Soutenance mémoire
DIAGNOSTIC DE LA PARATUBERCULOSE
Etiologie :
La paratuberculose (PTB) ou maladie de Johne (MJ) est caractérisée par une entérite chronique intraitable et lentement progressive dans les bovins. Elle est due à l’infection de Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) : une bactérie de croissance lente, acidorésistant, et dépendante de la mycobactine qui cause l’épaississement de la paroi intestinale et une diminution de l’absorption (Dreier et al., 2006). La maladie se produit dans le monde entier et représente un problème économique énorme pour l’industrie de production animale (Cristian et al., 2015). Les bactéries non-tuberculeuses du complexe Mycobacterium avium-intracellulare (MAC) causent plus généralement une maladie entérique chez les animaux (Thorel et al., 1997). Les importants membres de ce groupe sont M. avium subsp. paratuberculosis (MAP), l’agent pathogène de la maladie de Johne chez les ruminants qui a été également isolée des patients atteints de maladie de Crohn (Paola et al., 2013), et M. avium subsp. avium (Maa). Maa est un pathogène principal dans les oiseaux sauvages et domestiques ; les mammifères sont cependant sporadiquement affectés (Thorel et al., 2001). Chez l’homme, des bactéries ont été isolées chez des personnes en bonne santé (Kaufmann, 2001), mais la maladie clinique peut se développer avec une immunosuppression (Imperiale et al., 2012).
Les MAC sont largement distribués dans l’environnement et ont été isolés dans le sol, l’eau usée, les réservoirs d’eau, l’eau municipale, les aérosols, les protozoaires, les litières profondes, la végétation tropicale fraîche, les animaux, et les humains (Franck et al., 2005). Typiquement, les infections de MAC sont caractérisées par des lésions entériques granulomateuses et la lymphadénite intestinale, mais une affection systémique peut également se produire. Des lésions granulomateuses dans l’intestin du bovin adulte sont typiquement provoquées par MAP (paratuberculosis), mais cette maladie n’est pas habituellement produite chez les veaux (Clarke, 1997). Les lésions induites par Maa chez les veaux ont été principalement rapportées dans des infections expérimentales et sont un diagnostic différentiel peu commun de l’entérite dans les veaux de boucherie (Waters et al., 2004). En raison de la similitude des lésions entériques induites par MTBC, la différentiation des lésions entériques mycobactériennes peu communes chez les animaux exige l’identification de l’agent causal (Goepfert et al., 2014).
Analyse taxonomique et phylogénétique :
L’espèce mycobactérienne M. avium est actuellement subdivisée en trois sous-espèces, M. avium subsp. avium (M. avium), M.avium subsp. paratuberculosis, et M. avium subsp. Silvaticum (M. silvaticum). La désignation de sous-espèce de M. paratuberculosisis basée sur des études d’hybridation ADN-ADN (Yoshimura et Graham, 1988; Saxegaard et al., 1988) et l’analyse de taxonomie numérique (Thorel et Krichevsky, 1990). Bien que généralement groupé avec M. avium dans le complexe Mycobacterium avium-intracellulare, M. intracellulare est une espèce génétiquement distincte (Saito et al., 1989). À l’échelle de sous-espèce, M. paratuberculosis peut être différencié phénotypiquement de M. avium et M. silvaticum par sa dépendance à la mycobactine (Thorel et Krichevsky, 1990) et génotypiquement par la présence des copies multiples d’un élément d’insertion, IS900 (Green et al., 1989b). L’analyse des gènes d’ARNr (ADNr) des mycobactéries a eu comme conséquence la division de ce genre en deux groupes séparés. Ceux qui correspondent aux mycobactéries traditionnelles à croissance rapide, représentées par les isolats environnementaux non pathogènes, et les mycobactéries à croissance lente, contenant la plupart des agents pathogènes manifestes (Stahl et Urbance, 1990) (Harris et Barletta, 2001b).
