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Partie reproductrice ou sporophore
Le sporophore est la partie externe du champignon qui porte les spores. Elle peut être visible ou non selon les groupes. Selon la visibilité du sporophore, les champignons se divisent en deux groupes : les macromycètes (Figure 3) ou champignons macroscopiques qui ont des sporophores visibles à l’oeil nu et les micromycètes ou champignons microscopiques. Leur présence chez les macromycètes est éphémère. Le sporophore est appelé aussi carpophore chez les macromycètes. L’organisation d’un macromycète est présentée dans la Figure 3.
Mode de reproduction (Courtecuisse et Duhem, 2011)
Les champignons se reproduisent et se multiplient par l’intermédiaire des spores, issues d’une reproduction asexuée et sexuée. Le cycle débute par la germination de la spore pour donner naissance à un mycélium primaire. Ce dernier se développe et croît pour former un plectenchyme. La reproduction sexuée commence par la plasmogamie ou association de deux mycéliums de polarités complémentaires pour produire un mycélium secondaire (Figure 4).
L’élongation des hyphes donne naissance à un sporophore. La caryogamie de deux noyaux haploïdes engendre un zygote. Les méiospores peuvent être soit des spores de germination produites directement par les zygotes après méiose (zygospores), soit des spores de passage (ascospore et basidiospore) ou des spores qui ont été produites dans les sporocystes donnant des gamétocystes. Chez les champignons, on ne parle pas de sexe mais de polarité.
Importance écologique
Les racines de 95 % des plantes sont associées à des champignons pour former un organe symbiotique mixte, le mycorhize. Cette symbiose est vitale pour la forêt. Les champignons aident les racines dans l’absorption de l’eau et des sels minéraux (Campbell, 1993). Les ectomycorhizes peuvent exploiter des ressources auxquelles les plantes isolées ou pourvues d’autres mycorhizes n’ont pas accès comme les minéraux insolubles et les matières organiques. Les saprophytes dégradent les déchets organiques animaux ou végétaux. Les parasites en produisant différents métabolites qui, même s’ils peuvent ravager une récolte entière, assurent le maintien de l’équilibre au sein d’une population (Konig, 2011).
Les champignons sont des agents décomposeurs, des élagueurs, des éboueurs, des recycleurs. Ils jouent un rôle très important dans la dégradation de la matière organique et aussi dans la production d’humus dans les écosystèmes terrestres, ainsi que dans les cycles biogéochimiques et les chaînes alimentaires. Ils décomposent les matières azotées en ammoniaque qui est utilisée directement par la plante. La décomposition de la matière organique végétale par les champignons est une étape essentielle dans le cycle du carbone (Maneli, 2008).
Les champignons transforment les éléments chimiques vitaux qui composent la matière organique en composants assimilables par d’autres organismes. Certains champignons peuvent pénétrer les cristaux de feldspath, les dissoudre, et y prélever le potassium (Näsholm et al., 1998).
Les champignons occupent une place prédominante pour l’édification et la stabilité de la structure du sol. Ils adhèrent les fines particules de sol à leurs hyphes et forment des agrégats poreux, stables à l’eau et résistants (Martin et al., 1940). Les champignons sont essentiels, voire indispensables dans la nature. Leur absence peut entraîner une carence nutritive chez les plantes.
Utilisations
Les champignons sont à usages multiples. Des nombreuses espèces sont comestibles, d’autres sont utilisées en agroalimentaire pour produire des protéines. En pharmacothérapie, ils sont nécessaires pour la lutte biologique contre les insectes, pour la fabrication des molécules médicamenteuses comme les insulines, les vaccins, les stéroïdes, et les antibiotiques (Chabasse, 2007). Le premier antibiotique, la pénicilline a été découvert à partir des champignons appelés Penicillium (Chabasse, 2007).
Méfaits des champignons
Les mycètes peuvent provoquer des infections superficielles et profondes, appelées mycoses, mycotoxicoses et/ou allergies chez l’homme et les animaux.
Les spores des champignons sont parfois transportées par le vent et peuvent être responsables de certaines allergies et des maladies graves pour l’homme. L’Aspergillose pulmonaire, une maladie de l’appareil respiratoire, est causée par l’inhalation des spores de moisissures du genre Aspergillus. (Bérdy, 2005). L’ingestion de mycètes ou de leurs produits métaboliques secondaires peut provoquer une intoxication et, éventuellement, la mort. Certaines espèces d’Aspergillus, notamment Aspergillus favus, produisent des aflatoxines, toxines du foie qui croissent dans ou sur les graines d’arachides. La consommation de ces graines contaminées conduit à une aspergillose hépatique récurrente dans le tiers-monde (Martin, 1940). Plusieurs champignons produisent des composés biologiquement actifs pouvant causer de graves maladies. Ainsi, les levures du genre Candida, sont responsables du muguet (candidose de la muqueuse buccale) chez les nouveaux nés caractérisé par un dépôt blanchâtre sur la langue. Les champignons toxiques peuvent provoquer des vomissements, de la diarrhée, de forte fièvre, de l’hypotension, de la tachycardie, de la sécheresse de la bouche, des tremblements, des sensations de brûlure, des vertiges, des hallucinations, ou encore des troubles de la vue (Konig et al., 2011).
