Soutenance mémoire
Evolution génétique du chikungunya virus
L’agent pathogène
le virus du chikungunya Le virus du chikungunya fut découvert et isolé en 1952-1953 par RW Ross lors d’une épidémie de fièvre massive ayant touchée le plateau de Makondé dans la province de Newala au sud de la Tanzanie actuelle. Cette épidémie s’était développée rapidement au cours de la saison des pluies de Juillet à Février de la même année. De par la posture du malade ayant contracté cette maladie, le virus responsable fut nommé « chikungunya » ce qui signifie en swahili « plié en deux » d’où l’autre nom de cette maladie : « maladie de l’Homme courbé ». En 1956, une épidémie moins importante toucha l’Afrique du Sud dans la province du Transvaal. De même, quelques cas furent rapportés au Congo belge (actuelle République démocratique du Congo) la même année. En 1956 et 1958, en Thaïlande, aux Philippines, le chikungunya virus fut identifié à partir de l’étude virologique des cas de fièvre hémorragique du sud-est asiatique. Puis, ce virus fut retrouvé dans les années 60 au Cambodge (1961) et en Inde (1964) ainsi qu’au Vietnam où il aurait été responsable de fièvres contractées par les militaires américains durant la guerre. Avant 1952, des épidémies éventuelles de chikungunya ont pu être mises en évidence par l’étude corrélée des épidémies survenues durant cette période et les connaissances actuelles de la maladie.
Ainsi, Carey, a montré que de nombreuses épidémies historiques attribuées au virus de la dengue étaient en fait dues au chikungunya virus. De ce fait, celles survenues au Caire en 1779 et en Inde en 1823, seraient dues à cette arbovirose et auraient été attribuées au virus de la dengue à l’époque, du fait de la grande similitude des symptômes observés lors de la contamination par ces agents pathogènes.
classification du chikungunya virus
C’est l’évolution de la recherche sur les données de séquençages nucléotidiques et sur la compréhension des mécanismes de réplication des alphavirus et des flavivirus qui a permis de faire évoluer la classification ancienne basée sur des groupes antigéniquements liés : le groupe A et le groupe B . Ainsi, aujourd’hui ces deux genres alphavirus et flavivirus sont séparés dans deux familles virales différentes respectivement nommées Togaviridae et Flaviviridae. La famille des Togaviridae regroupe 29 alphavirus répartis en 8 complexes : western equine encephalitis virus, eastern equine encephalitis virus, venezuelan equine encephalitis virus, Semliki forest virus, Ndumu virus, salmon pancreas disease virus, Middleburg virus et Trocara virus (figure 1). Le chikungunya virus est un alphavirus appartenant à la famille Togaviridae et faisant partie du complexe Semliki forest (6) .
Morphologie, composition biochimique du virus Concernant la strcture du virus, les résultats proviennent surtout d’études réalisées sur le virus Sindbis appartenant au même complexe Semliki Forest que le virus du chikungunya (3). Le virus du chikungunya peut donc être décrit comme un virus enveloppé, sphérique dont le diamètre est compris entre 65 et 70 nm. L’enveloppe du virus se présente sous la forme d’une bicouche lipidique dans laquelle sont enchassées deux types de protéines E1 et E2. Celles-ci présentent une hélice transmembranaire et sont glycosylées. On les retrouve au nombre de 240 exemplaires au sein de la particule virale leur conférant un rôle important dans la rigidité de la structure membranaire. C’est l’ensemble des glycoprotéines composant le virus qui est à l’origine de la formation de la nucléocapside icosædrique protégeant le génome viral. Ce dernier est constitué d’un brin d’ARN de 11,5kb de long, de polarité positive et composé de deux phases de lecture ORF respectivement de 7424 et 3732 nucléotides à l’origine de la synthèse de protéines structurales et non structurales. D’autres protéines appelées 6K, C (capside) ou encore E3 sont retrouvées en quantité variable au sein de la particule virale (figure 2).La bicouche lipidique présente quant à elle, un très grand nombre de molécules de cholestérols et de sphingolipides du fait de leur importance dans les étapes d’entrée et de bourgeonnement du cycle de réplication du virus (8).
Organisation de l’ARN viral
L’organisation du génome du chikungunya virus est inversée par rapport à celle des Flavivirus. Ainsi, on retrouve dans l’ordre la coiffe en 5’, les gènes codants pour les protéines non structurales du virus NSP1, NSP2,NSP3, NSP4 puis ceux codants pour les protéines structurales C,E3,E2,6K,E1 et enfin la queue polyadénylée à l’extrémité 3’ de l’ARN (figure 3). Cette organisation s’apparente à celle des ARNm eucaryotes du fait de la présence d’une coiffe en 5’ et d’une queue polyadénylée en 3’. L’étude de la souche S27 du chikungunya virus a mis en évidence la présence en 5’ et 3’ de régions non codantes respectivement de 76 et de 526 nucléotides (10). Une étude ayant pour objet la comparaison de la région non codante 3’ de 23 alphavirus dont le chikungunya virus a montré une variabilité importante (10).
Cette région étant riche en adénine/thymine la variabilité entre les alphavirus s’expliquerait par l’insertion ou la délétion de séquences répétées de ces deux nucléotides. Ainsi, il a pu être mis en évidence pour le chikungunya virus et pour l’ensemble des alphavirus, l’importance de ces séquences répétées dans la libération virale. En effet, la délétion de l’une d’entre elles perturberait l’organisation génomique et serait à l’origine d’une réduction et d’un retardement de la libération des virions, prouvant ainsi l’interaction existante entre l’ARN et les protéines cellulaires impliquées dans la production du virus (10).