Les mycobactéries représentent un groupe d’organismes hautement réussis qui s’étendent des saprophytes libres à ceux qui ont adapté une pleine dépendance d’un hôte vivant (Ventura et al., 2007; Hett et Rubin, 2008). Pendant leur cycle de vie, les espèces mycobactériennes peuvent rencontrer un certain nombre de stress comprenant la privation nutritive, l’hypoxie, le pH acide, et même la concurrence avec d’autres organismes pour les ressources limitées et l’occupation d’une place spécifique, telle que le sol et l’eau (Gumber et al., 2009). Afin de survivre dans de telles conditions défavorables, les mycobactéries ont développé des mécanismes pour réaliser une dormance, une latence et une persistance (zu Bentrup et Russell, 2001; Cardona, 2009). Tandis que plusieurs études ont étudié la persistance des mycobactéries, la définition demeure lâchement expliquée et les mécanismes qui mènent à et soutiennent cet état de non-réplication sont mal connus. Une étude récente de Ghosh et al., 2009 a énoncé la formation des endospores dans des cultures de deux mois de M. marinum et de M. bovis, qui peuvent servir de méthode sans précédent utilisée par des mycobactéries pour résister aux conditions difficiles (Ghosh et al., 2009).
Le concept de la sporulation dans les mycobactéries continue à susciter la polémique et conteste nos perceptions courantes des facettes impliquées dans la persistance mycobactérienne. Les études complémentaires menées par Traag et al., 2010 ne pourraient pas reproduire la formation d’endospore en 4 semaines à, des cultures liquides de 8.5 mois de M. marinum qui ont remis en cause la pureté des cultures employées dans la caractérisation d’ultrastructure par Ghosh et autres (Traag et al., 2010) (Elise et al., 2012). Les Mycobactéries sont aérobies, catalase positive et sont considérés Gram-positives. Leur caractéristique principale est qu’ils sont acido-alcoolo-résistant dus à leur paroi cellulaire cireuse. La paroi cellulaire comprend une couche hydrophobe de mycolates et une couche peptidoglycane liées par un polysaccharide, arabinogalactane. Elles sont des bâtonnets droits ou légèrement incurvés, parfois branché, non motile et non sporulant. Toutes les espèces peuvent former des filaments qui sont régulièrement fragmentés. La plupart des espèces sont trouvées dans le sol, l’eau, les animaux et les humains et certains sont des parasites obligatoires, par exemple, M. tuberculosis et M. leprae (Laukkanen et al., 2000).
Les membres du genre Mycobacterium sont, en moyenne 0.2-0.6 μm de largeur et 1.0- 10 μm de longueur avec M. paratuberculosis étant plus petit à 0.5 μm de largeur et 1-2 de longueur. M. paratuberculosis est un organisme fastidieux et a contrecarré la plupart des tentatives d’isolement in vitro pendant le dernier siècle (Chiodini, 1989). L’ajout de la mycobactine aux milieux a mené à une croissance plus rapide et à plus d’isolats de M. paratuberculosis sur des milieux de laboratoire. L’addition de la mycobactine a également distingué des isolats de M. paratuberculosis et de M. avium car le dernier est indépendant de la mycobactine (Barclay et al., 1985) ; (Chiodini et al., 1984b). Les mycobactines sont des siderophores produits par des mycobactéries dans des conditions limite de fer, avec la plupart des espèces des mycobactéries produisant plus de cinq types de mycobactines (Barclay et Ratledge, 1983). Les isolats de M. avium négatifs de mycobactine existent cependant et ceux-ci diffèrent de M. paratuberculosis dans la virulence entre d’autres propriétés. En outre, même la dépendance à la mycobactine de M. paratuberculosis peut disparaître après plusieurs passages in vitro et peut être absente des isolats obtenus à partir des moutons sur certains milieux (Adúriz et al., 1995). Par conséquent on ne peut pas toujours compter sur ce phénotype général pour identifier M. paratuberculosis.
