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Epidémiologie
Les arboviroses sont endémiques en zone intertropicales où peuvent survenir des bouffées épidémiques.
Dengues
La dengue est l’arbovirose la plus répandue dans le monde, avec près de 390 millions de personnes infectées chaque année. Des épidémies surviennent régulièrement.
En 2017, 483 000 cas d’infections sont rapportés par la Pan American Health Organisation (PAHO) en Amérique et aux Caraïbes (14). La dengue circule aussi dans toute l’Asie : avec 45 000 cas au Sri Lanka, 31 000 en Malaisie, 5 000 en Thaïlande et 3 200 au Viet Nam (15).
Cette croissance du nombre de cas s’explique par plusieurs facteurs : l’augmentation du nombre de voyageurs dans les zones endémique, les échanges commerciaux croissants qui dispersent le moustique, l’urbanisation et la croissance démographique humaine, et peut-être les modifications climatiques améliorant le biotope des vecteurs.
Chikungunya
Le virus du chikungunya a été découvert pour la première fois en 1952 en Tanzanie.
En 2005, une épidémie a émergé dans l’océan indien, aux Comores, à Madagascar et plus particulièrement sur l’île de la Réunion, où, entre aout 2005 et juin 2006, plus d’un tiers de la population, soit environ 300 000 personnes, a été touché (2).
Des décès ont été rapportés, prédominants chez les nouveau-nés et les patients atteints de comorbidités.
Cette épidémie a également eu un impact économique majeur, avec une diminution de l’activité touristique, durant ces deux années, mais aussi à distance.
Une épidémie est survenue en Inde en 2005 (16) (plus de 2 millions de cas suspects ou avérés) et une en Thaïlande en 2009.
En Europe, une mini épidémie s’est produite en Italie (Emilie-Romagne) en 2007 (17, 18), et des cas autochtones sporadiques ou groupés sont régulièrement mentionnés dans les départements du littoral méditerranéen de la France.
En 2014, une épidémie a été relevée en Martinique et Guadeloupe ainsi que sur le continent Américain et en Polynésie française. (8)
En 2017, la Pan American Health Organisation (PAHO) rapportait 60 000 cas de chikungunya en Amérique et dans les Caraïbes, les pays les plus touchés étant le Brésil (43 000 cas), la Bolivie (1 300 cas), le Pérou (800 cas), le Paraguay (700 cas) et le Panama (700 cas). En Asie, on dénombrait 100 cas en Inde, mais 3 100 cas au Pakistan (15).
Zika
Zikavirus a été isolé en Ouganda pour la première fois en 1947.
Une première épidémie a eu lieu en 2007 sur l’ile de Yap en Micronésie dans le Pacifique. L’épidémie s’est ensuite répandue en 2013 et 2014 en Polynésie française avec 8 000 cas rapportés, puis en Nouvelle Calédonie et de 2015 à 2016, au Brésil, dans toute l’Amérique du sud et jusqu’au sud des USA (19).
L’expansion rapide du virus est superposable à celle de la dengue et du chikungunya ces dernières années.
Dans les départements Français d’Amérique où l’économie touristique est importante, l’épidémie de zika a entrainé une diminution de la fréquentation touristique.
Epidémiologie en France métropolitaine entre 2013 et 2017
En France métropolitaine, on note des cas importés et quelques cas autochtones de dengue ou de chikungunya, comme le montre le Tableau II.
Les formes graves
Dengue sévère
Il existe plusieurs formes de dengue sévère. La dengue hémorragique se manifeste par des manifestations cutanées ou des muqueuses (purpura, épistaxis) et par des hémorragies internes, notamment digestives. Ces signes cliniques sont liés à une thrombopénie qui peut être rapide et sévère. La mortalité est de 5%, et survient entre le 3ème et 5ème jour.
Une fuite plasmatique qui peut conduire au choc hypovolémique est la plus redoutable des formes graves. Elle se manifeste par un épanchement pleural et de l’ascite. Ces signes surviennent vers le 3ème jour après le début des symptômes. Sur le plan biologique, on observe également une augmentation de l’hématocrite > 50%. La mortalité est importante, de l’ordre de 20 %. Il existe un risque plus important de faire une forme grave lors d’une deuxième infection de dengue (5).
Par ailleurs, on peut observer des défaillances multi-viscérales, hépatique (cytolyse), neurologique et cardiaque.