Certains champignons provoquent des dégâts significatifs aux cultures en produisant des mycotoxines, responsables de la perte en rendement de 25% des récoltes mondiales selon FAO. Parmi ces champignons phytopathogènes, on peut citer Phytophthora infestans, responsable du mildiou des Solanaceae (Konig et al., 2002). Certains engendrent des maladies qui peuvent décimer les forêts.
Menaces pour les champignons
Les champignons vivent aux dépens des autres organismes et tirent leur substance organique des autres organismes. La dégradation et la disparition des biocénoses constituent donc des menaces pour les champignons. Les champignons sont mangés par des coléoptères Triplax, Bolboceras, pouvant provoquer leur disparition et leur destruction (Konig et al., 2011).
Classification des champignons
La classification des champignons est basée sur les caractères morphologiques et sur le mode de reproduction. Le phyllum se divise en 4 divisions ou embranchements : Chitridiomycota, Zygomycota, Ascomycota, et Basidiomycota. Selon la visibilité du sporophore, ils sont répartis dans deux groupes : les micromycètes composés de Chitridiomycota et Zygomycota, et les macromycètes regroupant les Basidiomycota et Ascomycota.
CHITRIDIOMYCOTA
C’est la lignée évolutive la plus ancienne des champignons (James et al., 2000 ; James et al., 2006) qui constitue un clade polyphylétique (James et al, 2006 ; Bar-Hen et al., 2008). Environ 750 espèces ont été décrites au sein de cette division (James et al., 2000).
Ce sont des champignons microscopiques, à thalle coenocytique ou siphonné, à paroi cellulosique. Ils se reproduisent uniquement par voie végétative au moyen de spore asexuée. Ces spores qui les restreignent au milieu aquatique et dans les sols humides sont uni-flagellées (Figure 8) (James et al, 2000).
Localisation géographique
La Reserve Spéciale d’Analamazaotra (RSA), avec une superficie de 810 ha, est localisée dans la Région d’Alaotra Mangoro, District de Moramanga, et dans la Commune Rurale d’Andasibe. Elle se trouve à 138 km d’Antananarivo et à 225 km à l’Ouest de Toamasina (Figure 15).
Cette Réserve Spéciale est située géographiquement à 18°53’03’’ de latitude Sud, et 48°25’09’’de longitude Est de 800 à 1200 m d’altitude. Elle est limitée à l’Est par les montagnes d’Andriambavibe dans le Parc National de Mantadia, limitrophe de la commune d’Ambalavola ; au Nord par Ambatovy, limitrophe de la commune Ambohibary, à l’Ouest par Farahevitra, limitrophe de la commune Ampasimpotsy et au Sud par les forêts de Vohidrazana et de Manandriana, limitrophe de la commune Lakato.
Milieu abiotique
Topographie
La Reserve spéciale d’Analamazaotra (RSA) se trouve sur le rebord de la falaise Betsimisaraka au relief accidenté. Elle est caractérisée par une succession de crêtes de 1 100 à 1 250 m d’altitude et de vallées étroites encaissées à plus de 850 m d’altitude, orientées du Nord au Sud. L’ensemble des crêtes et des talwegs présente un aspect caractéristique en « accordéon » (Hervieu, 1960).
Hydrographie
La commune rurale d’Andasibe dispose d’un réseau hydrographique de plusieurs rivières dont : la principale est Sahatandra, qui traverse la partie orientale du district sur une longueur de 70 km ; et les rivières secondaires telles que Firikany à l’Est et Analamazaotra à l’Ouest du parc. Elle possède deux lacs formant le lac Vert, très poissonneux, et le lac Rouge (Andriasatarintsoa, 2006).
Géologie et Pédologie
Le parc repose sur un socle précambrien du groupe Manampotsy (Hervieu, 1960). Les sols sont de type ferralitique jaune et rouge violacé selon la teneur en oxyde de fer. Ces sols ferralitiques sont sablo-argileux (Andriasatarintsoa, 2006).
Climat
Les données climatologiques d’Andasibe ont été obtenues du service météorologique Ampandrianomby 2016. Elles rassemblent les températures et les précipitations durant l’année 2014 et 2005 et sont présentées dans l’annexe 2.
