Soutenance mémoire
Etude bio-écologique de la cistude d’Europe
Répartition
Les données archéozoologiques témoignent de la présence de la cistude en Europe depuis l’ère préhistorique.
Lors de la dernière glaciation, située à la fin du Pliocène, il y a environ trois millions d’années (époque pré-quaternaire), l’aire de répartition de la cistude s’est largement rétractée et de nombreuses populations se sont retrouvées isolées les unes des autres. Cet isolement des populations est à l’origine des sous-espèces rencontrées aujourd’hui (cf. « 1.1 : Systématique »). La plupart des cistudes, auparavant présentes dans toute l’Europe, se regroupèrent sur la côte nord de la mer Méditerranée. Le réchauffement climatique connu à l’Holocène (depuis 10 000 ans) a permis l’extension de l’aire de répartition de la cistude en Europe. Cette extension s’est effectuée de manière modérée à cause des barrières naturelles présentes (chaînes de montagnes). Cette alternance régression / extension de l’aire de répartition explique le fait que la plupart des cistudes de la sous-espèce Emys orbicularis orbicularis, reprensantant la majeure partie des cistudes de France, descendent d’ancêtres provenant du delta du Danube (Fritz et al., 2005).
En France, de nombreux écrits attestent de la présence de la cistude d’Europe dans une large partie du territoire jusqu’au XIXe siècle. L’espèce fut même abondante au Mésolithique et au Néolithique, mais les prélèvements d’individus pour la consommation humaine semblent avoir été un facteur important de raréfaction, allant même jusqu’à la disparition locale dans certains endroits de France. Bien que plus rares, les cistudes restent néanmoins bien présentes en France à l’Antiquité et au Moyen-Age. Des écrits datant du XIXe siècle attestent de sa consommation courante jusque dans les années 1850. Puis, la fin du XIXe et le début du XXe siècle marquent une nouvelle phase de régression de la cistude en France, notamment à cause de la fragmentation et de la destruction de son habitat par les activités humaines (Cheylan, 1998). Ce déclin est observé partout en Europe, comme pour une grande partie des autres espèces de reptiles (Gasc et al., 1997).
Aujourd’hui, la cistude est présente sous forme de petites populations en Europe de l’Ouest, alors qu’elle forme des populations plus étendues à l’Est. On la retrouve de la Pologne au nord de l’Afrique (deux populations en Tunisie et en Algérie), et du Portugal jusqu’à la mer d’Aral en Asie. Elle vit en plaine, uniquement dans les lieux ne dépassant pas 600 mètres d’altitude (Priol, 2009).
La carapace des tortues dulçaquicoles
S’il existe de nombreuses données naturalistes concernant la cistude d’Europe dans la littérature, l’espèce a cependant été peu étudiée du point de vue vétérinaire. Néanmoins, mis à part quelques particularités spécifiques que nous ne manquerons pas de désigner, les caractéristiques histologiques, anatomiques et physiologiques ainsi que les pathologies de la carapace des cistudes diffèrent peu de celles des autres espèces de tortues dulçaquicoles. Certaines de ces autres espèces ont été particulièrement étudiées par des vétérinaires du fait de leur appartenance à un groupe d’animaux de compagnie désigné comme « nouveaux animaux de compagnie » (NAC).
Les premières études « vétérinaires » concernant les chéloniens remontent aux années 1960, mais il faudra attendre les années 1980 pour voir le nombre de publications augmenter de manière significative. Cependant, bien que convenablement cerné, ce sujet possède encore de nombreuses parties lacunaires, peu voire pas du tout étudiées à l’heure actuelle. Le but de cette partie est d’exposer une synthèse non exhaustive des connaissances vétérinaires actuelles sur les chéloniens.
La carapace normale des tortues dulçaquicoles
(Harvey-Clark, 1995 ; Divers et Mader, 2005 ; Saint-Raymond Moynat, 2009 ; MabilleBentot, 2011)
La connaissance de l’histologie, de l’anatomie et de la physiologie de la carapace est indispensable pour la compréhension du mécanisme physio-pathologique du SUC ainsi que pour appréhender les conséquences sur l’organisme d’une telle entité pathologique.
Histologie
(Bereiter-Hahn, Matoltsy, et Richards, 2013)
Comme pour tous les animaux, à l’échelle microscopique, le tégument est constitué en superficie de l’épiderme et en profondeur du derme. Chez tous les reptiles, l’épiderme est présent sous forme d’écailles ou de plaques cornées, reliées entre elles par de la peau. Ces formations sont kératinisées et ne contiennent pas de glandes sébacées, à l’exception des glandes mentonnières chez les tortues (Harvey-Clark, 1995). Les cellules du tégument sont formées en profondeur dans le stratum germinativum, couche constituée de cellules souches vivantes et se renouvelant périodiquement. Ces cellules, au cours de leur processus de kératinisation, vont migrer de manière centrifuge dans le stratum intermedium et mourir, formant ainsi une couche plus dure nommée stratum corneum. Toutes les structures du stratum corneum sont formées de trois couches :
– Une couche d’α-kératine, identique à celle entrant dans la composition des poils des mammifères, caractérisée par une grande flexibilité et une grande élasticité ; – Une couche de β-kératine, dont sont composées les plumes des oiseaux, caractérisée par sa grande rigidité ;
– La couche dite « d’Oberhautchen », composée de lipides jouant un rôle dans la perméabilité du tégument à l’eau, aux gaz et à d’autres substances (Warwick, Frye, et Murphy, 2001), ainsi que dans le processus de mue (Alibardi, 2005 ; Alibardi, 2014).
