Caractérisation phénotypique et génétique des souches de Xanthomonas axonopodis pv. manihotis,

Le manioc, Manihot esculenta Grantz (Euphorbiacaea) est l’une des cultures vivrières la plus importante dans le monde. Elle constitue la troisième source de calories dans les tropiques, derrière le riz et le maïs. Plus de 600 millions de personnes en dépendent en Afrique, en Asie et en Amérique Latine (CMA/AOC, 2004). Sa culture est largement répandue, principalement dans les zones tropicales et subtropicales avec une production estimée à 262 millions de tonnes en 2013 (FAO, 2014). Le continent africain en est le plus grand producteur avec le Nigéria au premier rang.

Au Burkina Faso, la production du manioc connait une augmentation constante depuis 1995 grâce au plan stratégique de la politique de diversification des filières porteuses adoptée par les autorités et appuyée par la FAO et l’lITA. Sa production estimée à plus de 22 000 tonnes/campagne se concentre dans les régions Ouest et Sud-Ouest du pays et se répand de plus en plus dans les autres régions du pays à cause de sa forte adaptabilité aux zones marginales. En effet, selon Kouakou et al. (2015) le manioc est l’une des cultures la plus favorable au changement climatique à cause de sa résistance à la sécheresse, sa capacité à supporter les fortes teneurs de gaz carbonique ainsi que les températures élevées. Au regard de toutes ces caractéristiques, il est considéré comme un aliment de base pouvant garantir la sécurité alimentaire.

Cependant, cette production est limitée par de nombreuses contraintes d’ordre biotique et abiotique. Les contraintes biotiques qui sont entre autres les acariens, la cochenille farineuse, la mosaïque, la cercosporiose, l’anthracnose, la nécrose bactérienne et la bactériose vasculaire du manioc sont les plus importantes (Sillaet al., 2009).

La bactériose vasculaire du manioc est causée par Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam) (Vauterin et al., 1995). De nombreux travaux sur la maladie et l’agent causal ont été menés surtout en Amérique et en Afrique . Il ressort que cette maladie occasionne des pertes considérables de rendement en tubercules allant de 12 à 100% en Colombie (Restrepo et al., 2000). En Afrique, des dégâts estimés à plus de 75% ont également été observés. Au Burkina Faso, l’agent pathogène responsable dela bactériose vasculaire du manioc a été recemment décrit par Wonni et al. (2014) à partir d’échantillons collectés dans la région des Cascades. Cependant, très peu d’informations sont disponibles sur l’incidence de la maladie, la diversité du pathogène et les variétés résistantes. Plusieurs méthodes de lutte existent contre cette maladie,l’utilisation des cultivars sains et de variétés résistantes demeurant le moyen de lutte le plus efficace (Banito et al., 2008;FAO, 2013; Kouakou et al., 2015;). Mieux comprendre la structure (diversité génétique et phénotypique) des populations de Xamau Burkina Faso est ainsi un préalable pour identifier et! ou développer des résistances locales et adaptées.

Généralités sur le manioc 

Origine et description 

Le manioc (Manihot esculenta Grantz) est une espèce tropicale originaire d’Amérique du Sud. Il a son centre principal de diversification au Brésil. Sa diffusion à partir du continent américain s’est faite en Afrique dès le XVIe siècle, puis elle a gagné l’Asie et enfin l’Australie à la fin du XIXe siècle.

Le manioc appartient au genre Manihot et à la famille des Euphorbiaceae. C’est une plante arbustive pérenne de 1 à 5 m de hauteur (Figure 1). Son appareil racinaire diffère selon le mode de multiplication. Il présente une racine pivotante et des racines secondaires lorsqu’il provient d’une graine. Quand il provient d’une bouture, ses racines sont soit nodales soit basales. Un troisième type de racines, appelé racine de tige s’apparente aux racines nodales. Il est cultivé dans les régions tropicales et subtropicales pour ses racines comestibles riches en amidon et pour ses feuilles. La récolte des racines commence généralement un an après la plantation. Les rendements moyens tournent autour de 10 tonneslha et varient en fonction de la variété et des conditions édapho-climatiques et culturales.

Classification botanique et diversité variétale 

Le manioc antérieurement appelé Manihot utilissima Pohlet, Manihot dulcis Pax a été renommé Manihotesculentagrantz grâce aux travaux de Rogers et Fleming (1973). Conformément à la classification systématique, il appartient à:

Règne: Plantae
Embranchement: Magnoliophyta
Classe: Magnolipsida
Ordre: Euphorbiaceae
Genre: Manihot
Espèce: Manihot esculenta Grantz

Elle est diploïde avec un nombre de chromosome qui correspond à 2n= 36. Selon Rogers et Appan (1973), le genre manihot renferme 98 espèces reparties en 17 sections:

-une section représentée par l’espèce cultivée; Manihot esculenta grantz,
-deux sections renfermant 17 espèces présentes en Amérique centrale et en Amérique du Nord,
-14 sections constituées de 80 espèces présentes en Amérique du Sud dont 77 présentes au Brésil.