Précipitation
La précipitation mensuelle varie de 101 à 1211 mm. La pluie tombe presque toute l’année. Le mois le plus arrosé est le mois de janvier avec une moyenne de 1211 mm de pluies tandis que le mois de juillet est le plus sec avec une valeur de 101 mm.
Température
La période chaude se situe entre les mois de décembre et février. Février étant le mois le plus chaud avec une température moyenne de 21,2 °C. La période froide correspond aux mois de juillet et août ; juillet étant le plus frais avec une température moyenne de 14,9°C.
Diagramme ombrothermique de GAUSSEN
Le diagramme ombrothermique de Gaussen est basé essentiellement sur la précipitation et la température. Il permet de déduire les mois écosecs à partir de la loi P=2T. Un mois ecosec est le mois dont la précipitation est inférieure à deux fois la température (P2T). Les données climatiques (Température et précipitation) sont présentées dans l’Annexe 2. Le diagramme ombrothermique d’Andasibe peut être obtenu en utilisant les données météorologiques des précipitations et des températures mensuelles (Figure 16).
Recherches bibliographiques et webographiques
Les recherches bibliographiques consistent à consulter tous les documents relatifs au champignon et à la zone d’étude (Reserve spéciale d’Analamazaotra-Andasibe) tels que les mémoires d’étude, les journaux et articles scientifiques, les ouvrages de référence. Elles ont été réalisées tout au long de la recherche c’est-à-dire avant, pendant et après les travaux sur terrain. Des recherches dans les sites web ont été également entreprises.
Choix et description des parcelles
Deux (2) parcelles de 4 placettes chacune ont été sélectionnés, après une prospection, selon la présence ou l’absence d’Uapaca pour voir la variation de la composition fongique entre ces différents sites. Uapaca a été choisi en raison de sa symbiose à la fois ecto- et endomycorhizienne avec les champignons. Uapaca est un genre Africano-Malgache appartenant à la famille d’UAPACACEAE. Elle prédomine dans la zone d’étude.
Montage des placettes
Une placette est une surface délimitée et localisée avec précision dans laquelle des inventaires de Fungi ont été effectués. Chaque placette mesure 20 m x 12,5 m selon les études antérieures effectuées par CNRE (Figure 18). En tout, 8 placettes ont été délimitées à l’aide de ficelles et de flags. Quatre placettes, symbolisées par les lettres A, B, C, D, ont été installées dans une zone sans Uapaca et 4 autres, marquées par E, F, G, H, dans une zone avec Uapaca. La distance minimale entre deux placettes est de 100 m (Figure 18). Les coordonnées géographiques, l’altitude et la pente ont été notées.
Méthode d’inventaire et de collecte des échantillons
L’inventaire est défini comme étant l’ensemble des activités permettant d’obtenir, avec une certaine précision, une ou plusieurs informations qualitatives et/ou quantitatives concernant une forêt naturelle, définie par ses limites géographiques (Andrianjaka, 1998). Il repose sur le dénombrement de tous les individus présents dans chaque placette. Il est nécessaire pour déterminer les espèces les plus abondantes. Cette étude a été limitée aux macromycètes ou champignons macroscopiques. L’inventaire consiste à recenser toutes les sporophores. Simultanément, la nature des substrats et les caractères évanescents du sporophore (couleur, odeur, …) ont été aussi notés.
La collecte des échantillons consiste à déterrer quelques individus entiers représentant chaque espèce, à l’identifier et à en faire un herbier. Seuls les sporophores matures ont été exhumées car les jeunes en pleine croissance se flétrissent rapidement. La cueillette a été effectuée en évitant la coupure de la base du pied de l’individu. Cette méthode de collecte ne perturbe pas la fructification des mycéliums.
La collecte est suivie d’une prise de photo de chaque échantillon sous différentes vues (entier, dessus, sous le chapeau ; haut et bas du pied). Les spécimens sont ensuite emballés un par un dans un papier aluminium portant une étiquette numérotée pour ne pas les confondre. Le tout est rassemblé dans un panier.
Méthode d’identification
L’identification consiste à décrire et à nommer le spécimen ou l’échantillon collecté. La forme de l’échantillon, ses spores et son habitat ont été décrits tandis que l’odeur est notée.
Richesse fongique dans la parcelle sans Uapaca
Les familles et les genres recensés dans ce site sont présentés dans le Tableau 2. Les deux divisions de Macromycètes : Ascomycota et Basidiomycota, sont présents dans le site sans Uapaca. 14 familles, 25 genres et 83 espèces ont été recensés. Les Ascomycètes comprennent 3 familles, 3 genres et 7 espèces ; les Basidiomycètes comportent 11 familles, 22 genres et 76 espèces. La famille des POYPORACEAE est composée de 6 genres qui sont les plus nombreux. Les espèces du genre Marasmius sont les plus abondantes, au nombre de 16. Les basidiomycètes sont plus nombreux que les ascomycètes.
