Soutenance mémoire
Classification et écologie :
On distingue sept espèces : Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Klebsiella ozaenae, Klebsiella rhinoscleromatis, Klebsiella planticola, Klebsiella terrigena, Klebsiella ornitholytica. [6]. Klebsiella pneumoniae et Klebsiella oxytoca sont répandues dans la nature, on peut les isoler de l’eau, de végétaux, d’aliments divers. Ces deux espèces sont rencontrées dans la flore fécale de 30 à 40 pour 100 des animaux sauvages ou domestiques et de l’homme ; elles végètent sur la peau, les muqueuses et les voies respiratoires supérieures. Klebsiella ozaenae et Klebsiella rhinoscleromatis ne sont pratiquement isolées que de l’arbre respiratoire de l’homme. [3]. Le portage digestif de Klebsiella est plus important chez les malades hospitalisés que dans la population normale. Sur les mains du personnel et sur les objets de l’environnement dans les services hospitaliers, la présence de Klebsiella est très fréquente. La transmission des Klebsiella d’un malade à l’autre est habituellement manuelle. Des épidémies hospitalières dues à des souches multirésistantes peuvent être observées. [6]. Deux nouvelles espèces de Klebsiella, phénétiquement proches de Klebsiella pneumoniae mais appartenant à des groupes d’homologie de l’ADN distincts, ont été individualisées en 1981 : Klebsiella planticola (syn. Klebsiella trevisanii) et Klebsiella terrigena. On les trouve dans les eaux de surface, les eaux usées, les effluents industriels (papeteries scieries, minoteries) le sol, les végétaux, les aliments, mais elles ne sont qu’exceptionnellement isolées chez l’homme et les animaux. Enterobacter aerogenes s’apparente avec l’ensemble de ses caractères phénétiques et génomiques à Klebsiella pneumoniae, si bien que certains bactériologistes l’ont dénommé Klebsiella mobilis. Les deux appellations : Enterobacter aerogenes et Klebsiella mobilis sont légales et la même souche-type leur est assignée. [3].
Caractères culturaux : Sur les milieux classiques d’isolement pour entérobactéries (Drigalski, EMB, Hektoen, Mac Conkey), les colonies de Klebsiella pneumoniae et Klebsiella oxytoca sont lactoses positives, bombées, muqueuses, parfois filantes à l’anse de platine, d’un diamètre de 3 à 4 mm en 18 – 24 h à 37oC. La croissance de Klebsiella ozaenae et Klebsiella rhinoscleromatis sur les mêmes milieux est quelquefois plus lente (48 h), leurs colonies sont alors volumineuses, bombées, muqueuses, translucides, avec tendance à la confluence. Des milieux sélectifs ont été proposés pour l’isolement des Klebsiella lors d’épidémies hospitalières ou pour la numération de leurs colonies en bactériologie alimentaire : milieu « MacConkey- inositol- carbénicilline » (croissance possible des Serratia), milieu synthétique de Bruce et coll. Au citrate- L- ornithine- raffinose- rouge de phénol, pH 5,6, milieu synthétique de Wong et coll. Au lactose-KNO3- rouge neutre- cristal violet, milieu synthétique de Van Kregten et coll. au citrate- inositol. En milieu liquide (bouillon nutritif, eau peptonée), la culture est rapide (quelques heures) à 30o et 37oC pour Klebsiella pneumoniae et Klebsiella oxytoca avec parfois dépôt muqueux et collerette visqueuse en surface. A 10oC, seules se développent Klebsiella terrigena, Klebsiella planticola et 60 p. 100 des souches de Klebsiella oxytoca. A la différence des autres espèces de Klebsiella, plus de 90 p.100 des souches de Klebsiella pneumoniae croissent à 44oC en bouillon lactosé bilié vert brillant et plus de 80 p. 100 en fermentant le lactose avec production de gaz (test des « coliformes fécaux » positif).
