fécales ou lors des fécalomes. Cependant, chez ces patients, l’emploi de protections jetables hyperabsorbantes est une meilleure alternative au plan du risque infectieux que la mise en place d’une sonde à demeure au long cours. Il a été démontré que l’emploi des couches plutôt qu’une sonde à demeure diminuait de plus de 80% la prescription d’antibiotiques pour des infections urinaires.

La diminution de la sensation de soif

Elle s’observe notamment chez les sujets porteurs d’une détérioration des fonctions intellectuelles. Elle favorise une oligurie avec réduction de l’effet « lavage » de la vessie.
– Diabète : Le diabète expose à la survenue d’infection urinaire par le biais du résidu vésical provoqué par une neuropathie périphérique. La présence du sucre dans les urines favorise la prolifération bactérienne et altère la fonction polynucléaire. La cachexie et la dénutrition proteino-énergétique réduisent la réponse lymphocytaire de même que le taux d’IgA sécrétoire [1].
– Grossesse : La grossesse est un état physiologique d’immunodépression acquise. Une femme enceinte perd les capacités normales d’élaboration d’AC sériques et urinaires dirigés contre les entérobactéries. Les pyélonéphrites gravidiques surviennent essentiellement chez des porteuses d’une bactériurie asymptomatique qui devrait être l’objet d’un dépistage et d’un traitement systématique au cours de la grossesse.

Le sexe

La différence de fréquence d’une bactériurie entre les deux sexes est constante, même chez le vieillard. Le rapport est généralement de 1 à 3. A titre d’exemple, dans l’étude longitudinale d’une population d’âge moyen 85 ans réalisée par Boscia, 30 % des femmes avaient au moins un examen urinaire positif, 11 % des hommes seulement. La différence entre les deux sexes s’atténue avec l’âge.
– Le VIH : Le sida est et demeure une pandémie en constante progression dans les pays du tiers monde en l’occurrence au Mali.
Le mode prépondérant de transmission du VIH est la voie sexuelle. Les infections sexuellement transmissibles (IST) partagent les mêmes facteurs de risque que les infections urinaires.
Aux USA les infections urinaires représentent 5 % des infections nosocomiales [33]. Le sida avec la déplétion lymphocytaire qu’il engendre, favorise les infections. Le VIH favoriserait les infections urinaires autant que les sondes urinaires, les schistosomiases et la tuberculose.
Le VIH est un facteur aggravant de l’infection urinaire, elle-même corrélée au degré de défaillance immunitaire : CD4 inférieur à 200 éléments /mm3.
Une étude multicentrique portant sur 6.625 patients, a rapporté que 28 % des patients associaient à leur séropositivité une infection nosocomiale qui dans 15 % des cas était de localisation urinaire. Ce constat les a amené à proposer une antibiothérapie prophylactique.
Un taux de lymphocytes TCD4+ inférieur à 150 éléments exposait au risque d’infection à Salmonella non Typhi.
Les infections urinaires au Mali ont les mêmes caractéristiques qu’ailleurs : prédominance des bacilles gram négatif en particulier les entérobactéries.

Facteurs bactériens de virulence

Les germes en cause sont le plus souvent d’origine endogène et colonisent le tractus urinaire par voie ascendante plutôt que par voie hématogène. Escherichia Coli constitue le germe le plus fréquent (80 %) et il est d’origine fécale [28, 39].
Staphylococcus saprophyticus (10 à 30 %) est un germe commensal de la peau et des voies génitales [28].
Les autres bacilles gram négatif (BGN) comme les Klebsiella, Proteus, Enterobacter et Pseudomonas sont surtout rencontrés chez les patients présentant des facteurs favorisants (immunodépression, séjour à l’hôpital, sondage…).
Les propriétés bactériennes permettant de déborder les processus de défense de l’hôte sont nombreuses :

Les adhérences bactériennes : (adhésines)

Elles constituent le facteur de virulence essentiel puisqu’elles permettent aux bactéries d’adhérer aux cellules vaginales et urothéliales qui sont alors difficilement éliminées par le flux urinaire.
Généralement, les souches uropathogènes possèdent simultanément plusieurs systèmes d’adhésines qui sont :
􀂃 soit des structures filamenteuses de surface, appelées « pili » ou « fimbriae »
􀂃 soit des protéines non filamenteuses de la membrane externes de la paroi bactérienne, appelées AFA « Afimbrial Adhésines ».