Le chikungunya
Contrairement à la dengue, le virus du chikungunya n’entraine pas de syndrome hémorragique important. Quelques atteintes des muqueuses peuvent être observées : épistaxis ou gingivorragies.
Les formes graves comprennent des atteintes rhumatologiques, (poly-arthrites, s’apparentant à la polyarthrite rhumatoïde (23)) ou neurologiques (méningo-encéphalites, méningites, polyradiculonévrites de type syndrome de Guillain Barré) (24).
Certaines atteintes d’organes peuvent compliquer la maladie : hépatique avec des hépatites fulminates ou cardiaque avec des myocardites.
Le taux de mortalité est de 0,7 pour 1 000 patients. Il est peu important, mais surtout lié à la perte d’autonomie chez des patients à terrain fragile (25).
Zika
Il a été noté une augmentation des cas de syndrome de Guillain Barré en Polynésie lors de l’épidémie en 2016, et cette observation a également été faite au Brésil et en Amérique du sud durant l’épidémie de 2016.
Pendant la grossesse le virus peut être transmis au fœtus causant parfois une atteinte sévère (syndrome d’infection congénitale à zika virus ou SICOZ) avec microcéphalie, arthrogrippose et atteinte rétinienne. Ce risque existe à tous les moments de la grossesse mais il est augmenté lors d’une infection maternelle au premier trimestre (27, 13).
Biologie
En pratique il existe deux types de tests biologiques pour diagnostiquer un virus, la biologie moléculaire, à la phase aiguë, puis la sérologie avec la recherche des anticorps de type IgM puis IgG. Les sérologies flavivirus croisent beaucoup entre elles. La séroneutralisation, d’obtention difficile, permet de mieux définir le virus causal (22). Pour la dengue, existe un test de diagnostic rapide mesurant l’antigénémie NS1 parfois associée à celle des IgM spécifiques.
La PCR
Il s’agit d’une RT-PCR, qui est utile durant la phase de virémie (variable selon les virus, mais schématiquement débutant avant le début des signes, et se poursuivant jusqu’à 3-7 jours). Pour zika virus, la PCR peut être pratiquée sur les urines dans lesquelles l’excrétion virale est plus longue, jusqu’à deux semaines après les premiers signes (28).
Une fois la phase aigüe virémique passée, la PCR sur sang est négative, et seule la sérologie permet de faire le diagnostic.
La sérologie
La sérologie spécifique de chacune de ces arboviroses est positive à partir du 4ème jour après le début des symptômes pour les IgM. Les IgG sont présent plus tardivement à partir de 7-10 jours après le début de l’infection (29, 30).
Il y a des faux positifs entre les sérologies du zika et de la dengue, et plus largement entre flavivirus, pour les techniques ELISA. La séroneutralisation est plus spécifique mais d’obtention difficile, réservée aux centres de référence.
La protéine NS1 dans le diagnostic de la dengue
La protéine NS1 est une protéine antigénique spécifique du virus de la dengue. Sa recherche dans le sang est souvent positive en cas de virémie, mais moins fréquemment en cas de dengue secondaire (83% contre 98% de sensibilité pour une dengue primaire) (4).
Il existe un test rapide qui détecte l’antigène NS1 et les IgM et peut être utile dans les centres où l’accès à la biologie moléculaire est difficile (31)
Les Figures 2, 3 et 4a et 4b ci-dessous montrent la cinétique biologique des infections zika, chikungunya et dengue (4a : primoinfection, 4b : infection secondaire). En cas de dengue secondaire, comparativement à la primo-infection, l’antigénémie NS1 est souvent moins sensible, les IgM s’élèvent peu, mais les IgG ont une augmentation précoce et franche.
Traitements : symptomatique
Il n’existe pas de traitement spécifique. Ces infections sont souvent bénignes, et requièrent donc uniquement du repos et des traitements antalgiques et antipyrétiques. Dans le cadre de la dengue, une ré-évaluation clinique doit être proposée aux 3 – 5ème jours, au moment où peut se produire une fuite plasmatique. En cas de signes cliniques faisant évoquer une évolution vers une dengue sévère (douleurs abdominales, vomissement, hépatomégalie, saignement…), une hospitalisation peut être souhaitable. Une baisse rapide des plaquettes, concomitante d’une élévation de l’hématocrite (hémoconcentration) peut aussi être un signe d’alerte.