La Mycobactine produite par M. paratuberculosis s’appelle mycobactine J et diffère structurellement des mycobactines de M. avium et de M. intracellulare (Barclay et al., 1985). Même avec l’addition de mycobactine, le long temps de doublement a rendu la culture difficile à partir des bovins et d’autres animaux avec une sensibilité globale prévue de 50%-70% en cultivant des fèces bovines (Stabel, 1997a; Collins et al., 2006). Chez l’homme, la culture de M. paratuberculosis n’est pas habituellement vue comme une méthode de dépistage viable car elle prend un bon moment et a un faible indice de réussite (Chiodini, 1989). Les anciennes tentatives pour distinguer M. paratuberculosis utilisant des techniques de la biologie moléculaire ont été de nouveau confondues par la similitude génétique de M. paratuberculosis aux autres sous-espèces du complexe de M. avium. Ce complexe inclut M. avium subsp. avium, M. avium subsp. paratuberculosis et M. avium subsp. silvaticum (Thorel et Krichevsky, 1990) avec M. paratuberculosis et M. avium partageant une similitude de 97% de leurs génomes respectifs et 100% du gène 16S ARNr (Bannantine et al., 2003; Verlaine et al., 2011).
|
Table des matières
Liste des figures
Liste des tableaux
Liste des annexes
Liste des abréviations
Introduction générale
I. SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
I. 1 EPIDEMIOLOGIE DE LA PARATUBERCULOSE
I.1.1 Etiologie
I.1.1.1 Analyse taxonomique et phylogénétique
I.1.1.2 Tropisme d’espèce de MAP
I.1.1.3 Culture, caractères biochimiques
I.1.1.4 Survie et résistance de MAP dans l’environnement
I.1.2 Distribution de la maladie
I.1.3 Impact économique
I.1.4 Voies de contamination et matières virulentes
I.1.5 Prophylaxie médicale (vaccination
I.1.6 La paratuberculosis et maladie de Crohn (Menace zoonotique
I.2 ASPECTS ANATOMOPATHOLOGIQUES DE LA PARATUBERCULOSE
I.2.1 Système lymphoïde du tube digestif
I.2.1.1 Système lymphoïde du tube digestif des ruminants (GALT)
I.2.1.1.1 Épithélium associé au follicule (EAF
I.2.1.1.2 Cellules M
I.2.2 Pathogénie de la paratuberculose
I.2.2.1 Mécanismes de l’infection
I.2.2.1.1 Translocation de MAP de la lumière intestinale à la muqueuse
I.2.2.1.2 Prise de MAP par les cellules M
I.2.2.1.3 Phagocytose de MAP par des macrophages
I.2.3 Aspects lésionnels de la paratuberculose
I.2.3.1 Emplacement des lésions pendant les stades de la Ptb
I.2.3.2 Classification des lésions histologiques (grading
I.3 DIAGNOSTIC DE LA PARATUBERCULOSE
I.3.1 Diagnostic clinique
I.3.2 Diagnostic nécropsique
I.3.3 Diagnostic précoce
I.3.3.1 Profils de réaction immunitaire
I.3.3.2 Dépistage précoce de l’infection de MAP
I.3.3.3 Marqueurs précoces de l’infection de MAP
I.3.4 Méthodes de diagnostic de la paratuberculose
I.3.4.1 Méthodes directes
I.3.4.1.1 Culture
I.3.4.1.2 PCR (Amplification en Chaîne par Polymérase
I.3.4.1.3 Coloration de Ziehl-Neelsen
I.3.4.2 Méthodes indirectes
I.3.4.2.1 Méthode immuno-enzymatique (ELISA
I.3.4.2.2 Diagnostic Anatomopathologique
I.3.4.2.2.1 Lésions macroscopiques
I.3.4.2.2.2 Lésions microscopiques
I.3.4.2.3 Immunohistochimie (IHC)
I.3.5 Profils diagnostiques dans les bovins cliniques contre subcliniques
I.3.6 Concordance des tests diagnostiques
II. Matériels et Méthodes
II.1 Animaux et prélèvements
II.2 Examen histopathologique
II.2.1 Protocol histopathologique
II.2.2 Critères d’évaluation pour les lésions histopathologiques
II.3 Technique de coloration immunohistochimique
II.4 Méthode immuno-enzymatique (ELISA)
II.4.1 Collecte des échantillons de sérum
II.4.2 Technique d’analyse par ELISA
III. Résultats et Discussion
IV. REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
V. ANNEXES
Télécharger le rapport complet
