Conception et optimisation d’un programme de sélection de petits ruminants en milieu tropical

A l’exception du chien dont la domestication remonte au Paléolithique, la chèvre a été l’un des tout premiers animaux domestiqués pour l’élevage au Néolithique, il y a 12 000 ans, dans la région qui correspond aujourd’hui à l’Est de l’Anatolie et au Nord-Ouest de l’Iran (Naderi et al., 2008).

Il y avait environ 921 millions de chèvres dans le monde en 2010 (FAOstat, 2010a). Les plus grandes populations caprines se trouvent en Asie (Inde, Pakistan, moitié est de la Chine, Indonésie, ex-pays de l’URSS : Turkménistan, Ouzbékistan, Tadjikistan et Kirghizstan), au Proche-Orient, au Sahel et en Afrique de l’Est, au Mexique, dans les Caraïbes, dans le Nord de l’Amérique du Sud et au Nord-Est du Brésil (FAO, 2007). De 1990 à 2010, la population de chèvres dans le monde a augmenté de 55% (FAOstat, 2010a). Son accroissement suit celle de la population humaine dans les pays du Sud et répond à leurs besoins croissants en viande et lait (Boyazoglu et al., 2005). La plupart des caprins dans le monde sont élevés dans des systèmes d’élevage traditionnels extensifs ou semi-extensifs avec un faible niveau d’intrants. Les systèmes d’élevage intensifs, minoritaires et principalement réservés aux chèvres laitières, se trouvent en Europe et en Amérique du nord (Peacock et Sherman, 2010). Le nombre de races caprines est mal connu, car beaucoup ne sont pas caractérisées, au Nord comme au Sud (Dubeuf et Boyazoglu, 2009). Ces derniers auteurs comptent 136 races bien identifiées, tandis que Galal (2005) rapporte un total de 115 races caprines différentes recensées par la FAO.

Les produits fournis par les caprins 

Fibres 

Les principales fibres provenant de chèvres et utilisées dans le monde sont le cashmere, la laine mohair, et dans une moindre mesure, le poil même des caprins. Ce dernier est utilisé par certaines tribus nomades dans le désert pour produire la toile des tentes. Le cashmere est un duvet produit par la chèvre cashmere en hiver. Cette production est originaire du nord-est de l’Inde, mais elle est désormais localisée (pour 85%) sur les plateaux de Chine et de Mongolie, où les chèvres sont élevées dans des systèmes pastoraux extensifs. Ces deux pays produisent 4 000 tonnes de fibres « pures » (épurées des poils grossiers). Les fibres étant de plus en plus utilisées et transformées en produits finis (tissus, habits) en Chine, leur exportation vers les pays du Nord a diminué, malgré la demande importante (van der Westhuysen, 2005). La laine mohair est produite par les chèvres Angora, et a pour origine la région d’Ankara en Turquie. Sa production est désormais localisée en Afrique du Sud (pour les deux tiers), aux Etats-Unis et au Lesotho. La fibre brute est par contre transformée dans les pays importateurs (Europe et Asie). Cette production est en déclin, elle n’atteignait plus que 6 600 tonnes en 2003 (70% de moins qu’en 1988). Les prix du mohair sont très volatils car ils dépendent du marché de la mode, et de ce fait, les agriculteurs préfèrent se tourner vers d’autres productions aux prix plus stables (van der Westhuysen, 2005).

Lait 

La production mondiale de lait de chèvre a doublé en 20 ans, passant de 8 millions de tonnes en 1980 à 17 millions de tonnes en 2010. En 2010, 45% du lait était produit en Inde, Pakistan et Bangladesh, 19% dans les pays du Sahel et d’Afrique de l’est, 15% dans les pays méditerranéens (FAOstat, 2010b). La production en Asie et en Afrique est assurée par des races caprines mixtes (lait – viande) tandis qu’elle est le fait de races laitières spécialisées dans les pays méditerranéens (Dubeuf et al., 2004). Le lait de chèvre est accessible à la majorité des populations dans le monde, mais généralement en dehors de circuits de commercialisation organisés. Le lait est le plus souvent autoconsommé ou vendu au niveau local (Dubeuf et al., 2004).

