Diversité et hétérozygotie par population

Classe d’âge et reproduction

D’après les subdivisions de la figure n° 6 et n° 7 de la page 22, l’ensemble des données est divisé en quatre cohortes dont jeunes éclos, jeunes, sub-adultes et adultes. Ces données permettent d’obtenir plus d’exactitudes sur la période de reproduction qui est encore actuellement peu connue. En effet, la présence des jeunes nouvellement éclos (points carrés les plus hauts de la courbe) démontre que l’échantillonnage a été effectué quelques périodes après l’éclosion. Par conséquent, comme la période d’incubation dure six à sept mois (Glaw et Vences, 1994) et que l’échantillonnage est effectué le mois de février et mars, le début de la période de reproduction serait alors situé vers le mois de juillet. Ces observations sont en concordance avec une étude réalisée par Branch et Erasmus (1976) où trois femelles gravides collectées à Perinet (2) (Tamatave) et à Ambanja (1) (Diégo Suarez) en juillet 1974 donnaient naissance respectivement à des serpenteaux le mois de décembre (1974), janvier et mars (1975).

Déséquilibre de liaison

La création et l’intensité d’un déséquilibre de liaison sont dépendantes des forces évolutives qui ont construit les deux populations (Ytournel, 2008). Cependant, le résultat obtenu reflète le fait qu’il y a non évidence d’associations préférentielles entre allèles de deux loci marqueurs. Comme le déséquilibre de liaison doit être nécessairement causé par une liaison gamétique (Abed, 2008), ce résultat permettrait de dire que les deux populations sont composées d’individus très peu apparentés pouvant représenter au mieux la variabilité haplotypique existante.

Equilibre de Hardy Weinberg

Les valeurs de la probabilité P montrent que les deux populations sont typiquement dans la proportion des attentes d’équilibre de Hardy Weinberg. Néanmoins, le fait que ces deux populations soient considérées en équilibre après un test statistique n’implique pas que toutes les conditions d’application de cette loi soient respectées (effectif infini, absence de mutation, absence de sélection…) (Fleury, 1997). C’est à travers cela qu’on a décelé l’absence de certains allèles dans la population de Mananara-Nord (locus MAD 16 et MAD 282) soupçonnant l’existence d’une éventuelle dérive génétique responsable de la disparition aléatoire d’allèles dans une population (Ytournel, 2008). Il se peut ainsi qu’un équilibre génétique instantané apparent soit observé à un moment donné alors que la population en question est soumise à une forte dérive génétique. La seule hypothèse respectée pour ces deux populations est que les croisements se sont fait au hasard. Cependant, la population de Mananara-Nord présente un peu plus de tendance vers cet équilibre par rapport à celle de Torotorofotsy. Ceci pourrait être expliqué théoriquement par l’inexistence d’un croisement apparent entre les individus de différentes générations. La large distribution de cette espèce pourrait également y contribuer.

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Mots clés : boïdés, ADN microsatellites, marqueurs spécifiques.

Table des matières

INTRODUCTION
I- DESCRIPTION DES SITES D’ETUDE
I-1- Localisation géographique 
– Marais de Torotorofotsy
– Réserve de biosphère de Mananara-Nord
I-2- Géologie
– Marais de Torotorofotsy
– Réserve de biosphère de Mananara-Nord
I-3- Climat
– Marais de Torotorofotsy
Température
Précipitation
– Réserve de biosphère de Mananara-Nord
Température
Précipitation
I-4- Végétation
– Marais de Torotorofotsy
– Réserve de biosphère de Mananara Nord
II- MATERIELS ET METHODES
II-1- Période d’études
II-2- Présentation de l`espèce étudiée
A- Généralités
B- Position systématique
II-3- Technique de collecte
II-4- Extraction d’ADN
II-5- Amplification par « PCR » (Réaction par polymérisation en chaîne)
– Condition et éléments utilisés
– Vérification des fragments amplifiés par électrophorèse
II-6- Purification des fragments amplifiés
II-7- Séquençage et réaction
II-8- Lecture par le séquenceur 
II-9- Méthode d’analyses des données
II-9-1- Analyse des données morphométriques
II-9-2- Mesure de la diversité génétique
A- Détection des erreurs
B- Test de déséquilibre génotypique
C- Test d’équilibre de Hardy Weinberg (HWE) 
D- Diversité et hétérozygotie par population
a) Richesse allélique
b) Fréquences alléliques
c) Diversité génique
d) Hétérozygotes observés (Ho) et hétérozygotes attendus (He)
1. Estimation de la moyenne des hétérozygotes observés (Ho
2. Estimation de la moyenne des hétérozygotes attendus (He)
e) Coefficient de consanguinité (FIS)
II-9-3- Analyse des flux de gènes « Allèles privés et nombre des migrants »
II-9-4- Test de détermination de l’effet de goulot
III- RESULTATS ET INTERPRETATIONS 
III- 1- Analyse morphométrique 
III- 2- Mesure de la diversité génétique
A- Erreurs détectées à partir de Microchecker® et Cervus®
– Allèles nuls
B- Déséquilibre de liaison
C- Equilibre de Hardy Weinberg (HWE)
D- Diversité et hétérozygotie par population
a) Richesse allélique (nombre moyen d’allèles par locus par population)
b) Taille et fréquences des allèles par locus et par population
1. LOCUS SANZ 56 
2. LOCUS SANZ 11 
3. LOCUS JAM 39 
4. LOCUS JAM 145 
5. LOCUS MAD 16
6. LOCUS MAD 51 
7. LOCUS MAD 119
8. LOCUS MAD 229
9. LOCUS MAD 251
10. LOCUS MAD 282
11. LOCUS MAD 290
12. LOCUS MAD 316
13. LOCUS MAD 369
c) Diversité génique par locus et par population
d) Hétérozygotes observés (Ho) et hétérozygotes attendus (He)
e) Coefficient de consanguinité (FIS)
III- 3- Fréquences des allèles privés et nombre des migrants 
III- 4- Test de détermination de l’effet de goulot
IV- DISCUSSION
IV- 1- Analyse morphométrique 
IV- 2- Classe d’âge et reproduction
IV- 3- Déséquilibre de liaison
IV- 4- Equilibre de Hardy Weinberg
IV- 5- Diversité génétique
IV- 6- Gènes monomorphes et polymorphes
IV- 7- Taux d’hétérozygotie
IV- 8- Absence d’allèles et fréquences alléliques
IV- 9- Flux de gènes et nombre de migrants
IV- 10- Données génotypiques
IV- 11- Perspectives sur l’avenir de l’espèce
IV- 12- Limites de l’étude
CONCLUSION
RECOMMANDATIONS POUR LA CONSERVATION DE L’ESPÈCE
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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