Soutenance mémoire
Définition d’un virus
Les virus sont des agents infectieux simples caractérisés par deux ou trois éléments selon les virus. Ils différent des bactéries ou des parasites qui eux sont des cellules eucaryotes ou procaryotes. André Lwoff l’un des pères de la virologie disait, “Les virus sont les virus”. Les virus sont à la fois la forme de vie la plus importante sur Terre mais également la plus diversifiée. Bien qu’ils s’agissent d’agents infectieux très simples, les virus sont une forme très élaborée de parasitisme. Dénués de système d’énergie, ils utilisent la machinerie de cellules vivantes pour se multiplier et assurer leur pérennité. André LWOFF en 1953, présente les 3 caractères fondamentaux des virus :
– Les virus ne renferment qu’une seule sorte d’acide nucléique (ADN ou ARN) qui est le génome viral.
– Les virus se reproduisent par réplication à partir de leur matériel génétique
– Les virus sont capables de parasitisme intracellulaire absolu.
Génome
Le génome d’un virus est soit de l’acide désoxyribonucléique (ADN) soit de l’acide ribonucléique (ARN). Le génome est d’ailleurs le premier élément de classification des virus. Ce génome peut être monocaténaire (simple brin) ou bicaténaire (double brin). Les virus à ARN sont plus sujets aux mutations. En effet, l’ARN polymérase des cellules hôtes contrairement à l’ADN polymérase ne possède pas de système de détection et de correction des anomalies entrainant des erreurs lors de la réplication. La taille du génome varie considérablement pour les virus à ADN (3-300 kpb) mais est plus limitée chez les virus à ARN (10-20 kpb). La capacité réduite de codage des génomes viraux peut être compensée par le chevauchement des cadres de lecture et par le phénomène d’épissage des ARN messagers, découvert pour la première fois chez les adénovirus.
La Multiplication des virus
a. Attachement : La première étape de la multiplication est l’attachement de la surface virale à la surface cellulaire. Chez les virus nus l’attachement se fait grâce aux protéines de la capside, tandis que chez les virus enveloppés cela se fait grâce aux glycoprotéines de l’enveloppe. Les protéines et glycoprotéines se lient à des récepteurs spécifiques sur la membrane cytoplasmique de la cellule hôte. La nécessité de récepteurs spécifiques explique le tropisme de certains virus pour certaines espèces.
b. Pénétration : Le virus s’introduit dans la cellule. Pour les virus nus, cette pénétration se fait par endocytose. Pour les virus enveloppés, la pénétration peut se faire par endocytose ou par fusion de l’enveloppe virale et de la membrane cellulaire grâce à des glycoprotéines contenues dans l’enveloppe virale.
c. Décapsidation : Pour que le génome puisse interagir avec la machinerie cellulaire, la capside doit être dégradée ou au moins suffisamment remaniée.
d. Réplication : Le génome viral libéré va prendre la direction des voies de synthèse dans la cellule. Il va remplacer totalement ou partiellement le génome cellulaire. La machinerie cellulaire va produire des copies du génome viral, des protéines de la capside et des glycoprotéines d’enveloppes pour les virus enveloppés. Selon les virus le processus peut varier mais la synthèse de ces “copies” nécessite des ARN messagers viraux.[1]
Définitions de cas de COVID-19 de l’OMS
L’OMS distingue trois cas d’infection par le Sras-Cov-2.
– Cas suspect d’infection par le Sras-Cov-2 : Il s’agit d’une personne qui remplit les critères cliniques et épidémiologiques. Les critères cliniques sont l’apparition soudaine de fièvre et de toux ou l’apparition soudaine d’au-moins trois des signes ou symptômes suivants : fièvre, toux, faiblesse/fatigue générale, céphalée, myalgie, mal de gorge, dyspnée, anorexie/nausées/vomissements, diarrhée, altération de l’état mental. Tandis que les critères épidémiologiques font références à des séjours ou travail dans une zone à haut risque de transmission du virus à tout moment au cours des quatorze jours précédant l’apparition des symptômes. Les séjours ou voyage dans une zone de transmission communautaire et le travail dans le secteur des soins de santé sont aussi des critères épidémiologiques qui entrent en compte dans la définition de cas suspect d’infection par le Sras-Cov-2. Il peut aussi s’agir d’une personne atteinte d’une maladie respiratoire aigüe sévère avec antécédents de fièvre, ou fièvre mesurée supérieure à 38°C, et de toux, apparues au cours des 10 derniers jours et nécessitant une hospitalisation. Enfin, cela concerne aussi les personnes asymptomatiques ne répondant pas aux critères épidémiologiques mais présentant un test de diagnostic rapide (TDR) antigénique au SRASCoV-2 positif.
– Cas probable d’infection para le Sras-Cov-2 : Un patient qui répond aux critères cliniques évoqués ci-dessus et qui est en contact d’un cas probable ou confirmé, ou qui est lié à un foyer épidémique de COVID-19. Cela peut aussi être un cas suspect dont l’imagerie thoracique révèle des éléments évocateurs de la COVID-19 ou une personne atteinte d’anosmie (perte de l’odorat) ou d’agueusie (perte du goût) en l’absence de tout autre cause identifiée. Les décès sans autre explication chez un adulte qui présentait une détresse respiratoire et qui était contact d’un cas probable ou confirmé ou qui était lié à un foyer épidémique de COVID19.
