Evolution générale de l’infection d’une plante par les champignons phytopathogènes

Identification et purification des isolats

L’identification des colonies de Pseudomonas se fait sous lumière ultra violette de longueur d’onde 254 nm. En effet, sous cette longueur d’onde la pyoverdine, un pigment fluorescent qui représente la majeure partie des sidérophores produits par ces bactéries fluoresce. Les colonies émettant de la fluorescence sont alors récupérées à l’aide de curedents stérilisés et repiquées individuellement sur des boîtes de pétri neuves contenant le milieu King B.
L’identification des isolats d’Actinomycètes a été effectuée après 7 jours d’incubation à l’aide de culture pure. Toutes les colonies d’aspect différent de chaque échantillon ont été isolées et purifiées individuellement sur boîte de Pétri neuve contenant du milieu Waksman.
Une caractérisation simple des colonies sous la loupe binoculaire a permis de classer les isolats suivant leur aspect, leur forme, leur taille, la couleur du mycélium végétatif et la couleur du mycélium aérien ainsi que d’autres caractères comme la production de pigment diffusible (Joffin et Leyral, 2001).

Conservation des isolats

Les isolats purifiés d’Actinomycètes et de Pseudomonas sont conservés selon deux méthodes à savoir : la conservation sur la gélose inclinée à 4°C et la conservation sous une température de – 80°C.

– Gélose inclinée à 4°C:
Les isolats ont été cultivés sur milieu gélosé incliné dans un tube fermé hermétiquement. Après incubation à 28°C pendant 7 jours pour l’Actinomycète et pendant 4 jours pour le Pseudomonas, les cultures sont conservées à 4°C. Les milieux de culture utilisés ont été toujours de King B pour les Pseudomonas et de Waksman pour les Actinomycètes. Un repiquage a été réalisé tous les deux mois sur les mêmes milieux de culture inclinés.

– Conservation à -80°C:
Une colonie de chaque isolat a été cultivée sur milieu King B liquide pour les Pseudomonas et milieu Waksman liquide pour les Actinomycètes. Ces cultures en milieu liquide ont été ensuite incubées à 28°C dans un bain marie avec agitation pendant 4 jours pour les Pseudomonas et pendant 7 jours pour les Actinomycètes.

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Mots-clés : Phytopathogène, Fusarium, Pseudomonas Fluorescent, Actinomycètes, bioprotection.

Table des matières

GLOSSAIRE
LISTE DES ABREVIATIONS
LISTE DES FIGURES
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES ANNEXES
INTRODUCTION
SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
I. GENERALITES SUR LA RHIZOSPHERE
I.1. Définition
I.2. Exsudation racinaire
I.3. Les microorganismes rhizosphériques et leurs effets sur la plante
I.3.1. Les Bactéries
I.3.2. Les Champignons
I.3.3. Les Actinomycètes
II. INTERACTIONS BIOLOGIQUES ANTAGONISTES DANS LA RHIZOSPHERE
II.1. La compétition
II.2. L’antagonisme
II.2.1. Antibiose
II.2.2 Parasitisme et prédation
III. GENERALITES SUR LES CHAMPIGNONS PHYTOPATHOGENES
III.1. Evolution générale de l’infection d’une plante par les champignons phytopathogènes
III.1.1. Contamination
III.1.2. La pénétration
III.1.3. L’infection
III.1.4. La dissémination du pathogène
III.1.5. La conservation et la vitalité du pathogène
III.2. Exemple de champignon phytopathogène
III.2.1. Fusarium spp
III.2.1.1. Systématique
III.3. Lutte biologique contre les phytopathogènes
III.3.1. Définition
III.3.2. Mécanisme d’action des agents de lutte biologique
III.3.3. Exemples d’agents de lutte biologique contre les champignons phytopathogènes
III.3.4. Avantages de l’utilisation des agents de lutte biologique
III.3.5. Côtés négatifs des agents de lutte biologique
III.4. Autres moyens de lutte contre les champignons phytopathogènes
III.4.1. Pratiques culturales
III.4.2. Utilisation de fongicides
MATERIELS ET METHODES
I. MATERIELS
I.1. Matériels Biologiques
I.1.1. Isolats utilisés
I.1.1.1. Isolat fongique pathogène
I.1.1.2. Isolats bactériens
I.1.1.3. Réactivation des isolats
I.1.2. Les plantes utilisées
II. METHODES
II.1. Isolement des champignons phytopathogènes
II.1.1. Techniques d’isolement
II.1.1.1. Isolement sans désinfection préalable
II.1.1.2. Isolement avec désinfection préalable
II.1.2. Identification des isolats
II.1.3. Conservation des isolats
II.2. Test de virulence de Fusarium sp. sur la germination des plantes
II.2.1. Revivification des isolats de champignon
II.2.2. Stérilisation des graines
II.2.3. Dispositif du test de virulence
II.2.3.1. Contamination en pré-levée
II.2.3.2. Contamination en post-levée
II.2.4. Evaluation des résultats 7
II.3. Test de virulence de Fusarium sp. sur la croissance végétative des plantes
II.4. Les isolats microbiens antagonistes de champignons phytopathogènes
II.4.1. Identification et purification des isolats
II.4.2. Conservation des isolats
II.4.2.1. Gélose inclinée à 4°C
II.4.2.2. Conservation à -80°C
II.5. Test d’antagonisme des Pseudomonas et des Actinomycètes vis-à-vis de Fusarium sp
II.5.1. Test in vitro
II.5.1.1. Déroulement de la confrontation
II.5.1.2. Evaluation des résultats
II.5.2. Bioprotection de la tomate contre la fonte de semis causée par Fusarium
II.5.2.1. Préparation d’inoculum de Fusarium
II.5.2.2. Préparation d’inoculum de Pseudomonas et d’Actinomycète
II.5.2.3. Traitement des graines de plante avec les isolats de Pseudomonas et d’Actinomycète
II.5.2.4. Traitement du sol avec les isolats de Fusarium
II.5.2.5. Déroulement du test
RESULTATS ET INTERPRETATIONS
I Isolement et caractérisation morphologique des champignons phytopathogènes
I.1. Les isolats de champignons phytopathogènes
I.2. Caractéristiques morphologiques des isolats
I.2.1. Isolats Fo-01et Fo-02
I.2.2. Isolat Alt 01
I.2.3. Isolat Rh-01
I.2.4. Isolat Ni-01
I.2.5. Isolat Hel-01
I.2.6. Isolat Pn-01
II. Virulence des isolats de Fusarium sur la germination des graines in vitro
II.1. Virulence des isolats in vitro
II.1.1. Effet de Fo-01et Fo-02 sur la germination des graines in vitro
II.1.2. Effet de Fo-01et Fo-02 sur la croissance racinaire des plantes
III. Virulence des isolats de Fusarium in vivo
III.1. Virulence de l’isolat Fo-01
III.2. Virulence de l’isolat Fo-02
IV. Isolement des isolats d’Actinomycète et de Pseudomonas
V. Inhibition du développement de l’isolat Fo-02 par les isolats de Pseudomonas et d’Actinomycète in vitro
VI. Inhibition de la virulence de Fusarium Fo-02 par le Pseudomonas Ps16 et l’Actinomycète Ac66 in vivo
DISCUSSION
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES

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