Ecologie du manioc 

Le manioc est cultivé dans toute la zone intertropicale (Figure 2) avec des régimes pluviométriques à une ou deux saisons des pluies et des pluviosités annuelles variant de 600 à plus de 4 000 mm. Il est aussi cultivé dans la zone équatoriale dans les défriches récentes des forêts. Il croît sous des températures allant de 12 à 29 °C (Carter et al., 1992). Il supporte les fortes températures de même que des périodes de sécheresse prolongées (Ekanayake et al., 1997) pourvu qu’il reçoive suffisamment de pluies pendant les trois premiers mois de plantation (lITA et IRAD, 2008). Cependant, un rayonnement faible, un vent fort et une forte pluviométrie avant arrachage peuvent être défavorables à la production.

Le manioc affectionne les sols légers et sablonneux, bien drainant et à fertilité moyenne. Mais les sols hydromorphes et rocailleux sont impropres à la culture du manioc.

Importance de la filière manioc au Burkina Faso 

Production de manioc 

La production du manioc tend à s’étendre de façon similaire au maïs, à toute la zone de l’Afrique de l’Ouest sauf le nord grâce à la stratégie mondiale de développement du manioc lancée par le FIDA et visant à promouvoir cette importante culture vivrière.

Au Burkina Faso, le manioc est principalement produit dans les régions de la Boucle du Mouhoun, du Sud-Ouest, de l’Est, des Cascades, des Hauts-Bassins, du Centre-Sud, Centre-Ouest et du Centre-Est. Les quantités produites y varient en moyenne autour de 60 000 t par an. La production moyenne de manioc des cinq dernières années connait une évolution importante depuis 2006 . Elle est passée de 30106,7 t en 2006 à 146300 t en 2011(Figure 3).En dehors des variétés locales, six variétés améliorées avec un rendement d’environ 45 t/ ha sont en vulgarisation (Diancoumba, 2008).

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Table des matières

INTRODUCTION
CHAPITRE 1: GENERALITES SUR LE MANIOC
1.1.0RIGINE ET DESCRIPTION
1.2. CLASSIFICATION BOTANIQUE ET DIVERSITE VARIETALE
1.3. ECOLOGIE DU MANIOC
lA. IMPORTANCE DE LA FILIERE MANIOC AU BURKINA FASO
104.1. Production de manioc
104.2. Utilisations du manioc
1.5. CONTRAINTES LIEES A LA PRODUCTION DU MANIOC
1.5.1. Ravageurs
1.5.2. Adventices
1.5.3. Maladies du manioc
CHAPITRE Il. GENERALITES SUR LA BACTERIOSE VASCULAIRE DU MANIOC
11.1. DISTRIBUTION GEOGRAPHIQUE ET IMPORTANCE ECONOMIQUE DE LA BACTERIOSE VASCULAIRE DU MANIOC
11.2. SYSTEMATIQUE ET BiOlOGIE DE L’AGENT PATHOGENE
II.3.VARIABILITE GENETIQUE DE XANTHOMONASAXONOPODIS PV. MANIHOT/S
liA. EPiDEMIOLOGIE
1104.1. Mode d’infection et symptômes
1104.2 Cycle infectieux
1104.3. Facteurs de dissémination et de développement du pathogène et de la maladie
11.5. LUITE CONTRE LA BACTERIOSE VASCULAIRE DU MANIOC
CHAPITRE III : MATERIEL ET METHODES
1. MATERIEL
1.1. PRESENTATION DU SITE DE L’ETUDE
1.2. MATERiEl BIOLOGIQUE
Il. METHODES
11.1. Prospection et collecte des échantillons
11.2. CARACTERISATION ET IDENTIFICATION DES SOUCHES DE X. AXONOPODIS pv. MANIHOT/S
Il.2.1. Isolement des souches de Xam
11.2.2. Caractérisation moléculaire des souches de Xam
11.2.3. Tests du pouvoir pathogène
Il.2.3.1. Méthodes d’inocultion
Il.3. ELABORATION DE LA CARTE SANITAIRE
liA. TEST DE RESISTANCE VARIETAlE
CHAPITRE IV . RESULTATS-DiSCUSSION
1. RESULTATS
1.1. CARACTERISATION ET IDENTIFICATION DES SOUCHES DE X. AXONOPODIS PV. MANIHOT/S
1.2. DISTRIBUTION GEOGRAPHIQUE DE LA BACTERIOSE VASCULAIRE DU MANIOC DANS LA ZONE D’ETUDE
1.3. DIVERSITE GENETIQUE DES SOUCHES DE XAM
1.4. TESTS DE LA RESISTANCE VARIETAlE
Il. DISCUSSION
CONCLUSION 

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