Prévention des piqures et vaccinations
Prévention pour les patients infectés
Chez les patients infectés virémiques, il est important de prévenir des piqures de moustiques afin d’éviter une transmission inter-individuelle. Le patient est contagieux pendant toute la durée de ses symptômes, environ une dizaine de jours.
Pour les patients infectés par le virus Zika, le risque de transmission sexuelle doit être abordé, ainsi que la nécessité de rapports sexuels protégés.
Lutte contre le vecteur
La lutte contre les moustiques vecteurs repose sur des mesures de démoustication environnementale qui ont des conséquences écologiques sur la faune et la flore non négligeables. La meilleure manière de lutter contre la prolifération du moustique est la lutte individuelle qui consiste à supprimer les lieux d’eau stagnante dans les jardins privés.
A titre individuel, pour éviter d’attraper une arbovirose, il faut mettre en place une prévention personnelle contre les piqûres de moustiques. Elle repose sur l’application de dérivés de la permethrine sur les vêtements, qui de préférence doivent être couvrants, et sur l’application de répulsif cutanés. Quatre répulsifs cutanés sont efficaces : le DEET, le 35/35, l’icaridine, le PMDRBO. Ils ont des restrictions d’usage pour les petits enfants. Les moustiquaires sont moins efficaces puisque les Aedes piquent le jour. Une vigilance plus importante est nécessaire pour les personnes plus fragiles, enfant, personnes âgées ou malade (32, 8).
Vaccination
Un vaccin pour la dengue a été développé par Sanofi Pasteur, Dengvaxia*. C’est un vaccin vivant atténué, constitué d’une souche vaccinale atténuée du virus de la fièvre jaune, modifiée pour exprimer des déterminants antigéniques des 4 DENV. Son efficacité dépend du sérotype, de l’âge de la vaccination et de l’état immun ou non du sujet réceptif (lié lui-même au niveau d’endémicité). Un des risques est qu’il puisse contribuer à une sévérité des épidémies futures par le biais d’une production d’anticorps non neutralisants. Ainsi, aux Philippines, 734 000 enfants en 2017 avaient été vaccinés avant qu’une notification d’un possible sur-risque chez les enfants de 2 à 5 ans soit faite, et que la campagne de vaccination soit suspendue.
Il n’existe actuellement aucun vaccin pour le virus Zika ou Chikungunya.
Recueil des données
L’identification des patients
Les cas de dengue, chikungunya et zikavirus ont été rétrospectivement identifiés par le biais de la base de données du laboratoire de virologie du CHU de Marseille.
Dans un premier temps, les résultats positifs sur la période, des RT-PCR, antigènémies NS1 et sérologies IgM ou IgG pour ces trois arboviroses ont été répertoriés.
Comme il peut y avoir des faux positifs de la sérologie, nous avons défini les critères d’inclusion suivants : Ont été considérées comme infections aiguës par un virus de la dengue, les patients ayant : une RT-PCR positive sur sang pour l’un (ou plusieurs) des 4 virus dengue ou une RT-PCR négative, mais une antigénémie NS1 positive et une symptomatologie fébrile concordante avec l’infection et pas d’autre cause retrouvée ou une RT-PCR et une antigénémie NS1 négatives, mais une sérologie spécifique IgM et/ou IgG positive et une symptomatologie fébrile concordante avec l’infection et pas d’autre cause retrouvée Ont été considérées comme infections aiguës par un virus chikungunya ou zika, les patients ayant pour chacun de ces deux virus : une RT-PCR positive (sang pour chikungunya, sang ou urines pour zika) ou une RT-PCR négative, mais une sérologie spécifique IgM et/ou IgG positive et une symptomatologie fébrile concordante avec l’infection et pas d’autre cause retrouvée.
La symptomatologie clinique concordante s’entendait, dans tous les cas, dans le mois précédent le diagnostic biologique, de façon à exclure les patients ayant une sérologie positive en lien avec une de ces arboviroses contractée dans le passé, et sans nouvelle infection. La symptomatologie présentée devait comporter au moins de la fièvre (température rectale > 38°C) ou une éruption et des arthralgies.
Critères d’exclusion : Les patients qui présentaient une RT-PCR (et/ou une antigénémie NS1) négative, mais une sérologie IgM et/ou IgG positive pour plusieurs arbovirus, ont été exclus de l’analyse, puisque ne pouvant être classifiés. Rétrospectivement, il pouvait s’agir de patients ayant fait une arbovirose récente (sérologies croisées).