Viande

La production mondiale de viande de chèvre a elle aussi doublé en 20 ans. En 2010, elle était de 5,1 millions de tonnes, contre 2,6 millions de tonnes en 1990. Cette production est assurée à 36% par la Chine, à 21% par l’Inde, le Pakistan et le Bangladesh, et à 14% par les pays du Sahel et d’Afrique de l’est (FAOstat, 2010b). Bien que la demande en viande caprine augmente fortement en Asie et en Afrique, les filières de production de viande caprine sont très peu organisées et les ventes à l’international ne représentent que 0,5% de la production mondiale (Dubeuf et al., 2004). L’Australie est de loin le premier exportateur de viande caprine, avec 25 000 tonnes de viande exportée en 2009 (FAOstat, 2009). Elle est suivie par l’Inde (7000 tonnes) et la Chine (5000 tonnes). Les principaux pays importateurs sont les pays du Moyen-Orient, avec 15 000 tonnes et les EtatsUnis, avec 11 000 tonnes importées en 2009 (FAOstat, 2009). La viande de chèvre est généralement consommée par le producteur ou vendue localement, et l’augmentation de la consommation de viande caprine en zone urbaine (due à l’augmentation de la population dans les villes) n’a pas changé radicalement l’organisation des filières dans lesquelles la vente de viande passe toujours par des circuits informels. L’inadéquation entre l’offre et la demande a conduit à l’augmentation du prix de la viande et à une dépendance croissante vis-à-vis de l’importation (Dubeuf et al., 2004). Cette situation se retrouve en Guadeloupe (Alexandre et al., 2008).

Les autres services 

Dans les pays du Sud, plus que dans les pays du Nord, les caprins remplissent une multitude de fonctions qui vont bien au delà de la production de viande, lait ou fibre. Les autres produits de la chèvre, telle que la peau, le poil, les cornes, le fumier, sont aussi recherchés, de même que ses nombreux services, tel que le transport, le désherbage, l’épargne, l’assurance, la sécurité, l’apport de liquidités, l’utilisation comme don ou cadeau. La chèvre joue aussi un rôle dans les rituels religieux (Peacock, 2005). Ces rôles sont importants en Guadeloupe, surtout ceux liés aux traditions (viande caprine utilisée pour le colombo de cabri, plat régional), aux cérémonies religieuses hindoues, et au plaisir d’élever des caprins.

LA SELECTION EN CAPRIN 

Sélection dans les pays du Nord 

La sélection des caprins est liée à un secteur économique développé et bien organisé. La majorité des programmes de sélection en caprins se situe dans les pays du Nord. Ces programmes concernent surtout les races laitières et certaines races à viande, comme la race Boer en Afrique du Sud, aux Etats-Unis et en Australie. Les niveaux de productivité en viande et en lait des caprins est souvent meilleure dans les pays tempérés (Dubeuf et Boyazoglu, 2009).

Sélection dans les pays du Sud 

Dans les pays du Sud, où les caprins sont essentiellement utilisés pour la consommation locale, il y a peu de programmes de sélection qui se soient implantés sur le long terme. L’absence de programmes de sélection est généralement due au manque de caractérisation des races locales et au désintérêt des gouvernements, instituts de recherche et bailleurs de fonds pour les caprins (Boyazoglu et al., 2005). Les tentatives de développement de programmes de sélection reproduisant à l’identique les modèles des pays du Nord ont souvent échoué à cause de leur inadéquation aux besoins locaux (Dubeuf et Boyazoglu, 2009). Ces programmes consistaient le plus souvent à importer dans les pays du Sud des génotypes plus productifs provenant de pays tempérés, et à les utiliser en race pure ou en croisement. Ces génotypes ne correspondaient ni aux objectifs de sélection des éleveurs, ni à leurs méthodes de gestion des troupeaux dans des systèmes traditionnels à faibles intrants (Kosgey et al., 2006). La non prise en compte des caractères d’adaptation des animaux a ainsi causé l’échec de nombreux programmes de sélection (Kosgey et al., 2006). Les caractères d’adaptation des races locales étaient en effet souvent sous-estimés. Ces caractères doivent pourtant être pris en compte dans l’objectif de sélection pour offrir une amélioration génétique durable (Alexandre et Mandonnet, 2005). Les races locales sont en effet extrêmement résilientes et bien adaptées aux conditions difficiles rencontrées dans les pays tropicaux (températures extrêmes, sous-alimentation, parasitisme). Ces chèvres ont la capacité de marcher sur de longues distances et de survivre aux sécheresses (Boyazoglu et al., 2005). Elles ont souvent des caractéristiques uniques particulièrement intéressantes (Baker et Gray, 2004), comme leur prolificité, fertilité, résistance à la chaleur, trypanotolérance et résistance au parasitisme (Kosgey et al., 2006).

