Soutenance mémoire
Les maladies diarrhéiques demeurent parmi les causes les plus importantes de mortalité et de morbidité infantile dans les pays en développement et plus particulièrement chez les enfants de moins de 5 ans. Il a été estimé que 8,7 % (123 millions/1,4 milliard) des cas de diarrhées dans les Pays en développement (PED) nécessitent une consultation médicale et 0,6% une hospitalisation [1]. Dans ces pays, les bactéries représentent 50 à 60% des microorganismes isolés au cours des épisodes diarrhéiques aigues [2,3] : Escherichia coli entéropathogène(ECEP) (20-40%), Campylobacter jejuni (10-18%), Shigella species (sp) et Salmonella species (sp) à 5% chacun. Les principales sources de contamination seraient d’origine hydrique d’une part (difficulté d’accès à l’eau potable) et d’origine alimentaire d’autre part.
Salmonelles et Campylobacters sont les deux genres bactériens les plus fréquemment impliqués dans les maladies d’origine alimentaire dans les pays développés. Ils sont aussi impliqués dans les zoonoses entériques. Dans les pays en développement comme Madagascar, les données sur l’impact de ces deux bactéries sur la santé publique sont peu documentées. Or, avec le développement exponentiel des filières avicoles et porcines, des informations précises seraient nécessaires pour permettre aux autorités publiques de prendre les mesures adéquates pour maîtriser les risques. En effet, les produits alimentaires issus de ces filières pourraient représenter un risque de contamination important.
DIARRHEES AIGUES BACTERIENNES
Diarrhée aigue
La diarrhée est définie, selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), par l’augmentation du débit fécal ou l’élimination excessive de liquides par cette voie [4]. En pratique, on utilise des critères de fréquence et de consistance des selles ; la diarrhée est ainsi définie par l’émission de plus de trois selles liquides par jour [5]. En cas d’allaitement maternel, on parle de diarrhée lorsque les selles de l’enfant deviennent plus liquides et plus fréquentes que d’habitude [6]. Elle est dite aigue quand sa durée ne dépasse pas 14 jours, quand elle est précédée de transit normal et ne récidive pas à court terme [4]. Elle est généralement le symptôme d’une infection gastro-intestinale qui peut être due à divers microorganismes (bactéries, virus et ou parasites).
Les différentes bactéries entéropathogènes
On distingue les bactéries toxinogènes et les bactéries invasives [7]. Les bactéries toxinogènes sont le plus souvent responsables de syndrome cholériforme : la toxine peut être ingérée avec un aliment ou le plus souvent sécrétée sur place au niveau de l’intestin grêle ; les selles sont abondantes, fréquentes, aqueuses sans polynucléaires ni mucus. Quant aux bactéries invasives, elles sont responsables de syndrome dysentériforme : après adhésion et envahissement de l’épithélium intestinal, la bactérie entraine des selles glaireuses, muco-sanglantes avec le plus souvent présence de polynucléaires dans les selles. Nombreuses sont les bactéries entéropathogènes (Figure 1) mais les espèces qui vont nous intéresser au cours de ce travail sont : Shigella sp, ECEP, Salmonella sp, Campylobacter sp ; du fait de leur implication fréquente dans les diarrhées bactériennes.
Shigella sp
Les shigelles sont des bactéries pathogènes strictes, aéro-anaérobies facultatives, immobiles, non encapsulées, dépourvues de spores, de 2 à 3 μm de long sur 0,5 à 0,7 de large, qui ne fermentent pas le lactose ou le fermentent lentement, appartenant à la famille des Enterobacteriaceae.
Taxonomie et nomenclature
Génétiquement, Shigella fait partie de l’espèce E. coli ; néanmoins le genre Shigella a été conservé dans la taxonomie pour des raisons médicales [8-10]. Le genre comprend 4 espèces ou groupes A, B, C, D pouvant comporter un ou plusieurs sérotypes : groupe A = Shigella dysenteriae avec 15 sérotypes ; groupe B = Shigella flexneri avec 6 sérotypes ; groupe C = Shigella boydii avec 20 sérotypes et groupe D = Shigella sonnei avec 1 sérotype [10].