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Guide du mémoire de fin d’études avec la catégorie La carapace des tortues dulçaquicoles |
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Table des matières
Table des figures
Table des graphiques
Table des tableaux
Introduction
Première partie : étude bibliographique
1. Etude bio-écologique de la cistude d’Europe
1.1. Systématique
1.2. Description physique
1.3. Biologie
1.3.1. Cycle de vie
1.3.2. Milieux de vie
1.3.3. Alimentation
1.3.4. Comportement d’insolation
1.3.5. Reproduction
1.3.6. Croissance et longévité
1.4. Répartition
1.5. Statut et mesures de protection
1.6. Menaces et risques sur l’espèce
1.6.1. Fragmentation, perte et dégradation de l’habitat
1.6.2. Prélèvements dans le milieu
1.6.3. Facteurs de mortalité
1.6.4. Impact de l’introduction d’espèces exotiques
2. La carapace des tortues dulçaquicoles
2.1. La carapace normale des tortues dulçaquicoles
2.1.1. Histologie
2.1.2. Anatomie
2.1.3. Physiologie
2.1.3.1. Les différentes fonctions du tégument
2.1.3.2. La mue
2.1.3.3. La cicatrisation
2.1.3.4. Croissance
2.2. Les pathologies de la carapace
2.2.1. Les affections traumatiques
2.2.1.1. Fractures de la carapace
2.2.1.2. Érosion du plastron
2.2.2. Affections nutritionnelles
2.2.2.1. Hypovitaminose A
2.2.2.2. Hypervitaminose A
2.2.2.3. Ostéofibrose nutritionnelle .
2.2.2.4. Ostéodystrophie hypertrophique
2.2.3. Affections parasitaires
2.2.3.1. Les plathelminthes
2.2.3.2. Sangsues
2.2.3.3. Mycoses
2.2.3.4. Algues
2.2.3.5. Spirorchides
2.2.4. Affections bactériennes de la carapace
2.2.4.1. Dermatite superficielle
2.2.4.2. Abcès et pyogranulomes
2.2.4.3. Dermatophilose
2.2.4.4. La dermatite ulcéreuse
2.2.5. Infections bactériennes générales affectant la carapace
2.2.5.1. Aéromonose
2.2.5.2. Pseudomonose
2.2.5.3. Salmonellose
2.2.5.4. Septicémie cutanée ulcéreuse
2.2.5.5. Autres septicémies
2.2.5.6. Mycobactériose
2.2.6. Affections virales
2.2.6.1. Fibropapillomatose
2.2.6.2. Maladie des taches grises
2.2.6.3. Poxvirose
2.2.7. Tumeurs non viro-induites
2.2.8. Autres affections
2.2.8.1. Dyskératose cutanée
2.2.8.2. Dermatite de contact
2.2.8.3. Anomalies de l’écaillure
Seconde partie : étude expérimentale
3. Etude épidémiologique
3.1. Définitions et objectifs
3.2. Matériel et méthodes
3.2.1. En Aquitaine
3.2.2. A la Tour du Valat
3.2.3. Dans la Réserve Naturelle de Chérine
3.2.4. Au centre d’élevage des tortues de A Cupulatta
3.2.5. En région Auvergne
3.2.6. Au Parc Zoologique de Sainte-Croix
3.2.7. France entière
3.3. Résultats
3.3.1. Impact du lieu de capture
3.3.2. Evolution temporelle du SUC
3.3.3. Susceptibilité des cistudes
3.3.4. Caractéristiques des lésions
3.3.5. Impacts du SUC
3.4. Discussion
3.4.1. Matériel et méthodes
3.4.2. Résultats
3.4.2.1. Distribution spatiale du SUC
3.4.2.2. Identification de facteurs favorisants
3.4.2.3. Evolution de la pathologie : forme épidémiologique
3.4.2.4. Susceptibilité des tortues
3.4.2.5. Caractéristiques des lésions .
3.4.2.6. Impacts du SUC
3.4.2.7. Bilan
4. Etude étiologique
4.1. Matériel et méthodes
4.1.1. Individus prélevés
4.1.2. Protocole de prélèvement
4.1.3. Protocole d’analyse
4.1.3.1. Culture et identification primaire
4.1.3.2. Identification poussée en spectrométrie MALDI-TOF
4.1.3.3. Analyse des résultats
4.2. Résultats
4.3. Discussion
4.3.1. Matériel et méthode
4.3.1.1. Protocole
4.3.1.2. Biostatistiques
4.3.2. Résultats
4.3.3. Conclusion
Conclusion
Liste des sigles et abréviations utilisés
Bibliographie
Annexes
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