Les patients qui présentaient une RT-PCR (et/ou une antigénémie NS1) négative, mais une sérologie IgM et/ou IgG positive et une symptomatologie peu précise ou discordante (non fébrile et sans éruption par exemple), ou qui avaient une autre pathologie manifeste (cancer, autre infection…), ont également été exclus de l’analyse.
Etude rétrospective
Après accord des chefs de services où les patients avaient été traités, une recherche des dossiers patients, papiers ou informatiques (informatisation depuis 2016-2017), a été faite à partir du numéro d’identification lié au prélèvement biologique.
Quelques demandes provenaient d’hôpitaux hors Marseille. Ces hôpitaux ont été contactés pour pouvoir accéder à leurs dossiers patients.
Recueil des données et méthodes statistiques
Pour chaque patient, les données cliniques, biologiques et d’évolution disponibles sur le dossier ont été recherchées.
Après anonymisation, elles ont été reportées sur un logiciel SPSS, qui a servi au traitement statistique.
Nous avons fait une première analyse pour l’ensemble des patients identifiés, puis plus spécifiquement, pour chacune des trois arboviroses étudiées.
Nous avons tenté de comparer certaines données entre adultes et enfants < 18 ans, pour savoir s’il existait des différences en fonction de l’âge. L’effet des variables catégorielles était testé en utilisant le test du Chi-2 ou le test exact de Fisher. Les tests et intervalles de confiance prenaient comme risque alpha 5%.
Population incluse
Au CHU de Marseille, entre 2013 et 2017, 178 dossiers ont été identifiés lors du screening des données de laboratoire.
Six patients qui présentaient une sérologie positive pour plusieurs arboviroses ont été exclus, bien que le diagnostic puisse être possible. Il s’agissait de deux patients ayant une sérologie positive en IgM et IgG pour la dengue et zika (l’un de retour du Cameroun traité pour un paludisme sans test diagnostic positif ; et l’autre de retour de Colombie, sans données cliniques disponibles). Un autre patient était positif en IgG zika et en IgM chikungunya (migrant Nigérien). Un 4ème patient était positif en IgM et IgG pour dengue et chikungunya (séjour récent aux Comores). Enfin, deux autres patients avaient des IgM West Nile Virus et des IgM zika (pour l’un) et chikungunya (pour l’autre).
On dénombrait 76 patients suspects de dengue, 78 de chikungunya et 18 de zika.
39 de ces patients avaient une RT-PCR (et un NS1pour la dengue) négatifs, et finalement un autre diagnostic certain. Ils ont été exclus. Il s’agissait de :
Quatre autres patients avaient probablement contracté la dengue plus d’un mois (sérologie seule positive) avant la visite qui se rapportait à d’autres motifs. Ils ont été exclus.
Finalement, étaient inclus, avec nos critères, 70 patients ayant une dengue, 50 un chikungunya et 9 un zika.
Beaucoup de dossiers n’étaient pas retrouvés. Au bout du compte, ont été analysés 47 dossiers de patients atteints de dengue, 14 de chikungunya et 7 de zika.
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Table des matières
PREMIERE PARTIE : Les Arboviroses
1. Les arboviroses
1.1 Les virus
2. La transmission
2.1 Vectorielle
2.2 Sexuelle
2.3 Materno-foetale
3. Epidémiologie
3.1 Dengues
3.2 Chikungunya
3.3 Zika
3.4 Epidémiologie en France métropolitaine entre 2013 et 2017
4. Clinique
5. Les formes graves
5.1 Dengue sévère
5.2 Le chikungunya
5.3 Zika
6. Biologie
6.1 La PCR
6.2 La sérologie
6.3 La protéine NS1 dans le diagnostic de la dengue
7. Traitements : symptomatique
8. Prévention des piqures et vaccinations
8.1 Prévention pour les patients infectés
8.2 Lutte contre le vecteur
8.3 Vaccination
DEUXIEME PARTIE : ENQUETE EPIDEMIOLOGIQUE
1. Matériel et Méthodes
1.1 Type d’étude
1.2 Population étudiée
1.3 Recueil des données
1.3.1 L’identification des patients
1.3.2 Etude rétrospective
1.4 Recueil des données et méthodes statistiques
2. Résultats
2.1 Population incluse
2.2 La population étudiée
2.3 Retour de voyage
2.4 Clinique et évolution
2.5 Biologie
2.6 Comparaison des formes pédiatriques
3. Discussion
4. Conclusion
Bibliographie
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