Caractères antigéniques : Les Klebsiella possèdent des antigènes O (somatiques), et K (capsulaires). La recherche des antigènes O présente peu d’intérêt pratique, en raison de leur nombre réduit (13 antigènes O différents) et de la difficulté de leur détermination par suite du caractère thermostable des antigènes capsulaires K. La recherche des antigènes K est indispensable à toute enquête épidémiologique. Ils sont recherchés par agglutination sur lame ou en tubes, ou encore par la réaction de Neufeld dite du « gonflement » de la capsule (opacification de la capsule résultant d’une réaction antigène-anticorps) (fig. 17-8b-c). Le typage antigénique capsulaire peut aussi être effectué par immunofluorescence indirecte à pH 9, par immuno- électrophorèse à contre courant, par coagglutination de la souche de Cowan de Staphylococcus aureus enrobée d’anticorps anticapsulaire, par agglutination de particules de latex sensibilisées. Il existe 77 types capsulaires, soit K1 à K72, K74, K79 à 82. Klebsiella pneumoniae et Klebsiella oxytoca se distribuent selon un grand nombre de type capsulaire. Klebsiella ozaenae appartient généralement au type 4, plus rarement aux types 1, 5, 6, 22. Klebsiella rhinoscleromatis uniquement au type 3. Il existe des communautés antigéniques K entre Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae, Escherichia coli et d’autres entérobactéries quand elles sont capsulées. [2].
Epidémiologie et prévention des infections nosocomiales :
Certaines entérobactéries sont responsables d’infections particulièrement bien caractérisées ; on les identifie à des bactéries pathogènes spécifiques. Ces bactéries ne se retrouvent pas à l’état commensal, à l’exception des suites d’infection, ni dans les milieux extérieurs où leur présence n’est que transitoire. D’autres entérobactéries appartenant à la flore digestive normale de l’Homme et des animaux peuvent devenir pathogènes dans certaines conditions. Ainsi, une intervention chirurgicale sur l’intestin peut contaminer les tissus et donner des infections secondaires à cette pratique chirurgicale ; l’utilisation large d’antibiotiques peut sélectionner certaines entérobactéries qui exprimeront dans ces conditions un pouvoir pathogène jusqu’alors beaucoup plus limité ;de nombreuses infections iatrogènes à entérobactéries sont dues à des défauts d’asepsie permettant la transmission à partir d’un milieu contaminé ou d’un malade soit par les pratiques médicales ou chirurgicales,soit par le personnel (voie manuportée). Les entérobactéries sont donc des germes très importants de l’infection nosocomiale. La prévention de l’infection à entérobactéries est différente selon qu’il s’agit d’entérobactéries pathogènes opportunistes, agents d’infections hospitalières, ou de bactéries pathogènes spécifiques. Dans le premier cas, la limitation des contaminations est obtenue par de bonnes pratiques d’hygiène, par l’isolement éventuel des patients porteurs et par une maîtrise de l’utilisation des antibiotiques. [9].
Présentation de la méthode d’hémoculture :
L’appareil » BACTEC®9050 de chez Becton Dickinson Microbiology Systems, Sparks, Md. » et d’autres automates d’hémoculture comme le »BacT- ALERT 3D Combination de chez bioMérieux », utilisent des méthodes de détection des flacons positifs basées sur différentes mesures du CO2. Les microorganismes présents dans les bouteilles BACTEC® libèrent du CO2 qui réagit avec un colorant présent dans le capteur de l’appareil. Ceci module la quantité de lumière qui est absorbée par un composant fluorescent du capteur. Les détecteurs photosensibles de l’instrument mesurent l’intensité de la fluorescence, laquelle correspond à la quantité de CO2libérée par les microorganismes. La mesure est ensuite interprétée par le système en fonction des paramètres de positivités pré- programmés. [10]. Le système »BacT- ALERT 3D Combination » fonctionne grâce à une technologie colorimétrique développée par bioMérieux, la croissance des microorganismes dans chaque flacon est constamment surveillée par un réflectomètre très sensible.
