Soutenance mémoire
ECO-EPIDEMIOLOGIE DE LA FVR
Histoire d’émergence
L’histoire rend compte de nombreux cas d’épidémies ravageuses (grippe espagnole, peste, lèpre, choléra, etc.) apparues comme par magie mais ayant causé les plus grands désastres de l’histoire de l’humanité. Incomprises à l’époque, elles étaient bien souvent associées à des punitions divines ou manifestations du diable. Dès l’Antiquité, sacrifices humains et animaux étaient alors adressés aux dieux afin d’obtenir pardon et protection divine. Plus tard, au moyen âge, Juifs et « sorcières » devenus boucs émissaires étaient jugés responsables de ces épidémies meurtrières et devaient alors subir la fureur de leur contemporains.
A cette époque, les épidémies de peste noire envahissent l’occident et déciment près de 50% de la population européenne (Naphy&Spicer, 2003). Vitesse de propagation, mise en quarantaine, ensevelissement et crémation de masse des corps laissent place à la peur… Peur de lacontagion, du contact, suspicions à l’égard des étrangers alors accusés d’empoisonner les puits… Restées dans la mémoire collective, ces peurs auront traversé les âges. Dans une moindre mesure, nous retrouvons ces mêmes peurs dans des épisodes épidémiques bien plus récents : SIDA dans les années 80, ESB (vache folle) dans les années 90, grippe aviaire et porcine dans les années 2000.
LA FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT
Isolée pour la première fois en 1930 dans la Vallée du Rift au Kenya (Daubney et al., 1931), le virus de la fièvre de la Vallée du Rift (VFVR) était initialement confiné dans la zone est-africaine. Toutefois, dès le début des années 50 une large épizootie et de rares cas humains survinrent en Afrique du Sud (Swanepoel et al., 2004). Au cours des décennies suivantes, de nombreuses flambées épizootiques ont périodiquement été reportées au Sud de la bande sahélienne. En 1975, la situation se modifia brutalement. Des cas humains associés à une forte mortalité ainsi que de nombreux cas d’encéphalites furent reportés lors de l’épidémie/épizootie d’Afrique du Sud.
En 1977, le VFVR fut détecté pour la première fois au Nord du Sahel, en Egypte (Meegan et al., 1979), où il provoqua une flambée épidémique/épizootique de grande ampleur. Il aura cependant fallu attendre la fin des années 80 pour que le VFVR soit détecté en Afrique de l’Ouest (plus précisément 1987 en Mauritanie et au Sénégal) (Lancelot et al., 1989). En 2000 la maladie fut reportée pour la première fois en dehors du continent africain sur la Péninsule arabique (Ahmad, 2000). Depuis, des foyers ont été détectés depuis le cap de bonne espérance jusqu’au Delta du Nil et sur la péninsule arabique (Figure 1.2) et cette zoonose apparait désormais sur la liste des maladiesnotifiables à l’OIE. Au cours de ces dernières années, les foyers se sont multipliés (Adam et al., 2010, Archer et al., 2011, El Mamy et al., 2011, Paweska et al., 2010, Sang et al., 2010) et le virus s’est étendu à certaines îles (i.e. Comores et Mayotte) de l’Océan Indien (Andriamandimby et al., 2010, Sissoko et al., 2009).
Aspects moléculaires du VFVR
Le VFVR est un virus enveloppé d’une bicouche lipidique de 7 nm d’épaisseur et de 80 à 120 nm de diamètre dont la surface est hérissée de spicules de 9 nm de long. De récentes études ont démontrés que ce virion possède une structure icosaédrique bien organisée (Bouloy&Weber, 2010).Le génome est composé de trois segments d’ARN monobrin de polarité négative, nommés selon leur taille respective : L (large), M (medium) et S (small) (Bird et al., 2009, Flick&Bouloy, 2005, Ikegami&Makino, 2011). Le VFVR possède la particularité, tout comme l’ensemble desphlébovirus et tospovirus, d’une polarité ambisens du segment S. Les protéines codées par ce segment sont donc transcrites dans des sens de lecture opposés.
Le génome tri-segmenté du VFVR encode 3 protéines non-structurales portées par les segments M (NSm1 et NSm2) et S (NSs) ainsi que 4 protéines structurales (Besselaar&Blackburn, 1991, Elliott, 1997). Les fonctions des protéines non structurales de ce virus restent encore méconnues. Il semblerait cependant que la protéine NSs soit un marqueur de virulence, utilisable lors du diagnostic et bloquant la production d’interféron par la cellule. Les protéines NSm joueraient quant à elles un rôle particulièrement important dans la pathogénicité in vivo du virus (Bird et al., 2008, Bouloy&Weber, 2010, Gerrard&Nichol, 2007, Vialat et al., 2000, Won et al., 2006). La transcription et réplication de l’ensemble des protéines virale se déroulent dans le cytoplasme.