DIAGNOSTIC CLINIQUE

Infections urinaires de la femme

Cystite

Ce terme doit être réservé à la femme, car chez un homme une cystite s’accompagne d’une prostatite. Les signes comportent brûlures urinaires, pollakiurie, inconfort sus-pubien, nycturie, impériosité, incontinence, parfois hématurie due à un purpura de la muqueuse vésicale, absence de fièvre, présence dans les urines de germes et de leucocytes. Il faut distinguer les cystites uniques ou survenant à intervalles très espacés et les cystites récidivant plus de 3 ou 4 fois dans l’année.
– La cystite aiguë ou à rechutes espacées est une affection fréquente, en règle due à un bacille communautaire sensible à la plupart des antibiotiques urinaires (en dehors de l’ampicilline et du cotrimoxazole) et n’appelle pas d’autre examen qu’un examen cytobactériologique des urines et un antibiogramme. Le traitement commencé avant les résultats de l’examen cytobactériologique peut être limité à 4 jours. Toutefois, au décours d’une cystite traitée 4 j, la récidive à court terme de la bactériurie peut indiquer qu’il existe un foyer méconnu de pyélonéphrite.
– Les cystites récidivantes peuvent survenir parce que le traitement n’était pas adapté. Certaines femmes souffrent de récidives multiples allant de 2 à 3 dans l’année jusqu’à une par mois ou plus. Elles peuvent être dues à une anomalie de l’appareil urinaire et justifient d’abord un examen local, surtout si elles sont rythmées par les rapports sexuels. Il faut inspecter le méat urétral, ce qui peut
permettre de découvrir des brides hyménales qui provoquent une béance de Infections urinaires dans le service de néphrologie et d’hémodialyse de l’hôpital du point<G> l’urètre lors du coït. Une goutte de pus à la pression latérale de l’urètre indique une rétention purulente dans une glande sous-urétrale. Ces anomalies appellent un petit geste chirurgical. Si l’examen local est normal, une urographie avec l’étude de la vessie et l’urètre peut être nécessaire. Chez une femme âgée, une échographie, éventuellement une cystoscopie, doivent rechercher une tumeur vésicale.
Il existe la cystite parasitaire, la cystite fongique, la cystite virale, la cystite radique et la cystite médicamenteuse qui nécessitent des examens spéciaux.

