Soutenance mémoire
Détection des anticorps dirigés contre le virus PPA par la méthodeELISA
Historique et distribution géographique
La peste porcine africaine (PPA) est une maladie virale contagieuse et transmissible des suidés domestiques et sauvages. Cette maladie a été décrite pour la première fois au Kenya en 1921 par Montgomery (Montgomery, 1921). Il suspectait que ce virus provenait des suidés sauvages, les phacochères, qui auraient ensuite propagé le virus chez les porcs domestiques (Plowright, 1986). Cette description était basée sur l’observation d’une quinzaine de foyers, répertoriés durant les quinze années précédentes, et ayant provoqué la mort de près de 100% des animaux atteints (Penrith, 2009). Montgomery l’a décrite comme une maladie subaiguë des porcs causée par un agent viral, et entraînant la mort très tôt après l’apparition des symptômes. Déjà, il avançait l’absence de protection des porcs par immunisation passive. Par la suite, la circulation ancienne du virus dans les populations de suidés sauvages africains a été démontrée chez les phacochères (Phacochoerus africanus) etchez les potamochères (Potamochoerus porcus) (Mur et al., 2012), ainsi que dans les tiques molles du genre Ornithodoros (O. porcinus et O. moubata) présentes dans l’est et le sud de l’Afrique. Le passage entre populations de tiques et de suidés sauvages constitue le cycle sauvage (ou selvatique) du virus (Thomson, 1980). Parallèlement à ce cycle sauvage, le virus suit aussi un cycle dit domestique au cours duquel il est transmis directement par contact entre les porcs domestiques (Lubisi et al., 2005). Chez les suidés domestiques, outre la transmission directe entre animaux ou par le biais des tiques molles vivant dans leur habitat, l’infection peut survenir par contact direct avec du matériel contaminé ou par ingestion de nourriture infectée (Penrith et al., 2004). Aussi, dans les pays qu’elle affecte, la maladie peut s’établir de différentes manières. La réémergence de la PPA en 1951 puis en 1973 en Afrique du Sud, suivant des périodes inter-épizootiques de respectivement 12 et 10 ans, a révélé l’existence d’un cycle selvatique du virus lui ayant permis de se maintenir dans la faune sauvage entre les périodes d’épizootie(Pini, 1975). Au contraire, en Angola, la persistance du virus serait plus vraisemblablement due à une modération de sa virulence consécutive à une longue et importante circulation entre porcs domestiques (Plowright, 1981).
Impact économique
Du fait d’un cycle de production court et du faible niveau d’investissement qu’il nécessite pour sa mise en œuvre hormis l’achat préalable des animaux, l’élevage de porc se développe rapidement dans les pays économiquement faibles, offrant une ressource bon marché de protéines animales aux populations. L’émergence, le maintien et les réapparitions sporadiques de nouveaux foyers de PPA mettent néanmoins en péril ces exploitations et donc l’approvisionnement en nourriture carnée des populations qui en dépendent En Afrique de l’Ouest, par exemple, les foyers apparus au Cameroun en 1982 faisaient suite à une période d’expansion de la filière porcine dans le pays, avec un quasi doublement du nombre d’animaux (FAOSTAT, 2011). Nana-Nukechap et Gibbs (1985) ont estimé les pertes consécutives à l’introduction de la maladie à environ 693000 porcs, soit 63% des 1,1 million de têtes que comptait la population porcine entre 1982 et 1983, pour un coût total de 4,5 millions de dollars US. En Côte d’Ivoire, 135000 porcs sont morts de la maladie ou ont été abattus à Abidjan lors de la période épizootique de 1996 (el Hicheri et al., 1998), soit 29% de la population porcine totale du pays et une perte financière estimée à 9,2 millions de dollars US (Agricultural Research Council, South Africa, 1998). Au Benin, des foyers de PPA entre 1997 et 1998 ont induit la perte de 6 millions de dollars US pour l’industrie porcine (Basckin, 1998), et les épizooties de 1998 et 2001 au Nigéria ont coûté respectivement 8,4 millions de dollars US dans la s eule ville de Lagos et près d’un million en Ibadan, avec une perte de plus de 300000 porcs pour cette dernière (Babalobi et al., 2007). Enfin, au Togo en 1999, 17000 porcs sont morts de PPA et 2500 sont abattus par les services vétérinaires sur une population estimée de 400000 porcs domestiques. La valeur marchande d’un animal étant de l’ordre de 48 dollars US, les presque 1 million de dollars de perte financière ont eu un impact majeur pour les quelques 1500 petits éleveurs concernés (Sorin, 2002).