Répartition des Familles
En fonction des genres
Vingt-huit (28) familles ont été trouvées dans les 2 sites. Sur la figure 33, 14 familles sont rencontrées dans P1 sans Uapaca et 26 dans la parcelle P2 avec Uapaca. Seules les familles des CORDYCEPITACEAE et des PEZIZACEAE sont absentes dans la parcelle avec Uapaca. Les genres appartenant aux familles des MARASMIACEAE et des POLYPORACEAE sont les plus nombreux dans les 2 parcelles, respectivement au nombre de 5 et 6.
En fonction des espèces
Les familles trouvées dans les deux sites sont présentées par la figure 34. Dans les 2 sites, les espèces appartenant aux familles des MARASMIACEAE, des MYCENACEAE et des POLYPORACEAE sont les plus abondantes. La famille des MARASMIACEAE a la plus riche en espèces dans le site sans Uapaca, avec 29 espèces, et la famille de MARASMIACEAE et de POLYPORACEAE dans le site avec Uapaca avec 18 espèces chacune.
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Table des matières
I- INTRODUCTION
I-1. GENERALITES
I . 1. 1 – Historique des champignons
I . 1. 2 – Caractères morphologiques des champignons
I.1.2.1. Partie végétative ou mycélium
I.1.2.2. Partie reproductrice ou sporophore
I . 1. 3 – Mode de reproduction (Courtecuisse et Duhem, 2011)
I . 1. 4 – Mode de vie
I . 1. 5 – Importance écologique
I . 1. 6 – Utilisations
I . 1. 7 – Méfaits des champignons
I . 1. 8 – Menaces pour les champignons
I . 1. 9 – Classification des champignons
I.1.9.1 – CHITRIDIOMYCOTA
I.1.9.2 ZYGOMYCOTA
I.1.9.3 – ASCOMYCOTA
I.1.9.4 – BASIDIOMYCOTA
I.2- MILIEU D’ETUDE
I . 2 .1 – Localisation géographique
I . 2 .2 – Milieu abiotique
I.2.2.1- Topographie
I.2.2.2- Hydrographie
I.2.2.3- Géologie et Pédologie
I.2.2.4- Climat
a/ Précipitation
b/ Température
c/ Diagramme ombrothermique de GAUSSEN
I . 2 .3 – Milieu biotique
I.2.3.1- Flore et végétation
II- METHODOLOGIE
II . 1.1 – Etudes préliminaires
II.1.1.1- Recherches bibliographiques et webographiques
II.1.1.2- Choix et description des parcelles
II . 1.2 – Montage des placettes
II . 1.3 – Méthode d’inventaire et de collecte des échantillons
II . 1.4 – Méthode d’identification
II.1.4.1- Description morphologique
II.1.4.2- Collecte des sporées
II.1.4.3- Mise en herbier du sporophore
II . 1.5 – Analyses des données
III- RESULTATS ET INTERPRETATIONS
III . 1 – Richesse fongique de la Réserve Spéciale d’Analamazaotra
III . 1. 1 -Richesse fongique dans les deux parcelles
III.1.1.1. Familles recensées
a/ Répartition des familles en fonction des genres
b/ Répartition des familles en fonction des espèces
c/ Répartition des familles en fonction des individus
III.1.1.2. – Genres rencontrés
III.1.1.3. Espèces inventoriées
III . 1. 2 -Richesse fongique dans la parcelle sans Uapaca
III . 1. 3 -Richesse fongique dans le site avec Uapaca
III . 1. 4 -Répartition des espèces selon les modes de vie
III.1.4.1- Saprophytisme
a/ Types de substrats des espèces saprophytes
b/ Familles saprophytes
c/ Genres saprophytes
III.1.4.2- Ectomycorhize
a/ Types de substrats des espèces ectomycorhiziennes
b/ Familles ectomycorhiziennes
c/ Genres ectomycorhiziens
III . 2 – COMPARAISON DE DEUX PARCELLES
III . 2. 1 -Répartition des Familles
III.2.1.1- En fonction des genres
III.2.1.2- En fonction des espèces
III.2.1.1- En fonction du nombre d’individus
III . 2. 2 -Répartition des genres
III . 2. 3 -Répartition des espèces
III . 2. 4 -Types de substrats
III . 2. 5 -Modes de vie
III.3- Description morphologique de quelques espèces les plus représentatives
VI-DISCUSSIONS
V-CONCLUSION ET PERSPECTIVES
VI-REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
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