Pyélonéphrite aiguë

Une pyélonéphrite est une inflammation microbienne du bassinet associée à l’envahissement de l’interstitium par des traînées suppuratives. Il faut distinguer la « pyélonéphrite primitive » (sans lésions urologiques) de la « pyélonéphrite secondaire » (consécutive à une uropathie ou un obstacle). Le tableau clinique peut cependant être très voisin et les lésions du parenchyme rénal sont semblables : oedème inflammatoire, nappes de polynucléaires, lésions tissulaires, cylindres leucocytaires dans les lumières tubulaires et suffusions hémorragiques.
Dans certaines zones, elles évoluent vers la nécrose avec abcédation. Des nécroses papillaires peuvent apparaître, mais surtout en cas d’obstacle avec hyperpression, ou chez le diabétique.
– La pyélonéphrite primitive simple chez la femme jeune est une affection fréquente. Les facteurs favorisants tiennent à la fois à l’hôte et au germe.
L’hôte : l’élément pathogénique principal à considérer est la façon dont les germes accèdent de la vessie au haut appareil. Selon toute vraisemblance, tout commence par une infection vésicale, qui peut être asymptomatique, sans signes cliniques de cystite. Les germes grâce à leurs adhésines gagnent le haut appareil et envahissent la médullaire rénale.
Le germe : il est établi que certaines souches d’entérobactéries, essentiellement des colibacilles, sont plus uropathogènes que d’autres et notamment les germes porteurs de fimbriæ.
Clinique et laboratoire : une pyélonéphrite est caractérisée par l’apparition d’un tableau infectieux sévère avec une température à 40°c, frissons et douleurs lombo-abdominales unilatérales accompagnées de nausées et parfois de vomissements. La fosse lombaire est très douloureuse. Il existe une pyurie et une bactériurie, une hyperleucocytose, une vitesse de sédimentation élevée et une élévation de la protéine C réactive. Les hémocultures peuvent être positives au même germe que celui trouvé dans l’urine. Neuf fois sur dix, il s’agit d’ Escherichia coli. En l’absence d’inoculation iatrogénique, ces colibacilles sont le plus souvent sensibles à la plupart des antibiotiques, encore que les souches d’emblée résistantes à l’ampicilline et au cotrimoxazole soient actuellement de plus en plus fréquentes.
– La pyélonéphrite secondaire, compliquée est caractérisée par une anomalie de l’arbre urinaire entraînant une stase, facteur favorisant l’infection et son ascension dans le bassinet puis la médullaire rénale. Les colibacilles sont là encore la flore prédominante. En cas d’infection à Proteus mirabilis peuvent se constituer de volumineux calculs coralliformes, constitués de phosphates ammoniaco-magnésiens, pétris de germes au sein de leur matrice protéique. Le calcul infectieux favorise la stase et la stase entretient l’infection.
Toutes les uropathies malformatives, le reflux vésico-urétéral, les vessies neurologiques, la lithiase rénale, les obstacles cervicoprostatiques, etc.
peuvent se compliquer d’une pyélonéphrite, notamment après sondage ou endoscopie. L’infection peut être bilatérale et la suppuration d’urines sous tension fait courir un danger de septicémie à germes Gram-négatifs, avec son risque de choc et de coagulation intra vasculaire disséminée, d’anurie. Il peut se constituer des lésions rapidement mutilantes du parenchyme rénal. Le drainage de voies excrétrices est indispensable et urgent, tandis que l’antibiothérapie parentérale est entreprise simultanément. Les pyélonéphrites associées à une lésion urologique sont celles qui comportent le plus de risques de néphrite interstitielle chronique avec cicatrices corticales si le traitement chirurgical a été tardif et si l’anomalie de l’appareil excréteur persiste. La suppression de la lésion entretenant l’infection et (ou) l’hyperpression dans la voie excrétrice, accompagnée et suivie d’un traitement antibiotique adéquat, est le meilleur moyen de stabiliser la fonction rénale.
– L’abcès rénal se traduit essentiellement par un tableau de pyélonéphrite à Gram-négatifs, soit en apparence primitif, soit compliquant une lésion urologique telle une lithiase. Le tableau clinique ne diffère pas de celui d’une pyélonéphrite aiguë en dehors du fait que sous traitement approprié, la fièvre et l’hyperleucocytose persistent plus longtemps, chez un malade dont l’état général décline.
L’abcès se traduit par un effet de masse d’aspect tumoral à l’urographie intraveineuse.
L’échographie montre une cavité à parois épaisses, remplie de liquide, difficile à distinguer de l’image d’un cancer du rein excavé. Le scanner localise parfois l’abcès.
Le traitement est essentiellement médical, le même que celui d’une pyélonéphrite. Dans certains cas, la cavité peut être drainée par cathéter inséré sous échographie et par lequel on irrigue l’abcès par des antibiotiques.
Les formes graves peuvent nécessiter une néphrectomie « de sauvetage »

Infection urinaire chez l’homme 

Les infections urinaires masculines sont rarement « primitives ». Elles justifient donc toujours une enquête uro-radiologique à la recherche d’une anomalie de l’appareil urologique.

Prostatite aiguë

Fréquente et facilement méconnue, elle est souvent consécutive à une infection urétrovésicale à entérobactéries essentiellement les colibacilles. Elle peut également faire suite par voie hématogène à une infection à distance, staphylococcique ou autre.
Le diagnostic se pose chez un homme chez qui apparaît brusquement une fièvre à 40 °C accompagnée de frissons et d’un grand malaise général. Des signes de cystite, des brûlures urinaires, l’émission d’urines purulentes, une épididymite, orientent rapidement vers le diagnostic et conduisent à un examen cytobactériologique des urines. La dysurie peut aller jusqu’à la rétention d’urine complète qui interdit le sondage par cathéter sus-pubien.
Cependant, ces signes peuvent manquer et conduire à un diagnostic de « grippe », avec ce que cela implique de retard de traitement. C’est dans ces prostatites négligées que peut apparaître un choc à Gram-négatif et plus tard des localisations secondaires, sous forme par exemple d’une spondylodiscite à colibacilles.
Au toucher rectal, la prostate est douloureuse et oedématiée. Le diagnostic se fonde sur la présence de germes dans les urines ou à l’écoulement urétral et l’existence de signes d’inflammation vitesse de sédimentation, protéine C réactive. Tout frisson impose des hémocultures et la recherche d’une coagulation intra vasculaire disséminée débutante (thrombopénie).
Une prostatite impose une échographie de tout l’appareil urinaire comportant un examen par sonde endorectale à la recherche de calcification et d’abcès.
Après quelques jours de traitement, une urographie intraveineuse et une étude du bas appareil doivent être faites, en particulier l’urètre.