Signes cliniques et lésions
Même si Montgomery l’a décrite comme une maladie subaiguë du porc domestique, d’autres formes de la maladie ont été observées : aiguë, suraiguë et chronique, qui induisent des signes cliniques variables en fonction de la virulence de la souche et de la durée de l’infection. La race de l’animal, tout comme son état physiologique (âge, gestation) ont également une influence sur la sensibilité à l’infection. Des études menées au Malawi et en Angola ont ainsi démontré que les races Large White et Landrace étaient plus sensibles que les races locales (Haresnape et al., 1988; Cowan, 1961). La forme suraiguë se caractérise par une période d’incubation très courte de 48 à 72h, suivie d’une très forte hyperthermie (41 à 42°C) entrainant une mortalité fulgurante des animaux avoisinant les 100% en 1 à 3 jours. Dans les autres formes de la maladie, la durée d’incubation varie de 5 à 15 jours. La forme aiguë est caractérisée par une hyperthermie de 40,5 à 42°C, une forte dépression entrainant une prostration et de l’anorexie associées à des difficultés respiratoires (augmentation du rythme), l’apparition d’érythème épidermique hémorragique, une cyanose (Figures 2 et 3), une congestion des muqueuses et une leucopénie. Des troubles de la locomotion, des vomissements, de la diarrhée alternée avec de la constipation et des avortements chez les femelles gestantes ont été observés. La mort de l’animal survient dans les 2 à 7 jours suivant l’apparition des premiers signes cliniques, et le taux de mortalité peut atteindre là aussi les 100%. Dans la forme subaiguë, l’hyperthermie est moins élevée que dans les formes suraiguës et aiguës. Néanmoins, des avortements chez les femelles gestantes et des plaques d’érythème au niveau des extrémités et des parties déclives de l’animal qui évoluent généralement en nécroses ont été notés. La mortalité varie de 30 à 70%, et survient un peu plus tardivement, dans les 15 à 45 jours. La forme chronique enfin, se caractérise par une atténuation des signes cliniques induits par les autres formes de la maladie : la fièvre est récurrente, moins élevée. Quelques difficultés respiratoires, de l’arthrite, un poil piqué et terne ont été observés. L’évolution de la maladie est plus lente. La mortalité induite est inférieure à 30% et peut survenir dans les 2 à 5 mois (Penrith et al., 2004 ; Crucière, 2003).
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Table des matières AVANT- PROPOS DEDICACES REMERCIEMENTS TABLE DES MATIERES GLOSSAIRE LISTE DES PUBLICATIONS ET ANNEXE LES AUTRES PUBLICATIONS, CONFERENCES ET POSTERS EN RELATION AVEC LE SUJET Chapitre I : INTRODUCTION Chapitre II : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE La peste porcine africaine Historique et distribution géographique 2. Impact économique Signes cliniques et lésions 4. Pathogénie Etiologie de la maladie 1. Classification Morphologie et structure du virus Organisation du génome et protéines codées Entrée du virus dans la cellule cible Replication du virus Transcription et traduction des gènes Morphogénèse Libération des virions néoformés Epidémiologie Réponse immune et protection chez le porc domestiqu Echappement au système immunitaire de l’hôte Persistance et résistance du virus PPA Prophylaxie – lutte contre la maladie Diagnostic Diagnostic clinique Diagnostic de laboratoire Nature et objectifs de cette étude Contexte Problèmes rencontrés dans les pays tropicaux Objectif de l’étude Chapitre III : TRAVAUX DE RECHERCHE . Matériels et méthodes Echantillons Echantillons prélevés lors des études expérimentales .. Echantillonnage « terrain » Influence de la taille du fragment de papier filtre sur la détectabilité du virus PPA Traitement des échantillons Analyses sérologiques : détection des anticorps dirigés contre le virus PPA par la méthodeELISA Détection moléculaire du virus PPA Extraction des acides nucléiques à partir des organes de porc et de sang prélevé dans des tubes contenant de l’EDTA Amplifications géniques Amplification génique par PCR conventionnelles PCR directe sur papier filtre imprégné de sang de porcPCR sur acides nucléiques extraits d’organes de porc Amplification génique en temps réel Isolement viral Détermination de la viro-prévalence et de la séro-prévalence de la PPA à Madagascar Caractérisation moléculaire des virus PPA malgaches Amplification des gènes cibles Clonage des amplicons – sélection des clones bactériens – préparation d’ADN plasmidique Séquençage des gènes d’intérêt Reconstructions phylogénétiques II. RESULTATS Evaluation du papier filtre comme support de prélèvement pour le diagnostic Influence de la taille du fragment de papier buvard Sensibilité Limite de détection Impact du support de prélèvement Sérologie Analyse des prélèvements provenant des infections expérimentales: Expérimentation animale réalisée au CISA Expérimentation animale effectuée au CReSA : Expérimentations animales réalisées à l’ANSES Bilan de la détection du virus à partir des prélèvements réalisés lors des études expérimentales .... Analyse des échantillons « terrains Echantillons provenant de Madagascar Détermination séroprévalence du virus PPA à Madagascar par ELISA Détection moléculaire du virus PPA Détection moléculaire de l’ADN du virus PPA Caractérisation moléculaire de souches malgaches Analyse des séquences du gène KP177R Analyse du gène CP204L Chapitre IV :DISCUSSION Validation des techniques de détection de la PPA en utilisant le papier buvard Whatman 3MM La peste porcine africaine et la circulation à Madagascar Caractérisation moléculaire de virus malgaches Epidémiologie
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