Tout changement de statut des flacons est enregistré par un signal sonore et visuel comme pour le BACTEC®. [11]. La capacité de l’automate BACTEC®9050 est de 50 flacons. Celle de »BacT- ALERT 3D Combination » est de 120 flacons. Chez chacun de ces fabricants il existe d’autres automates de grande capacité. Un volume de 2-5 ml de sang est prélevé sur le patient et injecté directement dans chaque flacon d’hémoculture qui est saisis dès que possible dans l’appareil pour garantir son efficacité. Il s’agit d’une innovation par rapport à l’hémoculture classique qui demande un volume de 10 ml de sang. Le BACTEC® 9050 fonctionne par un système d’agitation continue des flacons versus intermittent des BACTEC® des séries de grande capacité (BACTEC® 9120 et BACTEC®9240). [12].
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Table des matières
INTRODUCTION
OBJECTIF GENERAL
OBJECTIFS SPECIFIQUES
2. GENERALITES SUR LE GENRE KLEBSIELLA
2.1. Dénomination
2.2. Classification et écologie
2.3. Caractères bactériologiques
2.3.1. Morphologie
2.3.2. Caractères culturaux
2.3.3. Caractères biochimiques
2.3.3.1. Caractères biochimiques de l’espèce- type de Klebsiella pneumoniae
2.3.3.2. Caractères biochimiques différentiels des espèces du genre Klebsiella
2.3.3.3. Caractères différentiels de Klebsiella planticola, Klebsiella terrigena
2.3.3.4. Schéma de biotypes de Klebsiella
2.3.4. Caractères antigéniques
2.4. Génétique
2.5. Physiopathologie
2.5.1. Facteurs de virulence
2.5.2. Pouvoir pathogène naturel
2.5.3. Pouvoir pathogène expérimental
2.6. Contrôle de l’infection
2.6.1. Epidémiologie
2.6.2. Traitement
2.7. Rôle des Klebsiella et autres entérobactéries dans les infections nosocomiales
2.7.1. Ecologie
2.7. 2. Pathogénie
2.7.3. Epidémiologie et prévention des infections nosocomiales
3. METHODOLOGIE
3.1. Le Cadre d’étude
3.2. L’étude
3.2.1. Type d’étude
3.2.2. Durée de l’étude
3.2.3.1. Critères d’inclusion
3.2.3.2. Critères de non- inclusion
3.3. Aspects éthiques de l’étude
3.3.1. Consentement des malades
3.3.2. Respect des références bibliographiques
3.4. La réception des prélèvements au laboratoire
3.5. Présentation de la méthode d’hémoculture
3.6. Protocole de techniques des hémocultures positives
3.7. Protocole et méthode de travail des cultures du LCR et des autres liquides biologiques
3.7.1. Traitement des prélèvements de LCR
3.7.2. Protocole de travail de la Culture du LCR
3.8. Techniques utilisées pour l’identification des bactéries
3.8.1. Coloration de Gram
3.9. Tests biochimiques et métaboliques
3.9.1. Oxydase
3.9.2. Galeries classiques pour entérobactéries
3.9.2.1. Test à l’ONPG
3.9.2.2. Recherche de l’uréase
3.9.2.3. Recherche de l’indole
3.9.2.4. Recherche du thiosulfate- réductase (production de H2S
3.9.2.5. Réaction de Voges- Proskauer
3.9.2.6. Milieu synthétique au citrate de Simmons
3.9.2.7. Recherche des décarboxylases et dihydrolase (LDC, ODC, ADH
3.10. Galerie API 20E
3.11. Test de Sensibilité des antibiotiques : Méthode de diffusion des disques d’antibiotiques selon Kirby- Bauer
3.12. Conservation des cultures pures
4. PRESENTATION DES RESULTATS
4.1. Résultats globaux
4.2. Présentation des résultats sociodémographiques
4.3. Etude bactériologique des prélèvements
4.3.2. Profil antibiotique des espèces de Klebsiella isolées
5. COMMENTAIRES ET DISCUSSIONS
6- CONCLUSION
7- RECOMMANDATIONS
7.1. Aux personnels socio-sanitaires
7.2. Aux autorités
7.3. A la population
8- REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
9- ANNEXES
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