ENJEUX ET OBJECTIFS DE LA THESE 

Enjeux

Une mise en œuvre pérenne et optimale de programmes de sélection en milieu tropical nécessite la prise en compte de multiples paramètres, économiques, sociaux et écologiques.

Les enjeux liés à un programme de sélection pour la chèvre Créole en Guadeloupe sont multiples :
– l’augmentation de la production de viande pour atteindre l’autosuffisance en viande caprine sur l’île (actuellement, la production ne couvre que 13% des besoins),
– la pérennisation des organisations et infrastructures liées au programme,
– la durabilité des élevages caprins,
– la conservation et amélioration de la race Créole,
– la reconnaissance des rôles intangibles et de l’ensemble des services fournis par les caprins,
– le maintien de leur adaptation au milieu, et plus particulièrement de la résistance aux strongles gastro-intestinaux.

Objectifs 

Ce travail de thèse a pour objectif la conception et l’optimisation d’un programme de sélection pour la chèvre Créole en Guadeloupe. Il s’agit de proposer les bases pour une sélection multicaractère d’une race locale, en veillant au maintien d’un caractère d’adaptation: la résistance aux strongles gastro-intestinaux, pathologie majeure des petits ruminants en milieu tropical. Cette étude doit fournir les outils nécessaires à l’optimisation de ce programme de sélection, qui vise à améliorer la rentabilité économique des élevages caprins Créoles. Dans cette thèse ont été développés les outils scientifiques et techniques fondant les bases du programme de sélection. En particulier, trois étapes préalables à la mise en place du programme ont été identifiées :

1) la définition de l’objectif de sélection,
2) l’estimation des paramètres génétiques associés aux caractères à améliorer et à leurs prédicteurs possibles,
3) le choix des critères de sélection à mesurer pour permettre une forte réponse sur l’objectif global de sélection tout en maintenant la bonne résistance et résilience des chèvres Créoles aux strongles gastro-intestinaux.

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Table des matières

INTRODUCTION GENERALE
LES CAPRINS DANS LE MONDE
LA SELECTION EN CAPRIN
ENJEUX ET OBJECTIFS DE LA THESE
ETAT DES LIEUX
L’ELEVAGE CAPRIN EN GUADELOUPE
ARTICLE 1 : LES PRATIQUES D’ELEVAGE CAPRIN EN GUADELOUPE ET LEURS IMPLICATIONS POUR LA MISE EN
PLACE D’UN PROGRAMME DE SELECTION
LE PARASITISME INTERNE DES PETITS RUMINANTS
L’OPTIMISATION D’UN PROGRAMME DE SELECTION
RESULTATS
ARTICLE 2 : L’OBJECTIF DE SELECTION DE LA CHEVRE CREOLE EN GUADELOUPE
ARTICLE 3 : LES PARAMETRES GENETIQUES DE LA CHEVRE CREOLE
ARTICLE 4 : OPTIMISATION D’UN PROGRAMME DE SELECTION
DISCUSSION GENERALE ET CONCLUSION
UN PROGRAMME DE SELECTION POUR LA CHEVRE CREOLE
LES BASES SCIENTIFIQUES DU PROGRAMME DE SELECTION
PERSPECTIVES
REFERENCES
ANNEXES
DIFFUSION DES RESULTATS
FORMATIONS SUIVIES
RESUME
ABSTRACT

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