Prostatite chronique

Les prostatites chroniques font suite à une prostatite aiguë ou apparaissent progressivement sans que l’on ne puisse en dater le début. Elles sont associées à des lésions infectieuses de l’urètre et des voies spermatiques que montrent les examens uro-radiologiques. Au toucher, la prostate est hypertrophique, parfois oedémateuse ou pseudo-adénomateuse et surtout douloureuse. Un soigneux examen uro-radiologique du canal urétral est important, car découvre souvent un rétrécissement de l’urètre. L’examen des urines donne des résultats divers, tantôt positif, tantôt négatif.
Le traitement au moment des poussées est analogue à celui d’une prostatite aiguë. Les formes chroniques, sans germe mis en évidence, répondent parfois à des traitements anti-inflammatoires prolongés. Il arrive souvent un moment ou la part psychologique et la part organique des troubles de « prostatisme » devient difficile à faire.

Infection rénale et immunodépression 

Pyélonéphrites des diabétiques

Les diabétiques ont souvent une bactériurie asymptomatique qui, en raison de la glycosurie, de la parésie vésicale et des troubles des fonctions granulocytaires de ces malades, peut se compliquer d’une pyélonéphrite sévère, souvent septicémique, car il existe une neuropathie autonome. Deux signes peuvent attirer l’attention : des hématuries macroscopiques : nécrose tubulaire et l’élimination dans les urines de fragments tissulaires. L’étude histologique de ces fragments nécrotiques recueillis par tamisage des urines permet d’affirmer le diagnostic.
La pyélonéphrite diabétique peut entraîner une acidocétose. Souvent grave, elle impose l’hospitalisation en réanimation.

Pyélonéphrites des transplantés rénaux

Les transplantés rénaux sont susceptibles de faire des pyélonéphrites, surtout dans les deux mois suivant la transplantation. Le rein transplanté étant coupé de ses connexions nerveuses, la pyélonéphrite peut être indolore. Cette infection peut favoriser un rejet du transplant.

Pyélonéphrites du sujet âgé

Les vieillards, surtout alités, ont fréquemment des pyélonéphrites aiguës, qu’ils soient porteurs d’une hypertrophie prostatique ou qu’ils n’aient aucune anomalie urologique. Les signes sont souvent graves : 30 % des septicémies du vieillard sont d’origine urinaire, surtout en milieu hospitalier. Le diagnostic peut ne pas être fait rapidement en raison de l’absence de douleurs lombaires ou de troubles de la conscience. Toute fièvre chez un vieillard alité doit, entre autres examens, motiver une uroculture.
L’évolution de ces septicémies urinaires des patients âgés est assez souvent mortelle, surtout si l’on n’y pense pas et si le traitement est tardif.

Infections urinaires chez l’enfant

Les infections urinaires de l’enfant constituent un problème à part. Le recueil de l’urine est difficile chez le nouveau-né et nécessite des poches, source de souillures. Il y a là parfois l’indication d’un prélèvement par ponction vésicale sus-pubienne par une main exercée. La flore est dominée par le
colibacille chez les filles. Chez le garçon il ne représente que 40 % des isolats. En effet le prépuce contient une réserve de germes, notamment de Proteus.

Infections urinaires néonatales

Une infection urinaire peut exister à la naissance, pas toujours expliquée par une uropathie malformative. Elle survient surtout chez les garçons et se traduit par une perte de poids, une cyanose, un ictère, un gros foie et parfois une méningite. Les hémocultures sont positives dans 30% des cas. Ces formes septicémiques peuvent être graves et appellent un traitement précoce.
La recherche d’une uropathie malformative est systématique.