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Table des matières
TABLE DES MATIERES TABLE DES FIGURES TABLE DES TABLEAUX ABREVIATIONS INTRODUCTION PARTIE 1 : LE CHIKUNGUNYA: UNE MALADIE VECTORIELLE 1.L’agent pathogène : le virus du chikungunya 1.1. Histoire de la découverte du virus 1.2. Un arbovirus 1.2.1. classification du chikungunya virus 1.2.2. Structure a) Morphologie, composition biochimique du virus b) Organisation de l’ARN viral 1.2.3. cycle de réplication du virus a) fonctionnalités des protéines virales b) Etapes de la réplication virale 1.2.4. Evolution génétique du chikungunya virus a) Les différents types de génotype b) Risques de mutations 2.Un vecteur : le moustique 2.1. Présentation et classification des moustiques vecteurs 2.1.1. Présentation 2.1.2. Classification 2.2. Caractéristique et différenciation des moustiques femelles Aedes albopictus et Aedes aegypti 2.3. Cycle biologique du moustique 2.3.1. Phase terrestre 2.3.2. Phase aquatique Sixième étape : l’émergence 2.4. Compétence vectorielle 2.5. Répartition géographique des moustiques vecteurs 2.5.1. Distribution géographique d’Aedes aegypti a) Dans le monde b) En Europe c) En France 2.5.2. Distribution géographique Aedes albopictus a) Dans le monde b) En Europe c) En France 2.6. Causes de la progression géographique d’Aedes albopictus et Aedes aegypti 2.6.1. Une plasticité écologique a) La diapause b) Adaptation au réchauffement climatique 2.6.2. La mondialisation Des réservoirs difficiles à identifier PARTIE 2 : DE LA TRANSMISSION AU DIAGNOSTIC DU CHIKUNGUNYA VIRUS 1.La transmission du chikungunya virus 1.1. Le cycle urbain 1.2. Le cycle sylvatique 2.Contexte épidémiologique 2.1. Evolution épidémiologique du chikungunya virus dans le monde 2.1.1. Evolution épidémiologique du chikungunya virus de 2000 à 2013 a) Situation épidémiologique en Asie et dans l’Océan Indien b) Situation épidémiologique en Afrique. c) Situation épidémiologique en Europe. 2.1.2. Situation épidémiologique actuelle. a) Sur le continent américain et dans les Caraïbes. b) En France 2.Physiopathologie de l’infection au chikungunya virus 3.1. Physiopathologie de la phase aiguë 3.1.1. Mécanisme immunitaire a) Mise en place de l’immunité innée b) La mise en place de l’immunité adaptative 3.1.2. Mécanisme inflammatoire a) Les cytokines b) Les chimiokines 3.2. Physiopathologie de la phase chronique articulaire 3.2.1. Mécanisme immunitaire 3.2.2. Mécanisme inflammatoire 4.La sémiologie clinique du chikungunya virus 4.1. Formes typiques 4.1.1. Phase aiguë (J1 à J10 4.1.2. Phase subaiguë (J10 à J90) 4.1.3. Phase chronique (au-delà de J90) 4.2. Formes atypiques 4.2.1. Formes neurologiques 4.2.2. Formes optiques 4.2.3. Formes cardiovasculaires 4.2.4. Formes rénales 4.2.5. Formes cutanées 4.2.6. Autres formes atypiques 4.3. Cas particulier 4.3.1. Femmes enceintes et allaitement 4.3.2. Le Nouveau né 5.Diagnostic biologique du chikungunya virus 5.1. Stratégie diagnostique 5.2. Diagnostic précoce direct 5.2.1. Isolation du virus par culture cellulaire 5.2.2. Détection de l’ARN viral par RT-PCR 5.3. Diagnostic indirect sérologique 5.3.1. Détection des IgM spécifiques 5.3.2. Détection des IgG spécifiques 5.3.3. Autres tests diagnostiques PARTIE 3 : PERSPECTIVES THERAPEUTIQUES ET VACCINALES - ROLE DU PHARMACIEN D’OFFICINE 1.Bilan actuel de la recherche sur les différentes perspectives d traitements 1.1. Perspectives moléculaires médicamenteuses 1.1.1. Les inhibiteurs de l’endocytose virale a) La chloroquine b) Arbidol c) 10H-phénothiazines 1.1.2. Les inhibiteurs de la traduction virale a) Les ARN interférents b) Harringtonine et homoharringtonine 1.1.3. Inhibiteur de la réplication virale a) 5,7- dihydroxyflavones et prothipendyl b) Les diterpénoïdes : daphnane et jatrophane c) Les inhibiteurs de la protéine NSP2. d) La ribavirine e) La 6-azauridine f) L’acide mycophénolique 1.1.4. Les modulateurs de la réponse immunitaire 1.1.5. Inhibiteur de la maturation des glycoprotéines virales 2.Perspectives vaccinales 2.1. Les vaccins inactivés 2.2. Vaccin vivant atténué 2.3. Vaccins recombinants 2.4. Vaccin à ADN 2.5. Vaccin Virus Like Particule (VLP) 2.6. Vaccins chimériques 3.Rôles du pharmacien d’officine dans la prise en charge du chikungunya 3.1. En dehors d’une période de crise épidémique 3.1.1. La prévention a) Prévention individuelle b) Prévention collective 3.1.2. Gestion des douleurs chroniques 3.2. En période de crise épidémique CONCLUSION ANNEXE BIBLIOGRAPHIETélécharger le rapport complet