Habitat, épidémiologie et pouvoir pathogène
Le seul réservoir de Shigella est le tube digestif de l’Homme et où il est pathogène spécifique. La shigellose est la plus transmissible des maladies bactériennes intestinales : dix germes vivants peuvent provoquer la maladie chez un adulte sain [11]. Shigella dysenteriae type 1(Sd1) est l’agent de la dysentérie bacillaire au sens stricto sensu caractérisée par une diarrhée avec des selles contenant du sang et du mucus; les autres shigelles provoquent des syndromes dysentériques [10]. Alors que Shigella flexneri est principalement endémique dans les pays en développement, Shigella sonnei est largement associé à des épisodes dans les pays industrialisés ; Shigella boydii est surtout endémique du sous-continent indien et Shigella dysenteriae sérotype 1 provoque des épidémies meurtrières dans plusieurs des pays les plus pauvres [12]. La mortalité avec Shigella dysenteriae 1 (Sd1) peut dépasser 10% des cas, malgré un traitement adapté [11]. Il existe de rares localisations extra digestives : infections urinaires, formes septicémiques, arthrites, méningites.
Caractères culturaux et biochimiques
En 24 heures à 37°C, Shigella donne des colonies de taille moyenne (2 à 3mm), rondes et brillantes sur milieu ordinaire. Elles apparaissent bleues sur BCP, vertes sans centre noir sur Hektoen, incolores sans centre noir sur milieu Salmonella-Shigella (SS) [10]. Sur le plan biochimique, les shigelles sont caractérisées par de nombreuses réactions négatives. Toutes les espèces sont immobiles, LDC, citrate de Christensen, Urée, TDA, H2S, VP, négatifs [10].
Caractères antigéniques
On peut diviser les shigelles en 4 groupes sérologiques principaux (espèces), selon leurs antigènes somatiques O et leurs caractères biochimiques [11]. Certains antigènes O associés aux ECEI sont identiques à ceux trouvés dans les Shigella sp [13]. Les shigelles possèdent également l’antigène K de surface masquant l’antigène O qui peut se rencontrer dans tous les sous-groupes, sauf le D. Il est en général détruit par chauffage à 100°C [11].
Sensibilité aux antimicrobiens
Le phénotype sauvage des souches de Shigella est caractérisé par une sensibilité à la totalité des antibiotiques actifs sur les entérobactéries. Vis-à-vis des bétalactamines, Shigella fait partie du groupe 1 des entérobactéries, ne produisant pas naturellement une béta-lactamase mais actuellement de nombreuses souches de shigelles (en particulier Sd1) acquièrent des résistances vis à vis des antibiotiques habituellement utilisés : tétracycline, ampicilline, cotrimoxazole, acide nalidixique [14]. Les fluoroquinolones sont le traitement de première intention contre la shigellose [14].
Escherichia coli sp
Les Escherichia coli font partie de la famille des Enterobacteriacae. Escherichia coli (colibacille) est une entérobactérie mobile capable de fermenter le lactose et de produire de l’indole. Ce sont des bacilles à Gram négatif, aéroanaérobies facultatifs qui peuvent fermenter les nitrates et qui ne possèdent pas d’oxydase [15].
Taxonomie et nomenclature
Escherichia coli appartient à la famille des Entérobactéries qui comprend plusieurs genres à savoir Enterobacter, Citrobacter, Klebsiella, Shigella, Edwardsiella, Salmonella, Serratia, Hafnia, Proteus, Providencia, Yersinia [16].