– Cas Confirmé d’infection par le Sras-Cov-2 : Sont considérés comme cas confirmés les personnes dont le test d’amplification des acides nucléiques (ou test PCR) est positif, les personnes présentant un TDR antigénique du Sras-Cov2 positif et répondant soit à la définition de cas probable, soit aux critères cliniques et épidémiologiques de cas suspect. Enfin les personnes asymptomatiques présentant un TDR antigénique du Sras-Cov-2 positif en contact d’un cas probable ou confirmé sont considérés comme des cas avérés de COVID 19.
RT-PCR
Mise en place dès en janvier 2020 par le Professeur Christian Drosten, directeur de l’institut de virologie à l’hôpital de la Charité à Berlin. Cette technique cible le gène E et RdRp du SrasCoV-2. La RT-PCR permet de quantifier la charge virale dans un échantillon donné et de suivre son évolution en fonction du temps. Son résultat doit être complété par d’autres examens (radiologiques, biologiques et cliniques) pour confirmer le diagnostic. Ce test présente une excellente spécificité pour le diagnostic de la COVID-19. Toutefois, la sensibilité de ce test dépend du type d’échantillon, du moment de prélèvement, de la technique d’échantillonnage, de la qualité du test et de l’équipe réalisant le test.
Tests de diagnostic rapide de détection de antigènes (TDR-Ag)
Ces tests sont réalisés avec des échantillons des voies respiratoires supérieures (écouvillons nasaux ou nasopharyngés). La sensibilité est très variable de 0-94% mais la spécificité est très élevée puisque supérieure à 97%. Les patients sur lesquels ces tests sont les plus efficaces, sont ceux ayant une charge virale élevée (valeur de Ct≤25 ou >106 copies/ml), retrouvée dans la phase présymptomatique (1 à 3 jours avant symptômes) et dans la phase symptomatique précoce (5 à 7 premiers jours de la maladie). « Cela permet d’établir un diagnostic précoce et interrompre la transmission grâce à un isolement ciblé et un regroupement des cas les plus infectieux et de leurs contacts proches. » Contrairement aux tests PCR, qui recherchent l’ARN du virus, ces tests antigéniques détectent des antigènes spécifiques du Sars-CoV-2. Les antigènes ciblés dans ce cas sont des fragments de la protéine « S » de la spicule du virus et/ou la protéine « N » de la nucléocapside qui entoure le génome viral. En France et même en Europe, les tests ciblant seulement la protéine S ne sont pas autorisés. Cette protéine est trop soumise aux mutations caractérisant les différents virus en circulation, tandis que la protéine « N » est identique quel que soit le mutant. Ces tests antigéniques dits rapides permettent une détection de masse de la population mais ne remplacent pas les tests PCR qui restent la référence pour le diagnostic. Depuis le 2 février2021, tout test antigénique positif doit être confirmé par un test PCR dans les 36h suivantes. Les tests antigéniques que nous utilisons en officine reposent sur le procédé dit de l’immunochromatographie à flux latéral. Ce type de procédé est proche de celui utilisé dans les tests de grossesse. Ils existent d’autres tests utilisant la chimiluminescence pour la fluorescence mais leur examen nécessite un matériel spécifique.
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Table des matières
I. Définitions
2. Définition d’un virus
3. Génome
4. Capside
5. Enveloppe
6. Classification des virus
7. La Multiplication des virus
a. Attachement
b. Pénétration
c. Décapsidation
d. Réplication
8. COVID-19
a. Etiologie
b. Transmission de la COVID-19
c. Infection par le virus
d. Réaction de l’organisme face à l’infection
e. Définitions de cas de COVID-19 de l’OMS
II. Dépistage
1. RT-PCR
2. Tests antigéniques
a. Tests de diagnostic rapide de détection de antigènes (TDR-Ag)
b. Fonctionnement d’un test antigénique
3. Conditions et Organisation de la réalisation des tests antigéniques à l’officine
a. Formation
b. Approvisionnement
c. Organisation de l’espace
d. Procédure qualité
e. Informations des personnes
f. Accueil de la personne
g. Réalisation du test
h. Elimination des déchets, nettoyage
i. Annonce des résultats à la personne
j. Communication des résultats aux autorités
k. Procédure mise à jour
4. Passe sanitaire/vaccinal
5. Vaccination
III. Méthodologie
1. Problématique
2. Méthodologie
IV. Résultats
V. Résultats – discussions
1. Taux de positivité (TdP)
2. Données Nationales
3. Données enregistrées pendant l’étude
4. Comparaison des données
a. Interprétations statistiques des résultats
b. Conclusion sur le taux de positivité
5. Résultats complémentaires : études des caractéristiques des patients inclus dans l’étude
a. Vaccination
b. Lieu de résidence
c. Positivité antérieure
d. Motifs de dépistage
e. Pourquoi se faire tester à la pharmacie ?
f. Exposition au virus
g. Nature de l’exposition
h. Forme symptomatique
i. Délai entre l’apparition des symptômes et le jour du test
j. Symptômes évoqués
k. Traitements reçus par les personnes positives
VI. Conclusions
VII. Bibliographie
VIII. ANNEXES
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