Caractérisation Moléculaire De La Biodiversité Fongique

Caractérisation Moléculaire De La Biodiversité Fongique

Vérification de la pureté et de la concentration de l’ADN de chaque échantillon

Les résultats du spectrophotomètre indiquent pour les carpophores de la première série, des concentrations en ADN variées ; la plus faible étant 244, 10 ng/mL et la plus élevée étant 110,44 μg/mL. La moyenne est de 12,98 μg/mL pour les carpophores d’Indonésie et l’écart type est de 13,81.

Pour les échantillons du Bénin, la moyenne est de 13,08μg/mL et l’écart type est de 10,94.

Pour les carpophores de l’année précédente, la moyenne est de 3,39 μg/mL et l’écart type est de 2,55.

Pour les troncs de palmiers à huile de la première série, les concentrations sont encore plus faibles, allant de 549,3 ng/mL à seulement 17,3 μg/mL. Les ADN extraits du bois présentent une concentration moyenne de 4,80 μg/mL et un écart type de 3,88.

Pour les échantillons de la deuxième série, la concentration moyenne est de 2,32 μg/mL et l’écart type est de 2,14 μg/mL pour les carpophores. Pour les troncs, la concentration moyenne est de 5,86 μg/mL et l’écart-type est de 6,57 μg/mL.

Pour les duplicatas de la première série, la concentration moyenne des carpophores est de 13,01 μg/mL et l’écart type est de 14,68 μg/mL. Pour les troncs, la concentration moyenne est de 3,03 μg/mL et l’écart-type est de 1,14 μg/mL.

Néanmoins la quasi totalité des absorbances sont hors des limites de détection du spectrophotomètre, les concentrations obtenues ne sont donc pas fiables. Mais nous ne souhaitons pas obtenir de valeurs précises mais seulement nous assurer qu’il y a de l’ADN et connaître sa pureté.

Mais dans leur majorité ces concentrations sont très faibles par rapport à ce qui était attendu. En effet l’an dernier la concentration moyenne était de 38,52 μg/mL pour un écart type de 33,26. De plus le témoin négatif « t- » présente des contaminations (3,784 μg/mL). Toutes les valeurs sont reportées dans la figure 7 « tableau des résultats de quantification de l’ADN total par spectrométrie».

Cela peut être du à une mauvaise manipulation lors de l’extraction ou à un mauvais conditionnement des champignons. Le protocole était déjà celui utilisé l’année précédente et il a donné des résultats satisfaisants, ce qui m’amène à ne pas le remettre totalement en cause. Néanmoins il apparaît qu’il n’est pas adapté à tous les types d’échantillons.

 

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Table des matières

Remerciements
Abréviations
Table des figures
Introduction
le Cirad et le projet GANODIV
situation, intérêt et problématique
quelle stratégie choisie
Matériel & méthode
matériel biologique
techniques
Résultats
Discussion
Conclusions
vis-à-vis de la problématique
vis-à-vis du stage
Références
Annexes

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