Diagnostics de laboratoire
A la suite d’une infection par un agent viral, l’hôte développe plusieurs types d’immunoglobulines (Ig). Celles-ci, capables de se fixer spécifiquement à l’antigène à l’origine de leur synthèse, pourront reconnaitre le virus contre lequel elles sont dirigées afin de le neutraliser et d’induire sa destruction. Nous retiendrons:
1) les IgM qui sont le signe d’une infection récente puisqu’elles sont sécrétées puis disparaissent rapidement lors du premier contact de l’organisme avec le pathogène ou plus particulièrement l’antigène qui lui est spécifique et
2) les IgG, signe d’une infection plus ancienne puisqu’elles sont produites après les IgM (lors du même contact ou d’une réinfection), activant la réponse mémoire de l’immunité acquise (DeFranco et al., 2009). Lors d’une primo-infection par le VFVR, des IgM spécifiques apparaissent rapidement.
Les connaissances actuelle sur l’épidémiologie du VFVR semblent indiquer que les IgM pourraient disparaitre après 3 à 6 mois (Bird et al., 2009, Elliott, 1996, Ksiazek et al., 1989, Morvan et al., 1992c). Par la suite, des IgG sont sécrétés, remplaçant peu à peu les IgM, et qui persisteront toute la vie de l’animal. Cette apparition plus tardive des IgG permet donc de caractériser la nature plus ou moins « ancienne » du foyer infectieux.
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Table des matières
TRAVAUX BIBLIOGRAPHIQUE
Chapitre 1 : Introduction générale
1.1.LES MALADIES EMERGENTES
1.2.LA FIEVRE DE LA VALLEE DU RIFT (FVR)
1.2.1.Historique et répartition géographique
1.2.2.Le Virus de la Fièvre de la Vallée du Rift (VFVR)
1.2.2.1.Les virus de la famille des Bunyaviridae
1.2.2.2.Aspects moléculaires du VFVR
1.2.3.La Maladie
1.2.3.1.Manifestations cliniques
1.2.3.2.Impact économique et santé publique
1.2.4.Diagnostics de laboratoire
1.2.5.Le traitement et la vaccination
1.3.ECO-EPIDEMIOLOGIE DE LA FVR
1.3.1.Les modes de transmission
1.3.1.1.La transmission vectorielle
1.3.1.2.La transmission verticale
1.3.1.3.La transmission directe
1.3.2.Les espèces affectées
1.3.3.Les vecteurs du VFVR
1.3.3.1.Les espèces compétentes
1.3.3.2.L’écologie des principaux vecteurs du VFVR .
1 1.3.4.Cycles épidémiologiques et écosystèmes
1.3.4.1.Les dambos d’Afrique de l’est (Kenya) et du sud
1.3.4.2.Les zones irriguées adjacente à de grands fleuves
1.3.4.3.Les mares temporaires des zones arides
1.3.4.4.Vers un nouvel écosystème propice au VFVR
1.4.MADAGASCAR : LA FVR DANS UN ECOSYSTEME TEMPERE ET MONTAGNEUX
1.4.1.Succession d’épidémies
1.4.2.L’élevage des ruminants
1.4.3.La zone tempérée et montagneuse
1.4.3.1.Localisation de la zone d’étude
1.4.3.2.Ethnographie de la zone d’étude
PROBLEMATIQUE DE LA THESE
TRAVAUX DE RECHERCHES
Chapitre 2 :Etude de la transmission du VFVR sur les Hautes Terres malgache
Article paru dans le journal Acta Tropica
Chapitre 3 : Modélisation de la circulation virale en zone tempérée et montagneuse
Articles à paraitre dans les journaux: American Journal of Tropical Medicine and Hygiene & Infectious, Genetics and Evolution
Chapitre 4 : Discussions, conclusions et perspectives
4.1.DISCUSSION
4.1.1.Contexte
4.1.2.Fonctionnement de l’écosystème tempéré et montagneux
4.1.3.Comment approfondir nos conclusions ?
4.1.3.1.La répétabilité de l’analyse
4.1.3.2.Les mouvements non commerciaux de bovins
4.1.3.3.Les apports de l’épidémiologie participative
4.1.4.Les questions ouvertes
4.1.4.1.Persistance du VFVR : des vecteurs et réservoirs autres que moustiques et ruminants
4.1.4.2.Une transmission controversée
4.1.5.Les limites des travaux
4.1.5.1.Les enquêtes
4.1.5.2.Validation du modèle
4.1.5.3.Zone tampon et pression vectorielle
4.1.5.4.Déterministe vs Stochastique
4.2.PERSPECTIVES
4.2.3.La circulation du VFVR dans le contexte malgache
4.2.4.Stratégies de contrôle
Liste des figures
Liste des tables
Liste des Annexes
Références
Remerciements
Annexes
Abstract
Résumé
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