Infections urinaires de l’enfant 

Cette rubrique est dominée par la fréquence des uropathies malformatives et plus particulièrement du reflux vésico-urétéral. Cependant il faut savoir que chez la petite fille existent des cystites simples, à cause de l’hygiène approximative liée à l’âge.
Les infections survenant chez le garçon sont pour la plupart dues à une anomalie urologique. Toute infection urinaire fébrile de l’enfant exige échographie, urographie intraveineuse et cystographie rétrograde. Cette dernière peut être faite par une technique isotopique (99m technétium DMSA pour Di-mercapto-succinic acid). Elle irradie très peu et permet une observation prolongée pour détecter un reflux intermittent.
Le reflux vésico-urétéral est la malformation la plus fréquente. La première pyélonéphrite sur reflux peut entraîner des cicatrices corticales. Toute pyélonéphrite sur reflux appelle un traitement immédiat et prolongé suivi d’une intention anti-reflux. Le maintien de la stérilité des urines doit être vérifié régulièrement. Un reflux négligé accompagné d’infection urinaire expose à des cicatrices, à l’arrêt de la croissance du rein et, plus tard, à une néphrite interstitielle chronique.
L’infection peut être due à n’importe quelle malformation des voies excrétrices, notamment chez les garçons. Ce sont les obstacles de la jonction pyélo-urétrale, ceux de la jonction urétéro-vésicale et les valves de l’urètre postérieur, facilement méconnues et responsables d’une vessie de luttesurmontée d’une dilatation des voies excrétrices.

INFECTION URINAIRE SUR SONDE

L’urine soumise à l’examen bactériologique doit être prélevée par ponction de la sonde. Il y a infection lorsque l’urine contient au moins 105 bactéries formant colonies par ml. Mais il a été montré que chez des malades porteurs de sonde le taux de 102 par ml était déjà significatif puisque, dans la quasi totalité des cas, l’infection à 105 bactéries/ml était confirmée dans les trois jours.
Les bactéries provoquant l’infection urinaire sur sonde sont endogènes, àpartir de la flore rectale et périnéale, ou exogène par contamination du matériel de drainage vésical. Dans les deux cas, elles appartiennent à la flore hospitalière et sont sous l’influence de l’usage des antibiotiques.

Pénétration des bactéries

La contamination bactérienne de la vessie peut se produire lors du sondage.
Elle est due à un germe présent dans l’urètre antérieur ou elle résulte d’une faute de manipulation. Sonde en place, des bactéries contaminantes peuvent suivre la voie endoluminale ascendante à la suite d’erreurs techniques : déconnexion de la sonde vésicale et du système de drainage avec introduction de bactéries présentes sur les mains de l’opérateur ou au pourtour de la zone de raccordement, contamination du tuyau d’évacuation du sac de drainage, positionnement non déclive du sac de drainage.
La contamination par voie extraluminale est due à des bactéries endogènes qui ont d’abord colonisé l’urètre antérieur, particulièrement chez la femme, puis se sont propagées de façon rétrograde le long de la sonde.
L’implantation bactérienne sur la sonde elle-même et sur la muqueuse urétrale et vésicale est favorisée par divers mécanismes : altération de l’épithélium urétral et vésical sous l’effet de la sonde et du ballonnet, ce qui favorise l’adhésion bactérienne ; formation sur la muqueuse et sur le matériel de sondage d’un bio-film protégeant les bactéries ; mise en jeu d’adhésines
spécifiques.

Facteurs de risque

De nombreuses études ont établi que le risque d’infection était lié d’abord à la technique du drainage urétro-vésical : supériorité évidente d’un système clos par rapport à un système ouvert, risque lié à toute erreur de manipulation. La fréquence de l’infection s’accroît avec la durée du sondage, l’incidence quotidienne comprise entre 3 et 8 p. 100 étant relativement constante pendant la première semaine. L’infection est constatée dans 15 à 30 p. 100 des cas au bout d’une semaine, 25 à 50 p.100 après deux semaines, 50 à 90 p.100 après un mois [46, 48]. D’une façon générale, l’infection apparaît plutôt chez la femme, chez le diabétique, chez l’insuffisant rénal, lorsque la sonde est mise en place relativement tard au cours de l’hospitalisation.

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Table des matières

I- INTRODUCTION
II- GENERALITES
III- METHODOLOGIE
IV- RESULTATS
V- COMMENTAIRES ET DISCUSSIONS
VI- CONCLUSION ET RECOMMANDATIOS
BIBLIOGRAPHIE
RESUME

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