Le genre Escherichia comprend cinq espèces : Escherichia coli, Escherichia fergusonii, Escherichia hermannii, Escherichia vulneris, et Escherichia blattae [17]. Il existe plusieurs types de souches d’Escherichia coli que l’on retrouve en pathologie humaine qui représente une entérovirulence marquée par acquisition des facteurs de virulence. Il s’agit des Escherichia coli entéropathogène(ECEP), Escherichia coli entéroinvasif(ECEI), Escherichia coli entérohémorragique(ECEH), Escherichia coli entérotoxinogène(ECET), Escherichia coli entéroaggrégatif(ECEA), Escherichia coli entéroaddhesif(ECAD) [17].
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : REVUE DE LA LITTERATURE
I. DIARRHEES AIGUES BACTERIENNES
I.1.Diarrhée aigue
I.2.Les différentes bactéries entéropathogènes
I.3.Diagnostic bactériologique
I.4.Traitement
II. ZOONOSES BACTERIENNES A MANIFESTATION DIGESTIVE
II.1. Définition des zoonoses
II.2. Notion de Réservoir et d’Hôtes
II.3. Transmission
II.4. Classification des zoonoses
DEUXIEME PARTIE : RESULTATS
I. LIEU D’ETUDE
I.1.CHUMET
I.2.Centre d’Infectiologie Charles Mérieux (CICM)
II. TYPE ET PERIODE D’ETUDE
III.POPULATION D’ETUDE
IV.CRITERES D’INCLUSION
V. CRITERES DE NON INCLUSION
VI.CRITERES D’EXCLUSION
VII. MATERIELS ET METHODE
VII.1. Recueil des données
VII.2. Prélèvement – transport et conservation des selles
VII.3.Techniques utilisées au laboratoire pour la recherche des bactéries
VII.4. Antibiogramme
VII.5.Traitement des données et variables étudiés
TROISIEME PARTIE : RESULTATS
I. PROFIL EPIDEMIOLOGIQUE DE LA DIARRHEE CHEZ LES ENFANTS HOSPITALISES
I.1. Fréquence des diarrhées aigues par tranche d’âge
I.2. Fréquence des enfants diarrhéiques par genre
I.3. Fréquence de l’antibiothérapie avant hospitalisation
I.4. Familles d’antibiotiques prises avant hospitalisation
II. PROFIL BACTERIOLOGIQUE DE LA DIARRHEE AIGUE CHEZ LES ENFANTS HOSPITALISES
II.1. Fréquence des diarrhées aigues bactériennes chez les enfants diarrhéiques
II.2. Répartition des diarrhées bactériennes selon les tranches d’âge en moi
II.3. Répartition des diarrhées bactériennes selon le genre
II.4. Diarrhées bactériennes et prise d’antibiotique
II.5. Distribution des germes entéropathogènes au cours des diarrhées aigues bactériennes
II.6. Distribution des germes entéropathogènes selon la présence de glaires et ou de sang dans les selles
II.7. Distribution des germes entéropathogènes selon les signes associés
II.8. Germes entéropathogènes et présence de globules blancs
II.9. Germes entéropathogènes et sensibilité aux bétalactamines
II.10 .Profil de sensibilité des souches isolées aux aminosides
II.11. Profil de sensibilité des souches isolées aux quinolones et à l’acide nalidixique
II.12. Profil de sensibilité d’Escherichia coli, Salmonella sp et Shigella sp au Cotrimoxazole
QUATRIEME PARTIE : COMMENTAIRES, DISCUSSIONS ET SUGGESTIONS
I. PROFIL EPIDEMIOLOGIQUE DES DIARRHEES AIGUES
I.1. Age
I.2.Genre
II. BACTERIES ENTEROPATHOGENES
III.PRISE D’ANTIBIOTIQUE AVANT HOSPITALISATION ET DIARRHEE BACTERIENNE
IV.PROFIL DE SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DE NOS SOUCHES
IV.1. Salmonella sp
IV.2. Shigella sp
IV.3. Escherichia coli
IV.4. Campylobacter sp
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES
